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Articulo de referencia

Lista de bases de datos biológicas

Las bases de datos biológicas son depósitos de información biológica. [ 1 ] La revista Nucleic Acids Research publica regularmente números especiales sobre bases de datos biológ...

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Las bases de datos biológicas son depósitos de información biológica. [ 1 ] La revista Nucleic Acids Research publica regularmente números especiales sobre bases de datos biológicas y cuenta con una lista de dichas bases de datos. El número de 2018 incluye una lista de aproximadamente 180 bases de datos y actualizaciones de las bases de datos descritas previamente. [ 2 ] El Omics Discovery Index permite explorar y buscar en diversas bases de datos biológicas. Además, el portal Data Ecosystem Discovery Portal, desarrollado por el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID), permite realizar búsquedas en diferentes bases de datos.

Metabases de datos

Las metabases de datos son bases de datos de bases de datos que recopilan información sobre datos para generar nueva información. Son capaces de fusionar información de diferentes fuentes y presentarla de forma novedosa y más práctica, o bien, con especial énfasis en una enfermedad u organismo en particular. Originalmente, el término metadatos se refería simplemente a información sobre datos, como etiquetas, palabras clave y encabezados de marcado.

bases de datos de organismos modelo

Las bases de datos de organismos modelo proporcionan datos biológicos exhaustivos sobre organismos que han sido objeto de intensos estudios.

Bases de datos de ácidos nucleicos

bases de datos de ADN

Las bases de datos primarias conforman la Base de Datos Internacional de Secuencias de Nucleótidos (INSD). Estas incluyen:

DDBJ (Japón), GenBank (EE. UU.) y el Archivo Europeo de Nucleótidos (Europa) son repositorios de datos de secuencias de nucleótidos de todos los organismos . Los tres aceptan el envío de secuencias de nucleótidos e intercambian datos nuevos y actualizados diariamente para lograr una sincronización óptima entre ellos. Estas tres bases de datos son primarias, ya que albergan los datos de secuencias originales. Colaboran con Sequence Read Archive (SRA), que archiva las lecturas sin procesar de los instrumentos de secuenciación de alto rendimiento.

Las bases de datos secundarias son:

  • Mapa HapMap
  • OMIM (Herencia Mendeliana en el Hombre en Línea): enfermedades hereditarias
  • RefSeq
  • Proyecto 1000 Genomas : lanzado en enero de 2008. Se analizaron los genomas de más de mil participantes anónimos de diversos grupos étnicos y se pusieron a disposición del público.
  • Base de datos EggNOG: un recurso ortológico jerárquico, funcional y filogenéticamente anotado, basado en 5090 organismos y 2502 virus. Proporciona alineamientos de secuencias múltiples y árboles de máxima verosimilitud, así como una amplia anotación funcional. [ 6 ] [ 7 ]

Otras bases de datos

bases de datos de expresión genética

Bases de datos genéricas de expresión génica

bases de datos de expresión génica de microarrays

bases de datos del genoma

Estas bases de datos recopilan secuencias genómicas , las anotan y analizan, y ofrecen acceso público. Algunas incorporan la curación de literatura experimental para mejorar las anotaciones computarizadas. Estas bases de datos pueden contener genomas de muchas especies o el genoma de un único organismo modelo .

bases de datos de fenotipos

bases de datos de ARN

Bases de datos de aminoácidos y proteínas

(Véase también: Lista de proteínas en el cuerpo humano )

Se han desarrollado varios repositorios y recursos de datos de acceso público para respaldar y gestionar información relacionada con proteínas , el descubrimiento de conocimiento biológico y la generación de hipótesis basada en datos. [ 16 ] Las bases de datos de la tabla siguiente se seleccionaron de las bases de datos enumeradas en los números y la colección de bases de datos de Nucleic Acids Research (NAR) y de las bases de datos referenciadas en UniProt KB. La mayoría de estas bases de datos están referenciadas con UniProt / UniProt KB para que los identificadores puedan asignarse entre sí. [ 16 ]

Proteínas en humanos:

Hay alrededor de ~20 000 genes codificadores de proteínas en el genoma humano estándar. (Aproximadamente ~1200 ya tienen artículos en Wikipedia - la Wiki de genes - sobre ellos) si incluimos las variantes de empalme, podría haber hasta 500 000 proteínas humanas únicas [ 17 ].

Diferentes tipos de bases de datos de proteínas

bases de datos de vías de transducción de señales

Bases de datos de vías metabólicas y función de proteínas

bases de datos taxonómicas

Numerosas bases de datos recopilan información sobre especies y otras categorías taxonómicas . El Catálogo de la Vida es un caso especial, ya que se trata de una metabase de datos que reúne aproximadamente 150 "bases de datos globales de especies" (GSD, por sus siglas en inglés) especializadas, las cuales han recopilado los nombres y otra información sobre (casi) todas las especies descritas y, por lo tanto, "conocidas".

  • BacDive : metadatos bacterianos que proporciona información vinculada a cepas sobre la biodiversidad bacteriana y arqueal, incluyendo información taxonómica.
  • Catálogo de la Vida : una metabase de datos de todas las especies de la Tierra.
  • EzTaxon-e : base de datos para la identificación de procariotas basada en secuencias del gen del ARN ribosomal 16S.
  • Taxonomía del NCBI: una base de datos taxonómica gestionada por el NCBI que se centra en todos los taxones para los que se dispone de secuencias de ADN (dichas secuencias se almacenan en GenBank , otra base de datos gestionada por el NCBI).

bases de datos de imágenes

Las imágenes desempeñan un papel fundamental en la biomedicina, desde imágenes de especímenes antropológicos hasta zoología . Sin embargo, existen relativamente pocas bases de datos dedicadas a la recopilación de imágenes, aunque algunos proyectos como iNaturalist recopilan fotografías como parte principal de sus datos. Un caso especial de "imágenes" son las imágenes tridimensionales, como las estructuras de proteínas o las reconstrucciones 3D de estructuras anatómicas. Las bases de datos de imágenes incluyen, entre otras: [ 23 ]

Bases de datos radiológicas

Bases de datos adicionales

Bases de datos de exosomas

  • ExoCarta
  • Atlas de ARN extracelular: un repositorio de perfiles de ARN pequeño derivados de secuenciación de ARN y qPCR de fluidos biológicos humanos y de ratón.

Bases de datos de modelos matemáticos

Bases de datos sobre tasas de resistencia antimicrobiana y consumo de antibióticos.

Bases de datos sobre mecanismos de resistencia antimicrobiana

Bases de datos estilo wiki

Bases de datos especializadas

Referencias

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  • Colección de bases de datos de biología molecular para la investigación de ácidos nucleicos : más de 1600 bases de datos.
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