bases de datos de microarrays

Una base de datos de microarrays es un repositorio que contiene datos de expresión génica obtenidos mediante microarrays . Sus principales funciones son almacenar los datos de medición, gestionar un índice de búsqueda y poner los datos a disposición de otras aplicaciones para su análisis e interpretación (ya sea directamente o mediante descargas de usuario).

Las bases de datos de microarrays se pueden clasificar en dos categorías distintas:

1. Un repositorio público revisado por pares que cumple con los estándares académicos o de la industria y está diseñado para ser utilizado por numerosas aplicaciones y grupos de análisis. Un buen ejemplo de esto es Gene Expression Omnibus (GEO) del NCBI o ArrayExpress del EBI .
2. Un repositorio especializado asociado principalmente a la marca de una entidad particular (laboratorio, empresa, universidad, consorcio, grupo), un conjunto de aplicaciones, un tema o un método de análisis, ya sea comercial, sin fines de lucro o académico. Estas bases de datos pueden tener una o más de las siguientes características:
   • Es posible que se necesite una suscripción o licencia para obtener acceso completo.
   • El contenido puede provenir principalmente de un grupo específico (por ejemplo, SMD o UPSC-BASE), el Proyecto del Genoma Inmunológico.
   • Puede haber restricciones sobre quién puede usar los datos o para qué propósito se pueden usar los datos,
   • Puede que se requiera un permiso especial para enviar nuevos datos, o puede que no exista ningún proceso obvio.
   • Solo ciertas aplicaciones pueden estar equipadas para utilizar los datos, a menudo también asociados con la misma entidad (por ejemplo, caArray en NCI está especializado para caBIG ),
   • Para aplicaciones o análisis estándar, puede ser necesario un procesamiento o reformateo adicional de los datos.
   • Afirman abordar la "necesidad urgente" de contar con un repositorio centralizado y estándar para datos de microarrays. (Véase YMD, última actualización en 2003, por ejemplo).
   • Se afirma que existe una mejora incremental con respecto a uno de los repositorios públicos,
   • Una aplicación de metaanálisis que incorpora estudios de una o más bases de datos públicas (por ejemplo, Gemma utiliza principalmente estudios de GEO ; NextBio utiliza diversas fuentes).

Algunas de las bases de datos de microarrays públicas y seleccionadas más conocidas son:

• Base de datos biológica
• Lista de bases de datos biológicas
• microarrays de ADN
  • Microarrays de ADN §  Almacenamiento de datos
• Técnicas de análisis de microarrays

• ArrayExpress: Un breve recorrido por EBI Train OnLine
• Explorando datos de genómica funcional con el archivo ArrayExpress en EBI Train OnLine.
• Investigación de patrones de expresión genética con el Atlas de Expresión Génica en EBI Train OnLine.
• ArrayExpress: Envío de datos mediante MAGE-TAB en EBI Train OnLine
• ArrayExplorer : una herramienta gratuita para comparar microarrays uno al lado del otro.