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Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos

La Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos ( INSDC ) consiste en un esfuerzo conjunto para recopilar y difundir bases de datos que contienen se...

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La Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos ( INSDC ) consiste en un esfuerzo conjunto para recopilar y difundir bases de datos que contienen secuencias de ADN y ARN . [ 1 ] Incluye las siguientes bases de datos informatizadas : el Banco de Datos de ADN de Japón del NIG ( Japón ), GenBank del NCBI ( EE. UU .) y el Archivo Europeo de Nucleótidos del EMBL - EBI ( EMBL ). Los datos nuevos y actualizados sobre secuencias de nucleótidos aportados por los equipos de investigación a cada una de las tres bases de datos se sincronizan diariamente mediante la interacción continua entre el personal de cada una de las organizaciones colaboradoras.

Todos los datos del INSDC están disponibles para acceso libre e irrestricto, para cualquier propósito, sin restricciones en cuanto a su análisis, redistribución o republicación. Esta política ha sido un principio fundamental del INSDC desde su creación. [ 2 ] Desde la década de 1990, la mayoría de las principales revistas científicas del mundo han exigido que los datos de secuencias se depositen en una base de datos del INSDC como condición previa para su publicación.

La sincronización DDBJ / EMBL-EBI / GenBank se mantiene de acuerdo con una serie de directrices que son elaboradas y publicadas por un Consejo Asesor Internacional. [ 3 ] Las directrices consisten en una definición común de las tablas de características [ 4 ] para las bases de datos, que regulan el contenido y la sintaxis de las entradas de la base de datos, [ 5 ] en forma de una DTD ( Definición de Tipo de Documento ) común.

La sintaxis se llama INSDSeq y su núcleo consiste en la secuencia de letras de la expresión génica ( secuencia de aminoácidos ) y la secuencia de letras para las bases nucleotídicas en el gen o segmento decodificado. En una operación DBFetch se muestra una entrada INSD típica en la base de datos EMBL-EBI; [ 6 ] la misma entrada en NCBI. [ 7 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ Karsch-Mizrachi, I.; Nakamura, Y.; Cochrane, G.; Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos (2011). " La Colaboración Internacional de Bases de Datos de Secuencias de Nucleótidos" . Nucleic Acids Research . 40 (Número especial de bases de datos): D33– D37. doi : 10.1093/nar/gkr1006 . PMC 3244996. PMID 22080546 .  
  2. ↑ Brunak, Soren; Danchin, Antoine; Hattori, Masahira; Nakamura, Haruki; Shinozaki, Kazuo; Matise, Tara; Preuss, Daphne (15 de noviembre de 2002). "Políticas de bases de datos de secuencias de nucleótidos". Ciencia . 298 (5597): 1333. doi : 10.1126/science.298.5597.1333b . ISSN 1095-9203 . PMID 12436968 . S2CID 42740562 .   
  3. ↑ "INSDC :: Asesores" . Archivado del original el 9 de diciembre de 2007. Consultado el 29 de junio de 2019 . 
  4. ↑ "Definición de la tabla de características DDBJ/ENA/GenBank" . Ebi.ac.uk. Archivado del original el 24 de marzo de 2005. Consultado el 29 de junio de 2019 .
  5. ↑ "Archivo Europeo de Nucleótidos < EMBL-EBI" . www.ebi.ac.uk .
  6. ↑ "Exploración de bases de datos" . Archivado del original el 12 de febrero de 2005. Consultado el 2 de marzo de 2005 .
  7. ↑ EE. UU. (06/05/2019). "ARNm de Trifolium repens para la beta-glucosidasa no cianogénica - Nucleótido - NCBI" . Ncbi.nlm.nih.gov . Consultado el 29/06/2019 .
  • Sitio oficial
  • Sitio web oficial
  • Sitio EMBL-EBI INSDC
  • Base de datos de nucleótidos EMBL-EBI
  • Banco de datos de ADN de Japón
  • Búsqueda de nucleótidos en GenBank