Base de datos del genoma de Saccharomyces

La base de datos del genoma de Saccharomyces ( SGD ) es una base de datos científica sobre la biología molecular y la genética de la levadura Saccharomyces cerevisiae , comúnmente conocida como levadura de panadería o levadura de gemación. ^{[ 1 ]} Se puede encontrar información adicional en el repositorio curado Yeastract . ^{[ 2 ]}

El SGD proporciona acceso a internet a la secuencia completa del ADN genómico de Saccharomyces cerevisiae , sus genes y sus productos, los fenotipos de sus mutantes y la literatura que respalda estos datos. En el informe de literatura revisado por pares, los resultados experimentales sobre la función e interacción de los genes de levadura se extraen mediante una curación manual de alta calidad y se integran en una base de datos bien desarrollada. Los datos se combinan con resultados de alto rendimiento de calidad y se publican en las páginas de Resumen de Locus, que es un potente motor de consulta y un completo navegador genómico. Debido a la complejidad de la recopilación de información, se utilizan múltiples herramientas bioinformáticas para integrar la información y permitir el descubrimiento productivo de nuevos detalles biológicos. ^{[ 3 ]} El SGD proporciona el estándar de oro para la descripción funcional de la levadura de gemación. El SGD también proporciona una plataforma desde la cual investigar genes y vías relacionados en organismos superiores. La cantidad de información y el número de características proporcionadas por el SGD han aumentado considerablemente tras la publicación de la secuencia genómica de S. cerevisiae . SGD ayuda a los investigadores proporcionando no solo información básica, sino también herramientas como la búsqueda de similitud de secuencias que conducen a información detallada sobre las características del genoma y las relaciones entre genes. SGD presenta la información mediante una variedad de representaciones gráficas dinámicas y fáciles de usar que ilustran mapas de características físicas, genéticas y de secuencia. Todos los datos de SGD son de libre acceso para investigadores y educadores de todo el mundo a través de páginas web diseñadas para una óptima facilidad de uso. ^{[ 3 ]}

Biocurator incluye la revisión de la literatura publicada o conjuntos de datos, lo que permite identificar y extraer los resultados clave. Estos resultados se incorporan a la base de datos y utilizan vocabularios controlados asociados a los genes o regiones cromosómicas pertinentes. A medida que se recopilan más datos, la bioconservación adquiere mayor importancia para la investigación biomédica.

SGD es la fuente de la secuencia genómica de la cepa S. cerevisiae S288C e incluye un catálogo de genes y características cromosómicas.

Una de las funciones importantes de SGD es la bioconservación de la literatura sobre levaduras. Los bioconservadores de SGD buscan en toda la literatura científica relevante para S. cerevisiae , leen los artículos y capturan sus principales hallazgos en diversos campos definidos de la base de datos. ^{[ 3 ]}

Los bioconservadores de SGD buscan anotar cada gen identificando su(s) función(es) a partir de la literatura primaria y vinculándolas a términos mediante la representación del conocimiento estructurado en la ontología génica . ^{[ 4 ]} Además, se incluyen funciones identificadas a partir de experimentos de alto rendimiento, así como anotaciones de funciones predichas computacionalmente del proyecto GO Annotation. ^{[ 5 ]}

Las rutas bioquímicas son curadas manualmente por SGD y proporcionadas mediante el software Pathway Tools versión 28.0. El conjunto de datos de rutas bioquímicas de SGD para S. cerevisiae , uno de los conjuntos de datos más curados entre todos los conjuntos de datos de Pathway Tools disponibles, es el estándar de oro para la levadura en ciernes; SGD apoya un esfuerzo continuo para actualizar y mejorar estos datos. La interfaz de Pathway Tools proporciona una descripción completa de cada ruta, con estructuras moleculares, números EC y una lista completa de referencias. El navegador de rutas actualizado proporciona varias funciones mejoradas, incluida la descarga de una lista de genes encontrados en una ruta para su posterior análisis con otras herramientas disponibles en SGD. El navegador de rutas está hipervinculado a través de la sección "Rutas" de la página Resumen del locus. ^{[ 3 ]}

SGD continúa manteniendo la nomenclatura genómica de S. cerevisiae para preservar los estándares definidos por la comunidad y garantizar que se sigan las directrices acordadas al nombrar nuevos genes o asignar nuevos nombres a genes previamente identificados. Las directrices de la comunidad establecen que el primer nombre publicado para un gen se convierte en el nombre estándar. Sin embargo, antes de su publicación, un nombre de gen puede registrarse y mostrarse en SGD para notificar a la comunidad sobre su uso previsto. Si existen desacuerdos o conflictos de nomenclatura, los curadores de SGD se comunican con los investigadores pertinentes de la comunidad y negocian un acuerdo siempre que sea posible. La mayoría de quienes trabajan en el gen en cuestión deben estar de acuerdo con cualquier cambio de nomenclatura antes de que se implemente en SGD. Además de mantener los nombres genéticos, SGD garantiza que los nombres de los marcos de lectura abiertos (ORF), los elementos de secuencia repetitiva autónoma (ARS), los ARN de transferencia (tRNA) y otras características cromosómicas también se ajusten a los formatos acordados. En los últimos 2 años, se han asignado 154 nuevos nombres de genes y se han procesado 21 cambios de nombre iniciados por la comunidad. ^{[ 3 ]}

SGD ofrece varias herramientas de análisis diferentes.

BLAST , Herramienta Básica de Búsqueda de Alineación Local , es el programa diseñado para encontrar regiones similares entre secuencias biológicas. SGD permite a los usuarios realizar búsquedas BLAST en conjuntos de datos de secuencias de S. cerevisiae .

Fungal BLAST permite realizar búsquedas entre múltiples secuencias de hongos.

El buscador de términos de la Ontología Génica (GO) busca términos GO compartidos significativos o sus términos padres, y se utiliza para describir los genes consultados y ayudar a los usuarios a descubrir qué tienen en común.

GO Slim Mapper asigna anotaciones a un grupo de genes a términos más generales y/o los agrupa en categorías amplias.

La función de búsqueda de patrones permite a los usuarios buscar secuencias cortas de nucleótidos o péptidos de menos de 20 residuos, o patrones ambiguos o degenerados.

El análisis de restricción permite a los usuarios realizar un análisis de restricción introduciendo un nombre de secuencia o una secuencia de ADN arbitraria ^{[ 6 ].}

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