Cellosaurio

Cellosaurus es una base de conocimiento en línea sobre líneas celulares , que intenta documentar todas las líneas celulares utilizadas en la investigación biomédica . ^[1] Es proporcionada por el Instituto Suizo de Bioinformática (SIB). Es un recurso de datos básicos de ELIXIR ^[2]^[3] así como un recurso reconocido por IRDiRC. ^[4] Es el recurso que contribuye a las líneas celulares en el Portal de identificación de recursos. ^[5] A diciembre de 2022, contiene información sobre más de 144.000 líneas celulares. ^[6]

Su alcance incluye líneas celulares inmortalizadas , líneas celulares naturalmente inmortales (por ejemplo: células madre embrionarias ) y líneas celulares de vida finita cuando se distribuyen y utilizan ampliamente. El Cellosaurus proporciona una gran cantidad de información curada manualmente; para cada línea celular, enumera un nombre recomendado, sinónimos y la especie de origen. Otros tipos de información incluyen terminología estandarizada de enfermedades (para líneas celulares de cáncer o trastornos genéticos ), el transformante utilizado para inmortalizar una línea celular, genes transfectados o knock-out, inestabilidad de microsatélites , tiempo de duplicación , género y edad del donante (paciente o animal), variaciones importantes de secuencia, enlaces web, referencias de publicaciones y referencias cruzadas a cerca de 100 bases de datos diferentes, ontologías, colecciones de células y otros recursos relevantes. ^[1]^[7]

Dado que muchas líneas celulares utilizadas en la investigación han sido identificadas erróneamente o contaminadas , Cellosaurus realiza un seguimiento de las líneas celulares problemáticas, incluidas todas las que figuran en las tablas del Comité Internacional de Autenticación de Líneas Celulares (ICLAC) ^{[8] . Para las líneas celulares}humanas , así como para algunas líneas celulares caninas, proporciona información del perfil de repetición corta en tándem (STR). Desde julio de 2018, las líneas celulares de Cellosaurus están representadas como elementos en Wikidata . ^[1] En marzo de 2020, Cellosaurus creó una página que contiene información sobre las líneas celulares relevantes para el SARS-CoV-2 en respuesta a la pandemia de COVID-19 . ^[9]

La enciclopedia Cellosaurus es ampliamente reconocida como una fuente autorizada de información sobre líneas celulares, que proporciona identificadores únicos ^[10]^[11] y como fuente de información seleccionada . ^[12]^[13]^[14]

Referencias

^ abc Bairoch Amos (2018). "El Cellosaurus, una fuente de conocimiento sobre líneas celulares". Journal of Biomolecular Techniques . 29 ([publicación electrónica antes de la impresión): 1–14. doi :10.7171/jbt.18-2902-002. PMC 5945021 . PMID 29805321.
^ Dubar, Elsa. "Cellosaurus y Rhea se suman a la cartera de recursos de datos básicos de ELIXIR". www.sib.swiss . Consultado el 19 de octubre de 2021 .
^ "Rhea, Reactome y Cellosaurus obtienen el sello de máxima calidad de ELIXIR para bases de datos". ELIXIR . 2020-12-24 . Consultado el 2021-10-19 .
^ "Nuevo recurso reconocido por IRDiRC: Cellosaurus". irdirc.org . Consultado el 2 de noviembre de 2021 .
^ "RRID | Búsqueda en líneas celulares".
^ "Expasy - Cellosaurus". web.expasy.org . Consultado el 19 de octubre de 2021 .
^ "Descripción del Cellosaurus - un recurso de conocimiento sobre líneas celulares". web.expasy.org . Consultado el 13 de abril de 2020 .
^ "Base de datos de líneas celulares contaminadas de forma cruzada o identificadas erróneamente" (PDF) . Archivado (PDF) desde el original el 20 de diciembre de 2016.
^ "Cellosaurus - Información relevante sobre el SARS-CoV-2" www.cellosaurus.org . Consultado el 1 de septiembre de 2022 .
^ "RRID: ¿Cómo llegamos hasta aquí y hacia dónde vamos?". eLife . 2017-05-11 . Consultado el 2021-10-19 .
^ Groll, Helga; Rodgers, Peter A, eds. (1 de noviembre de 2018). "Carta de decisión: la incidencia de líneas celulares problemáticas es menor en los artículos que utilizan RRID para identificar líneas celulares". doi : 10.7554/elife.41676.020 . S2CID 239787612. {{cite journal}}: Requiere citar revista |journal=( ayuda )
^ Horbach, Serge PJM; Halffman, Willem (12 de octubre de 2017). "Los fantasmas de HeLa: cómo la identificación errónea de líneas celulares contamina la literatura científica". PLOS ONE . 12 (10): e0186281. Bibcode :2017PLoSO..1286281H. doi : 10.1371/journal.pone.0186281 . ISSN 1932-6203. PMC 5638414 . PMID 29023500.
^ Ong, Edison; Sarntivijai, Sirarat; Jupp, Simon; Parkinson, Helen; He, Yongqun (diciembre de 2017). "Comparación, alineación y sincronización de la información de la línea celular entre CLO y EFO". BMC Bioinformatics . 18 (S17): 557. doi : 10.1186/s12859-017-1979-z . ISSN 1471-2105. PMC 5763470 . PMID 29322915.
^ Hattori, Emi; Oyama, Rieko; Kondo, Tadashi (13 de febrero de 2019). "Revisión sistemática del estado actual de las líneas celulares del sarcoma humano". Cells . 8 (2): 157. doi : 10.3390/cells8020157 . ISSN 2073-4409. PMC 6406745 . PMID 30781855.

Enlaces externos

Cellosaurio
Vídeo introductorio sobre el Cellosaurus
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[Bairoch2018-1] Bairoch Amos (2018). "El Cellosaurus, una fuente de conocimiento sobre líneas celulares". Journal of Biomolecular Techniques . 29 ([publicación electrónica antes de la impresión): 1–14. doi :10.7171/jbt.18-2902-002. PMC 5945021 . PMID 29805321.

[2] Dubar, Elsa. "Cellosaurus y Rhea se suman a la cartera de recursos de datos básicos de ELIXIR". www.sib.swiss . Consultado el 19 de octubre de 2021 .

[3] "Rhea, Reactome y Cellosaurus obtienen el sello de máxima calidad de ELIXIR para bases de datos". ELIXIR . 2020-12-24 . Consultado el 2021-10-19 .

[4] "Nuevo recurso reconocido por IRDiRC: Cellosaurus". irdirc.org . Consultado el 2 de noviembre de 2021 .

[5] "RRID | Búsqueda en líneas celulares".

[6] "Expasy - Cellosaurus". web.expasy.org . Consultado el 19 de octubre de 2021 .

[7] "Descripción del Cellosaurus - un recurso de conocimiento sobre líneas celulares". web.expasy.org . Consultado el 13 de abril de 2020 .

[8] "Base de datos de líneas celulares contaminadas de forma cruzada o identificadas erróneamente" (PDF) . Archivado (PDF) desde el original el 20 de diciembre de 2016.

[9] "Cellosaurus - Información relevante sobre el SARS-CoV-2" www.cellosaurus.org . Consultado el 1 de septiembre de 2022 .

[10] "RRID: ¿Cómo llegamos hasta aquí y hacia dónde vamos?". eLife . 2017-05-11 . Consultado el 2021-10-19 .

[11] Groll, Helga; Rodgers, Peter A, eds. (1 de noviembre de 2018). "Carta de decisión: la incidencia de líneas celulares problemáticas es menor en los artículos que utilizan RRID para identificar líneas celulares". doi : 10.7554/elife.41676.020 . S2CID 239787612. {{cite journal}}: Requiere citar revista |journal=( ayuda )

[12] Horbach, Serge PJM; Halffman, Willem (12 de octubre de 2017). "Los fantasmas de HeLa: cómo la identificación errónea de líneas celulares contamina la literatura científica". PLOS ONE . 12 (10): e0186281. Bibcode :2017PLoSO..1286281H. doi : 10.1371/journal.pone.0186281 . ISSN 1932-6203. PMC 5638414 . PMID 29023500.

[13] Ong, Edison; Sarntivijai, Sirarat; Jupp, Simon; Parkinson, Helen; He, Yongqun (diciembre de 2017). "Comparación, alineación y sincronización de la información de la línea celular entre CLO y EFO". BMC Bioinformatics . 18 (S17): 557. doi : 10.1186/s12859-017-1979-z . ISSN 1471-2105. PMC 5763470 . PMID 29322915.

[14] Hattori, Emi; Oyama, Rieko; Kondo, Tadashi (13 de febrero de 2019). "Revisión sistemática del estado actual de las líneas celulares del sarcoma humano". Cells . 8 (2): 157. doi : 10.3390/cells8020157 . ISSN 2073-4409. PMC 6406745 . PMID 30781855.