Entrez

El Entrez ( / ɒ n ˈ t r eɪ / ) ^{[ 1 ]} Global Query Cross-Database Search System es un motor de búsqueda federado , o portal web , que permite a los usuarios buscar en muchas bases de datos discretas de ciencias de la salud en el sitio web del Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). ^{[ 2 ]} El NCBI es parte de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM), que a su vez es un departamento de los Institutos Nacionales de Salud (NIH), que a su vez es parte del Departamento de Salud y Servicios Humanos de los Estados Unidos . El nombre "Entrez" (un saludo que significa "Pasa" en francés) fue elegido para reflejar el espíritu de dar la bienvenida al público para que busque el contenido disponible en la NLM.

Entrez Global Query es un sistema integrado de búsqueda y recuperación que permite acceder a todas las bases de datos simultáneamente con una sola consulta e interfaz de usuario. Entrez recupera de forma eficiente secuencias , estructuras y referencias relacionadas. El sistema Entrez ofrece visualizaciones de secuencias genéticas y proteicas , así como mapas cromosómicos . Algunos libros de texto también están disponibles en línea a través de Entrez.

La página principal de Entrez ofrece, por defecto, acceso a la consulta global. Todas las bases de datos indexadas por Entrez se pueden buscar mediante una única cadena de consulta, compatible con operadores booleanos y etiquetas de términos de búsqueda para limitar partes de la consulta a campos específicos. Esto genera una página de resultados unificada que muestra el número de coincidencias en cada base de datos, las cuales también están vinculadas a los resultados de búsqueda correspondientes.

Entrez también ofrece una interfaz similar para buscar en cada base de datos y refinar los resultados. La función Límites permite al usuario acotar la búsqueda mediante una interfaz de formularios web. La función Historial muestra una lista numerada de las consultas realizadas recientemente. Los resultados de consultas anteriores se pueden consultar por número y combinar mediante operadores booleanos. Los resultados de la búsqueda se pueden guardar temporalmente en el Portapapeles. Los usuarios con una cuenta MyNCBI pueden guardar consultas indefinidamente y también recibir notificaciones por correo electrónico con los nuevos resultados de búsqueda para la mayoría de las bases de datos guardadas. Es ampliamente utilizado en el campo de la biotecnología como herramienta de referencia tanto para estudiantes como para profesionales.

Entrez realiza búsquedas en las siguientes bases de datos:

• PubMed : citas y resúmenes de literatura biomédica, incluyendo Medline : artículos de revistas (principalmente médicas ) , a menudo con resúmenes. Se proporcionan enlaces a PubMed Central y otros recursos de texto completo para artículos de la década de 1990.
• PubMed Central : artículos de revistas científicas gratuitos y de texto completo
• Búsqueda en el sitio: Sitios web y FTP del NCBI
• Libros: libros en línea
• Herencia mendeliana en línea en el hombre (OMIM)
• Nucleótido : base de datos de secuencias ( GenBank )
• Proteína : base de datos de secuencias ( GenPept )
• Genoma : secuencias y mapeo del genoma completo
• Estructura : estructuras macromoleculares tridimensionales
• Taxonomía : organismos en GenBank Taxonomía
• dbSNP : polimorfismo de un solo nucleótido
• Gen : ^{[ 3 ]} información centrada en el gen
• HomoloGene : grupos de homología eucariota
• Compuesto de PubChem : estructuras químicas únicas de moléculas pequeñas
• PubChem Substance: registros de sustancias químicas depositadas
• Proyecto Genoma : información del proyecto genoma
• UniGene : agrupaciones de secuencias de transcripción orientadas a genes
• CDD : base de datos de dominios proteicos conservados
• PopSet : conjuntos de datos de estudios poblacionales ( epidemiología )
• Perfiles GEO : perfiles de expresión y abundancia molecular
• Conjuntos de datos GEO : conjuntos experimentales de datos GEO
• Archivo de lectura de secuencias : datos de secuenciación de alto rendimiento
• Cromosomas cancerosos : bases de datos citogenéticas
• PubChem BioAssay : pruebas de bioactividad de sustancias químicas
• Sonda : reactivos específicos de secuencia
• Catálogo de la NLM : Datos bibliográficos de la NLM para más de 1,2 millones de revistas, libros, material audiovisual, software, recursos electrónicos y otros materiales disponibles en LocatorPlus (actualizado todos los días laborables).

Además de utilizar los formularios del motor de búsqueda para consultar los datos en Entrez, NCBI proporciona las utilidades de programación de Entrez ^{[ 4 ]} ( eUtils ) para un acceso más directo a los resultados de las consultas. Se accede a las eUtils enviando URL con un formato especial al servidor de NCBI y analizando la respuesta XML. También existía una interfaz SOAP de eUtils que se desactivó en julio de 2015. ^{[ 5 ]}

En 1991, Entrez se lanzó en formato CD. En 1993, una versión cliente-servidor del software proporcionó conectividad a internet. En 1994, el NCBI creó un sitio web, y Entrez formó parte de este lanzamiento inicial. En 2001, se lanzó Entrez Bookshelf y en 2003, se desarrolló la base de datos Entrez Gene. ^{[ 6 ]}

• Formulario del motor de búsqueda Entrez
• Ayuda de Entrez