MetaCiclo

La base de datos MetaCyc es una de las mayores bases de datos de enzimas y vías metabólicas disponibles en la actualidad. Los datos de la base de datos se seleccionan manualmente de la literatura científica y cubren todos los dominios de la vida. MetaCyc tiene amplia información sobre compuestos químicos, reacciones, vías metabólicas y enzimas. Los datos se han seleccionado de más de 58.000 publicaciones. ^{[1] [2] [3]}

MetaCyc ha sido diseñado para múltiples tipos de usos. A menudo se utiliza como una extensa enciclopedia en línea sobre el metabolismo. Además, MetaCyc se utiliza como un conjunto de datos de referencia para predecir computacionalmente la red metabólica de los organismos a partir de sus genomas secuenciados; se ha utilizado para realizar predicciones de vías para miles de organismos, incluidos los de la Colección de bases de datos BioCyc . MetaCyc también se utiliza en ingeniería metabólica e investigación metabolómica .

MetaCyc incluye mini revisiones de vías y enzimas que brindan información de fondo, así como referencias bibliográficas relevantes. También proporciona datos extensos sobre enzimas individuales, que describen la estructura de sus subunidades, cofactores, activadores e inhibidores, especificidad del sustrato y, cuando están disponibles, constantes cinéticas. Los datos de MetaCyc sobre metabolitos incluyen estructuras químicas, energía estándar de formación predicha y enlaces a bases de datos externas. Las reacciones en MetaCyc se presentan en una pantalla visual que incluye las estructuras de todos los componentes. Las reacciones están balanceadas e incluyen números EC , dirección de reacción, mapeos atómicos predichos que describen la correspondencia entre átomos en los compuestos reactivos y los compuestos del producto, y energía libre de Gibbs calculada .

Todos los objetos de MetaCyc son seleccionables y brindan un acceso fácil a los objetos relacionados. Por ejemplo, la página de L-lisina enumera todas las reacciones en las que participa la L-lisina, así como las enzimas que las catalizan y las vías en las que tienen lugar estas reacciones.