miRBase

En bioinformática , miRBase es una base de datos biológica que actúa como un archivo de secuencias y anotaciones de microARN . ^[¹^]^[²^]^[³^]^[⁴^] En septiembre de 2010 contenía información sobre 15 172 microARN. ^[¹^] Este número aumentó a 38 589 en marzo de 2018. ^[⁵^] El registro de miRBase proporciona un sistema centralizado para asignar nuevos nombres a los genes de microARN. ^[⁶^]

miRBase surgió del recurso de registro de microARN establecido por Sam Griffiths-Jones en 2003. ^{[ 7 ]}

Según Ana Kozomara y Sam Griffiths-Jones, miRBase tiene cinco objetivos: ^{[ 1 ]}

Para proporcionar un sistema de nomenclatura coherente para los microARN.
Proporcionar un lugar centralizado para recopilar todas las secuencias de microARN conocidas.
Proporcionar información legible tanto para humanos como para computadoras sobre cada microARN.
Proporcionar evidencia primaria para cada microARN
Para agregar y vincular información sobre objetivos de microARN

MiRBase contiene miRNAs pertenecientes a diversas especies de Alveolata , Chromalveolata , Metazoa , Mycetozoa , Viridiplantae y Viruses . Para Viridiplantae , en la versión 21 (2014) se dispone de datos para 73 especies . Esto incluye 4800 miRNAs maduros únicos y 8480 secuencias precursoras. ^{[ 8 ]}

La versión actual de MiRBase es la versión 22 (marzo de 2018).

Referencias

1 2 3 4 Kozomara, A.; Griffiths-Jones, S. (2010). "MiRBase: integración de anotaciones de microARN y datos de secuenciación profunda" . Nucleic Acids Research . 39 (número especial de bases de datos): D152–7. doi : 10.1093/nar/gkq1027 . PMC 3013655. PMID 21037258 .
↑ Griffiths-Jones, Sam (2010). "MiRBase: secuencias y anotación de microARN". Current Protocols in Bioinformatics . Vol. Capítulo 12. págs. Unidad 12.9.1–10. doi : 10.1002/0471250953.bi1209s29 . ISBN 978-0471250951. PMID 20205188 . S2CID 19303675 .
↑ Griffiths-Jones, S.; Saini, HK; Van Dongen, S.; Enright, AJ (2007). "MiRBase: herramientas para la genómica de microARN" . Nucleic Acids Research . 36 (número especial de bases de datos): D154–8. doi : 10.1093/nar/gkm952 . PMC 2238936. PMID 17991681 .
↑ Griffiths-Jones, Sam (2006). "MiRBase: la base de datos de secuencias de microARN". MicroRNA Protocols . Methods in Molecular Biology. Vol. 342. pp. 129–38 . doi : 10.1385/1-59745-123-1:129 . ISBN 1-59745-123-1. PMID 16957372 .
↑ "Notas de la versión de Mirbase 22" . Archivado del original el 12 de junio de 2020.
↑ Griffiths-Jones, S.; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). "MiRBase: secuencias de microARN, objetivos y nomenclatura genética" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): D140–4. doi : 10.1093/nar/ gkj112 . PMC 1347474. PMID 16381832 .
↑ Griffiths-Jones S (enero de 2004). " El registro de microARN" . Nucleic Acids Res . 32 (número especial de bases de datos): D109–11. doi : 10.1093/nar/gkh023 . PMC 308757. PMID 14681370 .
↑ Nithin, Chandran; Thomas, Amal; Basak, Jolly; Bahadur, Ranjit Prasad (2017-11-15). "Identificación a nivel genómico de miRNAs y lncRNAs en Cajanus cajan" . BMC Genomics . 18 (1): 878. doi : 10.1186/s12864-017-4232-2 . ISSN 1471-2164 . PMC 5688659. PMID 29141604 .

Enlaces externos

miRBase

[pmid21037258-1] 1 2 3 4 Kozomara, A.; Griffiths-Jones, S. (2010). "MiRBase: integración de anotaciones de microARN y datos de secuenciación profunda" . Nucleic Acids Research . 39 (número especial de bases de datos): D152–7. doi : 10.1093/nar/gkq1027 . PMC 3013655. PMID 21037258 .

[pmid20205188-2] Griffiths-Jones, Sam (2010). "MiRBase: secuencias y anotación de microARN". Current Protocols in Bioinformatics . Vol. Capítulo 12. págs. Unidad 12.9.1–10. doi : 10.1002/0471250953.bi1209s29 . ISBN 978-0471250951. PMID 20205188 . S2CID 19303675 .

[pmid17991681-3] Griffiths-Jones, S.; Saini, HK; Van Dongen, S.; Enright, AJ (2007). "MiRBase: herramientas para la genómica de microARN" . Nucleic Acids Research . 36 (número especial de bases de datos): D154–8. doi : 10.1093/nar/gkm952 . PMC 2238936. PMID 17991681 .

[pmid16957372-4] Griffiths-Jones, Sam (2006). "MiRBase: la base de datos de secuencias de microARN". MicroRNA Protocols . Methods in Molecular Biology. Vol. 342. pp. 129–38 . doi : 10.1385/1-59745-123-1:129 . ISBN 1-59745-123-1. PMID 16957372 .

[5] "Notas de la versión de Mirbase 22" . Archivado del original el 12 de junio de 2020.

[pmid16381832-6] Griffiths-Jones, S.; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). "MiRBase: secuencias de microARN, objetivos y nomenclatura genética" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): D140–4. doi : 10.1093/nar/ gkj112 . PMC 1347474. PMID 16381832 .

[pmid14681370-7] Griffiths-Jones S (enero de 2004). " El registro de microARN" . Nucleic Acids Res . 32 (número especial de bases de datos): D109–11. doi : 10.1093/nar/gkh023 . PMC 308757. PMID 14681370 .

[8] Nithin, Chandran; Thomas, Amal; Basak, Jolly; Bahadur, Ranjit Prasad (2017-11-15). "Identificación a nivel genómico de miRNAs y lncRNAs en Cajanus cajan" . BMC Genomics . 18 (1): 878. doi : 10.1186/s12864-017-4232-2 . ISSN 1471-2164 . PMC 5688659. PMID 29141604 .

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