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PHI-base

La base de datos de interacciones patógeno-huésped ( PHI-base ) [ 1 ] es una base de datos biológica que contiene información curada manualmente sobre genes que experimentalment...

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La base de datos de interacciones patógeno-huésped ( PHI-base ) [ 1 ] es una base de datos biológica que contiene información curada manualmente sobre genes que experimentalmente han demostrado afectar el resultado de las interacciones patógeno-huésped . La base de datos ha sido mantenida por investigadores de Rothamsted Research y colaboradores externos desde 2005. [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] PHI-base forma parte del nodo del Reino Unido de ELIXIR , la infraestructura europea de ciencias de la vida para información biológica, desde 2016. [ 6 ]

Fondo

La base de datos de interacciones patógeno - huésped se desarrolló para utilizar el creciente número de genes verificados que median la capacidad de un organismo para causar enfermedades y/o desencadenar respuestas del huésped. [ 7 ]

La base de datos accesible a través de la web cataloga genes de patogenicidad, virulencia y efectores verificados experimentalmente de patógenos bacterianos, fúngicos y oomicetos que infectan huéspedes animales, vegetales y fúngicos. PHI-base fue el primer recurso en línea dedicado a la identificación y presentación de información sobre genes de patogenicidad de hongos y oomicetos y sus interacciones con el huésped. PHI-base es un recurso para el descubrimiento de posibles dianas en patógenos fúngicos y oomicetos de importancia médica y agronómica para la intervención con productos químicos sintéticos y productos naturales ( fungicidas ). [ 8 ] [ 9 ]

Cada entrada en PHI-base es revisada por expertos en la materia y respaldada por sólida evidencia experimental (experimentos de interrupción genética), así como por referencias bibliográficas que describen dichos experimentos. Cada gen en PHI-base se presenta con su secuencia de nucleótidos y la secuencia de aminoácidos deducida, además de una descripción estructurada detallada de la función de la proteína predicha durante el proceso de infección del huésped. Para facilitar la interoperabilidad de los datos, los genes se anotan utilizando vocabularios controlados ( términos de Gene Ontology , números EC , etc.) y enlaces a otras fuentes de datos externas como UniProt , EMBL y los servicios de taxonomía del NCBI .

En 2016, la sección de plantas de PHI-base se utilizó para crear una herramienta de búsqueda semántica. PHI-base se ha alineado con Ensembl Genomes desde 2011, con FungiDB desde 2016, con Global Biotic Interactions (GloBI) desde 2018 y con UniProt desde 2020. Todas las nuevas versiones de PHI-base se integran con estas bases de datos independientes.

Curación de la comunidad

Desde 2015, el sitio web está vinculado a una herramienta de curación de literatura en línea llamada PHI-Canto, que permite la curación de literatura impulsada por la comunidad para varias especies patógenas. [ 10 ] PHI-Canto emplea un marco de curación comunitaria que no solo ofrece una herramienta de curación, sino que también incluye una ontología de fenotipos y vocabularios controlados que utilizan lenguajes y reglas unificados utilizados en experimentos de biología. El concepto central de este marco es la introducción de un "Metagenotipo", que permite la anotación y asignación de fenotipos a interacciones específicas mutante-huésped de patógeno. PHI-Canto extiende la herramienta de curación de especies individuales desarrollada para PomBase , [ 11 ] la base de datos de organismos modelo para la levadura de fisión.

Novedades actuales

La versión 4.18 (mayo de 2025) de PHI-base [ 1 ] proporciona información sobre 10 614 genes de 335 patógenos y 265 huéspedes y su impacto en 23 497 interacciones, así como información sobre la eficacia de ~20 fármacos y las secuencias objetivo en el patógeno. PHI-base se centra actualmente en organismos patógenos de plantas y humanos, incluidos hongos, oomicetos y bacterias. El contenido completo de la base de datos se puede descargar en un formato delimitado por tabuladores. Desde el lanzamiento de la versión 4, PHI-base también se puede buscar utilizando la herramienta de búsqueda PHIB-BLAST, que utiliza el algoritmo BLAST para comparar la secuencia de un usuario con las secuencias disponibles en PHI-base. [ 12 ] Una nueva versión centrada en genes de PHI-base (versión 5.0) se lanzó en marzo de 2024 y se anunció en un comunicado de prensa en el sitio web de Rothamsted Research. [ 13 ] PHI-base 5 reorganizó la estructura de datos para agrupar las interacciones por genes de patógenos y huéspedes, amplió el uso de ontologías para la anotación de fenotipos y agregó soporte para fenotipos relacionados con relaciones gen-por-gen, así como fenotipos de huéspedes y patógenos observados in vitro. Tanto la versión 4 como la versión 5 de PHI-base están actualmente disponibles en línea en paralelo durante el período de transición, lo que da tiempo a los usuarios para familiarizarse con la nueva interfaz antes de que PHI-base 4 se elimine gradualmente a mediados de 2026. También se están desarrollando nuevas herramientas de minería de datos para dar soporte a la versión 5. Todos los artículos que citan PHI-base se enumeran en la sección "Acerca de nosotros" de la base de datos, ordenados por año.

Aplicaciones

PHI-base es un recurso para muchas aplicaciones, entre las que se incluyen:

  • El descubrimiento de genes conservados en patógenos de importancia médica y agronómica, que pueden ser objetivos potenciales para la intervención química.
  • Análisis comparativos del genoma
  • Anotación de genomas de patógenos recientemente secuenciados
  • Interpretación funcional de experimentos de secuenciación de ARN y microarrays.
  • La rápida verificación cruzada de las diferencias fenotípicas entre especies patógenas al escribir artículos para revisión por pares

El uso de PHI-base se ha citado en más de 900 artículos revisados ​​por pares. [ 1 ]

Fondos

PHI-base está financiado por el Consejo de Investigación de Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC) [ 7 ] a través de los Programas Estratégicos del Instituto para el Cultivo de la Salud y la Entrega de Trigo Sostenible.

Referencias

  1. 1 2 3 Urban, M.; Cuzick, A.; Seager, J.; Nonavinakere, N.; Sahoo, J.; Sahu, P.; Iyer, VL; Khamari, L.; Carbajo Martinez, M.; Hammond-Kosack, KE (2025). "PHI-base: la base de datos de interacción patógeno-huésped multiespecie en 2025" . Nucleic Acids Research . 53 (Número especial de bases de datos): D826-838. doi : 10.1093 / nar/gkae1084 . PMC 11701570. PMID 39588765 .  
  2. ↑ Winnenburg, R.; Baldwin, TK; Urban, M.; Rawlings, C.; Köhler, J.; Hammond-Kosack, KE (2014). "PHI-base: una nueva base de datos para interacciones patógeno-huésped" . Nucleic Acids Research . 34 (Número especial de bases de datos): D459-464. doi : 10.1093/nar/gkj047 . PMC 1347410. PMID 16381911 .  
  3. ↑ Baldwin, TK; Winnenburg, R.; Urban, M.; Rawlings, C.; Köhler, J.; Hammond-Kosack, KE (2006). "La base de datos de interacciones patógeno-huésped (PHI-base) proporciona información sobre temas genéricos y novedosos de patogenicidad" . Molecular Plant-Microbe Interactions . 19 (12): 1451– 1462. Bibcode : 2006MPMI...19.1451B . doi : 10.1094/mpmi-19-1451 . PMID 17153929 . 
  4. ↑ Winnenburg, R.; Urban, M.; Beacham, A.; Baldwin, TK; Holland, S.; Lindeberg, M.; Hansen, H.; Rawlings, C.; Hammond-Kosack, KE; Köhler, J. (2008). "Actualización de PHI-base: adiciones a la base de datos de interacciones patógeno-huésped" . Nucleic Acids Research . 36 (Número especial de bases de datos): D572-576. doi : 10.1093/nar/gkm858 . PMC 2238852. PMID 17942425 .  
  5. ↑ Urban, M.; Pant, R.; Raghunath, A.; Irvine, AG; Pedro, H.; Hammond-Kosack, KE (2015). "La base de datos de interacciones patógeno-huésped (PHI-base): adiciones y desarrollos futuros" . Nucleic Acids Research . 43 (Número especial de bases de datos): D645– D655. doi : 10.1093 / nar/gku1165 . PMC 4383963. PMID 25414340 .  
  6. ^ Urbano, Martín; Cuzick, Alayne; Seager, James; Madera, Valeria; Rutherford, Kim; Venkatesh, Shilpa Yagwakote; Sahu, Jashobanta; Iyer, S. Vijaylakshmi; Khamari, Lokanath; De Silva, Nishadi; Martínez, Manuel Carbajo; Pedro, Hélder; Yates, Andrew D.; Hammond-Kosack, Kim E. (7 de enero de 2022). "PHI-base en 2022: una base de datos de fenotipos de múltiples especies para interacciones patógeno-hospedador" . Investigación de ácidos nucleicos . 50 (D1): D837– D847. doi : 10.1093/nar/gkab1037 . ISSN 1362-4962 . PMC 8728202 . PMID 34788826 .   
  7. 1 2 Urban, M; Cuzick, A; Seager, J; Wood, V; Rutherford, K; Venkatesh, SY; De Silva, N; Martinez, MC; Pedro, H; Yates, AD; Hassani-Pak, K; Hammond-Kosack, KE (8 de enero de 2020). "PHI-base: la base de datos de interacciones patógeno-huésped" . Nucleic Acids Research . 48 (D1): D613– D620. doi : 10.1093/nar/gkz904 . PMC 7145647. PMID 31733065 .  
  8. ↑ Brown, NA; Urban, M.; Hammond-Kosack, KE (2016). "La identificación transreino de reguladores negativos de la hipervirulencia de patógenos" . FEMS Microbiol Rev. 40 ( 1): 19– 40. doi : 10.1093/femsre/fuv042 . PMC 4703069. PMID 26468211 .  
  9. ↑ Urban, M.; Irvine, AG; Raghunath, A.; Cuzick, A.; Hammond-Kosack, KE (2015). "Uso de la base de datos de interacciones patógeno-huésped (PHI-base) para investigar genomas de patógenos vegetales y genes implicados en la virulencia" . Front Plant Sci . 6 : 605. Bibcode : 2015FrPS....6..605U . doi : 10.3389/fpls.2015.00605 . PMC 4526803. PMID 26300902 .  
  10. ↑ Cuzick, Alayne; Seager, James; Wood, Valerie; Urban, Martin; Rutherford, Kim; Hammond-Kosack, Kim E (2023-07-04). " Un marco para la curación comunitaria de la literatura sobre interacciones entre especies" . eLife . 12. doi : 10.7554 /elife.84658 . ISSN 2050-084X . PMC 10319440. PMID 37401199 .   
  11. ↑ Carme, Pascal; Rutherford, Kim M.; Bähler, Jürg; Mata, Juan; Wood, Valerie (2026). " PomBase en 2026: Ampliando el conocimiento, modelando conexiones" . Genetics . doi : 10.1093/genetics/iyag001 . PMC 13050190. PMID 41518600 .  
  12. ↑ Urban, M.; Cuzick, A.; Rutherford, K.; Irvine, AG; Pedro, H.; Pant, R.; Sadanadan, V.; Khamari, L.; Billal, S.; Mohanty, S.; Hammond-Kosack, K. (2017). "PHI-base: una nueva interfaz y adiciones adicionales para la base de datos de interacciones patógeno-huésped multiespecie" . Nucleic Acids Res . 45 (D1): D604– D610. doi : 10.1093/nar/ gkw1089 . PMC 5210566. PMID 27915230 .  
  13. ↑ "La base de datos patógeno-huésped se centra de nuevo en los genes" . 7 de enero de 2025. Consultado el 1 de agosto de 2025 .
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