NetPath

NetPath ^{[ 1 ]} es un recurso curado manualmente de vías de transducción de señales humanas . Es un esfuerzo conjunto entre el Laboratorio Pandey de la Universidad Johns Hopkins y el Instituto de Bioinformática (IOB), Bangalore, India , ^{[ 2 ]} y también cuentan con la colaboración de otras partes.

NetPath alberga 45 vías de señalización, incluidas 10 vías con un papel importante en la regulación del sistema inmunitario y 10 vías relevantes para la regulación del cáncer .

Las 45 vías metabólicas contienen información relativa a las interacciones proteína-proteína , las reacciones enzima-sustrato proteico que dan lugar a modificaciones postraduccionales (MPT) y un catálogo de genes regulados diferencialmente tras la activación de vías receptoras mediadas por ligandos específicos . Las moléculas que se localizan en diferentes orgánulos celulares debido a sus MPT o a interacciones proteína-proteína específicas que se producen aguas abajo de la vía mediada por ligando-receptor están disponibles en la sección de eventos de translocación. Recientemente, NetPath también ha recopilado las moléculas implicadas en la regulación transcripcional de genes en el contexto de las vías de señalización inmunitaria. Las reacciones en NetPath son recopiladas por científicos con doctorado a partir de la evidencia experimental disponible en artículos de investigación publicados. NetPath también incluye una descripción textual de sus reacciones con información sobre las MPT, la dependencia de las MPT de diversas reacciones de señalización, la localización subcelular, los dominios o motivos de interacción proteica y el tipo o línea celular en la que se demuestran las reacciones. La información en NetPath está vinculada a sus artículos de investigación correspondientes y se actualiza con frecuencia. Cada itinerario formativo está sujeto a diferentes niveles de controles de calidad internos y a la revisión por pares por parte de los expertos y autoridades competentes en dicho itinerario.

NetPath se desarrolló utilizando PathBuilder, una aplicación de software de código abierto para la anotación y el desarrollo de recursos de vías metabólicas. ^{[ 3 ]} PathBuilder permite la anotación de eventos moleculares, incluyendo interacciones proteína-proteína, relaciones enzima-sustrato y eventos de translocación de proteínas mediante métodos manuales o automáticos. Las características de PathBuilder incluyen la validación automática de formatos de datos, módulos integrados para la visualización de vías metabólicas, la importación automatizada de datos de otros recursos de vías metabólicas, la exportación de datos en varios formatos estándar de intercambio de datos y una interfaz de programación de aplicaciones para la recuperación de conjuntos de datos de vías metabólicas.

Las 45 rutas metabólicas se pueden descargar gratuitamente en formatos BioPAX , PSI-MI y SBML . BioPAX es un estándar emergente para el intercambio de datos de rutas metabólicas. Estas rutas se ofrecen bajo una licencia Creative Commons 2.5 adaptativa , que estipula que pueden utilizarse siempre que se reconozca debidamente la autoría.

Netpath aloja las siguientes vías de señalización inmunitaria:

• Vía del receptor de células B ^{[ 4 ]}
• Vía del receptor de células T ^{[ 5 ]}
• Vía de la interleucina-1 ^{[ 6 ]}
• Vía de la interleucina-2 ^{[ 7 ]}
• Vía de la interleucina-3 ^{[ 8 ]}
• Vía de la interleucina-4 ^{[ 9 ]}
• Vía de la interleucina-5 ^{[ 10 ]}
• Vía de la interleucina-6 ^{[ 11 ]}
• Vía de la interleucina-7 ^{[ 12 ]}
• Vía de la interleucina-9 ^{[ 13 ]}

Las vías de señalización del cáncer se desarrollaron en colaboración con el Centro de Biología Computacional del Memorial Sloan-Kettering Cancer Center y con el Laboratorio Bader de la Universidad de Toronto para el proyecto "Mapa de Células Cancerígenas". Las siguientes vías de señalización del cáncer están alojadas en Netpath:

• Vía del receptor del factor de crecimiento epidérmico ^{[ 14 ]}
• Vía del receptor del factor de crecimiento transformante beta ^{[ 15 ]}
• Vía del factor de necrosis tumoral alfa ^{[ 16 ]}
• Vía de la integrina alfa6 beta4 ^{[ 17 ]}
• Inhibidor de la vía de unión al ADN ^{[ 18 ]}
• Vía Hedgehog ^{[ 19 ]}
• Vía Notch ^{[ 20 ]}
• Vía Wnt ^{[ 21 ]}
• Vía del receptor de andrógenos ^{[ 22 ]}
• Vía del receptor Kit ^{[ 23 ]}

El programa de participación comunitaria tiene como objetivo capacitar a estudiantes de diversas universidades de la India en la curación de reacciones de vías metabólicas. Se trata de un programa conjunto liderado por el Instituto de Bioinformática (IOB) de Bangalore , India , con la participación activa del laboratorio de Akhilesh Pandey en la Universidad Johns Hopkins (EE. UU.) y el laboratorio de Gary Bader en la Universidad de Toronto , Canadá. Actualmente, participan en esta iniciativa estudiantes de tres importantes universidades indias: la Universidad de Pondicherry , la Universidad de Pune y la Universidad de Mysore .

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