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BioPAX

BioPAX (Biological Pathway Exchange) es un lenguaje estándar basado en RDF / OWL para representar rutas biológicas a nivel molecular y celular. Su principal utilidad radica en f...

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BioPAX (Biological Pathway Exchange) es un lenguaje estándar basado en RDF / OWL para representar rutas biológicas a nivel molecular y celular. Su principal utilidad radica en facilitar el intercambio de datos de rutas. Estos datos reflejan nuestra comprensión de los procesos biológicos, pero su rápido crecimiento exige el desarrollo de bases de datos y herramientas computacionales que faciliten su interpretación. Sin embargo, la fragmentación actual de la información sobre rutas en numerosas bases de datos con formatos incompatibles dificulta su uso efectivo. BioPAX resuelve este problema al simplificar considerablemente la recopilación, indexación, interpretación y compartición de datos de rutas. BioPAX puede representar rutas metabólicas y de señalización, interacciones moleculares y genéticas, y redes de regulación génica. BioPAX se creó mediante un proceso colaborativo. Gracias a BioPAX, millones de interacciones organizadas en miles de rutas en diversos organismos, procedentes de un número creciente de fuentes, están disponibles. De este modo, se dispone de grandes cantidades de datos de rutas en un formato computable para apoyar la visualización, el análisis y el descubrimiento biológico.

Es compatible con diversas bases de datos en línea (por ejemplo, Reactome ) y herramientas. La última versión publicada es BioPAX Nivel 3. También se está trabajando en la creación de una versión de BioPAX como parte de OBO .

Gobernanza y desarrollo

La próxima versión de BioPAX, Nivel 4, está siendo desarrollada por una comunidad de investigadores. El desarrollo está coordinado por el consejo editorial y facilitado por varios grupos de trabajo de BioPAX.

Systems Biology Pathway Exchange (SBPAX) es una extensión para el Nivel 3 y una propuesta para el Nivel 4 para agregar datos cuantitativos y términos de biología de sistemas (como la Ontología de Biología de Sistemas ). La exportación de SBPAX ha sido implementada por las bases de datos de vías Signaling Gateway Molecule Pages , [ 1 ] y la base de datos SABIO-Reaction Kinetics . La importación de SBPAX ha sido implementada por el marco de modelado celular Virtual Cell .

Otras propuestas para el Nivel 4 incluyen una mejor compatibilidad con la Web Semántica , la validación y la visualización.

Bases de datos con exportación BioPAX

Las bases de datos en línea que ofrecen exportación a BioPAX incluyen:

Software

El software compatible con BioPAX incluye:

  • Paxtools , una API de Java para el manejo de archivos BioPAX
  • Systems Biology Linker (Sybil) , una aplicación para visualizar BioPAX y convertir BioPAX a SBML , como parte de la Célula Virtual .
  • ChiBE (Chisio BioPAX Editor), [ 2 ] una aplicación para visualizar y editar BioPAX.
  • Validador BioPAX : reglas sintácticas y semánticas y mejores prácticas ( wiki del proyecto )
  • Cytoscape incluye un lector BioPAX y otras extensiones, como el complemento PathwayCommons y la aplicación CyPath2.
  • BiNoM , un complemento de Cytoscape para el análisis de redes, con funciones para importar y exportar archivos BioPAX de nivel 3.
  • BioPAX-pattern , una API de Java para definir y buscar patrones gráficos en archivos BioPAX.

Véase también

  • SBML
  • Vocabularios abiertos enlazados

Referencias

  1. ↑ Dinasarapu AR; Saunders B; Ozerlat I; Azam K; Subramaniam S (2010). "Señalización de páginas de moléculas de puerta de enlace  : una perspectiva de modelo de datos" . Bioinformatics . 27 ( 12): 1736– 1738. doi : 10.1093/bioinformatics/btr190 . PMC 3106186. PMID 21505029 .  
  2. ↑ Babur, Ozgun, Ugur Dogrusoz, Emek Demir y Chris Sander. "ChiBE: visualización y manipulación interactiva de modelos de vías metabólicas BioPAX." Bioinformatics 26, n.º 3 (2010): 429-431.
  • Página principal de BioPAX
  • Wiki de BioPAX Sourceforge