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Rutas Wiki

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WikiPathways [ 1 ] [ 2 ] es un recurso comunitario para contribuir y mantener contenido dedicado a las rutas biológicas . Cualquier usuario registrado de WikiPathways puede contribuir, y cualquiera puede convertirse en usuario registrado. [ 3 ] Las contribuciones son supervisadas por un grupo de administradores, pero la mayor parte de la revisión por pares , la curación editorial y el mantenimiento son responsabilidad de la comunidad de usuarios. WikiPathways se construyó originalmente utilizando el software MediaWiki , [ 4 ] una herramienta gráfica personalizada para la edición de rutas ( PathVisio [ 5 ] ) y bases de datos BridgeDb integradas [ 6 ] que cubren los principales sistemas de genes , proteínas y metabolitos . WikiPathways fue fundado en 2008 por Thomas Kelder, Alex Pico, Martijn Van Iersel, Kristina Hanspers, Bruce Conklin y Chris Evelo. Los arquitectos actuales son Martina Summer-Kutmon y Egon Willighagen. [ 7 ]

Contenido de la ruta

Cada artículo en WikiPathways está dedicado a una vía metabólica específica. Se cubren muchos tipos de vías moleculares, incluyendo metabólicas , [ 8 ] de señalización , reguladoras , etc., y las especies compatibles [ 9 ] incluyen humanos , ratones , peces cebra , moscas de la fruta , C. elegans , levaduras , arroz y Arabidopsis , [ 10 ] así como bacterias y especies vegetales . Mediante una función de búsqueda, se puede localizar una vía metabólica específica por nombre, por los genes y proteínas que contiene, o por el texto que se muestra en su descripción. La colección de vías metabólicas también se puede explorar con combinaciones de nombres de especies y categorías basadas en ontologías.

Además del diagrama de la ruta metabólica, cada página incluye una descripción, bibliografía, historial de versiones y una lista de genes y proteínas componentes con enlaces a recursos públicos. Para cada nodo de ruta, los usuarios pueden acceder a una lista de otras rutas relacionadas. Los cambios en las rutas se pueden monitorizar consultando revisiones anteriores o viendo las diferencias entre revisiones específicas. Mediante el historial de la ruta, también se puede revertir a una revisión anterior. Las rutas también se pueden etiquetar con términos de ontología de tres ontologías principales de BioPortal (Ruta Metabólica, Enfermedad y Tipo Celular).

El contenido de las rutas en WikiPathways está disponible para su descarga gratuita en varios formatos de datos e imágenes. WikiPathways es completamente de acceso abierto y de código abierto . Todo el contenido está disponible bajo la licencia Creative Commons 0. Todo el código fuente de WikiPathways y del editor PathVisio está disponible bajo la licencia Apache, versión 2.0 .

Acceso e integración

Además de varios formatos de datos primarios (por ejemplo, GPML, BioPAX , Reactome , [ 11 ] KEGG y RDF [ 12 ] ), WikiPathways admite diversas formas de integrar e interactuar con el contenido de las rutas metabólicas. Estas incluyen enlaces externos dirigidos, mapas de imágenes , fuentes RSS y servicios de la web profunda . [ 13 ] Esto permite su reutilización en proyectos como el Mapa de Enfermedades de COVID-19. [ 14 ]

El contenido de WikiPathways se utiliza para anotar y enlazar artículos de Wikipedia que abarcan diversos genes, proteínas, metabolitos y rutas metabólicas. Aquí hay algunos ejemplos:

Véase también

Referencias

Al momento de esta edición , este artículo utiliza contenido de "WikiPathWays:About" , cuya licencia permite su reutilización bajo la Licencia Creative Commons Atribución-CompartirIgual 3.0 No Adaptada , pero no bajo la GFDL . Deben respetarse todos los términos pertinentes.

  1. ↑ Alejandro R Pico; Thomas Kelder; Martijn P van Iersel; Kristina Hanspers; Bruce R. Conklin; Chris Evelo (22 de julio de 2008). "WikiPathways: edición de rutas para la gente" . Más biología . 6 (7): e184. doi : 10.1371/JOURNAL.PBIO.0060184 . ISSN 1544-9173 . PMC 2475545 . PMID 18651794 . Wikidata Q21092742 .    
  2. ↑ Martina Summer-Kutmon; Anders Riutta; Nuño Nunes; et al. (4 de enero de 2016). "WikiPathways: capturando toda la diversidad del conocimiento de las vías" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (D1): D488-94. doi : 10.1093/NAR/GKV1024 . ISSN 0305-1048 . PMC 4702772 . PMID 26481357 . Wikidata Q24082733 .     
  3. ↑ Marvin Martens; Ammar Ammar; Anders Riutta; et al. (8 de enero de 2021). "WikiPathways: conectando comunidades" . Investigación de ácidos nucleicos . 49 (D1): D613– D621. doi : 10.1093/NAR/GKAA1024 . ISSN 0305-1048 . PMC 7779061 . PMID 33211851 . Wikidata Q102205677 .     
  4. ^ Agrawal, Ayushi; Balcı, Hasan; Hanspers, Cristina; Coort, Susan L; Martens, Marvin; Más delgado, Denise N; Ehrhart, Friederike; Digles, Daniela; Waagmeester, Andra; Wassink, Isabel; Abbassi-Daloii, Tooba; Lopes, Elisson N; Iyer, Aishwarya; Acosta, Javier Millán; Willighagen, Lars G; Nishida, Kozo; Riutta, Anders; Basárico, Helena; Evelo, Chris T; Willighagen, Egon L; Kutmon, Martina; Pico, Alexander R (6 de noviembre de 2023). "WikiPathways 2024: base de datos de rutas de próxima generación" . Investigación de ácidos nucleicos . 52 (D1): D679– D689. doi : 10.1093/nar/gkad960 . PMC 10767877 . PMID 37941138 .  
  5. ↑ Martijn P van Iersel; Thomas Kelder; Alexander R Pico; Kristina Hanspers; Susan Coort; Bruce R Conklin; Chris Evelo (2008). " Presentación y exploración de vías biológicas con PathVisio" . BMC Bioinformatics . 9 (1): 399. doi : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . PMC 2569944. PMID 18817533. Wikidata Q21284199 .    
  6. ↑ Martijn P. van Iersel; Alejandro R. Pico; Thomas Kelder; Jianjiong Gao; Isaac Ho; Kristina Hanspers; Bruce R. Conklin; Chris T. Evelo (4 de enero de 2010). "El marco BridgeDb: acceso estandarizado a servicios de mapeo de identificadores de genes, proteínas y metabolitos" . Bioinformática BMC . 11 (1): 5. doi : 10.1186/1471-2105-11-5 . ISSN 1471-2105 . PMC 2824678 . PMID 20047655 . Wikidata Q28842753 .    
  7. ↑ "Acerca de | WikiPathways" . www.wikipathways.org . Consultado el 22 de febrero de 2026 .
  8. ^ Más delgado, Denise N.; Kutmon, Martina; Hanspers, Cristina; Riutta, Anders; Windsor, Jacob; Nunes, Nuño; Mélius, Jonathan; Cirillo, Elisa; Coort, Susan L.; Digles, Daniela; Ehrhart, Friederike; Giesbertz, Pieter; Kalafati, Marianthi; Martens, Marvin; Molinero, Ryan; Nishida, Kozo; Rieswijk, Linda; Waagmeester, Andra; Eijssen, Lars MT; Evelo, Chris T.; Pico, Alejandro R.; Willighagen, Egon L. (10 de noviembre de 2017). "WikiPathways: una base de datos de vías multifacética que une la metabolómica con otras investigaciones ómicas" . Investigación de ácidos nucleicos . 46 (D1): D661– D667. doi : 10.1093/NAR/ GKX1064 . PMC 5753270. PMID 29136241 .  
  9. ↑ "Explorar rutas - WikiPathways" .
  10. ↑ Hanumappa, Mamatha; Preece, Justin; Elser, Justin; Nemeth, Denise; Bono, Gina; Wu, Kenny; Jaiswal, Pankaj (2013). "WikiPathways para plantas: un portal de curación de rutas comunitarias y un estudio de caso en redes de desarrollo de semillas de arroz y arabidopsis" . Rice . 6 ( 1): 14. Bibcode : 2013Rice....6...14H . doi : 10.1186/1939-8433-6-14 . PMC 4883732. PMID 24280312 .  
  11. ↑ Bohler, Anwesha; Wu, Guanming; Kutmon, Martina; Pradhana, Leontius Adhika; Coort, Susan L.; Hanspers, Kristina; Haw, Robin; Pico, Alexander R.; Evelo, Chris T. (20 de mayo de 2016). "Reactome desde una perspectiva de WikiPathways" . PLOS Computational Biology . 12 (5) e1004941. Bibcode : 2016PLSCB..12E4941B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004941 . PMC 4874630. PMID 27203685 .  
  12. ↑ Waagmeester, Andra; Kutmon, Martina; Riutta, Anders; Miller, Ryan; Willighagen, Egon L.; Evelo, Chris T.; Pico, Alexander R. (23 de junio de 2016). "Uso de la Web Semántica para la Integración Rápida de WikiPathways con Otros Recursos de Datos Biológicos en Línea" . PLOS Computational Biology . 12 (6) e1004989. Bibcode : 2016PLSCB..12E4989W . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004989 . PMC 4918977. PMID 27336457 .  
  13. ↑ Kelder, T.; Pico, AR; Hanspers, K.; Van Iersel, MP; Evelo, C.; Conklin, BR; Hide, W. (2009). Hide, Winston (ed.). "Exploración de vías biológicas mediante servicios web WikiPathways" . PLOS ONE . 4 (7) e6447. Bibcode : 2009PLoSO...4.6447K . doi : 10.1371 / journal.pone.0006447 . PMC 2714472. PMID 19649250 .  
  14. ↑ Ostaszewski, M.; et al. (1 de octubre de 2021). "Mapa de la enfermedad COVID19, un repositorio de conocimiento computacional de mecanismos de interacción virus-huésped" . Biología de sistemas moleculares . 17 (10) e10387. doi : 10.15252/msb.202110387 . PMC 8524328. PMID 34664389 .   
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