Hispanopedia WikiCytoscape es una plataforma de software bioinformático de código abierto para visualizar redes de interacción molecular e integrarse con perfiles de expresión génica y otros datos de estado. Hay funciones adicionales disponibles como complementos . Los complementos están disponibles para análisis de redes y perfiles moleculares, nuevos diseños, compatibilidad con formatos de archivo adicionales y conexión con bases de datos y búsqueda en redes grandes. Cualquier persona puede desarrollar complementos utilizando la arquitectura de software Java abierta de Cytoscape y se fomenta el desarrollo de la comunidad de complementos. [ 2 ] [ 3 ] Cytoscape también tiene un proyecto hermano centrado en JavaScript llamado Cytoscape.js que se puede utilizar para analizar y visualizar gráficos en entornos JavaScript, como un navegador.
Historia
Cytoscape fue creado originalmente en el Instituto de Biología de Sistemas de Seattle en 2002. Actualmente, es desarrollado por un consorcio internacional de desarrolladores de código abierto. Cytoscape se lanzó inicialmente al público en julio de 2002 (v0.8); la segunda versión (v0.9) se publicó en noviembre de 2002, y la versión 1.0 se lanzó en marzo de 2003. La versión 1.1.1 es la última versión estable de la serie 1.0. La versión 2.0 se lanzó inicialmente en 2004; Cytoscape 2.83, la última versión 2.xx, se lanzó en mayo de 2012. La versión 3.0 se lanzó el 1 de febrero de 2013, y la última versión, la 3.4.0, se lanzó en mayo de 2016.
Desarrollo
El equipo principal de desarrolladores de Cytoscape continúa trabajando en este proyecto y lanzó Cytoscape 3.0 en 2013. Esto representó un cambio importante en la arquitectura de Cytoscape; es una versión del software más modular, expandible y mantenible. [ 4 ]
Uso
Si bien Cytoscape se utiliza principalmente en aplicaciones de investigación biológica, su uso es versátil. Cytoscape puede visualizar y analizar grafos de red de cualquier tipo que incluyan nodos y aristas (por ejemplo, redes sociales). Un aspecto fundamental de la arquitectura de software de Cytoscape es el uso de complementos para funciones especializadas. Estos complementos son desarrollados por los desarrolladores principales y la comunidad de usuarios.
Véase también
Referencias
- ↑ "¡Se ha lanzado Cytoscape 3.10.3!" . groups.google.com . Consultado el 3 de enero de 2025 .
- ↑ Shannon P, Markiel A, Ozier O, et al. (2003). "Cytoscape: un entorno de software para modelos integrados de redes de interacción biomolecular" . Genome Res . 13 (11): 2498– 504. doi : 10.1101/gr.1239303 . PMC 403769. PMID 14597658 .
- ↑ Bell GW, Lewitter F (2006). "Visualizing Networks". DNA Microarrays, Part B: Databases and Statistics . Meth. Enzymol. Vol. 411. pp. 408– 21. doi : 10.1016/S0076-6879(06)11022-8 . ISBN 978-0-12-182816-5. PMID 16939803 .
- ↑ Hoja de ruta del producto Cytoscape
Enlaces externos
- Sitio web oficial
- https://cytoscape.org/screenshots.html
- Wiki de Cytoscape
- Página web de Cytoscape omictools
- Software de bioinformática
- Biología de sistemas
- Biología matemática y teórica
- Software para dibujar gráficos
- Software libre multiplataforma
- Software libre programado en Java.
- Software que utiliza la Licencia Pública General Reducida de GNU.
- Software de 2002
