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PathVisio

PathVisio es un software gratuito de código abierto para el análisis y la representación gráfica de rutas metabólicas. Permite dibujar, editar y analizar rutas biológicas . Es p...

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PathVisio es un software gratuito de código abierto para el análisis y la representación gráfica de rutas metabólicas. Permite dibujar, editar y analizar rutas biológicas . Es posible visualizar los datos experimentales sobre las rutas para encontrar rutas relevantes que estén sobrerrepresentadas en el conjunto de datos. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]

PathVisio proporciona un conjunto básico de funciones para el dibujo, análisis y visualización de rutas. [ 4 ] [ 5 ] Hay funciones adicionales disponibles como complementos.

Historia

PathVisio fue creado principalmente en la Universidad de Maastricht y los Institutos Gladstone . [ 6 ] El software está desarrollado en Java y también se utiliza como parte del marco WikiPathways como un applet. [ 7 ] A partir de la versión 3.0 (lanzada en 2012) los complementos son compatibles con OSGi y se desarrolló un directorio de complementos Archivado el 11-03-2015 en Wayback Machine , que los describe. En 2015 se lanzó la versión 3.2. Esta fue la primera versión firmada con un certificado emitido por una autoridad de certificación. Muchos de los problemas de ejecución introducidos por Java 1.7 y 1.8 con las nuevas reglas de seguridad fueron resueltos. Desde 2013 se está desarrollando una versión de JavaScript (PVJS) para reemplazar el applet. Desde 2015 también permite pequeñas ediciones y en el futuro será un editor completo.

Características

Referencias

  1. ↑ "¿Qué es PathVisio?" . Archivado del original el 23 de septiembre de 2013. Recuperado el 19 de septiembre de 2013 .
  2. ↑ van Iersel, Martijn P; Kelder, Thomas; Pico, Alexander R; Hanspers, Kristina; Coort, Susan; Conklin, Bruce R; Evelo, Chris (2008). "Presentación y exploración de vías biológicas con PathVisio" . BMC Bioinformatics . 9 (1): 399. doi : 10.1186/1471-2105-9-399 . ISSN 1471-2105 . PMC 2569944. PMID 18817533 .   
  3. ^ Kutmon, Martina; van Iersel, Martijn P.; Böhler, Anwesha; Kelder, Thomas; Nunes, Nuño; Pico, Alejandro R.; Evelo, Chris T.; Murphy, Robert F. (23 de febrero de 2015). "PathVisio 3: una caja de herramientas de análisis de rutas extensible" . PLOS Biología Computacional . 11 (2) e1004085. Código Bib : 2015PLSCB..11E4085K . doi : 10.1371/journal.pcbi.1004085 . PMC 4338111 . PMID 25706687 .  
  4. ↑ Jaiswal, Pankaj; Usadel, Björn (2016). «Capítulo 4: Bases de datos de rutas metabólicas de plantas». Bioinformática vegetal . Springer. págs. 71–87 . ISBN  978-1-4939-3166-8.
  5. ↑ Habermann, Bianca; Villaveces, Jose; Koti, Prasanna (junio de 2015). "Herramientas para la visualización y el análisis de redes moleculares, vías y datos ómicos" . Advances and Applications in Bioinformatics and Chemistry . 8 : 11–22 . doi : 10.2147/AABC.S63534 . PMC 4461095. PMID 26082651 .  
  6. ↑ "Acerca de/Equipo de desarrollo principal" . Archivado del original el 23 de febrero de 2014. Consultado el 10 de febrero de 2014 .
  7. ^ Pico, AR; Kelder T; diputado van Iersel; Hanspers K; Conklin BR; et al. (22 de julio de 2008). "WikiPathways: edición de rutas para la gente" . Más biología . 6 (7) e184. doi : 10.1371/journal.pbio.0060184 . PMC 2475545 . PMID 18651794 .   
  8. ↑ "Tutorial 1: Dibujar y anotar rutas en PathVisio" . Archivado del original el 25/11/2015 . Consultado el 24/11/2015 .
  9. ↑ "Tutorial 2: Análisis de datos experimentales en PathVisio (importación de datos, visualización y estadísticas)" . Archivado del original el 25/11/2015 . Consultado el 24/11/2015 .
  10. ↑ Kutmon, Martina; Lotia, Samad; Evelo, Chris T; Pico, Alexander R (2014). "Aplicación WikiPathways para Cytoscape: Facilitando el análisis y la visualización de redes de vías biológicas" . F1000Research . 3 : 152. doi : 10.12688/f1000research.4254.1 . ISSN 2046-1402 . PMC 4168754. PMID 25254103 .   
  11. ^ Böhler, Anwesha; Eijssen, Lars MT; van Iersel, Martijn P; Leemans, Cristo; Willighagen, Egon L; Kutmon, Martina; Jaillard, Magali; Evelo, Chris T (2015). "Visualice y analice automáticamente datos sobre rutas utilizando PathVisioRPC desde cualquier entorno de programación" . Bioinformática BMC . 16 (1): 267. doi : 10.1186/s12859-015-0708-8 . PMC 4546821 . PMID 26298294 .  
  • Sitio web oficial
  • PathVisio en Twitter
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