Base de datos de toxicogenómica comparativa

La Base de Datos de Toxicogenómica Comparativa ( CTD ) es un sitio web público y una herramienta de investigación lanzada en noviembre de 2004 que recopila datos científicos que describen las relaciones entre sustancias químicas/fármacos, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías metabólicas y módulos de interacción. La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte .

Fondo

La Base de Datos de Toxicogenómica Comparativa (CTD) es un sitio web público y una herramienta de investigación que recopila datos científicos que describen relaciones entre sustancias químicas, genes/proteínas, enfermedades, taxones, fenotipos, anotaciones GO, vías metabólicas y módulos de interacción, lanzada el 12 de noviembre de 2004. ^{[ 1 ]}^{[ 2 ]}^{[ 3 ]}^{[ 4 ]} La base de datos es mantenida por el Departamento de Ciencias Biológicas de la Universidad Estatal de Carolina del Norte.

Metas y objetivos

Uno de los objetivos principales del CTD es profundizar en la comprensión de los efectos de los productos químicos ambientales en la salud humana a nivel genético, un campo denominado toxicogenómica .

La etiología de muchas enfermedades crónicas implica interacciones entre factores ambientales y genes que modulan procesos fisiológicos importantes. Las sustancias químicas son un componente importante del medio ambiente. Se sabe que afecciones como el asma , el cáncer, la diabetes , la hipertensión , la inmunodeficiencia y la enfermedad de Parkinson están influenciadas por el medio ambiente; sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a estas correlaciones no se comprenden del todo. La CTD podría ayudar a dilucidar estos mecanismos. La lista más actualizada y extensa de artículos científicos revisados por pares sobre la CTD está disponible en su página de publicaciones ^{[ 5 ].}

Datos básicos

CTD es un recurso único donde los bioconservadores ^{[ 6 ]}^{[ 7 ]} leen la literatura científica y seleccionan manualmente cuatro tipos de datos básicos:

Interacciones químico-genéticas
Asociaciones entre sustancias químicas y enfermedades
Asociaciones entre genes y enfermedades
Asociaciones entre fenotipos químicos

Integración de datos

Al integrar los cuatro conjuntos de datos mencionados anteriormente, CTD construye automáticamente redes putativas de interacción químico-gen-fenotipo-enfermedad para dilucidar los mecanismos moleculares subyacentes a las enfermedades influenciadas por el medio ambiente.

Estas relaciones inferidas se puntúan y clasifican estadísticamente, y pueden ser utilizadas por científicos y biólogos computacionales para generar y verificar hipótesis comprobables sobre los mecanismos toxicogenómicos y su relación con la salud humana.

Los usuarios pueden buscar en CTD para explorar datos científicos sobre sustancias químicas, genes, enfermedades o interacciones entre cualquiera de estos tres conceptos. Actualmente, CTD integra datos toxicogenómicos de vertebrados e invertebrados.

CTD integra datos de estas bases de datos o enlaces a ellas:

ChemIDplus, un diccionario de más de 400.000 sustancias químicas alojado en la Biblioteca Nacional de Medicina de los Estados Unidos ^{[ 8 ].}
Banco de Medicamentos
Almacén de datos del proyecto Data Infrastructure for Chemical Safety (diXa) del Instituto Europeo de Bioinformática ^{[ 9 ]}^{[ 10 ]} que, a noviembre de 2015, contenía 469 compuestos y 188 conjuntos de datos de enfermedades en tres subcategorías: enfermedades hepáticas, renales y cardiovasculares. ^{[ 11 ]}
Consorcio de Ontología Genética
KEGG
NCBI Entrez-Gene
NCBI PubMed
Taxonomía NCBI ^{[ 12 ]}
Encabezamientos de materias médicas de la NLM
OMIM
Reactome

Referencias

↑ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (septiembre de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD): un recurso para estudios toxicológicos comparativos" . Journal of Experimental Zoology Part A: Comparative Experimental Biology . 305 (9): 689– 92. Bibcode : 2006JEZA..305..689M . doi : 10.1002/jez.a.307 . PMC 1586110. PMID 16902965 .
↑ Mattingly CJ, Rosenstein MC, Davis AP, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (agosto de 2006). "La base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD): un recurso entre especies para construir redes de interacción químico-genética" . Toxicol . Sci . 92 (2): 587– 95. doi : 10.1093/toxsci/kfl008 . PMC 1586111. PMID 16675512 .
↑ Mattingly CJ, Colby GT, Rosenstein MC, Forrest JN, Boyer JL (2004). "Promoción de estudios moleculares comparativos en la investigación de la salud ambiental: una visión general de la base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD)" . Pharmacogenomics J. 4 ( 1): 5–8 . doi : 10.1038/sj.tpj.6500225 . PMID 14735110 .
↑ Mattingly CJ, Colby GT, Forrest JN, Boyer JL (mayo de 2003). "La base de datos de toxicogenómica comparativa (CTD)" . Environ. Health Perspect . 111 (6): 793–5 . Bibcode : 2003EnvHP.111..793M . doi : 10.1289/ehp.6028 . PMC 1241500. PMID 12760826. Archivado del original el 6 de junio de 2010.
↑ Página de publicaciones de CTD ctdbase.org
↑ Bourne PE, McEntyre J (octubre de 2006). "Biocuradores: Contribuyentes al mundo de la ciencia" . PLOS Comput. Biol . 2 (10): e142. Bibcode : 2006PLSCB...2..142B . doi : 10.1371/ journal.pcbi.0020142 . PMC 1626157. PMID 17411327 .
↑ Salimi N, Vita R (octubre de 2006). "El bioconservador: conectando y mejorando los datos científicos" . PLOS Comput. Biol . 2 ( 10): e125. Bibcode : 2006PLSCB...2..125S . doi : 10.1371/journal.pcbi.0020125 . PMC 1626147. PMID 17069454 .
↑ ChemIDplus Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU., s.f., consultado el 7 de noviembre de 2015
↑ Almacén de datos de diXa , consultado el 7 de noviembre de 2015.
^ Hendrickx, DM; Aerts, HJWL; Caimento, F.; Clark, D.; Ebbels, TMD; Evelo, CT; Gmünder, H.; Hebels, DGAJ; Herwig, R.; Hescheler, J.; Jennen, DGJ; Jetten, MJA; Kanterakis, S.; Keun, HC; Matser, V.; Overington, JP; Pilicheva, E.; Sarkans, U.; Segura-Lepe, diputado; Sotiriadou, I.; Wittenberger, T.; Wittwehr, C.; Zanzi, A.; Kleinjans, JCS (12 de diciembre de 2014). "diXa: una infraestructura de datos para la evaluación de la seguridad química" . Bioinformática . 31 (9): 1505–1507 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu827 . PMC 4410652 . PMID 25505093 .
↑ Entrenamiento en línea, Datos de enfermedades Laboratorio Europeo de Biología Molecular, s.f., consultado el 7 de noviembre de 2015
↑ Taxonomía del NCBI

Enlaces externos