La base de datos de clasificación de transportadores (o TCDB ) es un sistema de clasificación aprobado por la Unión Internacional de Bioquímica y Biología Molecular (IUBMB) para proteínas de transporte de membrana , incluidos los canales iónicos . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]
Clasificación
El nivel superior de clasificación y algunos ejemplos de proteínas con estructura 3D conocida:
1. Canales y poros
1. Canales de tipo α
- 1.A.1 Superfamilia de canales iónicos dependientes de voltaje
- 1.A.2 Familia de canales K + rectificadores de entrada
- 1.A.3 Familia de canales de Ca 2+ del receptor de rianodina-inositol-1,4,5-trifosfato
- 1.A.4 Familia de canales de Ca 2+ de potencial de receptor transitorio
- 1.A.5 Familia de canales catiónicos de policistina
- 1.A.6 Familia de canales epiteliales de Na +
- 1.A.7 Familia de canales catiónicos del receptor P2X activados por ATP
- 1.A.8 Superfamilia principal de proteínas intrínsecas
- 1.A.9 Receptor de neurotransmisor, bucle de cisteína, familia de canales iónicos regulados por ligando
- 1.A.10 Familia de receptores de neurotransmisores : canales iónicos activados por glutamato
- 1.A.11 Familia de transportadores de canal de amonio
- 1.A.12 Familia de canales de cloruro intracelulares
- 1.A.13 Familia de canales de cloruro epiteliales
- 1.A.14 Familia de transferencia génica mejorada en los testículos
- 1.A.15 Familia de canales catiónicos no selectivos-2
- 1.A.16 Familia de transportadores de formato-nitrito
- 1.A.17 Familia de canales de cloruro dependientes de calcio
- 1.A.18 Familia Tic110 formadora de canales aniónicos en la envoltura del cloroplasto
- 1.A.19 Familia de canales de la matriz del virus de la influenza tipo A-2
- 1.A.20 Familia de proteínas 3 que interactúan con BCL2/Adenovirus E1B
- 1.A.21 Familia Bcl-2
- 1.A.22 Canal iónico mecanosensible de alta conductancia
- 1.A.23 Canal iónico mecanosensible de baja conductancia
- 1.A.24 Familia de conexinas formadoras de uniones comunicantes
- 1.A.25 Familia de innexinas formadoras de uniones comunicantes
- 1.A.26 Familia de transportadores de Mg 2+ -E
- 1.A.27 Familia de fosfolemanes
- 1.A.28 Familia de transportadores de urea
- 1.A.29 Familia de canales de urea/amida
- 1.A.30 Superfamilia de motores flagelares bacterianos translocadores de H + o Na + MotAB/energizadores de transporte de membrana externa ExbBD
- 1.A.31 Familia de la anexina
- 1.A.32 Familia de canales NB del virus de la influenza tipo B
- 1.A.33 Familia de proteínas de choque térmico formadoras de canales catiónicos 70
- 1.A.34 Familia de complejos formadores de canales similares a uniones comunicantes de Bacillus
- 1.A.35 Familia de transportadores de iones metálicos CorA
- 1.A.36 Familia de canales de cloruro intracelulares
- 1.A.37 Familia de canales de Ca 2+ CD20
- 1.A.38 Familia de reguladores de pH del aparato de Golgi
- 1.A.39 Familia de canales CM2 del virus de la influenza tipo C
- 1.A.40 Familia de canales Vpu del virus de la inmunodeficiencia humana tipo I
- 1.A.41 Familia de la virporina p10 del reovirus aviar
- 1.A.42 Familia de proteínas virales R del VIH
- 1.A.43 Familia de resistencia al alcanfor o exportadores de fluoruro
- 1.A.44 Cola formadora de poros. Proteína Tip pb2 de la familia del fago T5.
- 1.A.45 Familia de inyectosomas del fago P22
- 1.A.46 Familia de bestrofinas formadoras de canales aniónicos
- 1.A.47 Canal selectivo de aniones sensible a nucleótidos, familia ICln
- 1.A.48 Canal de aniones Familia de Piolín
- 1.A.49 Familia de viroporinas ns12.9 del coronavirus humano
- 1.A.50 Familia de fosfolambanos (reguladores de los canales de Ca2 + y de la ATPasa de Ca2 + )
- 1.A.51 La familia de canales de protones dependientes de voltaje (VPC)
- 1.A.52 La familia de canales de Ca2 + activados por liberación de Ca2 + (CRAC-C)
- 1.A.53 La familia del canal catiónico selectivo de viroporina P7 del virus de la hepatitis C (HCV-P7)
- 1.A.54 La familia de canales de fuga de Ca2 + del RE de presenilina (presenilina)
- 1.A.55 El canal de Ca2 + asociado a vesículas sinápticas , familia Flower (Flower).
- 1.A.56 La familia de transportadores de cobre (Ctr).
- 1.A.57 La viroporina del coronavirus del SARS humano (SARS-VP)
- 1.A.58 La familia de la proteína de matriz 2 (BM2-C) del virus de la influenza tipo B
- 1.A.59 La familia del péptido formador de poros del virus de la enfermedad de la bolsa de Fabricio, Pep46 (Pep46).
- 1.A.60 La familia del péptido preformador del reovirus de mamíferos, Mu-1 (Mu-1)
- 1.A.61 La familia de la cadena formadora de canales F (péptido gamma) del nodavirus de insectos
- 1.A.62 La familia de canales catiónicos homotriméricos (TRIC)
- 1.A.63 La porina α-helicoidal de la membrana externa de Ignicoccus (familia I-OMP)
- 1.A.64 La familia de la plasmolipina (plasmolipina)
- 1.A.65 La familia de proteínas viroporina E (viroporina E) del coronavirus
- 1.A.66 La familia de la pardaxina (Pardaxin)
- 1.A.67 La familia de transportadores de Mg²⁺ de membrana ( MMgT)
- 1.A.68 La familia de viroporinas pequeñas hidrofóbicas virales (V-SH)
- 1.A.69 La familia de canales receptores de olores heteroméricos (HORC)
- 1.A.70 La familia de moléculas contra los microbios A (MamA)
- 1.A.71 La familia de canales de proteínas solubles en ácido del cerebro (canales BASP1)
- 1.A.72 La superfamilia de sirenas
- 1.A.73 La familia de proteínas de lisis de la colicína (CLP)
- 1.A.74 La familia Mitsugumin 23 (MG23)
- 1.A.75 El nociceptor mecánico, familia piezo (piezo)
- 1.A.76 La familia del transportador de magnesio 1 (MagT1)
- 1.A.77 La familia de uniportadores Mg²⁺ / Ca²⁺ ( MCU)
- 1.A.78 La familia de canales selectivos de K + en endosomas y lisosomas (KEL)
- 1.A.79 La familia de proteínas de captación de colesterol (ChUP) o de ARN de doble cadena.
- 1.A.80 La familia de la viroporina NS4a (NS4a)
- 1.A.81 La familia de canales de Ca 2+ de baja afinidad (LACC)
- 1.A.82 La familia de canales de mecanotransducción de las células ciliadas (HCMC)
- 1.A.83 La familia de la viroporina VP2 del virus SV40 (SV40 VP2)
- 1.A.84 La familia de canales de Ca 2+ moduladores de la homeostasis del calcio (CALHM-C)
- 1.A.85 La familia de la viroporina 2B del poliovirus (viroporina 2B)
- 1.A.86 La familia de la viroporina L2 del virus del papiloma humano tipo 16 (VPH16) (viroporina L2)
- 1.A.87 La familia de canales de calcio mecanosensibles (MCA)
- 1.A.88 La familia de canales de potasio fúngicos (F-Kch)
- 1.A.89 La familia de la viroporina 229E del coronavirus humano (viroporina 229E)
- 1.A.90 La familia de viroporinas del metapneumovirus humano (HMPV-Viroporina)
- 1.A.91 La proteína asexual 3.2 ligada a la citoadherencia de la familia Clag3 de Plasmodium falciparum
- 1.A.92 La familia de la viroporina VP10 (RVP10) del reovirus
- 1.A.93 La familia de la viroporina (NS3) de la proteína no estructural 3 del virus de la lengua azul
- 1.A.94 La familia de la viroporina de la glicoproteína no estructural 4 (NSP4) del rotavirus
- 1.A.95 La familia de viroporinas de efemerovirus (EVVP)
- 1.A.96 La familia de la viroporina del virus del polioma humano (PVVP)
- 1.A.97 La familia de la viroporina E5 del virus del papiloma humano tipo 16 (HPV-E5)
- 1.A.98 Familia de la proteína P13 del virus linfotrópico T humano 1 (HTLV1-P13)
- 1.A.99 La familia de la proteína de membrana pequeña E de la envoltura del virus de la bronquitis infecciosa (IBV-E)
- 1.A.100 La familia de la presunta viroporina U5 (RV-U5) de los Rhabdoviridae
- 1.A.101 La familia de proteínas Pex11 (Pex11) formadoras de poros peroxisomales
- 1.A.102 Familia de viroporinas PB1-F2 (PB1-F2) del virus de la influenza A
- 1.A.103 La familia del virus simio 5 (virus de la parainfluenza 5) SH (SV5-SH)
- 1.A.104 El canal de Na + de biosíntesis flagelar propuesto , familia FlaH (FlaH)
- 1.A.105 La familia de dominios similares a la quinasa de linaje mixto (MLKL)
- 1.A.106 La familia de canales de calcio activados por carga de calcio (CLAC)
- 1.A.107 La familia de la globina formadora de poros (globina)
1.B. Porinas de barril β y otras proteínas de la membrana externa
- 1.B.1 Familia general de porinas bacterianas
- 1.B.2 Familia de porinas de Chlamydia (CP)
- 1.B.3 Familia de las porinas de azúcar (SP)
- 1.B.4 Familia de porinas de Brucella-Rhizobium (BRP)
- 1.B.5 Familia de porinas OprP (POP) de Pseudomonas
- 1.B.6 Familia de porinas OmpA-OmpF (OOP)
- 1.B.7 Familia de porinas (RPP) de Rhodobacter PorCa
- 1.B.8 Familia de porinas mitocondriales y plastídicas (MPP)
- 1.B.9 Familia de proteínas de membrana externa FadL (FadL)
- 1.B.10 Familia de porinas de membrana externa formadoras de canales específicos de nucleósidos (Tsx)
- 1.B.11 Familia de porinas de la membrana externa fimbrial (FUP)
- 1.B.12 Familia de autotransportadores-1 (AT-1)
- 1.B.13 Familia de porinas de exportación de alginato (AEP)
- 1.B.14 Familia de receptores de membrana externa (OMR)
- 1.B.15 Familia de la porina de rafinosa (RafY)
- 1.B.16 Familia de porinas de amida y urea de cadena corta (SAP)
- 1.B.17 Familia del factor de membrana externa (OMF)
- 1.B.18 Familia de proteínas auxiliares de la membrana externa (OMA)
- 1.B.19 Familia de porinas OprB selectivas para glucosa (OprB)
- 1.B.20 Familia de secreción de dos socios (TPS)
- 1.B.21 Familia de la porina OmpG (OmpG)
- 1.B.22 Familia de secretinas (secretinas) de la membrana bacteriana externa
- 1.B.23 Familia de porinas cianobacterianas (CBP)
- 1.B.24 Porina micobacteriana
- 1.B.25 Familia de porinas de membrana externa (Opr)
- 1.B.26 Familia de porinas de ciclodextrina (CDP)
- 1.B.31 Familia de porinas de la membrana externa principal (MomP) de Campylobacter jejuni
- 1.B.32 Familia de porinas de membrana externa de Fusobacteria (FomP)
- 1.B.33 Familia de porinas de inserción de proteínas de membrana externa (complejo Bam) (OmpIP)
- 1.B.34 Porinas de Corynebacterium
- 1.B.35 Familia de porinas específicas de oligogalacturonato (KdgM)
- 1.B.39 Porina bacteriana, familia OmpW (OmpW)
- 1.B.42 Familia de porinas de exportación de lipopolisacáridos de la membrana externa (LPS-EP)
- 1.B.43 Familia de porinas P1 de Coxiella (CPP1)
- 1.B.44 Probable familia de porinas (PorT) de Porphyromonas gingivalis que translocan proteínas
- 1.B.49 Familia de porinas Anaplasma P44 (A-P44)
- 1.B.48 Transportadores tipo Curli
- 1.B.54 Familia Intimin /Invasin (Int/Inv) o Autotransportador-3
- 1.B.55 Familia de la porina de poliacetil-D-glucosamina (PgaA)
- 1.B.57 Familia de proteínas de la membrana externa principal de Legionella (LM-OMP)
- 1.B.60 Familia de porinos Omp50 (Omp50 Porin)
- 1.B.61 Familia de porinas proteobacterianas delta (Delta-porinas)
- 1.B.62 Familia de porinas bacterianas putativas (PBP)
- 1.B.66 Familia putativa de porina de barril beta-2 (BBP2)
- 1.B.67 Familia putativa de porina de barril beta-4 (BBP4)
- 1.B.68 Superfamilia putativa de porina de barril beta-5 (BBP5)
- 1.B.70 Familia de canales de membrana externa (OMC)
- 1.B.71 Familia de porinas proteobacterianas/verrucomicrobianas (PVP)
- 1.B.72 Familia de porinas de la membrana externa de Protochlamydia (PomS/T)
- 1.B.73 Familia de biogénesis/ensamblaje de cápsulas (CBA)
- 1.B.78 Familia de porinas asociadas al transporte de electrones (ETPorin) DUF3374
1.C Toxinas formadoras de poros (proteínas y péptidos)
- 1.C.3 Familia α- hemolisina (αHL)
- 1.C.4 Familia de la aerolisina
- 1.C.5 Familia de toxinas ε
- 1.C.11 Superfamilia de toxinas RTX
- 1.C.12 Complejo de ataque de membrana/superfamilia de perforina
- 1.C.13 Familia de la leucocidina
- 1.C.14 Familia de la citohemolisina (CHL)
- 1.C.39 Familia de citolisinas dependientes de colesterol activadas por tioles
- 1.C.43 Familia de la lisenina
- 1.C.56 Familia de canales catiónicos HrpZ de Pseudomonas syringae
- 1.C.57 Familia de citotoxinas clostridiales
- 1.C.58 La familia de la microcina E492/C24 (microcina E492)
- 1.C.74 Familia de citotoxinas de serpiente (SCT)
- 1.C.97 Familia de proteínas formadoras de poros de pleurotolisina
1.D Canales sintetizados no ribosomalmente
- 1.D.1 La familia de canales de gramicidina A
- 1.D.2 La familia de la siringomicina formadora de canales
- 1.D.3 La familia de siringopeptinas formadoras de canales
- 1.D.4 La familia formadora de canales de Tolaasin
- 1.D.5 La familia de antibióticos formadores de canales de alameticina o peptaibol
- 1.D.6 La familia de canales de Ca 2+ de poli 3-hidroxibutirato complejos (cPHB-CC)
- 1.D.7 La familia de la beticolina
- 1.D.8 La familia de las saponinas
- 1.D.9 La familia de canales iónicos de poliglutamina (PG-IC)
- 1.D.10 La familia de canales formadores de ceramida
- 1.D.11 La familia de la surfactina
- 1.D.12 La familia de la beauvericina (Beauvericina)
- 1.D.13 Antibióticos peptídicos anfipáticos de administración de ADN (DAPA)
- 1.D.14 La familia de péptidos formadores de canales anfipáticos sintéticos de leucina/serina (l/S-SCP)
- 1.D.15 La familia de la daptomicina (daptomicina)
- 1.D.16 La familia de heptapéptidos sintéticos anfipáticos formadores de poros (SAPH).
- 1.D.17 Familia de péptidos con estructura de lámina β, formadores de poros y diseñados combinatoriamente.
- 1.D.18 La familia de conjugados de guanosina-ácido biliar formadores de poros
- 1.D.19 Fármaco formador de canales de Ca2 + , familia de la digitoxina
- 1.D.20 La familia de agentes antibióticos/fúngicos macrólidos poliénicos formadores de poros (PMAA)
- 1.D.21 La familia de nanoporos lipídicos (LipNP)
- 1.D.22 El pigmento carotenoide translocador de protones, familia de la zeaxantina
- 1.D.23 Familia de antimicrobianos formadores de poros de feniletinileno (PEPA)
- 1.D.24 La familia de politioamida B (pTB) de las esponjas marinas
- 1.D.25 La familia de los foldámeros de arilamina (AAF)
- 1.D.26 La familia del alcohol dihidrodehidrodiconiferílico 9'-O-β-D-glucósido (DDDC9G)
- 1.D.27 La familia de los isósteros de la tiourea
- 1.D.28 La familia del lipopeptaibol
- 1.D.29 La familia de los oligocolatos macrocíclicos
- 1.D.30 La familia de canales artificiales de pilar[5]areno con hidrazida añadida (HAPA-C)
- 1.D.31 La familia de la anfotericina B
- 1.D.32 La familia de novicidinas formadoras de poros
- 1.D.33 La familia de politioamida B formadora de canales
- 1.D.34 Los bolaanfifilos de oligoéster formadores de canales
- 1.D.35 La familia de lipodepsipéptidos cíclicos formadores de poros
- 1.D.36 La familia de canales iónicos de oligoborneno
- 1.D.37 La familia Hibicuslide C
- 1.D.38 La familia de nanotubos de péptidos cíclicos (cPepNT)
- 1.D.39 La familia de canales iónicos moleculares anfifílicos basados en azobenceno controlados por luz (AAM-IC)
- 1.D.40 La familia de poros toroidales lipídicos inducidos por proteínas
- 1.D.41 La familia de ionóforos de tipo esprotetonato (espirohexanólidos)
- 1.D.42 La familia de canales de pilar[5]arenos tripéptido-arginina Phe-Arg (TPPA-C)
- 1.D.43 La familia de canales de dinucleósidos de guanosina modificados con triazol (TT-GDN-C)
- 1.D.44 La familia de canales iónicos sintéticos con ferroceno redox-activo (ICRF)
- 1.D.45 La familia de poros de membrana de sonoporación y electroporación (SEMP)
- 1.D.46 La familia de nanoporos de ADN (DnaNP)
- 1.D.47 La familia de péptidos cíclicos sintéticos formadores de poros (PSCP).
- 1.D.48 La familia de la siringomicina E formadora de poros
- 1.D.49 La familia de canales de radicales carotenoides transmembrana (CRC)
- 1.D.50 La familia de transportadores de aniones bis-catecol anfifílicos (AC-AT)
- 1.D.51 La familia de nanoporos proteicos (ProNP)
- 1.D.52 La familia de nanoporos macrocíclicos de oligoamida aromática (OmnNP)
- 1.D.53 La familia de nanotubos de péptidos alfa y gamma (a,gPepNT)
- 1.D.54 La familia de canales iónicos de hexil-benzoureido-15-corona-5-éter (HBEC) selectivos de potasio
- 1.D.55 La familia de nanoporos basados en porfirinas (PorNP)
- 1.D.56 La familia de nanoporos oligoméricos de alfa-aminoisobutirato (AibNP)
- 1.D.57 La familia de electroporos lipídicos (LEP)
- 1.D.58 La familia de prodigiosenos transportadores de aniones (prodigioseno)
- 1.D.59 La familia de las peronosinas transportadoras de aniones (perenosinas)
- 1.D.60 La familia de péptidos alfa,gamma-cíclicos (AGCP)
- 1.D.61 La familia de 2,6-bis(benzimidazol-2-il)piridina (ABBP) anionofórica
- 1.D.62 La familia de derivados de bis-triazolil diguanosina formadores de canales (TDG)
- 1.D.63 La familia de nanoporos basados en péptidos (PepNP)
- 1.D.64 La familia de nanotubos de carbono (CarNT)
- 1.D.65 La familia de los anfidinol formadores de poros (anfidinol)
- 1.D.66 La familia de nanoporos de macromoléculas helicoidales (HmmNP)
- 1.D.67 La familia de canales iónicos peptídicos helicoidales modificados con éter corona (CEHP)
- 1.D.68 La familia de polímeros de bloque pleurónicos formadores de poros (PPBP)
- 1.D.69 La familia de nanoporos cónicos (ConNP)
- 1.D.70 La familia de nanoporos metálicos (Au/Ag/Pt/grafeno) (MetNP)
- 1.D.71 La familia de péptidos sintéticos TP359 (TP359)
- 1.D.72 La familia de receptores tripodales basados en triazina transportadores de cloruro (CCTTR)
- 1.D.73 La familia de nanoporos de sílice mesoporosa (SilNP)
- 1.D.74 La familia de poros rígidos sintéticos de p-octifenilo sensibles a estímulos (SSROP)
1.E Holins
1.F Poros de fusión de vesículas
- 1.F.1 La familia del poro de fusión de vesículas sinaptosómicas (SVF-Pore)
- 1.F.2 La familia del exocisto octamérico (exocisto)
1.G Poros de fusión viral
- 1.G.1 La familia de la proteína de fusión de membrana formadora de poros virales-1 (VMFP1).
- 1.G.2 La familia de la proteína de fusión de membrana formadora de poros virales-2 (VMFP2)
- 1.G.3 La familia de la proteína de fusión de membrana formadora de poros virales-3 (VMFP3)
- 1.G.4 La familia de la proteína de fusión de membrana formadora de poros virales-4 (VMFP4).
- 1.G.5 La familia de la proteína de fusión de membrana formadora de poros virales-5 (VMFP5)
- 1.G.6 La familia de proteínas de fusión S del hepadnavirus (proteína HBV-S)
- 1.G.7 La familia de proteínas de fusión FAST (R-FAST) del reovirus
- 1.G.8 La familia de proteínas de fusión de arenavirus (AV-FP)
- 1.G.9 La familia de la sincitina (Syncytin)
- 1.G.10 La familia del complejo de fusión de membrana del virus del herpes simple (HSV-MFC).
- 1. Familia del complejo de proteínas de entrada celular del poxvirus (PEP-C) G.11
- 1.G.12 La familia de proteínas de fusión gp95 del virus de la leucosis aviar (ALV-gp95)
- 1.G.13 La familia de proteínas transmembrana pequeñas asociadas a la fusión de ortoreovirus (FAST)
- 1.G.14 La familia de la hemaglutinina/proteína formadora de poros de fusión del virus de la influenza (influenza-H/FPP).
- 1.G.15 Familia de la glicoproteína de envoltura principal GP64 (GP64) del virus de la poliedrosis nuclear de Autographa californica
- 1.G.16 La familia de péptidos de fusión del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) (VIH-FP)
- 1.G.17 La familia de la glicoproteína de la envoltura del virus de la leucemia bovina (BLV-Env)
- 1.G.18 El péptido de fusión del SARS-CoV en la familia del precursor de la glicoproteína de la espícula (SARS-FP)
- 1.G.19 La familia del complejo de fusión de membrana formador de poros del rotavirus (MFC del rotavirus)
- 1.G.20 La familia de la glicoproteína de fusión de la envoltura Gc del hantavirus (Gc-EFG)
- 1.G.21 La familia del virus de Epstein-Barr (virus del herpes humano 4) Gp42 (Gp42)
- 1.G.22 La familia de la glicoproteína gO (gO) del citomegalovirus (herpesvirus humano 5)
- 1.H.1 La familia de la unión estrecha de Claudin (Claudina1)
- 1.H.2 La familia de la claudina PMP22 (claudina2) de invertebrados
- 1.I.1 Familia de complejos de poros nucleares , incluyendo carioferinas
- 1.I.2 Familia de plasmodesmos vegetales
2. Transportadores impulsados por potencial electroquímico
2.A. Transportadores ( uniportadores , simportadores , antiportadores )
- 2.A.1 Superfamilia de facilitadores principales (MFS), véase también permeasa de lactosa , permeasa de fosfato y transportador de glucosa.
- 2.A.2 La familia de simportadores de glicósido-pentósido-hexurónido (GPH):
- 2.A.3 La familia de aminoácidos, poliaminas y organocatiónes (APC).
- 2.A.4 Familia de facilitadores de difusión de cationes (CDF)
- 2.A.5 Familia de permeasas de zinc (Zn²⁺ ) y hierro ( Fe²⁺ )
- 2.A.6 Superfamilia de resistencia-nodulación-división celular , véase también proteína de membrana de exportación de proteínas SecDF
- 2.A.7 La superfamilia de transportadores de fármacos/metabolitos (DMT)
- 2.A.8 La familia de simportadores de gluconato:H + (GntP)
- 2.A.9 La familia de las insertasas de proteínas de membrana (YidC/Alb3/Oxa1)
- 2.A.10 La familia de transportadores de 2-ceto-3-desoxigluconato (KdgT)
- 2.A.11 La familia de simportadores de citrato-Mg²⁺ : H⁺ ( CitM) y citrato-Ca²⁺ : H⁺ ( CitH) (CitMHS)
- 2.A.12 Familia de antiportadores ATP:ADP
- 2.A.13 La familia de captación de dicarboxilatos C4 (Dcu)
- 2.A.14 Familia de las permeasas de lactato
- 2.A.15 La familia de transportadores de betaína/carnitina/colina (BCCT)
- 2.A.16 Familia de transportadores de resistencia al telurito/dicarboxilato
- 2.A.17 Familia de transportadores de oligopéptidos dependientes de protones
- 2.A.18 La familia de las permeasas de aminoácidos/auxinas (AAAP)
- 2.A.19 La familia de antiportadores de cationes Ca 2+ (CaCA)
- 2.A.20 La familia de transportadores de fosfato inorgánico (PiT)
- 2.A.21 Soluto: Familia de simportadores de sodio
- 2.A.22 La familia de simportadores de neurotransmisores y sodio
- 2.A.23 La familia de simportadores de dicarboxilato/aminoácido:catión (Na + o H + ) (DAACS)
- 2.A.24 La familia de transportadores de 2-hidroxicarboxilato (2-HCT)
- 2.A.25 Familia de simportadores de alanina o glicina:catión (AGCS)
- 2.A.26 La familia de simportadores de aminoácidos de cadena ramificada:catión (LIVCS)
- 2.A.27 La familia de simportadores de glutamato:Na + (ESS)
- 2.A.28 Ácidos biliares: Na + Familia simportadora
- 2.A.29 Familia de transportadores mitocondriales
- 2.A.30 Familia de cotransportadores de cationes y cloruros (CCC)
- 2.A.31 Familia de intercambiadores de aniones
- 2.A.32 La familia de transportadores de silicio (Sit)
- 2.A.33 Familia NhaA Na + :H + Antiportador (NhaA)
- 2.A.34 La familia de antiportadores NhaB Na + :H + (NhaB)
- 2.A.35 La familia de antiportadores NhaC Na + :H + (NhaC)
- 2.A.36 Familia del antiportador de cationes monovalentes:protones-1 (CPA1)
- 2.A.37 Familia del antiportador de cationes monovalentes:protones-2 (CPA2)
- 2.A.38 K + Familia de transportadores (camionetas)
- 2.A.39 Familia del simportador de nucleobases y cationes-1 (NCS1)
- 2.A.40 Familia del simportador de nucleobases y cationes-2 (NCS2)
- 2.A.41 La familia de transportadores de nucleósidos concentrativos (CNT).
- 2.A.42 La familia de las permeasas de aminoácidos hidroxi/aromáticos (HAAAP)
- 2.A.43 La familia de transportadores de cistina lisosomales (LCT)
- 2.A.45 Familia de eflujo de arsenito-antimonito
- 2.A.46 La familia de simportadores de benzoato:H + (BenE)
- 2.A.47 Familia de aniones divalentes Na + simportadores (DASS)
- 2.A.48 La familia de transportadores de folato reducido (RFC, por sus siglas en inglés)
- 2.A.49 Familia de transportadores/canales de cloruro (ClC)
- 2.A.50 La familia de transportadores de glicerol (GUP)
- 2.A.51 La familia de transportadores de iones cromato (CHR)
- 2.A.52 La familia de transportadores Ni²⁺ - Co²⁺ ( NiCoT)
- 2.A.53 Familia de la permeasa de sulfato (SulP)
- 2.A.54 La familia de transportadores mitocondriales de tricarboxilato (MTC)
- 2.A.55 La familia de transportadores de iones metálicos (Mn²⁺ - hierro) (Nramp)
- 2.A.56 La familia de transportadores periplásmicos tripartitos independientes de ATP (TRAP-T)
- 2.A.57 La familia de transportadores de nucleósidos equilibrativos (ENT).
- 2.A.58 La familia de simportadores de fosfato:Na + (PNaS)
- 2.A.59 La familia de la resistencia arsenical-3 (ACR3)
- 2.A.60 Familia de transportadores de organoaniones (OAT)
- 2.A.61 La familia de proteínas C de captación de dicarboxilato C4 (DcuC)
- 2.A.62 Familia de antiportadores NhaD Na + :H + (NhaD)
- 2.A.63 La familia del antiportador de cationes monovalentes (K + o Na + ):protones-3 (CPA3)
- 2.A.64 Familia de proteínas de unión a arginina doble (Tat)
- 2.A.65 La familia de transportadores de bilirrubina (BRT)
- 2.A.66 La superfamilia de flippasas de multidrogas/oligosacáridos-lípidos/polisacáridos (MOP).
- 2.A.67 La familia de transportadores de oligopéptidos (OPT)
- 2.A.68 La familia de transportadores de p-aminobenzoil-glutamato (AbgT)
- 2.A.69 La familia de transportadores de eflujo de auxina (AEC)
- 2.A.70 La familia de simportadores de malonato:Na + (MSS)
- 2.A.71 La familia de transportadores de folato-biopterina (FBT)
- 2.A.72 La familia de permeasas de captación de K + (KUP)
- 2.A.73 La familia de transportadores de ácidos grasos de cadena corta (AtoE)
- 2.A.74 La familia de transportadores endosomales de múltiples fármacos (MET) de 4 TMS
- 2.A.75 La familia del exportador de L-lisina (LysE)
- 2.A.76 La familia de resistencia a la homoserina/treonina (RhtB)
- 2.A.77 La familia de resistencia al cadmio (CadD)
- 2.A.78 La familia de transportadores de aminoácidos de cadena ramificada (LIV-E)
- 2.A.79 La familia de transportadores de treonina/serina (ThrE)
- 2.A.80 La familia de transportadores de tricarboxilato (TTT)
- 2.A.81 La familia de intercambiadores de aspartato:alanina (AAEx)
- 2.A.82 La familia de transportadores de solutos orgánicos (OST).
- 2.A.83 La familia de transportadores de bicarbonato dependientes de Na + (SBT)
- 2.A.84 La familia de exportadores de maltosa de cloroplastos (MEX)
- 2.A.85 La familia de exportadores de ácidos aromáticos (ArAE).
- 2.A.86 La familia de exportadores Autoinducer-2 (AI-2E) (anteriormente la familia PerM, TC #9.B.22)
- 2.A.87 La familia de transportadores de riboflavina procariotas (P-RFT)
- 2.A.88 Familia de transportadores de captación de vitaminas (VUT o ECF)
- 2.A.89 La familia de transportadores de hierro vacuolares (VIT)
- 2.A.90 Familia de receptores/transportadores de vitamina A ( STRA6 )
- 2.A.91 Complejo de importación de ARNt mitocondrial (M-RIC) (Anteriormente 9.C.8)
- 2.A.92 La familia de transportadores de colina (CTL)
- 2.A.94 La familia de la permeasa de fosfato (Pho1)
- 2.A.95 La familia de transportadores de aminoácidos neutros (NAAT) 6TMS
- 2.A.96 La familia de transportadores de captación de acetato (AceTr)
- 2.A.97 La familia de intercambiadores de K + /H + y Ca2 + /H + de la membrana interna mitocondrial (LetM1)
- 2.A.98 La familia de los supuestos exportadores de sulfato (PSE, por sus siglas en inglés)
- 2.A.99 La familia de transportadores de captación de Ni 2+ 6TMS (HupE-UreJ)
- 2.A.100 La familia de la ferroportina (Fpn)
- 2.A.101 La familia de proteínas de captación de malonato (MatC) (anteriormente UIT1)
- 2.A.102 La familia de la permeasa de captación de 4-tolueno sulfonato (TSUP)
- 2.A.103 La familia de exportadores de precursores de mureína bacteriana (MPE)
- 2.A.104 La familia exportadora de L-alanina (AlaE)
- 2.A.105 La familia de transportadores mitocondriales de piruvato (MPC).
- 2.A.106 La familia del antiportador Ca 2+ :H + -2 (CaCA2)
- 2.A.107 La familia de exportadores MntP Mn 2+ (MntP)
- 2.A.108 La familia de transportadores de hierro/plomo (ILT, por sus siglas en inglés)
- 2.A.109 La familia de resistencia a iones de telurio (TerC)
- 2.A.110 La familia de proteínas transportadoras de hemo, proteínas génicas sensibles al hemo (HRG).
- 2.A.111 La familia del antiportador Na + /H + -E (NhaE)
- 2.A.112 La familia de antígenos del grupo sanguíneo KX (KXA)
- 2.A.113 La familia de transportadores de níquel/cobalto (NicO)
- 2.A.114 La familia de transportadores de péptidos putativos de inanición de carbono CstA (CstA)
- 2.A.115 La familia del exportador de novobiocina (NbcE)
- 2.A.116 La familia de proteínas de direccionamiento de peptidoglicolípidos (GAP)
- 2.A.117 La familia del exportador de clorhexidina (CHX)
- 2.A.118 La familia de antiportadores de aminoácidos básicos (ArcD)
- 2.A.119 La familia de exportadores organoarsénicos (ArsP)
- 2.A.120 La familia de las presuntas permeasas de aminoácidos (PAAP)
- 2.A.121 La familia de transportadores de sulfato (CysZ)
- 2.A.122 La familia de proteínas auxiliares tipo holina LrgB/CidB (LrgB/CidB)
- 2.A.123 El dulce; bucle PQ; saliva; familia MtN3 (dulce)
- 2.A.124 La familia del exportador de lisina (LysO)
- 2.A.125 La familia de transportadores de riboflavina eucariotas (E-RFT)
- 2.A.126 La familia de transportadores de ácidos grasos (FAX).
- 2.A.127 Familia de transportadores de cardiolipina enterobacterianos (CLT)
2.B Transportadores sintetizados no ribosomalmente
- 2.B.1 La familia de transportadores de valinomicina
- 2.B.2 La familia Monensin
- 2.B.3 La familia de la nigericina
- 2.B.4 La familia de antibióticos macrotetrolidos (MA)
- 2.B.5 La familia de los poliéteres macrocíclicos (MP).
- 2.B.6 La familia de la ionomicina
- 2.B.7 La familia de translocación de fosfolípidos peptídicos α-helicoidales transmembrana (TMP-PLT)
- 2.B.8 La familia de la bafilomicina A1 (bafilomicina)
- 2.B.9 La familia funcional de péptidos penetrantes celulares (CPP)
- 2.B.10 El CPP sintético, familia Transportan
- 2.B.11 La familia de ionóforos de tipo portador de calcimicina o A23187
- 2.B.12 La familia de la salinomicina
- 2.B.13 La familia de antiportadores de aniones macrocíclicos tetrapirrólicos (TPMC-AA)
- 2.B.14 La familia de ionóforos Lasalocid A o X-537A (Lasalocid)
- 2.B.15 La familia de transportadores de cloruro basados en tris-tiourea tripodales (TTT-CC)
- 2.B.16 La familia de transportadores de aniones compuestos que contienen enlaces de halógeno (HCAC).
- 2.B.17 La familia de cotransportadores H + :Cl− derivados de isoftalamida (IDC)
- 2.B.18 La familia de cotransportadores H+:Cl − derivados de piridina-2,6-dicarboxamina (PDCA)
- 2.B.19 La familia de derivados de calix(4)pirrol (C4P)
- 2.B.20 La familia de intercambiadores de cloruro/bicarbonato de prodigiosina (Prodigiosina)
- 2.B.21 La familia de transportadores de aniones derivados de orto-fenilendiamina-bis-urea (oPDA-U)
- 2.B.22 La familia de transportadores de aniones funcionalizados con imidazolio (IAT)
- 2.B.23 El antiportador sintético transmembrana homotetramérico Zn²⁺ / Co²⁺ : protón, familia Rocker (Rocker)
- 2.B.24 La familia de transportadores de aniones 2,6-bis(benzimidazol-2-il)piridina (BBP-AC)
- 2.B.25 La familia de proteínas PLFF (péptido-mediated Lipid Flip-Flop)
- 2.B.26 La familia de conjugados bis (imidazolilo)-funcionalizados (BIBCC)
- 2.B.27 La familia de transportadores de aniones tris-urea
- 2.B.29 La familia de alcaloides marinos anionofóricos tambjamina
2.C Energizadores impulsados por gradiente iónico
- 2.C.1 La familia de proteínas auxiliares TonB-ExbB-ExbD/TolA-TolQ-TolR (TonB) para la energización del transporte activo mediado por el receptor de membrana externa (OMR).
3.A. Transportadores impulsados por hidrólisis de enlaces PP
- 3.A.1 Transportadores ABC, incluidos BtuCD, transportador de captación de molibdato, regulador de la conductancia transmembrana de la fibrosis quística y otros.
- 3.A.2 La superfamilia de ATPasas de tipo F , ATPasas de tipo V y ATPasas translocadoras de H + o Na +
- 3.A.3 La superfamilia de ATPasas de tipo P
- 3.A.4 La familia de eflujo de arsenito-antimonita
- 3.A.5 Translocador de la vía secretora general (Sec) (translocasa de preproteína SecY)
- 3.A.6 La familia de la vía secretora de tipo III (relacionada con la virulencia) (IIISP)
- 3.A.7 La familia de la vía secretora de tipo IV (transferencia conjugativa de ADN-proteína o VirB) (IVSP)
- 3.A.8 La familia de translocaciones de proteínas mitocondriales (MPT)
- 3.A.9 La familia de la translocasa de proteínas de la envoltura del cloroplasto (CEPT o Tic-Toc)
- 3.A.10 Familia de pirofosfatasas translocadoras de H + y Na +
- 3.A.11 La familia de transportadores de transformación de ADN relacionados con la competencia bacteriana (ADN-T)
- 3.A.12 La familia del translocador de ADN septal (S-DNA-T)
- 3.A.13 La familia de fagos exportadores filamentosos (FPhE)
- 3.A.14 La familia de proteínas exportadoras de fimbrilina/proteína (FPE)
- 3.A.15 La familia de proteínas de la membrana externa secretoras de la rama terminal principal (MTB).
- 3.A.16 La familia de retrotranslocadores reticulares del endoplasma (ER-RT)
- 3.A.17 La familia del injectisoma del fago T7 (injectisoma T7)
- 3.A.18 La familia de exportadores nucleares de ARNm (ARNm-E)
- 3.A.19 La familia del complejo de reconocimiento/inserción TMS (TRC)
- 3.A.20 La familia de proteínas importadoras peroxisomales (PPI)
- 3.A.21 La familia del complejo de biogénesis/inserción de proteínas de membrana ancladas al extremo C (TAMP-B)
- 3.A.22 La familia de complejos de exportación de ARNm nuclear TREX/TAP acoplados a la transcripción (TREX)
- 3.A.23 La familia de la vía secretora de simbiosis/virulencia de tipo VI (VISP)
- 3.A.24 Familia del sistema de secreción de proteínas tipo VII o ESX (T7SS)
- 3.A.25 La familia de maquinaria tipo ERAD específica de simbiontes (SELMA)
- 3.A.26 La familia del translocador de proteínas exportadas del Plasmodium (PTEX)
3.B Transportadores impulsados por descarboxilación
- 3.B.1 La familia de la carboxilasa de ácido descarboxílico transportadora de Na + (NaT-DC)
3.C Transportadores impulsados por transferencia de metilo
- 3.C.1 La familia de la metiltetrahidrometanopterina transportadora de Na + : coenzima M metiltransferasa (NaT-MMM)
3.D. Transportadores impulsados por oxidorreducción
Incluyen varias proteínas transmembrana similares al citocromo b, entre ellas la coenzima Q - citocromo c reductasa (citocromo bc1); el complejo citocromo b6f ; la formiato deshidrogenasa, la nitrato reductasa respiratoria ; la succinato - coenzima Q reductasa (fumarato reductasa); y la succinato deshidrogenasa . Véase cadena de transporte de electrones .
- 3.D.1 La familia de la NADH deshidrogenasa translocadora de H + o Na + ("complejo I")
- 3.D.2 La familia de la transhidrogenasa translocadora de protones (PTH)
- 3.D.3 La superfamilia de la quinol:citocromo c reductasa translocadora de protones
- 3.D.4 Superfamilia de la citocromo oxidasa translocadora de protones (COX)
- 3.D.5 La familia de la NADH:quinona deshidrogenasa translocadora de Na + (Na-NDH o NQR)
- 3.D.6 La familia de la supuesta translocadora de iones (H + o Na + ) NADH:ferredoxina oxidorreductasa (NFO o RNF)
- 3.D.7 La familia de la H2 : heterodisulfuro oxidorreductasa (HHO)
- 3.D.8 La familia de la formil metanofurano deshidrogenasa (FMF-DH) que bombea Na + o H +
- 3.D.9 La familia de la deshidrogenasa F420H2 translocadora de H + (F420H2DH)
- 3.D.10 La familia de la succinato deshidrogenasa (SDH) procariota
3.E. Transportadores impulsados por absorción de luz
- Proteínas similares a la bacteriorrodopsina , incluida la rodopsina (véase también opsina ).
- Centros de reacción fotosintética bacteriana y fotosistemas I y II
- Complejos captadores de luz de bacterias y cloroplastos
4. Traslocadores de grupo
4. Translocadores de grupo impulsados por fosfotransferencia
- 4.A.1 La familia de glucosa-glucósidos (Glc) del sistema PTS
- 4.A.2 La familia de compuestos fructosa-manitol (Fru) del sistema PTS
- 4.A.3 La familia de lactosa-N,N'-diacetilquitobiosa-β-glucósido (Lac) del sistema PTS
- 4.A.4 La familia del glucitol (intestino) del sistema PTS
- 4.A.5 La familia de galactitol (Gat) del sistema PTS
- 4.A.6 La familia de la manosa-fructosa-sorbosa (Man) del PTS
- 4.A.7 La familia del L-ascorbato (L-Asc) del PTS
4.B Transportadores de captación de ribonucleósidos de nicotinamida
- 4.B.1 La familia de la permeasa de captación de ribonucleósido de nicotinamida (NR) (PnuC)
4.C Transportadores acoplados a la ligasa de acil-CoA
- 4.C.1 La familia propuesta de transportadores de ácidos grasos (FAT)
- 4.C.2 La familia de la carnitina O-aciltransferasa (CrAT)
- 4.C.3 La familia de la acil-CoA tioesterasa (AcoT)
4.D Polisacárido sintasa/exportadores
- 4.D.1 La supuesta familia de polimerización de glicosilo vectorial (VGP)
- 4.D.2 La familia de la glicosiltransferasa 2 (GT2)
- 4.D.3 La familia de la glucosiltransferasa de glicano (OpgH)
4.E. Translocadores de grupo catalizados por la polimerasa de polifosfato vacuolar
- 4.E.1 La familia de la polifosfato polimerasa vacuolar (acidocalcisoma) (V-PPP)
5. Transporte de portadores de electrones
5. Transportadores transmembrana de transferencia de 2 electrones
- 5.A.1 La familia de la oxidorreductasa de enlaces disulfuro D (DsbD)
- 5.A.2 La familia de la oxidorreductasa B de enlaces disulfuro (DsbB)
- 5.A.3 La familia de oxidorreductasas que contienen molibdopterina (PMO) procariotas
5.B Transportadores transmembrana de transferencia de 1 electrón
- 5.B.1 La familia de la NADPH oxidasa del fagocito ( gp91phox )
- 5.B.2 La familia del citocromo b561 (Cytb561) eucariota
- 5.B.3 La familia de transferencia de electrones en nanocables de Geobacter (G-NET)
- 5.B.4 La familia del supercomplejo fotosistema I (PSI) de las plantas
- 5.B.5 La familia de la metalo-oxidorreductasa extracelular (EMOR)
- 5.B.6 La familia de la proteína reductasa férrica del antígeno epitelial transmembrana-3 (STEAP)
- 5.B.7 La familia YedZ (YedZ)
- 5.B.8 La familia de complejos porina/citocromo de transferencia de electrones transmembrana externa (ET-PCC)
- 5.B.9 La familia de la porina-citocromo c (Cyc2)
8. Factores accesorios involucrados en el transporte
8.A Proteínas de transporte auxiliar
8.B Toxinas proteicas/peptídicas sintetizadas ribosomalmente que actúan sobre canales y transportadores.
8.C Toxinas sintetizadas no ribosomalmente que actúan sobre canales y transportadores
9. Sistemas de transporte caracterizados de forma incompleta
9.A Transportadores reconocidos de mecanismo bioquímico desconocido
9.B Proteínas de transporte putativas
9.C Transportadores caracterizados funcionalmente que carecen de secuencias identificadas
Referencias
- ↑ Saier, Milton H.; Reddy, Vamsee S.; Tamang, Dorjee G.; Västermark, Åke (enero de 2014). "The Transporter Classification Database" . Nucleic Acids Research . 42 (D1): D251– D258. doi : 10.1093/nar/gkt1097 . PMC 3964967. PMID 24225317 .
- ↑ Saier, MH; Yen, MR; Noto, K.; Tamang, DG; Elkan, C. (1 de enero de 2009). " La base de datos de clasificación de transportadores: avances recientes" . Nucleic Acids Research . 37 (Base de datos): D274– D278. doi : 10.1093/nar/gkn862 . PMC 2686586. PMID 19022853 .
- ↑ Saier, MH; Tran, CV; Barabote, RD (1 de enero de 2006). "TCDB: la base de datos de clasificación de transportadores para análisis e información de proteínas de transporte de membrana" . Nucleic Acids Research . 34 (90001): D181– D186. doi : 10.1093 / nar/gkj001 . PMC 1334385. PMID 16381841 .
Enlaces externos
- Base de datos de clasificación de transportadores
- Lista en qmul.ac.uk
- Saier MH, Tran CV, Barabote RD (enero de 2006). "TCDB: la base de datos de clasificación de transportadores para análisis e información de proteínas de transporte de membrana" . Nucleic Acids Res . 34 (número especial de bases de datos): D181–6. doi : 10.1093/nar/gkj001 . PMC 1334385. PMID 16381841 .
- Busch W, Saier MH (2002). "El sistema de clasificación de transportadores (TC), 2002". Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol . 37 (5): 287– 337. doi : 10.1080/10409230290771528 . PMID 12449427 . S2CID 10558982 .
- Clasificación de los transportadores humanos en farmacología
- bases de datos de bioquímica
- Proteínas de transporte
- Proteínas transmembrana
- Clasificación de proteínas