ORF3b

ORF3b es un gen presente en los coronavirus del subgénero Sarbecovirus , que codifica una proteína corta no estructural . Está presente tanto en el SARS-CoV (que causa la enfermedad SARS ) como en el SARS-CoV-2 (que causa la COVID-19 ), aunque la proteína codificada tiene longitudes muy diferentes en ambos virus. La proteína codificada es significativamente más corta en el SARS-CoV-2, con solo 22 residuos de aminoácidos en comparación con los 153-155 del SARS-CoV. ^{[ 1 ] [ 2 ]} Se ha informado que tanto la proteína más larga del SARS-CoV como la más corta del SARS-CoV-2 actúan como antagonistas del interferón . ^{[ 2 ]} No está claro si el gen del SARS-CoV-2 expresa una proteína funcional. ^{[ 3 ]}

Ha habido una confusión significativa en la literatura científica en torno a la nomenclatura utilizada para las proteínas accesorias del SARS-CoV-2 , especialmente varios genes superpuestos con ORF3a . ^{[ 1 ]} Debido a las diferencias en los genomas del SARS-CoV y el SARS-CoV-2, dos marcos de lectura abiertos (ORF) distintos en el genoma del SARS-CoV-2 se han denominado "ORF3b". En el SARS-CoV, ORF3b es un gen de 155 codones . En el SARS-CoV-2, la región homóloga del genoma incluye varios codones de parada en el mismo marco de lectura , lo que resulta en un gen truncado de 22 codones. Como resultado, algunos artículos han utilizado el término "ORF3b" para referirse a un ORF posterior con 57 codones. ^{[ 1 ]} Para agravar la confusión, tanto el producto proteico de 57 codones ^{[ 4 ]} como el producto proteico de 22 codones ^{[ 2 ]} han sido descritos con efectos similares como antagonistas del interferón . ^{[ 1 ]} Además, el supuesto producto de un tercer ORF de 41 codones ha sido descrito al menos una vez como "proteína 3b". ^{[ 5 ] [ 1 ]} Numerosas publicaciones sobre el SARS-CoV-2 se refieren ambiguamente a "ORF3b". ^{[ 1 ]}

La nomenclatura recomendada para el SARS-CoV-2 utiliza el término ORF3b para el gen de 22 codones homólogo al extremo 5' del ORF3b en el SARS-CoV. El término ORF3c se utiliza para el gen de 41 codones y el término ORF3d para el gen de 57 codones. ^{[ 1 ]}

Al igual que otros genes que codifican proteínas accesorias, ORF3b se encuentra en el genoma cerca de los genes que codifican proteínas estructurales virales . Es uno de varios genes superpuestos en esta región del genoma, superponiéndose con ORF3a y, en el SARS-CoV , con el gen E que codifica la proteína de la envoltura . ^{[ 1 ]} Su longitud varía significativamente, desde 22 aminoácidos en el SARS-CoV-2 hasta alrededor de 155 residuos en el SARS-CoV, ^{[ 1 ]} con otros coronavirus de murciélago relacionados que exhiben truncamientos intermedios de longitudes variables. ^{[ 6 ] [ 7 ]} Es el único ORF en el subgénero Sarbecovirus con variaciones de longitud significativas entre virus relacionados conocidos. ^{[ 2 ]} Su secuencia no está bien conservada dentro de la especie SARSr-CoV . ^{[ 3 ]}

En el SARS-CoV, la proteína ORF3b se traduce a través de un sitio de entrada ribosómica interna (IRES). ^{[ 8 ]} Tiene una señal de localización nuclear en el extremo C-terminal y se ha localizado en el nucléolo y las mitocondrias . ^{[ 8 ]} No es esencial para la replicación viral . ^{[ 8 ]}

En el SARS-CoV-2, no está claro si el ORF3b es funcional. Se han utilizado estudios de proteómica , secuenciación de ARN subgenómico , perfilado de ribosomas y genómica comparativa para examinar el contenido génico funcional del SARS-CoV-2 y se ha encontrado poca evidencia de que el ORF3b exprese una proteína funcional. ^{[ 3 ]} Se ha informado que la proteína del SARS-CoV-2 se localiza principalmente en el citosol cuando se expresa en cultivos celulares. ^{[ 2 ]} También se ha informado que las formas truncadas de la proteína de los coronavirus de murciélago son citosólicas, probablemente debido a la pérdida de la secuencia de localización nuclear C-terminal. ^{[ 7 ]}