ORF3d

ORF3d es un gen que se encuentra en el SARS-CoV-2 (el virus que causa la COVID-19 ) y en al menos un coronavirus estrechamente relacionado que se encuentra en los pangolines , aunque no se encuentra en otros virus estrechamente relacionados dentro del subgénero Sarbecovirus . Tiene 57 codones de longitud y codifica una proteína novedosa de 57 residuos de aminoácidos de función desconocida. ^{[ 1 ]} Se han descrito al menos dos isoformas , de las cuales la forma más corta de 33 residuos, ORF3d-2 , puede expresarse en mayor medida , o incluso ser la única forma expresada. ^{[ 1 ] [ 2 ]} Se informa que es antigénico y que se producen anticuerpos contra la proteína ORF3d en pacientes recuperados de la COVID-19 . ^{[ 3 ]} No hay ningún homólogo en el genoma del SARS-CoV , por lo demás estrechamente relacionado (que causa la enfermedad SARS ). ^{[ 1 ] [ 4 ]}

Ha habido una confusión significativa en la literatura científica en torno a la nomenclatura utilizada para las proteínas accesorias del SARS-CoV-2 , especialmente varios genes superpuestos con ORF3a . ^{[ 4 ]} Muchos artículos científicos se han referido a ORF3d y su producto proteico como ORF3b, debido a la confusión causada por las diferencias en la longitud de ORF3b en el SARS-CoV (alrededor de 155 codones ) y el SARS-CoV-2 (solo 22 codones). ^{[ 4 ]} Para agravar la confusión, tanto el producto proteico de 57 codones ^{[ 5 ]} como el producto proteico de 22 codones ^{[ 6 ]} han sido descritos con efectos similares como antagonistas del interferón . ^{[ 4 ]}

La nomenclatura recomendada para el SARS-CoV-2 utiliza el término ORF3b para el gen de 22 codones homólogo al extremo 5' del ORF3b en el SARS-CoV, y utiliza el término ORF3d para el gen de 57 codones. ^{[ 4 ]}

ORF3d es un gen superpuesto cuyo marco de lectura abierto se superpone tanto a ORF3a como a ORF3c en el genoma del SARS-CoV-2 . Esto potencialmente representa un ejemplo raro de los tres posibles marcos de lectura de la misma región de secuencia que codifican proteínas funcionales. ^{[ 1 ] [ 4 ]} ORF3d no está presente en el SARS-CoV ni en otros coronavirus relacionados, excepto en un coronavirus encontrado en pangolines . ^{[ 1 ]} Las secuencias del genoma del SARS-CoV-2 se han muestreado extensamente durante la pandemia de COVID-19 , y se han identificado ejemplos de variantes del SARS-CoV-2 con truncamientos en ORF3d debido a la introducción de un codón de parada con una prevalencia relativamente alta. ^{[ 1 ] [ 7 ]}

El análisis bioinformático de la región ORF3d sugiere que la secuencia del producto proteico predicho no está bien conservada y plantea la posibilidad de que el gen no codifique una proteína funcional, a pesar de la evidencia experimental de expresión proteica. ^{[ 8 ]}

La proteína ORF3d tiene dos isoformas , una de 57 residuos de aminoácidos y otra de 33 residuos, esta última conocida como ORF3d-2. ^{[ 1 ]} Existe evidencia experimental proveniente de estudios como el perfilado de ribosomas para la expresión de al menos ORF3d-2, sin evidencia clara para la ORF3d de longitud completa. ^{[ 1 ] [ 2 ]}

Se desconoce la función de la proteína ORF3d, y es posible que el gen no codifique una proteína con alguna función en el ciclo de vida viral. ^{[ 8 ]} Cuando se expresa en condiciones experimentales en cultivo celular , la proteína ORF3d parece ser un antagonista del interferón . ^{[ 5 ]}

Se han reportado respuestas de anticuerpos robustas a péptidos de ORF3d en pacientes recuperados de COVID-19 . ^{[ 3 ]}