ORF3c

ORF3c es un gen presente en los coronavirus del subgénero Sarbecovirus , incluidos el SARS-CoV y el SARS-CoV-2 . Se identificó por primera vez en el genoma del SARS-CoV-2 y codifica una proteína no estructural de 41 aminoácidos de función desconocida. ^{[ 1 ] [ 2 ] [ 3 ]} También está presente en el genoma del SARS-CoV, pero no se reconoció hasta la identificación del homólogo del SARS-CoV-2 . ^{[ 4 ]}

Ha habido una confusión significativa en la literatura científica en torno a la nomenclatura utilizada para las proteínas accesorias del SARS-CoV-2 , especialmente varios genes superpuestos con ORF3a . ^{[ 4 ]} El producto proteico predicho del gen ORF3c se ha denominado al menos una vez "proteína 3b", ^{[ 5 ]} pero no debe confundirse con el gen no homólogo ORF3b . ^{[ 4 ]} También se ha descrito con los nombres ORF3h ^{[ 2 ]} y ORF3a.iORF1 . ^{[ 6 ]} La nomenclatura recomendada para el SARS-CoV-2 utiliza el término ORF3c para este gen. ^{[ 4 ]}

ORF3c es un gen superpuesto cuyo marco de lectura abierto se superpone tanto a ORF3a como a ORF3d en el genoma del SARS-CoV-2 . Esto representa potencialmente un ejemplo raro de los tres posibles marcos de lectura de la misma región de secuencia que codifican proteínas funcionales. ^{[ 7 ] [ 4 ]}

Los análisis bioinformáticos de secuencias de Sarbecovirus sugieren que la secuencia y la longitud de ORF3c están bien conservadas , lo que indica que probablemente codifica una proteína funcional. ^{[ 1 ] [ 3 ] [ 2 ]} Parece estar sujeto a selección purificadora . ^{[ 1 ] [ 7 ]}

Los experimentos de perfilado de ribosomas confirman que el gen ORF3c expresa un producto proteico. ^{[ 6 ]} Se predice que la proteína relativamente corta de 41 residuos contiene un dominio transmembrana y tiene características que sugieren una viroporina . ^{[ 2 ]}