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dominio KIX

En bioquímica, el dominio KIX (dominio de interacción con el dominio inducible por quinasa (KID)) o dominio de unión a CREB es un dominio proteico de los coactivadores transcrip...

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En bioquímica, el dominio KIX (dominio de interacción con el dominio inducible por quinasa (KID)) o dominio de unión a CREB es un dominio proteico de los coactivadores transcripcionales eucariotas CBP y P300 . Sirve como sitio de unión para la formación de heterodímeros entre el coactivador y factores de transcripción específicos. Estructuralmente, el dominio KIX es un dominio globular que consta de tres hélices α y dos hélices 3 10 cortas .

El dominio KIX se descubrió originalmente en 1996 como la región específica y mínima de CBP que se une e interactúa con CREB fosforilado para activar la transcripción. [ 2 ] Por lo tanto, inicialmente se denominó dominio de unión a CREB. Sin embargo, cuando posteriormente se descubrió que también se une a muchas otras proteínas, se prefirió el nombre más general de dominio KIX. El dominio KIX contiene dos sitios de unión separados: el "sitio c-Myb", llamado así por la oncoproteína c-Myb , y el "sitio MLL", llamado así por el protooncogén MLL (leucemia de linaje mixto, KMT2A ). [ 3 ]

Los coactivadores parálogos CBP ( CREBBP ) y P300 ( EP300 ) se reclutan en los factores de transcripción unidos al ADN para activar la transcripción. Los coactivadores pueden asociarse con promotores y potenciadores en el ADN solo indirectamente a través de contactos proteína-proteína con factores de transcripción . CBP y P300 activan la transcripción sinérgicamente de dos maneras: primero, remodelando y relajando la cromatina a través de su actividad intrínseca de histona acetiltransferasa , y segundo, reclutando la maquinaria de transcripción basal , como la ARN polimerasa II . [ 4 ]

El dominio KIX pertenece a la superfamilia propuesta de dominios GACKIX . GACKIX comprende dominios estructural y funcionalmente muy homólogos en proteínas relacionadas. Recibe su nombre de la proteína GAL11/ARC105 ( MED15 ), la proteína vegetal similar a CBP y el dominio KIX de CBP y P300. [ 5 ] Otros ejemplos incluyen RECQL5 y proteínas vegetales relacionadas. [ 6 ] [ 7 ] Todas ellas contienen un dominio KIX o un dominio relacionado con KIX que interactúa con el dominio de transactivación de muchos factores de transcripción diferentes. La distinción entre un dominio KIX, un dominio relacionado con KIX y un dominio GACKIX es objeto de debate y no está claramente definida.

La proteína CBP/P300 completa

Descripción general de los dominios estructurales de CBP

Además del dominio KIX, CBP y P300 contienen muchos otros dominios de unión a proteínas que no deben confundirse (los números corresponden a la numeración de aminoácidos ):

  • Dominio CH1/TAZ1, CBP[347–433], P300[323-423] [ 8 ]
  • Dominio KIX, CBP[587–666], P300[566–645] [ 8 ]
  • Bromodominio , CBP[1103–1175], P300[1067–1139] [ 8 ]
  • Dominio CH2 ( IPR010303 ), CBP[1191–1317], P300[1155-1280]. [ 9 ]
  • Dominio HAT, CBP[1323–1700], P300[1287–1663] [ 8 ]
  • Dominio CH3/ZZ, CBP[1701-1744], P300[1664-1707] [ 8 ]
  • Dominio CH3/TAZ2, CBP[1765–1846], P300[1728-1809] [ 8 ]
  • unión a IRF-3 (i-BiD), [ 10 ] unión al coactivador del receptor nuclear (NCBD), [ 11 ] o dominio de interacción con SRC1 (SID; IPR014744 ), [ 12 ] CBP[2020-2113], P300[1992-2098].

Los tres dominios CH (ricos en cisteína/histidina) son dedos de zinc . [ 9 ]

Interacciones

Complejos del dominio 9aaTAD-KIX

Proteínas humanas y animales:

Proteínas de levadura:

Proteínas virales:

Referencias

  1. 1 2 Lecoq L, Raiola L, Chabot PR, Cyr N, Arseneault G, Legault P, Omichinski JG (mayo de 2017). "Caracterización estructural de las interacciones entre el dominio de transactivación 1 de la subunidad p65 de NF-κB y los factores reguladores de la transcripción" . Nucleic Acids Research . 45 (9): 5564– 5576. doi : 10.1093/nar/gkx146 . PMC 5435986. PMID 28334776 .  
  2. ↑ Parker D, Ferreri K, Nakajima T, LaMorte VJ, Evans R, Koerber SC, et al. (febrero de 1996). " La fosforilación de CREB en Ser-133 induce la formación de un complejo con la proteína de unión a CREB mediante un mecanismo directo" . Biología Molecular y Celular . 16 (2): 694–703 . doi : 10.1128/MCB.16.2.694 . PMC 231049. PMID 8552098 .   
  3. ↑ Ir a NK, Zor T, Martinez-Yamout M, Dyson HJ, Wright PE (noviembre de 2002). "Cooperatividad en la unión del factor de transcripción a la proteína de unión a CREB (CBP) coactivadora. El dominio de activación de la proteína de leucemia de linaje mixto (MLL) se une a un sitio alostérico en el dominio KIX" . The Journal of Biological Chemistry . 277 (45): 43168–74 . CiteSeerX 10.1.1.615.9401 . doi : 10.1074/jbc.M207660200 . PMID 12205094 .  
  4. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 Thakur JK, Yadav A, Yadav G (febrero de 2014). "Reconocimiento molecular por el dominio KIX y su papel en la regulación génica" . Nucleic Acids Research . 42 (4): 2112– 25. doi : 10.1093 / nar/gkt1147 . PMC 3936767. PMID 24253305 .  
  5. ↑ Novatchkova M, Eisenhaber F (enero de 2004). "Vinculando mediadores transcripcionales a través de la superfamilia del dominio GACKIX" . Current Biology . 14 (2): R54-5. Bibcode : 2004CBio...14..R54N . doi : 10.1016/j.cub.2003.12.042 . PMID 14738747 . 
  6. ↑ Popuri V, Ramamoorthy M, Tadokoro T, Singh DK, Karmakar P, Croteau DL, Bohr VA (julio de 2012). "Dinámica de reclutamiento y retención de RECQL5 en sitios de rotura de doble cadena de ADN" . Reparación del ADN . 11 (7): 624–35 . doi : 10.1016/j.dnarep.2012.05.001 . PMC 3374033. PMID 22633600 .  
  7. ↑ Yadav A, Thakur JK, Yadav G (noviembre de 2017). "KIXBASE: Un recurso web integral para la identificación y exploración de dominios KIX" . Scientific Reports . 7 (1) 14924. Bibcode : 2017NatSR...714924Y . doi : 10.1038/s41598-017-14617-0 . PMC 5668377. PMID 29097748 .  
  8. 1 2 3 4 5 6 Entrada de UniProt e InterPro para CBP ( Q92793 ) y P300 ( Q09472 )
  9. 1 2 Park S, Martinez-Yamout MA, Dyson HJ , Wright PE (agosto de 2013). "El dominio CH2 de CBP/p300 es un nuevo dedo de zinc" . FEBS Letters . 587 (16): 2506–11 . Bibcode : 2013FEBSL.587.2506P . doi : 10.1016/j.febslet.2013.06.051 . PMC 3765250. PMID 23831576 .  
  10. 1 2 Lin CH, Hare BJ, Wagner G, Harrison SC, Maniatis T, Fraenkel E (septiembre de 2001). "Un pequeño dominio de CBP/p300 se une a diversas proteínas: estructura en solución y estudios funcionales" . Molecular Cell . 8 (3): 581– 90. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00333-1 . PMID 11583620 . 
  11. ↑ Demarest SJ, Deechongkit S, Dyson HJ, Evans RM, Wright PE (enero de 2004). "Empaquetamiento, especificidad y mutabilidad en la interfaz de unión entre el coactivador p160 y la proteína de unión a CREB" . Protein Science . 13 (1): 203–10 . doi : 10.1110/ps.03366504 . PMC 2286511. PMID 14691235 .  
  12. ↑ Sheppard HM, Harries JC, Hussain S, Bevan C, Heery DM (enero de 2001). "Análisis de la interfaz de interacción de la proteína de unión CREB del coactivador del receptor de esteroides 1 (SRC1) y su importancia para la función de SRC1" . Biología molecular y celular . 21 (1): 39– 50. doi : 10.1128/MCB.21.1.39-50.2001 . PMC 86566. PMID 11113179 .  
  13. ↑ Takahata S, Ozaki T, Mimura J, Kikuchi Y, Sogawa K, Fujii-Kuriyama Y (septiembre de 2000). "Mecanismos de transactivación de los factores de transcripción del reloj del ratón, mClock y mArnt3". Genes to Cells . 5 (9): 739–47 . doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00363.x . PMID 10971655. S2CID 41625860 .  
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  • KIXBASE , una base de datos de dominios de la superfamilia KIX y estructuras PDB ( conjunto de datos de entrenamiento HMM )
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