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Secuenciación ChIP

Descripción general del proceso ChIP-Seq La secuenciación ChIP , también conocida como ChIP-seq , es un método utilizado para analizar las interacciones de las proteínas con el ...

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Descripción general del proceso ChIP-Seq

La secuenciación ChIP , también conocida como ChIP-seq , es un método utilizado para analizar las interacciones de las proteínas con el ADN . ChIP-seq combina la inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) con la secuenciación masiva en paralelo del ADN para identificar los sitios de unión de las proteínas asociadas al ADN. Se puede utilizar para mapear con precisión los sitios de unión globales de cualquier proteína de interés. Anteriormente, ChIP-on-chip era la técnica más común utilizada para estudiar estas relaciones proteína-ADN.

Usos

La técnica ChIP-seq se utiliza principalmente para determinar cómo los factores de transcripción y otras proteínas asociadas a la cromatina influyen en los mecanismos que afectan al fenotipo . Determinar cómo interactúan las proteínas con el ADN para regular la expresión génica es esencial para comprender plenamente muchos procesos biológicos y estados patológicos. Esta información epigenética complementa el análisis de genotipo y expresión. Actualmente, la tecnología ChIP-seq se considera principalmente una alternativa a ChIP-chip , que requiere una matriz de hibridación . Esto introduce cierto sesgo, ya que una matriz está restringida a un número fijo de sondas. Por el contrario, se cree que la secuenciación tiene menos sesgo, aunque el sesgo de secuenciación de las diferentes tecnologías aún no se comprende completamente. [ 1 ]

Los sitios de ADN específicos que interactúan físicamente de forma directa con factores de transcripción y otras proteínas pueden aislarse mediante inmunoprecipitación de cromatina (ChIP ) . ChIP produce una biblioteca de sitios de ADN diana unidos a una proteína de interés. Los análisis de secuencias masivamente paralelos se utilizan junto con bases de datos de secuencias del genoma completo para analizar el patrón de interacción de cualquier proteína con el ADN, [ 2 ] o el patrón de cualquier modificación epigenética de la cromatina . Esto puede aplicarse al conjunto de proteínas y modificaciones susceptibles de ChIP, como factores de transcripción, polimerasas y maquinaria transcripcional , proteínas estructurales , modificaciones de proteínas y modificaciones de ADN . [ 3 ] Como alternativa a la dependencia de anticuerpos específicos, se han desarrollado diferentes métodos para encontrar el superconjunto de todas las regiones reguladoras activas del genoma con nucleosomas reducidos o alterados, como DNase-Seq [ 4 ] y FAIRE-Seq . [ 5 ] [ 6 ]

Flujo de trabajo de la secuenciación ChIP

Flujo de trabajo de secuenciación ChIP

Chip

ChIP es un método potente para enriquecer selectivamente secuencias de ADN unidas a una proteína específica en células vivas . Sin embargo, su uso generalizado se ha visto limitado por la falta de un método suficientemente robusto para identificar todas las secuencias de ADN enriquecidas. El protocolo de laboratorio húmedo de ChIP incluye ChIP e hibridación. El protocolo consta esencialmente de cinco partes [ 7 ] que ayudan a comprender mejor el proceso general de ChIP. Para llevar a cabo el ChIP, el primer paso es la reticulación [ 8 ] utilizando formaldehído y grandes cantidades de ADN para obtener una cantidad útil. Las reticulaciones se realizan entre la proteína y el ADN, pero también entre el ARN y otras proteínas. El segundo paso es el proceso de fragmentación de la cromatina, que la rompe para obtener fragmentos de ADN de alta calidad para el análisis de ChIP. Estos fragmentos deben cortarse para que tengan menos de 500 pares de bases [ 9 ] cada uno para obtener el mejor resultado para el mapeo del genoma. El tercer paso se denomina inmunoprecipitación de cromatina, [ 7 ] que es la abreviatura de ChIP. El proceso ChIP mejora los complejos ADN-proteína reticulados específicos mediante un anticuerpo contra la proteína de interés, seguido de incubación y centrifugación para obtener la inmunoprecipitación. El paso de inmunoprecipitación también permite la eliminación de sitios de unión no específicos. El cuarto paso es la recuperación y purificación del ADN, [ 7 ] que se lleva a cabo mediante el efecto inverso sobre la reticulación entre el ADN y la proteína para separarlos y limpiar el ADN mediante extracción. El quinto y último paso es el análisis del protocolo ChIP mediante el proceso de qPCR , ChIP-on-chip (matriz híbrida) o secuenciación ChIP. A continuación, se añaden adaptadores de oligonucleótidos a los pequeños segmentos de ADN que se unieron a la proteína de interés para permitir la secuenciación masiva en paralelo . Mediante el análisis, las secuencias se pueden identificar e interpretar por el gen o la región a la que se unió la proteína. [ 7 ]

Secuenciación

Tras la selección del tamaño, todos los fragmentos de ADN ChIP resultantes se secuencian simultáneamente mediante un secuenciador genómico. Una sola corrida de secuenciación permite analizar asociaciones en todo el genoma con alta resolución, lo que significa que las características pueden localizarse con precisión en los cromosomas. En cambio, la técnica ChIP-chip requiere grandes conjuntos de matrices de mosaico para obtener una resolución menor. [ 10 ]

En esta etapa de secuenciación se emplean numerosos métodos novedosos . Algunas tecnologías de análisis de secuencias utilizan la amplificación en clúster de fragmentos de ADN ChIP ligados a adaptadores en un sustrato sólido de celda de flujo para crear clústeres de aproximadamente 1000 copias clonales cada uno. El conjunto resultante de clústeres de plantillas de alta densidad en la superficie de la celda de flujo se secuencia mediante un programa de análisis genómico. Cada clúster de plantillas se somete a secuenciación por síntesis en paralelo utilizando nuevos nucleótidos terminadores reversibles marcados con fluorescencia. Las plantillas se secuencian base por base en cada lectura. Posteriormente, el software de recopilación y análisis de datos alinea las secuencias de muestra con una secuencia genómica conocida para identificar los fragmentos de ADN ChIP.

Control de calidad

La técnica ChIP-seq nos ofrece un análisis rápido; sin embargo, es necesario realizar un control de calidad para asegurar que los resultados obtenidos sean fiables:

  • Fracción no redundante : las regiones de baja complejidad deben eliminarse ya que no son informativas y pueden interferir con el mapeo en el genoma de referencia . [ 11 ]
  • Fragmentos en picos: proporción de lecturas que se encuentran en picos sobre lecturas que se encuentran donde no hay un pico. [ 11 ]

Sensibilidad

La sensibilidad de esta tecnología depende de la profundidad de la secuenciación (es decir, el número de etiquetas de secuencia mapeadas), el tamaño del genoma y la distribución del factor objetivo. La profundidad de secuenciación está directamente correlacionada con el coste. Si se deben mapear ligandos abundantes en genomas grandes con alta sensibilidad, los costes son elevados, ya que se requerirá un número enormemente alto de etiquetas de secuencia. Esto contrasta con ChIP-chip, en el que los costes no están correlacionados con la sensibilidad. [ 12 ] [ 13 ]

A diferencia de los métodos ChIP basados ​​en microarrays , la precisión del ensayo ChIP-seq no está limitada por el espaciado de las sondas predeterminadas. Al integrar un gran número de lecturas cortas, se obtiene una localización del sitio de unión de alta precisión. En comparación con ChIP-chip, los datos de ChIP-seq pueden utilizarse para localizar el sitio de unión a unas pocas decenas de pares de bases del sitio de unión real de la proteína. Las densidades de etiquetas en los sitios de unión son un buen indicador de la afinidad de unión proteína-ADN, [ 14 ] lo que facilita la cuantificación y comparación de las afinidades de unión de una proteína a diferentes sitios de ADN. [ 15 ]

Investigación actual

Asociación de ADN de STAT1: Se utilizó ChIP-seq para estudiar los genes diana de STAT1 en células HeLa S3, clones de la línea celular HeLa que se utilizan para el análisis de poblaciones celulares. [ 16 ] Posteriormente, se comparó el rendimiento de ChIP-seq con los métodos alternativos de interacción proteína-ADN de ChIP-PCR y ChIP-chip. [ 17 ]

Arquitectura de los promotores mediante nucleosomas: utilizando ChIP-seq, se determinó que los genes de levadura parecen tener una región promotora mínima libre de nucleosomas de 150 pb en la que la ARN polimerasa puede iniciar la transcripción. [ 18 ]

Conservación de factores de transcripción: Se utilizó ChIP-seq para comparar la conservación de los factores de transcripción en el prosencéfalo y el tejido cardíaco en ratones embrionarios. Los autores identificaron y validaron la funcionalidad cardíaca de los potenciadores de la transcripción y determinaron que los potenciadores de la transcripción para el corazón están menos conservados que los del prosencéfalo durante la misma etapa de desarrollo. [ 19 ]

Secuenciación ChIP a nivel genómico: Se realizó la secuenciación ChIP en el gusano C. elegans para explorar los sitios de unión a nivel genómico de 22 factores de transcripción. Hasta el 20 % de los genes candidatos anotados se asignaron a factores de transcripción. Varios factores de transcripción se asignaron a regiones de ARN no codificante y pueden estar sujetos a variables de desarrollo o ambientales. También se identificaron las funciones de algunos de los factores de transcripción. Algunos de estos factores regulan genes que controlan a otros factores de transcripción. Estos genes no están regulados por otros factores. La mayoría de los factores de transcripción actúan como dianas y reguladores de otros factores, lo que demuestra una red de regulación. [ 20 ]

Inferencia de la red reguladora: Se demostró que la señal ChIP-seq de modificación de histonas está más correlacionada con los motivos de factores de transcripción en los promotores en comparación con el nivel de ARN. [ 21 ] Por lo tanto, el autor propuso que el uso de ChIP-seq de modificación de histonas proporcionaría una inferencia más fiable de las redes de regulación génica en comparación con otros métodos basados ​​en la expresión.

ChIP-seq ofrece una alternativa a ChIP-chip. Los datos experimentales de ChIP-seq de STAT1 presentan un alto grado de similitud con los resultados obtenidos mediante ChIP-chip para el mismo tipo de experimento, con más del 64 % de picos en regiones genómicas compartidas. Dado que los datos son lecturas de secuencia, ChIP-seq ofrece un proceso de análisis rápido siempre que se disponga de una secuencia genómica de alta calidad para el mapeo de lecturas y el genoma no contenga secuencias repetitivas que dificulten el proceso de mapeo. ChIP-seq también tiene el potencial de detectar mutaciones en secuencias de sitios de unión, lo que puede respaldar directamente cualquier cambio observado en la unión de proteínas y la regulación génica.

Análisis computacional

Al igual que muchos enfoques de secuenciación de alto rendimiento, ChIP-seq genera conjuntos de datos extremadamente grandes, para los cuales se requieren métodos de análisis computacional apropiados. Para predecir sitios de unión de ADN a partir de datos de recuento de lecturas de ChIP-seq, se han desarrollado métodos de detección de picos . Uno de los métodos más populares es MACS, que modela empíricamente el tamaño del desplazamiento de las etiquetas de ChIP-seq y lo utiliza para mejorar la resolución espacial de los sitios de unión predichos. [ 22 ] MACS está optimizado para picos de mayor resolución, mientras que otro algoritmo popular, SICER, está programado para detectar picos más amplios, que abarcan desde kilobases hasta megabases, con el fin de buscar dominios de cromatina más amplios. SICER es más útil para marcas de histonas que abarcan cuerpos de genes. Un método matemático más riguroso, BCP (Bayesian Change Point), puede utilizarse tanto para picos nítidos como amplios con una velocidad computacional más rápida, [ 23 ] véase la comparación de referencia de herramientas de detección de picos de ChIP-seq de Thomas et al. (2017). [ 24 ]

Otro problema computacional relevante es la detección de picos diferenciales, que identifica diferencias significativas entre dos señales ChIP-seq de distintas condiciones biológicas. Los detectores de picos diferenciales segmentan dos señales ChIP-seq e identifican picos diferenciales mediante modelos ocultos de Markov . Ejemplos de detectores de picos diferenciales de dos etapas son ChIPDiff [ 25 ] y ODIN [ 26 ] .

Para reducir los sitios espurios de ChIP-seq, se pueden usar múltiples controles experimentales para detectar sitios de unión en un experimento de IP. Bay2Ctrls adopta un modelo bayesiano para integrar el control de entrada de ADN para la IP, la IP simulada y su control de entrada de ADN correspondiente para predecir sitios de unión a partir de la IP. [ 27 ] Este enfoque es particularmente efectivo para muestras complejas, como organismos modelo completos. Además, el análisis indica que, para muestras complejas, los controles de IP simulada superan sustancialmente a los controles de entrada de ADN, probablemente debido a los genomas activos de las muestras. [ 27 ]

Véase también

Métodos similares

  • PB-seq , una variante in vitro de ChIP-seq para identificar sitios de unión preferidos del ADN libre de cromatina [ 28 ]
  • Sono-Seq , idéntico a ChIP-Seq pero omitiendo el paso de inmunoprecipitación.
  • ChIP-exo , una variante de ChIP-seq con resolución de pares de bases que utiliza la exonucleasa lambda para identificar los sitios de entrecruzamiento con alta resolución.
  • SELEX , un método para encontrar una secuencia de unión consenso.
  • Calling Cards utiliza una transposasa para marcar la secuencia donde se une un factor de transcripción. [ 29 ]
  • La secuenciación CUT&RUN , que utiliza una escisión controlada dirigida por anticuerpos mediante nucleasa microcócica en lugar de ChIP, permite una mejor relación señal-ruido durante la secuenciación.
  • La secuenciación CUT&Tag , mediante la escisión controlada dirigida por anticuerpos con la transposasa Tn5 en lugar de ChIP, permite una mejor relación señal-ruido durante la secuenciación.
  • HITS-CLIP [ 30 ] [ 31 ] (también llamado CLIP-Seq ), para encontrar interacciones con ARN en lugar de ADN.
  • PAR-CLIP , otro método para identificar los sitios de unión de las proteínas celulares de unión al ARN (RBP).
  • RIP-Chip tiene el mismo objetivo y los mismos primeros pasos, pero no utiliza métodos de reticulación y emplea microarrays en lugar de secuenciación.
  • Prueba de ChIP competitiva , para medir la dinámica de reemplazo relativo en el ADN.
  • Secuenciación ChiRP para medir el ADN y las proteínas unidas al ARN.
  • La técnica DRIP-seq utiliza el anticuerpo S9.6 para precipitar híbridos de ARN y DND de tres hebras denominados bucles R.
  • TCP-seq es un método similar para medir la dinámica de la traducción del ARNm.

Referencias

  1. ↑ Muhammad, Isiaka Ibrahim; Kong, Sze Ling; Akmar Abdullah, Siti Nor; Munusamy, Umaiyal (25 de diciembre de 2019). " RNA-seq y ChIP-seq como enfoques complementarios para la comprensión del mecanismo regulador transcripcional de las plantas" . International Journal of Molecular Sciences . 21 (1): 167. doi : 10.3390/ijms21010167 . ISSN 1422-0067 . PMC 6981605. PMID 31881735 .   
  2. ↑ Johnson DS, Mortazavi A, Myers RM, Wold B (junio de 2007). "Mapeo a nivel genómico de las interacciones proteína-ADN in vivo" ( PDF) . Science . 316 (5830): 1497– 502. Bibcode : 2007Sci...316.1497J . doi : 10.1126/science.1141319 . PMID 17540862. S2CID 519841 .  
  3. ↑ "Secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina del genoma completo (ChIP-Seq)" (PDF) . Illumina, Inc. 26 de noviembre de 2007.
  4. ↑ Song, Lingyun; Crawford, Gregory E. (febrero de 2010). "DNase-seq: una técnica de alta resolución para mapear elementos reguladores de genes activos en todo el genoma de células de mamíferos" . Cold Spring Harbor Protocols . 2010 (2) pdb.prot5384. doi : 10.1101/pdb.prot5384 . ISSN 1559-6095 . PMC 3627383. PMID 20150147 .   
  5. ↑ Giresi, Paul G.; Kim, Jonghwan; McDaniell, Ryan M.; Iyer, Vishwanath R.; Lieb, Jason D. (junio de 2007). " FAIRE (Aislamiento asistido por formaldehído de elementos reguladores) aísla elementos reguladores activos de la cromatina humana" . Genome Research . 17 (6): 877–885 . doi : 10.1101/gr.5533506 . ISSN 1088-9051 . PMC 1891346. PMID 17179217 .   
  6. ↑ Kumar, Vibhor; Muratani, Masafumi; Rayan, Nirmala Arul; Kraus, Petra; Lufkin, Thomas; Ng, Huck Hui; Prabhakar, Shyam (julio de 2013). "Procesamiento uniforme y óptimo de señales de datos de secuenciación profunda mapeados" . Nature Biotechnology . 31 (7): 615– 622. doi : 10.1038/nbt.2596 . ISSN 1087-0156 . PMID 23770639. S2CID 32510475 .   
  7. 1 2 3 4 "Guía ChIP: aplicaciones epigenéticas | Abcam" . www.abcam.com . Consultado el 2 de marzo de 2020 .
  8. ↑ Kim TH, Dekker J (abril de 2018). "Entrecruzamiento de formaldehído". Cold Spring Harbor Protocols . 2018 (4) pdb.prot082594. doi : 10.1101/pdb.prot082594 . PMID 29610357 . 
  9. ↑ Kim TH, Dekker J (abril de 2018). "Preparación de cromatina reticulada para ChIP". Cold Spring Harbor Protocols . 2018 (4) pdb.prot082602. doi : 10.1101/pdb.prot082602 . PMID 29610358 . 
  10. ↑ Park, Peter J. (octubre de 2009). "ChIP-seq: ventajas y desafíos de una tecnología en maduración" . Nature Reviews. Genetics . 10 ( 10): 669– 680. doi : 10.1038/nrg2641 . ISSN 1471-0064 . PMC 3191340. PMID 19736561 .   
  11. 1 2 Chen, Yiwen; Negre, Nicolas; Li, Qunhua; Mieczkowska, Joanna O.; Slattery, Matthew; Liu, Tao; Zhang, Yong; Kim, Tae-Kyung; He, Housheng Hansen; Zieba, Jennifer; Ruan, Yijun (junio de 2012). " Evaluación sistemática de los factores que influyen en la fidelidad de ChIP-seq" . Nature Methods . 9 (6): 609– 614. doi : 10.1038/nmeth.1985 . ISSN 1548-7105 . PMC 3477507. PMID 22522655 .   
  12. ↑ Jung, Youngsook L.; Luquette, Lovelace J.; Ho, Joshua WK; Ferrari, Francesco; Tolstorukov, Michael; Minoda, Aki; Issner, Robbyn; Epstein, Charles B.; Karpen, Gary H.; Kuroda, Mitzi I.; Park, Peter J. (mayo de 2014). "Impacto de la profundidad de secuenciación en experimentos ChIP-seq" . Nucleic Acids Research . 42 (9): e74. doi : 10.1093 / nar/gku178 . ISSN 1362-4962 . PMC 4027199. PMID 24598259 .   
  13. ↑ Ho, Joshua WK; Bishop, Eric; Karchenko, Peter V.; Nègre, Nicolas; White, Kevin P.; Park, Peter J. (28 de febrero de 2011). "ChIP-chip versus ChIP-seq: lecciones para el diseño experimental y el análisis de datos" . BMC Genomics . 12 : 134. doi : 10.1186/1471-2164-12-134 . ISSN 1471-2164 . PMC 3053263. PMID 21356108 .   
  14. ↑ Jothi, et al. (2008). "Identificación a nivel genómico de sitios de unión proteína-ADN in vivo a partir de datos de ChIP-seq" . Nucleic Acids Res . 36 (16): 5221– 5231. doi : 10.1093/nar/gkn488 . PMC 2532738. PMID 18684996 .   
  15. ↑ Bernstein BE, Kamal M, Lindblad-Toh K, Bekiranov S, Bailey DK, Huebert DJ, et al. (enero de 2005). " Mapas genómicos y análisis comparativo de modificaciones de histonas en humanos y ratones" . Cell . 120 (2): 169– 81. doi : 10.1016/j.cell.2005.01.001 . PMID 15680324. S2CID 7193829 .   
  16. ↑ "HeLa S3 de ATCC | Biocompare.com" . www.biocompare.com . Consultado el 21 de marzo de 2020 .
  17. ↑ Robertson G, Hirst M, Bainbridge M, Bilenky M, Zhao Y, Zeng T, et al. (agosto de 2007). " Perfiles de todo el genoma de la asociación de ADN de STAT1 mediante inmunoprecipitación de cromatina y secuenciación masiva en paralelo". Nature Methods . 4 (8): 651– 7. doi : 10.1038/nmeth1068 . PMID 17558387. S2CID 28531263 .   
  18. ↑ Schmid CD, Bucher P (noviembre de 2007). " Los datos de ChIP-Seq revelan la arquitectura de los nucleosomas de los promotores humanos" . Cell . 131 (5): 831–2 , respuesta del autor 832–3. doi : 10.1016/j.cell.2007.11.017 . PMID 18045524. S2CID 29234049 .  
  19. ↑ Blow MJ, McCulley DJ, Li Z, Zhang T, Akiyama JA, Holt A, et al. (septiembre de 2010). "Identificación mediante ChIP-Seq de potenciadores cardíacos débilmente conservados" . Nature Genetics . 42 (9): 806–10 . doi : 10.1038/ng.650 . PMC 3138496. PMID 20729851 .   
  20. ↑ Niu W, Lu ZJ, Zhong M, Sarov M, Murray JI, Brdlik CM, et al. (febrero de 2011). " Características de unión de factores de transcripción diversas reveladas por ChIP-seq de todo el genoma en C. elegans" . Genome Research . 21 (2): 245– 54. doi : 10.1101/gr.114587.110 . PMC 3032928. PMID 21177963 .   
  21. ↑ Kumar V, Muratani M, Rayan NA, Kraus P, Lufkin T, Ng HH, Prabhakar S (julio de 2013). "Procesamiento uniforme y óptimo de señales de datos de secuenciación profunda mapeados" . Nature Biotechnology . 31 (7): 615–22 . doi : 10.1038/nbt.2596 . PMID 23770639 . 
  22. ↑ Zhang Y, Liu T, Meyer CA, Eeckhoute J, Johnson DS, Bernstein BE, et al. (2008). " Análisis basado en modelos de ChIP-Seq (MACS)" . Genome Biology . 9 (9): R137. doi : 10.1186/gb-2008-9-9-r137 . PMC 2592715. PMID 18798982 .   
  23. ↑ Xing H, Mo Y, Liao W, Zhang MQ (2012). "Localización a nivel genómico de la unión proteína-ADN y la modificación de histonas mediante un método bayesiano de puntos de cambio con datos de ChIP-seq" . PLOS Comput Biol . 8 (7) e1002613. Bibcode : 2012PLSCB...8E2613X . doi : 10.1371/journal.pcbi.1002613 . PMC 5429005. PMID 22844240 .  
  24. ↑ Thomas R, Thomas S, Holloway AK, Pollard KS (2017). "Características que definen los mejores algoritmos de detección de picos en ChIP-seq" . Brief Bioinform . 18 (3): 441– 450. doi : 10.1093/bib/bbw035 . PMC 5429005. PMID 27169896 .  
  25. ↑ Xu H, Wei CL, Lin F, Sung WK ​​(octubre de 2008). "Un enfoque HMM para la identificación a nivel genómico de sitios de modificación de histonas diferenciales a partir de datos ChIP-seq" . Bioinformatics . 24 (20): 2344–9 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn402 . PMID 18667444 . 
  26. ↑ Allhoff M, Seré K, Chauvistré H, Lin Q, Zenke M, Costa IG (diciembre de 2014). "Detección de picos diferenciales en señales ChIP-seq con ODIN". Bioinformatics . 30 (24): 3467–75 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu722 . PMID 25371479 . 
  27. 12 Xu , Jinrui; Kudron, Michelle M; Victorsen, Alec; Gao, Jiahao; Ammouri, Haneen N; Navarro, Fabio CP; Gevirtzman, Luis; Waterston, Robert H; Blanco, Kevin P; Reinke, Valerie; Gerstein, Mark (21 de diciembre de 2020). "Para burlarse o no: una comparación completa de entradas de ADN y IP simuladas para ChIP-seq" . Investigación de ácidos nucleicos . 49 (3) gkaa1155. doi : 10.1093/nar/gkaa1155 . ISSN 0305-1048 . PMC 7897498 . PMID 33347581 .   
  28. ↑ Guertin, Michael J; André L Martins; Adam Siepel; John T Lis (2012). "Predicción precisa de las intensidades de unión de factores de transcripción inducibles in vivo" . PLOS Genet . 8 (3) e1002610. doi : 10.1371/journal.pgen.1002610 . PMC 3315474. PMID 22479205 .  
  29. ↑ Wang H, Mayhew D, Chen X, Johnston M, Mitra RD (mayo de 2011). "Las tarjetas de identificación permiten la identificación multiplexada de los objetivos genómicos de las proteínas de unión al ADN" . Genome Research . 21 (5): 748– 55. doi : 10.1101/gr.114850.110 . PMC 3083092. PMID 21471402 .  
  30. ↑ Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, et al. (noviembre de 2008). " HITS-CLIP proporciona información a nivel genómico sobre el procesamiento alternativo del ARN en el cerebro" . Nature . 456 (7221): 464–9 . Bibcode : 2008Natur.456..464L . doi : 10.1038/nature07488 . PMC 2597294. PMID 18978773 .   
  31. ↑ Darnell RB (2010). "HITS-CLIP: vistas panorámicas de la regulación proteína-ARN en células vivas" . Wiley Interdisciplinary Reviews. ARN . 1 (2): 266– 286. doi : 10.1002/wrna.31 . PMC 3222227. PMID 21935890 .  
  • Catálogo ReMap : Un análisis ChIP-Seq integrador y uniforme de elementos reguladores a partir de más de 2800 conjuntos de datos ChIP-seq, que proporciona un catálogo de 80 millones de picos de 485 reguladores de la transcripción. [ 1 ]
  • Base de datos ChIPBase : una base de datos para explorar mapas de unión de factores de transcripción a partir de datos ChIP-Seq . Proporciona el conjunto de datos ChIP-Seq más completo para diversos tipos de células/tejidos y condiciones.
  • Base de datos y herramienta de análisis GeneProf : GeneProf es un entorno de análisis de fácil uso y acceso gratuito para datos de ChIP-seq y RNA-seq, e incluye una amplia base de datos de experimentos públicos ya analizados, por ejemplo, para la unión de factores de transcripción y modificaciones de histonas.
  • Llamada de picos diferenciales Archivado el 15 de mayo de 2021 en Wayback Machine : Tutorial para la llamada de picos diferenciales con ODIN.
  • Análisis bioinformático de datos ChIP-seq : Análisis exhaustivo de datos ChIP-seq. [ 2 ]
  • KLTepigenome : Descubriendo la variabilidad correlacionada en conjuntos de datos epigenómicos mediante la transformación de Karhunen-Loeve.
  • SignalSpider : una herramienta para el descubrimiento de patrones probabilísticos en múltiples perfiles de señales ChIP-Seq normalizados.
  • FullSignalRanker : una herramienta para la regresión y la predicción de picos en múltiples perfiles de señales ChIP-Seq normalizados.

  1. ↑ Chèneby J, Gheorghe M, Artufel M, Mathelier A, Ballester B (enero de 2018). "ReMap 2018: un atlas actualizado de regiones reguladoras a partir de un análisis integrador de experimentos ChIP-seq de unión al ADN" . Nucleic Acids Research . 46 (D1): D267– D275. doi : 10.1093 / nar/gkx1092 . PMC 5753247. PMID 29126285 .  
  2. ↑ Bailey T, Krajewski P, Ladunga I, Lefebvre C, Li Q, Liu T, et al. (2013). " Directrices prácticas para el análisis integral de datos ChIP-seq" . PLOS Computational Biology . 9 (11) e1003326. Bibcode : 2013PLSCB...9E3326B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003326 . PMC 3828144. PMID 24244136 .   
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