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CLIP DE ÉXITOS

La secuenciación de alto rendimiento de ARN aislado por inmunoprecipitación con entrecruzamiento ( HITS-CLIP ) es una variante de CLIP [ 1 ] para el mapeo a escala genómica de s...

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La secuenciación de alto rendimiento de ARN aislado por inmunoprecipitación con entrecruzamiento ( HITS-CLIP ) es una variante de CLIP [ 1 ] para el mapeo a escala genómica de sitios de unión proteína - ARN o sitios de modificación de ARN in vivo . [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] HITS-CLIP se utilizó originalmente para generar mapas de interacción proteína-ARN a escala genómica para la proteína de unión a ARN específica de neuronas y el factor de empalme NOVA1 y NOVA2; [ 3 ] desde entonces se han generado varios otros mapas de factores de empalme, incluidos los de PTB, [ 5 ] RbFox2, [ 6 ] SFRS1, [ 7 ] hnRNP C, [ 8 ] e incluso modificaciones de ARNm de N6-metiladenosina (m6A). [ 4 ] [ 9 ]

Se ha realizado HITS-CLIP de la proteína de unión a ARN Argonaute para la identificación de dianas de microARN [ 10 ] mediante la decodificación de mapas de interacción microARN -ARNm y proteína-ARN en el cerebro de ratón, [ 11 ] [ 12 ] y posteriormente en Caenorhabditis elegans , [ 13 ] células madre embrionarias [ 14 ] y células de cultivo de tejidos. [ 15 ]

Como una modificación novedosa de HITS-CLIP, se desarrolló m6A-CLIP para mapear con precisión las ubicaciones de N6-metiladenosina (m6A) en el ARNm mediante el entrecruzamiento por UV del anticuerpo m6A al ARN diana. [ 4 ] [ 9 ] Recientemente, la bioinformática mejorada aplicada a Argonaute HITS-CLIP permite la identificación de sitios de unión con resolución de un solo nucleótido. [ 16 ]

Métodos similares

  • PAR-CLIP , para identificar los sitios de unión de las proteínas de unión a ARN (RBP) celulares y los complejos de ribonucleoproteínas que contienen microARN (miRNP) en células de cultivo de tejidos.
  • iCLIP permite una amplificación completa de la biblioteca de ADNc, incluidos los ADNc truncados, lo que también proporciona un medio adicional para identificar los sitios de entrecruzamiento.

Referencias

  1. ↑ Ule, Jernej; Jensen, Kirk B.; Ruggiu, Matteo; Mele, Aldo; Ule, Aljaz; Darnell, Robert B. (2003-11-14). "CLIP identifica redes de ARN reguladas por Nova en el cerebro". Science . 302 (5648): 1212– 1215. Bibcode : 2003Sci...302.1212U . doi : 10.1126/science.1090095 . ISSN 1095-9203 . PMID 14615540 . S2CID 23420615 .   
  2. ↑ Darnell RB (2010). "HITS-CLIP: vistas panorámicas de la regulación proteína-ARN en células vivas" . Wiley Interdiscip Rev RNA . 1 (2): 266– 86. doi : 10.1002/wrna.31 . PMC 3222227. PMID 21935890 .  
  3. 1 2 Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB (noviembre de 2008). "HITS-CLIP proporciona información a nivel genómico sobre el procesamiento alternativo del ARN en el cerebro" . Nature . 456 ( 7221): 464–9 . Bibcode : 2008Natur.456..464L . doi : 10.1038/nature07488 . PMC 2597294. PMID 18978773 .  
  4. 1 2 3 Ke, S; Alemu, EA; Mertens, C; Gantman, EC; Fak, JJ; Mele, A; Haripal, B; Zucker-Scharff, I; Moore, MJ; Park, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Klungland, A; Darnell, JE; Darnell, RB (24 de septiembre de 2015). "La mayoría de los residuos de m6A se encuentran en los últimos exones, lo que permite el potencial de regulación de la UTR 3'" . Genes & Development . 29 (19): 2037– 53. doi : 10.1101 / gad.269415.115 . PMC 4604345. PMID 26404942 .  
  5. ↑ Xue Y, Zhou Y, Wu T, Zhu T, Ju X, Kwon YS, Zhang C, Yeo G, Black DL, Sun H, Fu XD, Zhang Y (2009), "Análisis a nivel genómico de las interacciones PTB-ARN revela una estrategia utilizada por el represor general del empalme para modular la inclusión o el salto de exones", Molecular Cell , 36 (6): 996–1006 , doi : 10.1016/j.molcel.2009.12.003 , PMC 2807993 , PMID 20064465  
  6. ↑ Yeo GW, Coufal NG, Liang TY, Peng GE, Fu XD, Gage FH (2009). "Un código de ARN para el regulador de empalme FOX2 revelado mediante el mapeo de interacciones ARN-proteína en células madre" . Nat Struct Mol Biol . 16 (2): 130– 137. doi : 10.1038/nsmb.1545 . PMC 2735254. PMID 19136955 .  
  7. ↑ Sanford JR, Wang X, Mort M, Fanduyn N, Cooper DN, Mooney SD, Edenberg HJ, Liu Y (2009). " El factor de empalme SFRS1 reconoce un panorama funcionalmente diverso de transcritos de ARN" . Genome Research . 19 (3): 381– 394. doi : 10.1101/gr.082503.108 . PMC 2661799. PMID 19116412 .  
  8. ↑ Konig J, Zarnack K, Rot G, Curk T, Kayikci M, Zupan B, Turner DJ, Luscombe NM, Ule J (2010), "iCLIP revela la función de las partículas hnRNP en el empalme con resolución de nucleótido individual", Nat Struct Mol Biol , 17 (7): 909– 915, doi : 10.1038/nsmb.1838 , PMC 3000544 , PMID 20601959  
  9. 1 2 Ke, S; Pandya-Jones, A; Saito, Y; Fak, JJ; Vågbø, CB; Geula, S; Hanna, JH; Black, DL; Darnell, JE; Darnell, RB (15 de mayo de 2017). " Las modificaciones de ARNm m6A se depositan en el pre-ARNm naciente y no son necesarias para el empalme, pero sí especifican el recambio citoplasmático" . Genes & Development . 31 (10): 990– 1006. doi : 10.1101/gad.301036.117 . PMC 5495127. PMID 28637692 .  
  10. ↑ Thomson, DW; Bracken, CP; Goodall, GJ (2011-06-07). "Estrategias experimentales para la identificación de dianas de microARN" . Nucleic Acids Research . 39 (16): 6845– 6853. doi : 10.1093/nar/gkr330 . PMC 3167600. PMID 21652644 .  
  11. ↑ Chi, SW; Zang, JB; Mele, A.; Darnell, RB (2009), "Argonaute HITS-CLIP decodifica mapas de interacción microARN-ARNm", Nature , 460 (7254): 479–486 , Bibcode : 2009Natur.460..479C , doi : 10.1038/nature08170 , PMC 2733940 , PMID 19536157  
  12. ↑ Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH (2011). "starBase: una base de datos para explorar mapas de interacción microARN–ARNm a partir de datos Argonaute CLIP-Seq y Degradome-Seq" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos): D202– D209. doi : 10.1093 / nar/gkq1056 . PMC 3013664. PMID 21037263 .  
  13. ↑ Zisoulis DG, Lovci MT, Wilbert ML, Hutt KR, Liang TY, Pasquinelli AE, Yeo GW ​​(2010), "Descubrimiento exhaustivo de sitios de unión endógenos de Argonaute en Caenorhabditis elegans", Nat Struct Mol Biol , 17 (2): 173– 179, doi : 10.1038/nsmb.1745 , PMC 2834287 , PMID 20062054  
  14. ↑ Leung AK, Young AG, Bhutkar A, Zheng GX, Bosson AD, Nielsen CB, Sharp PA (2011), "Identificación a nivel genómico de sitios de unión de Ago2 en células madre embrionarias de ratón con y sin microARN maduros", Nat Struct Mol Biol , 19 (9): 1084, doi : 10.1038/nsmb0911-1084a , PMC 3078052 
  15. ↑ Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T (2010), "Identificación a nivel de todo el transcriptoma de sitios diana de proteínas de unión a ARN y microARN mediante PAR-CLIP", Cell , 141 (1): 129– 141, doi : 10.1016/j.cell.2010.03.009 , PMC 2861495 , PMID 20371350  
  16. ↑ Zhang, C.; Darnell, RB (2011). "Mapeo de interacciones proteína-ARN in vivo con resolución de un solo nucleótido a partir de datos HITS-CLIP" . Nature Biotechnology . 29 (7): 607– 614. doi : 10.1038/nbt.1873 . PMC 3400429. PMID 21633356 .  
  • CLIPSim-MC : CLIPSim-MC es una herramienta que utiliza datos CLIP-seq para encontrar emparejamientos de miRNA /MRE mediante un enfoque basado en Monte Carlo. [ 1 ]
  • Base de datos starBase : una base de datos para explorar interacciones miRNA-ARNm, miRNA- ARNlnc , miRNA - ARNsnc , miRNA - ARNcirc , miRNA-pseudogen, proteína - ARNlnc , proteína-ARN y redes ceRNA a partir de datos HITS-CLIP ( CLIP-Seq , PAR-CLIP , iCLIP , CLASH ) y sitios objetivo de microARN de TargetScan [ 2 ] , PicTar, RNA22, miRanda y PITA .
  • clipz : una herramienta para analizar secuencias cortas de ARN procedentes de experimentos HITS-CLIP.
  • dCLIP : dCLIP es un programa en Perl para descubrir regiones de unión diferencial en dos experimentos comparativos de CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP o iCLIP).
  1. ↑ Peter M. Clark; Phillipe Loher; Kevin Quann; Jonathan Brody; Eric R. Londin; Isidore Rigoutsos (2014), "Argonaute CLIP-Seq revela la diversidad del microARN diana en diferentes tipos de tejido", Scientific Reports , 4 (5947): 5947, Bibcode : 2014NatSR...4.5947C , doi : 10.1038/srep05947 , PMC 4894423 , PMID 25103560  
  2. ↑ Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (12 de agosto de 2015). " Predicción de sitios diana de microARN efectivos en ARNm de mamíferos" . eLife . 4 e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ISSN 2050-084X . PMC 4532895. PMID 26267216 .