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CLIP PAR

PAR-CLIP [ 1 ] ( entrecruzamiento e inmunoprecipitación potenciados por ribonucleósidos fotoactivables ) es un método bioquímico para identificar los sitios de unión de las prot...

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PAR-CLIP [ 1 ] ( entrecruzamiento e inmunoprecipitación potenciados por ribonucleósidos fotoactivables ) es un método bioquímico para identificar los sitios de unión de las proteínas de unión a ARN (RBP) celulares y los complejos de ribonucleoproteínas que contienen microARN (miRNP). El método se basa en la incorporación de análogos de ribonucleósidos fotorreactivos , como la 4-tiouridina (4-SU) y la 6-tioguanosina (6-SG), en los transcritos de ARN nacientes por células vivas. La irradiación de las células con luz ultravioleta de 365  nm induce un entrecruzamiento eficiente de los ARN celulares marcados con nucleósidos fotorreactivos a las RBP interactuantes. La inmunoprecipitación de la RBP de interés es seguida por el aislamiento del ARN entrecruzado y co-inmunoprecipitado. El ARN aislado se convierte en una biblioteca de ADNc y se secuencia en profundidad utilizando tecnología de secuenciación de nueva generación . [ 1 ] [ 2 ]

Recientemente, se ha aplicado PAR-CLIP para determinar los sitios de unión en todo el transcriptoma de varios complejos de ribonucleoproteínas que contienen RBP y microARN conocidos con alta resolución. [ 1 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]

Métodos similares

  • CLIP-Seq , un método similar para identificar los sitios de unión de las proteínas de unión al ARN (RBP) celulares [ 6 ] o los sitios de modificación del ARN [ 7 ] utilizando luz UV para unir el ARN a las RBP sin la incorporación de grupos fotoactivables en el ARN.

Referencias

  1. 1 2 3 Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T (2010). "Identificación a nivel de todo el transcriptoma de sitios diana de proteínas de unión a ARN y microARN mediante PAR-CLIP" . Cell . 141 (1): 129– 141. doi : 10.1016/j.cell.2010.03.009 . PMC 2861495. PMID 20371350 .  
  2. ↑ Hafner, M.; Landthaler, M.; Burger, L.; Khorshid, M.; Hausser, J.; Berninger, P.; Rothballer, A.; Ascano, M.; Jungkamp, ​​AC; Munschauer, M.; Ulrich, A.; Wardle, GS; Dewell, S.; Zavolan, M.; Tuschl, T. (2010). "PAR-CliP - Un método para identificar en todo el transcriptoma los sitios de unión de las proteínas de unión al ARN" . Journal of Visualized Experiments (41). doi : 10.3791/2034 . PMC 3156069. PMID 20644507 .  
  3. ↑ Yang JH, Li JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH (2011). "starBase: una base de datos para explorar mapas de interacción microARN–ARNm a partir de datos Argonaute CLIP-Seq y Degradome-Seq" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos): D202– D209. doi : 10.1093 / nar/gkq1056 . PMC 3013664. PMID 21037263 .  
  4. ↑ Skalsky RL, Corcoran DL, Gottwein E, Frank CL, Kang D, Hafner M, Nusbaum JD, Feederle R, Delecluse HJ, Luftig MA, Tuschl T, Ohler U, Cullen BR (2012). "El microARN viral y celular diana en líneas celulares linfoblastoides" . PLOS Pathogens . 8 (1) e1002484. doi : 10.1371/journal.ppat.1002484 . PMC 3266933. PMID 22291592 .  
  5. ↑ Gottwein E, Corcoran DL, Mukherjee N, Skalsky RL, Hafner M, Nusbaum JD, Shamulailatpam P, Love CL, Dave SS, Tuschl T, Ohler U, Cullen BR (2011). "Origen de microARN virales de líneas celulares de linfoma de efusión primaria infectadas por KSHV" . Cell Host and Microbe . 10 (5): 515– 526. doi : 10.1016/j.chom.2011.09.012 . PMC 3222872. PMID 22100165 .  
  6. ↑ Licatalosi DD, Mele A, Fak JJ, Ule J, Kayikci M, Chi SW, Clark TA, Schweitzer AC, Blume JE, Wang X, Darnell JC, Darnell RB (noviembre de 2008). "HITS-CLIP proporciona información a nivel genómico sobre el procesamiento alternativo del ARN en el cerebro" . Nature . 456 ( 7221): 464–9 . Bibcode : 2008Natur.456..464L . doi : 10.1038/nature07488 . PMC 2597294. PMID 18978773 .  
  7. ↑ Ke, S; Alemu, EA; Mertens, C; Gantman, EC; Fak, JJ; Mele, A; Haripal, B; Zucker-Scharff, I; Moore, MJ; Park, CY; Vågbø, CB; Kusnierczyk, A; Klungland, A; Darnell, JE; Darnell, RB (24 de septiembre de 2015). "La mayoría de los residuos de m6A se encuentran en los últimos exones, lo que permite el potencial de regulación de la región 3' UTR" . Genes & Development . 29 (19): 2037–53 . doi : 10.1101/gad.269415.115 . PMC 4604345. PMID 26404942 .  
  • Base de datos starBase : decodificación de interacciones miRNA-ARNm, miRNA- ARNlnc , miRNA-ARNsnc, miRNA- ARNcirc , miRNA-pseudogen, proteína-ARNlnc, proteína-ARNnc y redes ceRNA a partir de datos PAR-CLIP ( CLIP-Seq , HITS-CLIP , iCLIP ) y sitios objetivo de microARN de TargetScan [ 1 ] , PicTar, RNA22, miRanda y PITA .
  • Base de datos BIMSB doRiNA : una base de datos para explorar las interacciones proteína-ARN, microARN-diana a partir de datos PAR-CLIP , CLIP-Seq , HITS-CLIP , iCLIP y predicciones de sitios diana de microARN PICTAR.
  • miRTarCLIP Archivado el 14/03/2014 en Wayback Machine : Un enfoque computacional para identificar interacciones entre microARN y sus dianas utilizando secuenciación CLIP y PAR-CLIP de alto rendimiento .
  • dCLIP : dCLIP es un programa en Perl para descubrir regiones de unión diferencial en dos experimentos comparativos de CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP o iCLIP).
  • PARalyzer : PARalyzer es un algoritmo que genera un mapa de alta resolución de los sitios de interacción entre las proteínas de unión al ARN y sus dianas. El algoritmo utiliza las lecturas de secuenciación profunda generadas a partir de experimentos PAR-CLIP.
  1. ↑ Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (12 de agosto de 2015). " Predicción de sitios diana de microARN efectivos en ARNm de mamíferos" . eLife . 4 e05005. doi : 10.7554/eLife.05005 . ISSN 2050-084X . PMC 4532895. PMID 26267216 .