BioPerl

BioPerl ^{[ 1 ] [ 2 ]} es una colección de módulos Perl que facilitan el desarrollo de scripts Perl para aplicaciones bioinformáticas . Ha desempeñado un papel fundamental en el Proyecto Genoma Humano . ^{[ 3 ]}

BioPerl es un proyecto de software de código abierto activo apoyado por la Open Bioinformatics Foundation . El primer conjunto de códigos Perl de BioPerl fue creado por Tim Hubbard y Jong Bhak en el MRC Centre de Cambridge, donde Fred Sanger llevó a cabo la primera secuenciación del genoma . El MRC Centre fue uno de los centros y cunas de la bioinformática moderna, ya que poseía una gran cantidad de secuencias de ADN y estructuras proteicas 3D. Hubbard utilizaba la biblioteca Perl, que contenía muchas subrutinas Perl útiles para la bioinformática. Bhak, el primer estudiante de doctorado de Hubbard, creó . Bhak fusionó las dos bibliotecas de subrutinas Perl en . El nombre BioPerl fue acuñado conjuntamente por Bhak y Steven Brenner en el Centre for Protein Engineering (CPE). En 1995, Brenner organizó una sesión de BioPerl en la conferencia Intelligent Systems for Molecular Biology , celebrada en Cambridge. BioPerl tuvo algunos usuarios en los meses siguientes, incluido Georg Fuellen, quien organizó un curso de formación en Alemania. Los colegas y estudiantes de Fuellen ampliaron considerablemente BioPerl; otros, incluido Steve Chervitz, lo ampliaron aún más, ya que él desarrollaba activamente códigos Perl para su base de datos del genoma de la levadura. La mayor expansión se produjo cuando Ewan Birney, estudiante de Cambridge , se unió al equipo de desarrollo.th_lib.pljong_lib.plBio.pl

La primera versión estable se lanzó el 11 de junio de 2002; la versión estable más reciente (en términos de API) es la 1.7.2, del 7 de septiembre de 2017. También se publican periódicamente versiones para desarrolladores. La serie de versiones 1.7.x se considera la versión más estable (en cuanto a errores) de BioPerl y se recomienda para uso diario.

Para aprovechar BioPerl, el usuario necesita un conocimiento básico del lenguaje de programación Perl, incluyendo cómo usar las referencias, los módulos, los objetos y los métodos de Perl.

BioPerl proporciona módulos de software para muchas de las tareas típicas de la programación bioinformática. Estas incluyen:

• Acceso a datos de secuencias de nucleótidos y péptidos desde bases de datos locales y remotas.

Ejemplo de acceso a GenBank para recuperar una secuencia:

usar Bio::DB::GenBank ;$db_obj = Bio::DB::GenBank -> nuevo ;$seq_obj = $db_obj -> get_Seq_by_acc ( # Insertar número de acceso );

• Transformación de formatos de registros de bases de datos/archivos

Código de ejemplo para transformar formatos

usar Bio::SeqIO ;mi $uso = "all2y.pl informat outfile outfileformat" ; mi $informat = shift or die $uso ; mi $outfile = shift or die $uso ; mi $outformat = shift or die $uso ;mi $seqin = Bio::SeqIO -> nuevo ( - fh => * STDIN , - formato => $informato , ); mi $seqout = Bio::SeqIO -> nuevo ( - archivo => ">$outfile" , - formato => $outformat , );while ( my $inseq = $seqin -> next_seq ) { $seqout -> write_seq ( $inseq ); }

• Manipulación de secuencias individuales

Ejemplo de recopilación de estadísticas para una secuencia determinada

use Bio::Tools::SeqStats ; $seq_stats = Bio::Tools::SeqStats -> new ( $seqobj );$weight = $seq_stats -> get_mol_wt (); $monomer_ref = $seq_stats -> count_monomers ();# para secuencia de ácido nucleico $codon_ref = $seq_stats -> count_codons ();

• Buscando secuencias similares
• Creación y manipulación de alineamientos de secuencias
• Búsqueda de genes y otras estructuras en el ADN genómico.
• Desarrollo de anotaciones de secuencias legibles por máquina

Además de ser utilizado directamente por los usuarios finales, ^{[ 4 ]} BioPerl también ha proporcionado la base para una amplia variedad de herramientas bioinformáticas, incluidas entre otras :

• SynBrowse ^{[ 5 ]}
• GeneComber ^{[ 6 ]}
• TFBS ^{[ 7 ]}
• MIMOX ^{[ 8 ]}
• BioParser ^{[ 9 ]}
• Diseño de cebadores degenerados ^{[ 10 ]}
• Consulta de las bases de datos públicas ^{[ 11 ]}
• Tabla comparativa actual ^{[ 12 ]}

Las nuevas herramientas y algoritmos de desarrolladores externos suelen integrarse directamente en BioPerl:

• Manejo de árboles filogenéticos y taxones anidados ^{[ 13 ]}
• Herramientas web de FPC ^{[ 14 ]}

BioPerl fue uno de los primeros repositorios de módulos biológicos que mejoró su usabilidad. Cuenta con módulos muy fáciles de instalar, además de un repositorio global flexible. BioPerl utiliza buenos módulos de prueba para una gran variedad de procesos.

Existen muchas maneras de usar BioPerl, desde scripts sencillos hasta programación orientada a objetos muy compleja. Esto hace que el lenguaje no sea del todo claro y, a veces, difícil de entender. A pesar de la gran cantidad de módulos que tiene BioPerl, algunos no siempre funcionan como deberían.

Existen varias bibliotecas bioinformáticas relacionadas, implementadas en otros lenguajes de programación, que forman parte de la Open Bioinformatics Foundation , entre las que se incluyen:

• Biopython
• BioJava
• BioRubí
• BioPHP
• BioJS
• Bioconductor

• Proyecto BioGenoma de la Tierra