Fundación Abierta de Bioinformática

La Open Bioinformatics Foundation es una organización sin ánimo de lucro , gestionada por voluntarios, centrada en el apoyo a la programación de código abierto en bioinformática . ^{[ 1 ]} La misión de la fundación es apoyar el desarrollo de herramientas de código abierto para bioinformática, organizar hackatones para desarrolladores y, en general, contribuir al desarrollo y la promoción del software de código abierto en las ciencias de la vida. La fundación también organiza y dirige la Conferencia Anual de Código Abierto de Bioinformática , una reunión paralela a la conferencia de Sistemas Inteligentes para la Biología Molecular . ^{[ 2 ]}

La fundación participa regularmente en el Google Summer of Code , actuando como organización coordinadora de proyectos individuales relacionados con la bioinformática. ^{[ 3 ] [ 4 ]} También gestiona un programa de "Becas para Eventos" para apoyar a los investigadores en su asistencia a eventos presenciales o en línea. El programa se centra especialmente en facilitar la asistencia de investigadores de grupos subrepresentados. ^{[ 5 ]}

La Open Bioinformatics Foundation se creó en 2001, a partir de los proyectos BioJava , BioPerl y BioPython . En 2005 se estableció una membresía formal para la fundación. ^{[ 1 ]} En octubre de 2012, la fundación inició una colaboración con Software in the Public Interest (SPI), una organización sin fines de lucro con sede en EE. UU. que ayuda a otras organizaciones en la creación y distribución de software libre y de código abierto . Esta colaboración con SPI permite realizar donaciones financieras a la fundación (estas son organizaciones exentas de impuestos según la sección 501(c)3 en EE. UU.). ^{[ 1 ] [ 6 ]}

La fundación está gobernada por una junta directiva que representa a varios proyectos Bio*. Desde 2019, el presidente de la OBF es Peter Cock ( BioPython ). ^{[ 7 ]} Entre los presidentes anteriores de la OBF se encuentran Ewan Birney y Hilmar Lapp ( NESCent ), y entre los miembros anteriores de la junta directiva se encuentra Steven E. Brenner . ^{[ 8 ]}

La fundación aloja servidores para listas de correo, sitios web y repositorios de código para varios proyectos de código abierto relacionados con la bioinformática, entre ellos: ^{[ 9 ]}

• BioJava – Kit de herramientas Java
• BioMOBY : Ejecución de datos y aplicaciones a través de servicios web.
• BioPerl – Kit de herramientas Perl
• BioPython – Kit de herramientas de Python
• BioRuby – Kit de herramientas Ruby
• BioPHP
• EMBOSS – Kit de herramientas para el análisis de secuencias.

• Lista de software bioinformático de código abierto
• Base de datos genérica de organismos modelo

• Sitio web de la Fundación de Bioinformática Abierta