BioPHP

BioPHP es una colección de código PHP de código abierto , con clases para análisis de secuencias de ADN y proteínas, alineación, análisis de bases de datos y otras herramientas bioinformáticas . BioRuby se publica bajo la licencia GNU GPL versión 2 ^{[ 1 ]} y es uno de los proyectos Bio*, diseñados para reducir la duplicación de código ^{[ 2 ]} . Como proyecto bioinformático de código abierto, BioPHP está afiliado a la Open Bioinformatics Foundation ^{[ 3 ]} .

El proyecto BioPHP surgió de GenePHP, iniciado por Serge Gregorio en 2003. GenePHP fue concebido como una implementación en PHP de paquetes bioinformáticos similares, como BioPerl , BioPython y BioRuby . BioPHP fue desarrollado en diciembre de 2005 por Joseba Bikandi en la Universidad del País Vasco , España, como una extensión de GenePHP. GenePHP es uno de los cuatro proyectos que actualmente conforman BioPHP. ^{[ 1 ]}

BioPHP se divide en cuatro «proyectos». El proyecto GenePHP tiene una estructura similar a la de otros proyectos Bio*, con varias clases que representan (entre otras cosas) secuencias de ADN y proteínas, así como alineamientos de secuencias. Cada clase está diseñada para ser lo suficientemente general como para resultar útil en varios proyectos de BioPHP. De manera similar, el proyecto Functions tiene como objetivo crear varias funciones para realizar tareas en objetos de clase y reducir la duplicación de código entre proyectos. Los proyectos Minitools y Tools tienen como objetivo generar un conjunto de scripts PHP para tareas pequeñas y repetitivas; los scripts del proyecto Tools generalmente tienen requisitos especiales, como la interacción con scripts o código que no son PHP (escritos, por ejemplo, en Perl o C ). ^{[ 1 ]}

• Fundación Abierta de Bioinformática

• Sitio web oficial
• Un BioPHP orientado a objetos
• Biografía de Lee Katz