Hispanopedia WikiBioRuby es una colección de código Ruby de código abierto , que comprende clases para biología molecular computacional y bioinformática . Contiene clases para análisis de secuencias de ADN y proteínas , alineación de secuencias , análisis de bases de datos biológicas, biología estructural y otras tareas bioinformáticas. [ 1 ] BioRuby se publica bajo la licencia BSD de 2 cláusulas o licencia Ruby [ 2 ] y es uno de varios proyectos Bio*, diseñados para reducir la duplicación de código. [ 3 ]
En 2011, el proyecto BioRuby introdujo el sistema de complementos de software Biogem, [ 4 ] con dos o tres nuevos complementos añadidos cada mes.
BioRuby se gestiona a través del sitio web de BioRuby y el repositorio de GitHub . [ 5 ] [ 6 ]
Historia
BioRubí
El proyecto BioRuby fue iniciado en 2000 por Toshiaki Katayama como una implementación en Ruby de paquetes bioinformáticos similares como BioPerl y BioPython . La versión inicial 0.1 fue actualizada frecuentemente por colaboradores tanto de manera informal como en eventos organizados de "hackathon"; en junio de 2005, BioRuby fue financiado por IPA como un Proyecto de Software Exploratorio, [ 7 ] culminando con el lanzamiento de la versión 1.0.0 en febrero de 2006. [ 8 ] Entre 2009 y 2012, BioRuby fue el foco de varios proyectos de Google Summer of Code para mejorar el código base. [ 9 ] BioRuby Versión 2.0.0 fue lanzado en 2019. [ 6 ]
Biogem
Biogem proporciona un conjunto de herramientas para bioinformáticos que desean codificar una aplicación o biblioteca que utilice o extienda la biblioteca principal de BioRuby, así como compartir el código como una gema en rubygems.org. [ 10 ] Cualquier gema publicada a través del marco de Biogem también se lista en biogems.info. [ 11 ]
El objetivo de Biogem es promover un enfoque modular para el paquete BioRuby y simplificar la creación de módulos mediante la automatización del proceso de configuración de la estructura de directorios/archivos, un repositorio git y la publicación de bases de datos de paquetes en línea. [ 12 ]
Biogemas populares
Véase también
Referencias
- ↑ Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T (octubre de 2010). "BioRuby: software bioinformático para el lenguaje de programación Ruby" . Bioinformatics . 26 ( 20): 2617–9 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq475 . PMC 2951089. PMID 20739307 .
- ↑ "bioruby/README.rdoc en master · bioruby/bioruby" . 8 de mayo de 2014. Consultado el 9 de noviembre de 2014 .
- ↑ Mangalam H (2002). "Los conjuntos de herramientas Bio*: una breve descripción general" . Brief Bioinform . 3 (3): 296– 302. doi : 10.1093/bib/3.3.296 . PMID 12230038 .
- ↑ Bonnal R, Aerts J, Githinji G, Goto N, MacLean D, Miller C, Mishima H, Pagani M, Ramirez-Gonzalez R, Smant G, Strozzi F, Syme R, Vos R, Wennblom T, Woodcroft B, Katayama T, Prins P (abril de 2012). "Biogem: un enfoque eficaz basado en herramientas para escalar el desarrollo de software de código abierto en bioinformática" . Bioinformatics . 28 ( 7): 1035–7 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts080 . PMC 3315718. PMID 22332238 .
- ↑ "bioruby/bioruby" . Proyecto BioRuby. 15 de mayo de 2021. Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- 1 2 "BioRuby" . bioruby.org . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ↑ "IPA Innovation Platform Agency, Japón : IPA: Proyecto exploratorio de recursos humanos en TI (Programa MITOH)" .
- ↑ " [ BioRuby ] BioRuby 1.0.0 lanzado" . 27-02-2006 . Consultado el 10-09-2014 .
- ↑ "bioruby/documents" . GitHub . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ↑ "RubyGems.org | tu comunidad de alojamiento de gemas" . rubygems.org . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ↑ "biogems.info - gemas para bioinformática" . biogems.info . Consultado el 25 de mayo de 2021 .
- ↑ "Plugins - BioRuby" .
Enlaces externos
- Sitio web oficial
- Software bioinformático gratuito
- Software libre programado en Ruby
- Ciencia computacional
- Software de bioinformática
- Software que utiliza la licencia BSD.
