Base de datos genérica de organismos modelo

El proyecto Base de Datos Genérica de Organismos Modelo ( GMOD ) proporciona a las comunidades de investigación biológica un conjunto de herramientas de software de código abierto para visualizar, anotar, gestionar y almacenar datos biológicos. El proyecto GMOD está financiado por los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos , la Fundación Nacional de Ciencias y el Servicio de Investigación Agrícola del USDA .

Historia

El proyecto GMOD se inició a principios de la década de 2000 como una colaboración entre varias bases de datos de organismos modelo (MOD) que compartían la necesidad de crear herramientas de software similares para procesar datos de proyectos de secuenciación. Las MOD, o bases de datos específicas de organismos , describen el genoma y otra información sobre organismos experimentales importantes en las ciencias de la vida y capturan los grandes volúmenes de datos e información que genera la biología moderna . En lugar de que cada grupo diseñara su propio software, cuatro MOD principales ( FlyBase , Saccharomyces Genome Database , Mouse Genome Database y at) funcionan con una base de datos de esquema Chado.

Esquema de la base de datos Chado

El esquema Chado ^{[ 1 ]} tiene como objetivo abarcar muchas de las clases de datos que utilizan frecuentemente los biólogos modernos, desde datos genéticos hasta árboles filogenéticos, publicaciones, organismos, datos de microarrays, identificadores y expresión de ARN/proteínas. Chado utiliza ampliamente vocabularios controlados para clasificar todas las entidades de la base de datos; por ejemplo: genes, transcripciones, exones, elementos transponibles, etc., se almacenan en una tabla de características, con el tipo proporcionado por la Ontología de Secuencias . Cuando se agrega un nuevo tipo a la Ontología de Secuencias, la tabla de características no requiere ninguna modificación, solo una actualización de los datos en la base de datos. Lo mismo ocurre en gran medida con los datos de análisis que también se pueden almacenar en Chado.

Los módulos principales existentes de Chado son:

secuencia - para secuencias/características
cv - para vocabularios controlados/ontologías
general - actualmente solo dbxrefs
organismo - datos taxonómicos
pub - publicación y referencias
companalysis: amplía el módulo de secuencias con datos de análisis computacional.
mapa - mapas no secuenciales
genética - datos genéticos y fenotípicos
expresión - expresión génica
diversidad natural - datos de población

Software

La lista completa de componentes de software de GMOD se encuentra en la página de Componentes de GMOD. ^{[ 2 ]} Estos componentes incluyen:

Bases de datos participantes

Las siguientes bases de datos de organismos contribuyen a GMOD o adoptan componentes de GMOD para bases de datos de organismos modelo.

Proyectos relacionados

Bioperl , BioJava , Biopython , BioRuby , etc.
Ensembl
Ontología genética
DAS
Esquema Unificado de Genómica
Manatí: Herramienta de anotación manual
Biocurator.org
Ontologías biomédicas abiertas
Proyecto de Ontología de Secuencias

Véase también

Referencias

↑ Christopher J. Mungall; David B. Emmert; The FlyBase Consortium (2007). "Un estudio de caso de Chado: un esquema modular basado en ontologías para representar información biológica asociada al genoma" . Bioinformatics . 23 (13): i337– i346. doi : 10.1093/bioinformatics/btm189 . PMID 17646315 .
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↑ «XORT-GMOD» . gmod.org .
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↑ «Apolo - GMOD» . gmod.org .
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Enlaces externos

sitio web de GMOD

[1] Christopher J. Mungall; David B. Emmert; The FlyBase Consortium (2007). "Un estudio de caso de Chado: un esquema modular basado en ontologías para representar información biológica asociada al genoma" . Bioinformatics . 23 (13): i337– i346. doi : 10.1093/bioinformatics/btm189 . PMID 17646315 .

[2] "Componentes de GMOD - GMOD" . gmod.org .

[3] "Chado - Primeros pasos - GMOD" . gmod.org .

[4] «XORT-GMOD» . gmod.org .

[5] "GMODTools - GMOD" . gmod.org .

[6] "Tripal" . gmod.org.

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[8] "Apollo — Documentación de Apollo 2.7.0" . genomearchitect.readthedocs.io .

[9] "GBrowse - GMOD" . gmod.org . Archivado del original el 28 de marzo de 2019. Consultado el 16 de agosto de 2011 .Error de cita: Parámetro desconocido "name"gbrowse"" en la <ref>etiqueta; los parámetros admitidos son dir, follow, group, name (consulte la página de ayuda ).

[10] Stein LD; Mungall C; Shu S; Caudy M; Mangone M; Day A; Nickerson E; Stajich JE; Harris TW; Arva A; Lewis S. (2002). "El navegador genérico del genoma: un bloque de construcción para una base de datos de sistemas de organismos modelo" . Genome Res . 12 (10): 1599– 610. doi : 10.1101/gr.403602 . PMC 187535. PMID 12368253 .

[11] "JBrowse - GMOD" . gmod.org .

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[13] "CMap - GMOD" . gmod.org .

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[15] Afganistán, E.; panadero, D.; van den Beek, M.; Blankenberg, D.; Bouvier, D.; Čech, M.; Chilton, J.; Clementes, D.; Coraor, N.; Eberhard, C.; Grüning, B.; Guerler, A.; Hillman-Jackson, J.; Von Kuster, G.; Rasche, E.; Soranzo, N.; Turaga, N.; Taylor, J.; Nekrutenko, A.; Goecks, J. (8 de julio de 2016). "La plataforma Galaxy para análisis biomédicos accesibles, reproducibles y colaborativos: actualización de 2016" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (T1): T3 – T10. doi : 10.1093/nar/gkw343 . PMC 4987906 . PMID 27137889 .

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[17] Tassy, Olivier; Dauga, Delfina; Daian, Fabrice; Sobral, Daniel; Robin, François; Khoueiry, Pierre; Salgado, David; zorro, vanessa; Caillol, Danièle; Schiappa, Renaud; Laporte, Bautista; Ríos, Anne; Luxardi, Guillaume; Kusakabe, Takehiro; Joly, Jean-Stéphane; Darras, Sébastien; Christiaen, Lionel; Contensín, Magali; Auger, Hélène; Lamy, Clément; Hudson, Clara; Rothbächer, Ute; Gilchrist, Michael J.; Makabe, Kazuhiro W.; Hotta, Kohji; Fujiwara, Shigeki; Satoh, Nori; Sato, Yutaka; Lemaire, Patrick (1 de octubre de 2010). " La base de datos ANISEED: Representación digital, formalización y elucidación de un programa de desarrollo de cordados" . Genome Research . 20 (10): 1459– 1468. doi : 10.1101/gr.108175.110 . ISSN 1088-9051 . PMC 2945195. PMID 20647237 .

[18] Weems, Danforth; Miller, Neil; Garcia-Hernandez, Margarita; Huala, Eva; Rhee, Seung Y. (2004). "Diseño, implementación y mantenimiento de una base de datos de organismos modelo para Arabidopsis thaliana" . Genómica comparativa y funcional . 5 (4): 362– 369. doi : 10.1002/cfg.408 . ISSN 1531-6912 . PMC 2447457. PMID 18629167 .

[19] Wang L; Wang S; Li Y; Paradesi MS; Brown SJ. (2007). "BeetleBase: la base de datos de organismos modelo para Tribolium castaneum" . Nucleic Acids Res . 35 (número especial de bases de datos): D476–9. doi : 10.1093/nar/gkl776 . PMC 1669707. PMID 17090595 .

[20] "BeetleBase" . www.bioinformatics.ksu.edu/Be . Archivado del original el 13 de julio de 2006.

[21] Noronha, Antonio; Cui, Changhai; Harris, Robert Adron; Crabbe, John C. (2014). Neurobiología de la dependencia del alcohol . Elsevier. ISBN 978-0-12-407155-1.

[22] Chisholm RL; Gaudet P; Just EM; Pilcher KE; Fey P; Merchant SN; Kibbe WA. (2006). "dictyBase, la base de datos del organismo modelo para Dictyostelium discoideum" . Nucleic Acids Res . 34 (número especial de bases de datos): D423–7. doi : 10.1093/nar/ gkj090 . PMC 1347453. PMID 16381903 .

[23] Arnaiz O; Cain S; Cohen J; Sperling L. (2007). "ParameciumDB: un recurso comunitario que integra la secuencia del genoma de Paramecium tetraurelia con datos genéticos" . Nucleic Acids Res . 35 (número especial de bases de datos): D439–44. doi : 10.1093/nar/gkl777 . PMC 1669747. PMID 17142227 .

[24] Colbourne JK; Singan VR; Gilbert DG. (2005). "wFleaBase: la base de datos del genoma de Daphnia" . BMC Bioinformatics . 6 : 45. doi : 10.1186/1471-2105-6-45 . PMC 555599. PMID 15752432 .

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