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Articulo de referencia

Tim Hubbard

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Timothy John Phillip Hubbard es profesor de bioinformática en el King's College de Londres , jefe de análisis genómico en Genomics England y miembro honorario del Wellcome Trust Sanger Institute en Cambridge, Reino Unido. [ 7 ] [ 8 ] [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] Desde el 1 de marzo de 2024, Hubbard se convirtió en director de la infraestructura europea de datos de ciencias de la vida ELIXIR . [ 14 ]

Educación

Hubbard se educó en la Universidad de Cambridge, donde obtuvo una licenciatura en Ciencias Naturales (Bioquímica) en 1985. Posteriormente realizó investigaciones sobre diseño de proteínas en el Departamento de Cristalografía del Birkbeck College de Londres, donde obtuvo un doctorado en 1988 [ 15 ] por una investigación supervisada por Tom Blundell .

Investigación y carrera

Los intereses de investigación de Hubbard se centran en la bioinformática , la biología computacional y la informática genómica . [ 6 ] Durante su permanencia en WTSI, supervisó a varios estudiantes de doctorado que completaron con éxito sus estudios en estas áreas de investigación. [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] [ 21 ]

Tras una estancia postdoctoral en el Instituto de Investigación de Ingeniería de Proteínas de Osaka , en el marco del programa de formación científica de la UE en Japón (1989-1990), regresó a Cambridge y se convirtió en becario Zeneca del Consejo de Investigación Médica (MRC) , Centro de Ingeniería de Proteínas . En 1997 se incorporó al Instituto Wellcome Trust Sanger como jefe de Análisis del Genoma Humano . Tim fue jefe de Informática desde 2007 hasta 2013, año en que fue cedido a tiempo parcial como asesor especializado del NHS England , participando en la implementación de programas de genómica para la salud. [ 22 ]

Hubbard fue nombrado Profesor de Bioinformática en King's en octubre de 2013. [ 23 ] Su investigación ha sido publicada en importantes revistas científicas revisadas por pares , incluyendo Nature , [ 24 ] [ 25 ] [ 26 ] el Journal of Molecular Biology , [ 1 ] [ 27 ] Nucleic Acids Research , [ 3 ] [ 4 ] Genome Biology , [ 2 ] Nature Methods , [ 28 ] Nature Reviews Cancer [ 29 ] y Bioinformatics . [ 30 ] Su investigación ha sido financiada por el Medical Research Council (MRC) y el Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) . [ 31 ]

Referencias

  1. 1 2 Murzin, AG; Brenner, S. ; Hubbard, T. ; Chothia, C. (1995). "SCOP: Una base de datos de clasificación estructural de proteínas para la investigación de secuencias y estructuras" (PDF) . Journal of Molecular Biology . 247 (4): 536– 540. doi : 10.1016/S0022-2836(05)80134-2 . PMID 7723011 . Archivado del original (PDF) el 26-04-2012. 
  2. 1 2Harrow , J; Denoeud, F; Franco, A; Reymond, A; Chen, CK; Chrast, J; Lagarde, J; Gilbert, JG; Piso, R; Swarbreck, D; Rossier, C; Ucla, C; Hubbard, T; Antonarakis, SE; Guigo, R (2006). "GENCODE: Generación de una anotación de referencia para ENCODE" . Biología del genoma . 7 (Suplemento 1): S4.1–9. doi : 10.1186/gb-2006-7-s1-s4 . PMC 1810553 . PMID 16925838 .  
  3. 1 2 Hubbard, T. ; Barker, D.; Birney, E. ; Cameron, G.; Chen, Y.; Clark, L.; Cox, T.; Cuff, J.; Curwen, V.; Down, T.; Durbin, R.; Eyras, E.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Huminiecki, L.; Kasprzyk, A.; Lehvaslaiho, H.; Lijnzaad, P.; Melsopp, C.; Mongin, E.; Pettett, R.; Pocock, M.; Potter, S.; Rust, A.; Schmidt, E.; Searle, S.; Slater, G.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A. (2002). "El proyecto de base de datos del genoma Ensembl" . Nucleic Acids Research . 30 (1): 38– 41. doi : 10.1093/nar/30.1.38 . PMC 99161 . PMID 11752248 .  
  4. 1 2 Farrell, CM; O'Leary, NA; Harte, RA; Loveland, JE; Wilming, LG; Wallin, C.; Diekhans, M.; Barrell, D.; Searle, SMJ; Aken, B.; Hiatt, SM; Frankish, A.; Suner, M. -M.; Rajput, B.; Steward, CA; Brown, GR; Bennett, R.; Murphy, M.; Wu, W.; Kay, MP; Hart, J.; Rajan, J.; Weber, J.; Snow, C.; Riddick, LD; Hunt, T.; Webb, D.; Thomas, M.; Tamez, P.; Rangwala, SH (2013). "Estado actual y nuevas características de la base de datos de secuencias codificantes de consenso" . Nucleic Acids Research . 42 (número especial de bases de datos): D865– D872. doi : 10.1093/nar/ gkt1059 . PMC 3965069. PMID 24217909 .  
  5. ↑ Moult, J; Hubbard, T ; Fidelis, K; Pedersen, JT (1999). "Evaluación crítica de los métodos de predicción de la estructura de proteínas (CASP): Ronda III". Proteins . Suppl 3 (S3): 2– 6. doi : 10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+ < 2::aid-prot2 > 3.3.co ; 2-u . PMID 10526346 . 
  6. 1 2 Publicaciones de Tim Hubbard indexadas por Google Académico
  7. 1 2 "Genomics England publica los resultados de su evaluación de anotaciones" . Genomics England . 2014. Archivado del original el 12 de enero de 2015.
  8. ↑ Tim Hubbard en X
  9. ↑ Publicaciones de Tim J. P. Hubbard indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (Se requiere suscripción)
  10. ↑ Página de perfil del autor Tim JP Hubbard en la Biblioteca Digital de la ACM
  11. ↑ Tim JP Hubbard en el servidor de bibliografía DBLP
  12. ↑ Hopkin, Karen (1 de octubre de 2009). "Tim Hubbard: Gurú del genoma" . The Scientist . Archivado del original el 4 de marzo de 2014.
  13. ↑ Publicaciones de Tim Hubbard en Europa PubMed Central
  14. ↑ "Tim Hubbard será el nuevo director de ELIXIR" . 1 de diciembre de 2023.
  15. ↑ Hubbard, Tim (1988). Diseño, expresión y caracterización de una nueva proteína (tesis doctoral). Universidad de Londres. Archivado del original el 19 de mayo de 2015.
  16. ↑ Brosch, Markus (2010). Desarrollo de métodos computacionales para el análisis de datos proteómicos para la anotación del genoma (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC 890149364 . 
  17. ↑ Down, Thomas Alexander (2004). Localización computacional de promotores y sitios de inicio de transcripción en genomas de mamíferos (tesis doctoral). Universidad de Cambridge.
  18. ↑ Doğruel, Mutlu (2008). Identificación computacional basada en motivos de la localización subcelular de proteínas (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC 890154619 . 
  19. ↑ Mattison, Jenny (2009). Análisis de conjuntos de datos de mutaciones asociadas al cáncer en todo el genoma en ratones y humanos (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC 890152898 . 
  20. ↑ Piipari, Matias (2011). Inferencia y clasificación de motivos cis-reguladores eucariotas (tesis doctoral). Universidad de Cambridge.
  21. ↑ Pocock, Matthew Richard (2004). Análisis computacional de genomas (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC 890159072 . 
  22. ↑ "Docente Honorario del Instituto Wellcome Trust Sanger - Dr. Tim Hubbard" . Archivado del original el 23 de marzo de 2015.
  23. ↑ "Profesor Tim Hubbard, King's College de Londres" . Archivado del original el 23 de febrero de 2014.
  24. ↑ Consorcio del Proyecto ENCODE, Birney E , Stamatoyannopoulos JA , Dutta A, Guigó R, Gingeras TR, Margulies EH, Weng Z, Snyder M, Dermitzakis ET; et al. (2007). "Identificación y análisis de elementos funcionales en el 1% del genoma humano por el proyecto piloto ENCODE" . Nature . 447 ( 7146): 799–816 . Bibcode : 2007Natur.447..799B . doi : 10.1038/nature05874 . PMC 2212820. PMID 17571346 .   {{cite journal}}: CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
  25. ^ Lander, ES ; Linton, M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, C.; Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; Fitzhugh, W.; Funke, R.; calibre, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann, L.; Lehoczky, J.; Levine, R.; McEwan, P.; McKernan, K.; Meldrim, J.; Mesirov, JP; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J.; Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; et al. (febrero de 2001). «Secuenciación inicial y análisis del genoma humano» (PDF) . Naturaleza . 409 (6822): 860– 921. Bibcode : 2001Natur.409..860L . doi : 10.1038/35057062 . ISSN 0028-0836 . PMID 11237011 .   
  26. ↑ Birney, E ; Bateman, A ; Clamp, ME; Hubbard, TJ (2001). "Explorando el borrador del genoma humano" . Nature . 409 ( 6822): 827–8 . Bibcode : 2001Natur.409..827B . doi : 10.1038/35057004 . PMC 2658632. PMID 11236999 .  
  27. ↑ Park, J; Teichmann, SA ; Hubbard, T ; Chothia, C (1997). "Las secuencias intermedias aumentan la detección de homología entre secuencias". Journal of Molecular Biology . 273 (1): 349– 54. doi : 10.1006/jmbi.1997.1288 . PMID 9367767 . 
  28. ↑ Engström, PRG; Steijger, T.; Sipos, B.; Grant, GR; Kahles, A.; Alioto, T.; Behr, J.; Bertone, P.; Bohnert, R.; Campaña, D.; Davis, California; Dobin, A.; Engstrom, PRG; Gingeras, TR; Goldman, N.; Grant, GR; Guigó, R.; Harrow, J.; Hubbard, TJ; Jean, GR; Kahles, A.; Kosarev, P.; Li, S.; Liu, J.; Masón, CE; Molodtsov, V.; Ning, Z.; Ponstingl, H.; Prins, JF; Ratsch, G. (2013). "Evaluación sistemática de programas de alineación empalmados para datos de RNA-seq" . Métodos de la naturaleza . 10 (12): 1185– 91. doi : 10.1038/nmeth.2722 . PMC 4018468 . PMID 24185836 .  
  29. ↑ Futreal, PA; Coin, L; Marshall, M; Down, T; Hubbard, T ; Wooster, R; Rahman, N ; Stratton, MR (2004). "Un censo de genes del cáncer humano" . Nature Reviews Cancer . 4 (3): 177– 83. doi : 10.1038/nrc1299 . PMC 2665285. PMID 14993899 .  
  30. ↑ Reeves, GA; Eilbeck, K.; Magrane, M.; O'Donovan, C.; Montecchi-Palazzi, L.; Harris, MA; Orchard, S.; Jimenez, RC; Prlic, A.; Hubbard, TJP ; Hermjakob, H.; Thornton, JM (2008). "The Protein Feature Ontology: A tool for the unification of protein feature annotations" . Bioinformatics . 24 ( 23): 2767– 2772. doi : 10.1093/bioinformatics/btn528 . PMC 2912506. PMID 18936051 .  
  31. ↑ "Subvenciones del Gobierno del Reino Unido concedidas a Tim Hubbard" . Consejos de Investigación del Reino Unido . Archivado del original el 9 de abril de 2015.
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