Articulo de referencia

Alex Bateman

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Alexander George Bateman es biólogo computacional y jefe de recursos de secuencias de proteínas en el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI) , que forma parte del Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en Cambridge, Reino Unido. [ 9 ] [ 11 ] Ha liderado el desarrollo de la base de datos biológica Pfam [ 12 ] y ha introducido la base de datos Rfam de familias de ARN . También ha participado en el uso de Wikipedia para la anotación comunitaria de bases de datos biológicas. [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]

Educación

Bateman recibió una licenciatura en Bioquímica de la Universidad de Newcastle en 1994. Recibió su doctorado de la Universidad de Cambridge en 1997, por una investigación supervisada por Cyrus Chothia en el Laboratorio de Biología Molecular (LMB) del MRC [ 18 ] [ 19 ] [ 20 ] sobre la evolución de la superfamilia de proteínas inmunoglobulinas . [ 21 ] [ 22 ] Durante este tiempo, también trabajó con Sean Eddy para descubrir nuevos dominios proteicos utilizando el software HMMER . [ 23 ]

Carrera e investigación

En 1997, Bateman se unió al Wellcome Trust Sanger Institute para liderar el desarrollo de la base de datos biológica Pfam . En 2003, introdujo la base de datos Rfam de familias de ARN. [ 6 ] [ 23 ] También participó en el análisis de proteínas para la publicación del genoma humano. [ 23 ] [ 24 ]

Desde 2012, ha sido Jefe de Recursos de Secuencias de Proteínas en EMBL-EBI. [ 25 ]

Bateman también ha participado en la promoción del uso de Wikipedia dentro de la comunidad científica [ 26 ] y, en particular, la anotación comunitaria de bases de datos biológicas a través de Wikipedia, por ejemplo, la anotación de la base de datos Rfam a través de WikiProject RNA . [ 27 ]

Bateman fue editor ejecutivo de la revista Bioinformatics de 2004 a 2012 y también ha sido editor de Nucleic Acids Research , Genome Biology y Current Protocols in Bioinformatics . [ 2 ] [ 3 ] En 2014, fue nombrado uno de los primeros editores honorarios de Bioinformatics . [ 28 ] Desde 2015, Bateman también forma parte de la Junta Directiva de la ISCB. [ 29 ]

Premios y distinciones

Bateman recibió el Premio Benjamin Franklin de bioinformática en 2010. [ 30 ] [ 31 ] Se convirtió en el tercer exmiembro del laboratorio de Richard Durbin en ganar el premio, después de Sean Eddy y Ewan Birney . [ 30 ] [ 10 ] Bateman fue elegido miembro de la ISCB en 2017 por la Sociedad Internacional de Biología Computacional . [ 8 ] [ 32 ]

Alex Bateman (izquierda) y Cyrus Chothia (derecha), en la conferencia de la ISMB en Dublín en 2015.

Referencias

  1. Alex Bateman en la Biblioteca del Congreso
  2. 1 2 "Alex Bateman: Líder sénior del equipo de recursos de secuencias de proteínas y líder del grupo de investigación Bateman" . Uniprot.org. Archivado del original el 16 de marzo de 2015.
  3. 1 2 "Alex Bateman Publons" . Publons.com. Archivado del original el 16 de marzo de 2015.
  4. Bateman, A. ; Coin, L.; Durbin, R. ; Finn, RD; Hollich, V.; Griffiths-Jones, S.; Khanna, A.; Marshall, M.; Moxon, S.; Sonnhammer, EL; Studholme, DJ; Yeats, C.; Eddy, SR (2004). "La base de datos de familias de proteínas Pfam" . Nucleic Acids Research . 32 ( número especial de bases de datos): 138D–1141. doi : 10.1093/nar/gkh121 . ISSN 0305-1048 . PMC 308855. PMID 14681378 .   Icono de acceso abierto
  5. Sammut, SJ; Finn, RD; Bateman, A (2008). "Pfam 10 años después: 10.000 familias y sigue creciendo" . Briefings in Bioinformatics . 9 (3): 210– 9. doi : 10.1093/bib/bbn010 . PMID 18344544 . 
  6. 1 2 Griffiths-Jones, S; Bateman, A; Marshall, M; Khanna, A; Eddy, SR (2003). "Rfam: Una base de datos de familias de ARN" . Nucleic Acids Research . 31 (1): 439– 41. doi : 10.1093 / nar/gkg006 . PMC 165453. PMID 12520045 .  
  7. Griffiths-Jones, S; Grocock, RJ; Van Dongen, S; Bateman, A; Enright, AJ (2006). "MiRBase: secuencias de microARN, objetivos y nomenclatura genética" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): D140-4. doi : 10.1093/nar/ gkj112 . PMC 1347474. PMID 16381832 .  
  8. 1 2 Anónimo (2017). "Miembros de la ISCB" . iscb.org . Sociedad Internacional de Biología Computacional . Archivado del original el 20 de marzo de 2017.
  9. 1 2 Publicaciones de Alex Bateman indexadas por Google Académico
  10. 1 2 Chakradhar, Shraddha (2012). "Heng Li reconoce su linaje Durbin al aceptar el premio Franklin" . bio-itworld.com. Archivado del original el 30 de marzo de 2013.
  11. Alex Bateman en el servidor de bibliografía DBLP
  12. Finn, RD; Mistry, J.; Schuster-Böckler, B.; Griffiths-Jones, S.; Hollich, V.; Lassmann, T.; Moxon, S.; Marshall, M.; Khanna, A.; Durbin, R.; Eddy, SR; Sonnhammer, EL; Bateman, A. (enero de 2006). "Pfam: clanes, herramientas web y servicios" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): D247– D251. doi : 10.1093 / nar/gkj149 . ISSN 0305-1048 . PMC 1347511. PMID 16381856 .   
  13. Logan, DW; Sandal, M.; Gardner, PP; Manske, M. ; Bateman, A. (2010). " Diez reglas sencillas para editar Wikipedia" . PLOS Computational Biology . 6 (9) e1000941. Bibcode : 2010PLSCB...6E0941L . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000941 . PMC 2947980. PMID 20941386 .  Icono de acceso abierto
  14. "Grupo Bateman < Investigación < EMBL-EBI" . Instituto Europeo de Bioinformática. Archivado del original el 1 de octubre de 2013.
  15. Publicaciones de Alex Bateman en Europe PubMed Central
  16. Publicaciones de Alex Bateman indexadas en la base de datos bibliográfica Scopus . (Se requiere suscripción)
  17. Burge, S.; Attwood, TK ; Bateman, A .; Berardini, TZ; Cherry, M.; O'Donovan, C.; Xenarios, L.; Gaudet, P. (2012). "Bioconservadores y bioconservación: un análisis de los desafíos del siglo XXI" . Base de datos . 2012 bar059. doi : 10.1093/database/bar059 . PMC 3308150. PMID 22434828 .  
  18. "Valores familiares – Personas – EMBO" . 8 de junio de 2021. Consultado el 14 de julio de 2023 .
  19. Bateman, A ; Eddy, SR ; Chothia, C (1996). "Miembros de la superfamilia de inmunoglobulinas en bacterias" . Protein Science . 5 (9): 1939–41 . doi : 10.1002/pro.5560050923 . PMC 2143528. PMID 8880921 .  
  20. Bateman, A; Jouet, M; MacFarlane, J; Du, JS; Kenwrick, S; Chothia, C (1996). "Estructura esquemática de la molécula de adhesión celular L1 humana y los sitios donde las mutaciones causan trastornos neurológicos" . The EMBO Journal . 15 (22): 6050– 9. doi : 10.1002/j.1460-2075.1996.tb00993.x . PMC 452426. PMID 8947027 .  
  21. Bateman, Alexander George (1997). Evolución de la estructura y función de la superfamilia de inmunoglobulinas . ethos.bl.uk (tesis doctoral). Universidad de Cambridge. OCLC 879391333 . 
  22. Bateman, A ; Murzin, AG; Teichmann, SA (1998). "Estructura y distribución de repeticiones de pentapéptidos en bacterias" . Protein Science . 7 (6): 1477–80 . doi : 10.1002/pro.5560070625 . PMC 2144021. PMID 9655353 .  
  23. 1 2 3 "Página de archivo: Dr. Alex Bateman - Wellcome Trust Sanger Institute" . Wellcome Trust Sanger Institute. Archivado del original el 13 de octubre de 2014.
  24. Lander, Eric S.; et al. (15 de febrero de 2001). "Secuenciación y análisis inicial del genoma humano" . Nature . 409 (6822): 860– 921. doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . PMID 11237011 .  
  25. "Alex Bateman < Personas y grupos < Sobre nosotros < EMBL-EBI" . EBI. Archivado del original el 1 de octubre de 2013.
  26. Bateman, Alex (2012). "Por qué los científicos deberían publicar en Wikipedia" . Wired UK . Archivado del original el 9 de julio de 2012.
  27. Daub, J.; Gardner, PP; Tate, J.; Ramsköld, D.; Manske, M. ; Scott, WG; Weinberg, Z.; Griffiths-Jones, S.; Bateman, A. (2008). "The RNA WikiProject: Community annotation of RNA families" . RNA . 14 ( 12): 2462–2464 . doi : 10.1261/rna.1200508 . PMC 2590952. PMID 18945806 .  
  28. Anónimo (2014). "15 años de "Bioinformática"" . Bioinformática . 30 (6): 747. doi : 10.1093/bioinformatics/btu076 . PMID 24642573 . 
  29. "Directivos y junta directiva de la ISCB" . Sociedad Internacional de Biología Computacional. Archivado del original el 24 de julio de 2014.
  30. 1 2 "Alex Bateman gana el premio Benjamin Franklin 2010 - Bio-IT World" . www.bio-itworld.com. Archivado del original el 14 de agosto de 2012.
  31. "¡Alex gana el premio Benjamin Franklin!" . Blog de Xfam. Abril de 2010. Archivado del original el 28 de abril de 2010.
  32. "13 de febrero de 2017: La Sociedad Internacional de Biología Computacional nombra a siete miembros como la promoción de 2017 de la ISCB" . www.iscb.org . Consultado el 13 de febrero de 2017 .
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