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En biología molecular, STRING ( Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins , anteriormente Search Tool for Recurring Instances of Neighbouring Genes ) es una base de datos biológica y un recurso web de interacciones proteína-proteína conocidas y predichas . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ]

La base de datos STRING contiene información de numerosas fuentes, incluyendo datos experimentales, métodos de predicción computacional y colecciones de texto públicas. Es de libre acceso y se actualiza periódicamente. El recurso también sirve para resaltar enriquecimientos funcionales en listas de proteínas proporcionadas por el usuario, utilizando varios sistemas de clasificación funcional como GO , Pfam y KEGG . La última versión 11b contiene información sobre aproximadamente 59 millones de proteínas de más de 12 000 organismos. [ 7 ] STRING ha sido desarrollado por un consorcio de instituciones académicas que incluye CPR , EMBL , KU , SIB , TUD y UZH .

Uso

Las redes de interacción proteína-proteína son un componente importante para la comprensión sistémica de los procesos celulares. Dichas redes pueden utilizarse para filtrar y evaluar datos de genómica funcional y para proporcionar una plataforma intuitiva para anotar las propiedades estructurales, funcionales y evolutivas de las proteínas. Explorar las redes de interacción predichas puede sugerir nuevas líneas de investigación experimental y proporcionar predicciones entre especies para un mapeo de interacciones eficiente. [ 8 ]

Red de interacción proteína-proteína visualizada mediante STRING. En esta vista, la saturación del color de los bordes representa la puntuación de confianza de una asociación funcional.

Características

Los datos se ponderan e integran, y se calcula una puntuación de confianza para todas las interacciones proteicas. Los resultados de las distintas predicciones computacionales pueden consultarse desde diferentes vistas. STRING cuenta con dos modos: modo proteína y modo COG . Las interacciones predichas se propagan a proteínas de otros organismos cuya interacción se ha descrito mediante inferencia de ortología . Se dispone de una interfaz web para acceder a los datos y obtener una visión general rápida de las proteínas y sus interacciones. Existe un complemento para Cytoscape que permite utilizar los datos de STRING. Otra forma de acceder a los datos de STRING es mediante la interfaz de programación de aplicaciones (API), creando una URL que contenga la solicitud.

Fuentes de datos

Al igual que muchas otras bases de datos que almacenan conocimiento sobre la asociación de proteínas, STRING importa datos de interacciones proteína-proteína derivadas experimentalmente mediante la curación de la literatura. Además, STRING también almacena interacciones predichas computacionalmente a partir de: (i) minería de textos científicos, (ii) interacciones calculadas a partir de características genómicas y (iii) interacciones transferidas de organismos modelo basadas en la ortología. [ 9 ]

Todas las interacciones predichas o importadas se comparan con una referencia común de asociación funcional, tal como la anota KEGG (Enciclopedia de Genes y Genomas de Kioto).

Datos importados

STRING importa información sobre la asociación de proteínas desde bases de datos de interacción física y bases de datos de vías biológicas seleccionadas ( MINT , HPRD , BIND , DIP , BioGRID , KEGG , Reactome , IntAct , EcoCyc , NCI-Nature Pathway Interaction Database , GO ). Se proporcionan enlaces a los datos originales de los respectivos repositorios experimentales y recursos de bases de datos.

Minería de texto

Se analiza una gran cantidad de textos científicos ( SGD , OMIM , FlyBase , PubMed ) para buscar coocurrencias estadísticamente relevantes de nombres de genes.

Datos previstos

  • Entorno genómico similar: Un contexto genómico similar en diferentes especies sugiere una función similar de las proteínas.
  • Eventos de fusión-fisión: Es muy probable que las proteínas que se fusionan en algunos genomas estén vinculadas funcionalmente (al igual que en otros genomas donde los genes no están fusionados).
  • Ocurrencia: Las proteínas que tienen una función similar o que aparecen en la misma vía metabólica deben expresarse juntas y tener un perfil filogenético similar .
  • Coexpresión: Asociación prevista entre genes basada en patrones observados de expresión simultánea de genes.

Referencias

  1. ↑ Szklarczyk, Damian; Gable, Annika L.; Lyon, David; Junge, Alexander; Wyder, Stefan; Huerta-Cepas, Jaime; Simonovic, Milan; Doncheva, Nadezhda T.; Morris, John H.; Bork, Peer; Jensen, Lars J. (8 de enero de 2019). "STRING v11: redes de asociación proteína-proteína con mayor cobertura, que apoyan el descubrimiento funcional en conjuntos de datos experimentales de todo el genoma" . Nucleic Acids Research . 47 (D1): D607– D613. doi : 10.1093/nar/gky1131 . ISSN 1362-4962 . PMC 6323986. PMID 30476243 .   
  2. ↑ Szklarczyk, Damian; Morris, John H.; Cook, Helen; Kuhn, Michael; Wyder, Stefan; Simonovic, Milan; Santos, Alberto; Doncheva, Nadezhda T.; Roth, Alexander; Bork, Peer; Jensen, Lars J. (4 de enero de 2017). "La base de datos STRING en 2017: redes de asociación proteína-proteína con control de calidad, ampliamente accesibles" . Nucleic Acids Research . 45 (D1): D362– D368. doi : 10.1093/nar/gkw937 . ISSN 1362-4962 . PMC 5210637. PMID 27924014 .   
  3. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Wyder S, Forslund K, Heller D, Huerta-Cepas J, Simonovic M, Roth A, Santos A, Tsafou KP, Kuhn M, Bork P, Jensen LJ, von Mering C (2015). "STRING v10: redes de interacción proteína-proteína, integradas en el árbol de la vida" . Nucleic Acids Res . 43 (número especial de bases de datos): D447–52. doi : 10.1093 / nar/gku1003 . PMC 4383874. PMID 25352553 .  
  4. ↑ Franceschini A, Szklarczyk D, Frankild S, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Lin J, Minguez P, Bork P, von Mering C, Jensen LJ (2013). "STRING v9.1: redes de interacción proteína-proteína, con mayor cobertura e integración" . Nucleic Acids Res . 41 (número especial de bases de datos): D808–15. doi : 10.1093 / nar/gks1094 . PMC 3531103. PMID 23203871 .  
  5. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C (2011). "La base de datos STRING en 2011: redes de interacción funcional de proteínas, integradas y puntuadas globalmente" . Nucleic Acids Res . 39 (número especial de bases de datos): D561–8. doi : 10.1093/nar/ gkq973 . PMC 3013807. PMID 21045058 .  
  6. ↑ Snel, B; Lehmann, G; Bork, P y Huynen, MA (2000). "STRING: un servidor web para recuperar y mostrar el vecindario que ocurre repetidamente de un gen" . Nucleic Acids Res . 28 (18): 3442–4 . doi : 10.1093 / nar/28.18.3442 . PMC 110752. PMID 10982861 .  
  7. ↑ "Acerca de - Redes de asociación de proteínas funcionales STRING" . string-db.org . Consultado el 7 de abril de 2025 .
  8. ↑ Schwartz, AS; Yu, J; Gardenour, KR; Finley Jr; RL & Ideker, T (2008). " Estrategias rentables para completar el interactoma" . Nature Methods . 6 (1): 55– 61. doi : 10.1038/nmeth.1283 . PMC 2613168. PMID 19079254 .  
  9. ↑ Wodak, SJ; Pu, S; Vlasblom, J y Séraphin, B (2009). "Desafíos y recompensas de la proteómica de interacción" . Mol Cell Proteomics . 8 (1): 3– 18. doi : 10.1074/mcp.R800014-MCP200 . PMID 18799807 . 
  • Sitio STRING
  • Sitio web de STITCH , base de datos relacionada sobre interacciones de proteínas con moléculas pequeñas.
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