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El Repositorio General Biológico para Conjuntos de Datos de Interacción ( BioGRID ) es una base de datos biológica curada de interacciones proteína -proteína, interacciones gené...

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El Repositorio General Biológico para Conjuntos de Datos de Interacción ( BioGRID ) es una base de datos biológica curada de interacciones proteína -proteína, interacciones genéticas , interacciones químicas y modificaciones postraduccionales creada en 2003 (originalmente denominada simplemente como el Repositorio General para Conjuntos de Datos de Interacción (GRID) [2] por Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz y Chris Stark en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum en el Hospital Monte Sinaí) . Se esfuerza por proporcionar un recurso curado integral para todas las principales especies de organismos modelo mientras intenta eliminar la redundancia para crear un solo mapeo de datos. Los usuarios de BioGRID pueden buscar su proteína , sustancia química o publicación de interés y recuperar anotaciones, así como datos curados según lo informado por la literatura primaria y compilado por esfuerzos de curación internos a gran escala. BioGRID está alojado en Toronto , Ontario , Canadá y Dallas , Texas , Estados Unidos y está asociado con la Base de Datos del Genoma de Saccharomyces . FlyBase , WormBase , PomBase y la Alianza de Recursos Genómicos. BioGRID está financiado por el NIH y los CIHR . BioGRID es un miembro observador del Consorcio Internacional de Intercambio Molecular (IMEx).

Historia

El BioGRID se publicó y difundió originalmente como simplemente el Repositorio General para Conjuntos de Datos de Interacción [2], pero luego se renombró como BioGRID [1] para describir el proyecto de manera más concisa y ayudar a distinguirlo de varios proyectos de Computación GRID con un nombre similar. Originalmente separado en bases de datos específicas de organismos , la versión más reciente ahora proporciona una interfaz unificada que permite realizar búsquedas en varios organismos simultáneamente. El BioGRID se desarrolló inicialmente como un proyecto en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum en el Hospital Mount Sinai, pero desde entonces se ha expandido para incluir equipos en el Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie en la Université de Montréal y el Instituto Lewis-Sigler para Genómica Integrativa en la Universidad de Princeton . El enfoque original de BioGRID era la curación de interacciones binarias proteína-proteína y genéticas, pero se ha expandido a lo largo de varias actualizaciones [1] [3] [4] [5] [6] [7] [8] para incorporar datos curados de modificación postraduccional , [9] [10] datos de interacción química e interacciones complejas multigen/proteína. Además, mensualmente, BioGRID continúa expandiendo los datos curados y también desarrollando y lanzando nuevas herramientas, [9] [10] [11] [12] datos de proyectos de curación integrales y específicos, [13] y realizando análisis científicos específicos. [14]

Curación de interacciones genéticas, proteicas y químicas

El Repositorio General Biológico para Conjuntos de Datos de Interacción (BioGRID) es una base de datos de acceso abierto que alberga interacciones genéticas y proteicas seleccionadas de la literatura biomédica primaria para todas las principales especies de organismos modelo y humanos. Al 18 de octubre de 2020 [actualizar], [15] BioGRID contiene 1.928 millones de interacciones extraídas de 63.083 publicaciones que representan 71 organismos modelo. A principios de 2021, ya contenía más de 2,0 millones de interacciones biológicas, 29.023 interacciones químico-proteicas y 506.485 modificaciones postraduccionales seleccionadas colectivamente de 75.988 publicaciones para más de 80 especies. [16] Los datos de BioGRID se distribuyen libremente a través de bases de datos y metadatos de organismos modelo asociados y se pueden descargar directamente en una variedad de formatos. La curación de BioGRID se coordina a través de un Sistema de Gestión de Interacciones (IMS) que facilita la compilación de registros de interacción a través de códigos de evidencia estructurados, ontologías de fenotipos y anotación de genes. La arquitectura de BioGRID se ha mejorado para admitir una gama más amplia de tipos de interacción y modificación postraduccional, para permitir la representación de interacciones multigen/proteína más complejas, para dar cuenta de fenotipos celulares a través de ontologías estructuradas, para acelerar la curación a través de enfoques de minería de texto semiautomatizados y para mejorar el control de calidad de la curación. A través de esfuerzos de curación integral, BioGRID ahora incluye un conjunto prácticamente completo de interacciones reportadas hasta la fecha en la literatura primaria para levadura en ciernes ( Saccharomyces cerevisiae ), berro de thale ( Arabidopsis thaliana ) y levadura de fisión ( Schizosaccharomyces pombe ).

Proyectos de curaduría temática

Debido al abrumador tamaño de la literatura científica publicada que contiene interacciones químicas , proteicas y genéticas humanas ( Homo sapiens ) , BioGRID ha adoptado un enfoque específico y basado en proyectos para la curación de datos de interacción humana en colecciones manejables de datos de alto impacto. Estos proyectos de curación temáticos representan procesos biológicos centrales con relevancia para enfermedades como la modificación de la cromatina , la autofagia y el sistema ubiquitina - proteasoma o enfermedades de interés como el glioblastoma , la anemia de Fanconi y la COVID-19 . Al 18 de octubre de 2020 , [15] los esfuerzos del proyecto de curación temática de BioGRID han dado como resultado la extracción de 424.631 interacciones que involucran 2.361 proteínas de más de 37.000 artículos científicos. [actualizar]

Curación de pantallas CRISPR de todo el genoma

Ahora se han informado sobre pantallas genéticas basadas en CRISPR en numerosas publicaciones que vinculan la función genética con la viabilidad celular , la resistencia química y al estrés y otros fenotipos . Para aumentar la accesibilidad de los datos de pantalla CRISPR y facilitar la asignación de la función de la proteína , BioGRID ha desarrollado un recurso integrado llamado Repositorio abierto de pantallas CRISPR (ORCS) [7] [15] para albergar y distribuir colecciones completas y curadas manualmente de conjuntos de datos de pantalla CRISPR utilizando Cas9 y otras nucleasas CRISPR . Al 18 de octubre de 2020 [actualizar], [15] BioGRID-ORCS contiene más de 1042 pantallas CRISPR curadas de 114 publicaciones que representan más de 60 000 genes únicos en tres especies: humano ( Homo sapiens ), mosca de la fruta ( Drosophila melanogaster ) y ratón doméstico ( Mus musculus ) en más de 670 líneas celulares y 17 fenotipos .

Organismos soportados

Los siguientes organismos son compatibles actualmente con BioGRID y cada uno de ellos tiene datos de interacción seleccionados disponibles según las últimas estadísticas.

Financiación para BioGRID

BioGRID está financiado por subvenciones de los Institutos Nacionales de Salud y los Institutos Canadienses de Investigación en Salud.

Referencias

  1. ^ abc Stark C, Breitkreutz BJ, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Tyers M (enero de 2006). "BioGRID: un repositorio general para conjuntos de datos de interacción". Nucleic Acids Research . 34 (90001): 535–539. doi :10.1093/nar/gkj109. PMC 1347471 . PMID  16381927.  
  2. ^ ab Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (enero de 2003). "El GRID: el repositorio general para conjuntos de datos de interacción". Genome Biology . 4 (3): R23. doi : 10.1186/gb-2003-4-3-r23 . PMC 153463 . PMID  12620108.  
  3. ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Oughtred R, Boucher L, Heinicke S, Chen D, Stark C, Breitkreutz A, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Nixon J, Ramage L, Winter A, Sellam A, Chang C, Hirschman J, Theesfeld C, Rust J, Livstone MS, Dolinski K, Tyers M (enero de 2015). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2015". Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de la base de datos): 470–478. doi : 10.1093/nar/gku1204. PMC 4383984 . PMID  25428363. 
  4. ^ Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Heinicke S, Boucher L, Winter A, Stark C, Nixon J, Ramage L, Kolas N, O'Donnell L, Reguly T, Breitkreutz A, Sellam A, Chen D, Chang C, Rust JM, Livstone MS, Oughtred R, Dolinski K, Tyers M (enero de 2013). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2013". Nucleic Acids Research . 41 (número de la base de datos): 816–823. doi :10.1093/nar/gks1158. PMC 3531226 . PMID  23203989.  
  5. ^ Stark C, Breitkreutz BJ, Chatr-Aryamontri A, Boucher L, Oughtred R, Livstone MS, Nixon J, Van Auken K, Wang X, Shi X, Reguly T, Rust JM, Winter A, Dolinski K, Tyers M (enero de 2011). "Base de datos de interacciones BioGRID: actualización de 2011". Nucleic Acids Research . 39 (número de la base de datos): 698–704. doi :10.1093/nar/gkq1116. PMC 3013707 . PMID  21071413.  
  6. ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Reguly T, Boucher L, Breitkreutz A, Livstone M, Oughtred R, Lackner DH, Bähler J, Wood V, Dolinski K, Tyers M (enero de 2008). "Base de datos de interacciones BioGRID: actualización de 2008". Nucleic Acids Research . 36 (número de la base de datos): 637–640. doi :10.1093/nar/gkm1001. PMC 2238873 . PMID  18000002.  
  7. ^ ab Chatr-Aryamontri, Andrew; Oughtred, Rose; Boucher, Lorrie; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Kolas, Nadine K.; O'Donnell, Lara; Oster, Sara; Theesfeld, Chandra; Sellam, Adnane; Stark, Chris (4 de enero de 2017). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2017". Investigación de ácidos nucleicos . 45 (D1): D369–D379. doi :10.1093/nar/gkw1102. ISSN  1362-4962. PMC 5210573 . PMID  27980099. 
  8. ^ Oughtred, Rose; Stark, Chris; Breitkreutz, Bobby-Joe; Rust, Jennifer; Boucher, Lorrie; Chang, Christie; Kolas, Nadine; O'Donnell, Lara; Leung, Genie; McAdam, Rochelle; Zhang, Frederick (1 de agosto de 2019). "La base de datos de interacción BioGRID: actualización de 2019". Investigación de ácidos nucleicos . 47 (D1): D529–D541. doi :10.1093/nar/gky1079. ISSN  1362-4962. PMC 6324058 . PMID  30476227. 
  9. ^ ab Stark C, Ting-Cheng Su, Breitkreutz A, Lourenco P, Dahabieh M, Breitkreutz BJ, Tyers M, Sadowski I (enero de 2010). "PhosphoGRID: una base de datos de sitios de fosforilación de proteínas in vivo verificados experimentalmente de la levadura en ciernes Saccharomyces cerevisiae". Base de datos . 2010 : bap026. doi :10.1093/database/bap026. PMC 2860897 . PMID  20428315.  
  10. ^ ab Sadowski I, Breitkreutz BJ, Stark C, Su TC, Dahabieh M, Raithatha S, Bernhard W, Oughtred R, Dolinski K, Barreto K, Tyers M (mayo de 2013). "Base de datos de sitios de fosforilación de proteínas de Saccharomyces cerevisiae PhosphoGRID: actualización de la versión 2.0". Base de datos . 2013 : bat026. doi :10.1093/database/bat026. PMC 3653121 . PMID  23674503.  
  11. ^ Winter AG, Wildenhain J, Tyers M (abril de 2011). "BioGRID REST Service, BiogridPlugin2 y BioGRID WebGraph: nuevas herramientas para el acceso a datos de interacción en BioGRID". Bioinformática . 27 (7): 1043–1044. doi :10.1093/bioinformatics/btr062. PMC 3065694 . PMID  21300700.  
  12. ^ Breitkreutz BJ, Stark C, Tyers M (enero de 2003). "Osprey: un sistema de visualización de redes". Genome Biology . 4 (3): R22. doi : 10.1186/gb-2003-4-3-r22 . PMC 153462 . PMID  12620107.  
  13. ^ Reguly T, Breitkreutz A, Boucher L, Breitkreutz BJ, Hon GC, Myers CL, Parsons A, Friesen H, Oughtred R, Tong A, Stark C, Ho Y, Botstein D, Andrews B, Boone C, Troyanskya OG, Ideker T, Dolinski K, Batada NN, Tyers M (2006). "Curación y análisis exhaustivos de redes de interacción global en Saccharomyces cerevisiae". The Journal of Biological Chemistry . 5 (4): 11. doi : 10.1186/jbiol36 . PMC 1561585 . PMID  16762047.  
  14. ^ Breitkreutz A, Choi H, Sharom JR, Boucher L, Neduva V, Larsen B, Lin ZY, Breitkreutz BJ, Stark C, Liu G, Ahn J, Dewar-Darch D, Reguly T, Tang X, Almeida R, Qin ZS , Pawson T, Gingras AC, Nesvizhskii AI, Tyers M (mayo de 2010). "Una red global de interacción de proteína quinasa y fosfatasa en levadura". Ciencia . 328 (5981): 1043–1046. Código Bib : 2010 Ciencia... 328.1043B. doi : 10.1126/ciencia.1176495. PMC 3983991 . PMID  20489023.  
  15. ^ abcd Oughtred, Rose; Rust, Jennifer; Chang, Christie; Breitkreutz, Bobby-Joe; Stark, Chris; Willems, Andrew; Boucher, Lorrie; Leung, Genie; Kolas, Nadine; Zhang, Frederick; Dolma, Sonam (18 de octubre de 2020). "La base de datos BioGRID: un recurso biomédico integral de interacciones proteínicas, genéticas y químicas seleccionadas". Ciencia de las proteínas . 30 (1): 187–200. doi :10.1002/pro.3978. ISSN  1469-896X. PMC 7737760 . PMID  33070389. 
  16. ^ "Estadísticas de compilación (4.2.193) - Enero de 2021 | BioGRID". wiki.thebiogrid.org . Consultado el 26 de enero de 2021 .
  • Sitio web oficial
  • Base de datos CRISPR BioGRID-ORCS
  • Proyectos de curaduría temática
  • Página de inicio del laboratorio de Mike Tyers
  • Consorcio Internacional de Intercambio Molecular
  • Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum
  • Instituto de Investigación en Inmunología y Cáncer
  • Universidad de Princeton
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