BioGRID

El Repositorio General Biológico de Conjuntos de Datos de Interacción ( BioGRID ) es una base de datos biológica curada de interacciones proteína -proteína, interacciones genéticas , interacciones químicas y modificaciones postraduccionales, creada en 2003 (originalmente denominada simplemente Repositorio General de Conjuntos de Datos de Interacción (GRID) ^{[ 2 ])} por Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz y Chris Stark en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum del Hospital Mount Sinai . Su objetivo es proporcionar un recurso curado integral para todas las principales especies de organismos modelo, al tiempo que intenta eliminar la redundancia para crear un mapeo único de datos. Los usuarios de BioGRID pueden buscar su proteína, sustancia química o publicación de interés y recuperar anotaciones, así como datos curados según lo informado por la literatura primaria y compilado por esfuerzos internos de curación a gran escala. BioGRID está alojado en Toronto , Ontario , Canadá y Dallas , Texas , Estados Unidos, y está asociado con la Base de Datos del Genoma de Saccharomyces , FlyBase. , WormBase , PomBase y la Alianza de Recursos Genómicos. BioGRID está financiado por los NIH y los CIHR . BioGRID es miembro observador del Consorcio Internacional de Intercambio Molecular (IMEx).

BioGRID se publicó y lanzó originalmente como el Repositorio General para Conjuntos de Datos de Interacción ^{[ 2 ]} , pero luego se renombró a BioGRID ^{[ 1 ]} para describir el proyecto de manera más concisa y ayudar a distinguirlo de varios proyectos de Computación GRID con un nombre similar. Originalmente separadas en bases de datos específicas de organismos , la versión más reciente ahora proporciona una interfaz unificada que permite búsquedas en varios organismos simultáneamente. BioGRID se desarrolló inicialmente como un proyecto en el Instituto de Investigación Lunenfeld-Tanenbaum en el Hospital Mount Sinai, pero desde entonces se ha expandido para incluir equipos en el Instituto de Investigación en Inmunología y Cancerología de la Universidad de Montreal y el Instituto Lewis-Sigler de Genómica Integrativa de la Universidad de Princeton . El enfoque original de BioGRID era la curación de interacciones proteína-proteína binarias e interacciones genéticas, pero se ha expandido a lo largo de varias actualizaciones ^{[ 1 ] [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]} para incorporar datos de modificación postraduccional curados , ^{[ 9 ] [ 10 ]} datos de interacción química e interacciones complejas multigénicas/proteicas. Además, mensualmente, BioGRID continúa expandiendo los datos curados y también desarrolla y publica nuevas herramientas, ^{[ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] [ 12 ]} datos de proyectos de curación dirigida integrales, ^{[ 13 ]} y realiza análisis científicos dirigidos. ^{[ 14 ]}

El Repositorio General Biológico de Conjuntos de Datos de Interacción (BioGRID) es una base de datos de acceso abierto que alberga interacciones genéticas y proteicas recopiladas de la literatura biomédica primaria para todas las principales especies de organismos modelo y humanos. A fecha de 18 de octubre de 2020  [ ^{15 ]} BioGRID contiene 1928 millones de interacciones extraídas de 63 083 publicaciones que representan 71 organismos modelo. A principios de 2021 ya contenía más de 2 millones de interacciones biológicas, 29 023 interacciones químico-proteicas y 506 485 ^{modificaciones} postraduccionales curadas colectivamente a partir de 75 988 publicaciones para más de 80 especies. ^{[ 16 ]} Los datos de BioGRID se distribuyen libremente a través de bases de datos de organismos modelo y metadatabases asociadas y se pueden descargar directamente en una variedad de formatos. La curación de BioGRID se coordina a través de un Sistema de Gestión de Interacciones (IMS) que facilita la compilación de registros de interacción a través de códigos de evidencia estructurados, ontologías de fenotipos y anotación de genes. La arquitectura de BioGRID se ha mejorado para admitir una gama más amplia de tipos de interacción y modificación postraduccional, permitir la representación de interacciones multigénicas/proteicas más complejas, tener en cuenta los fenotipos celulares mediante ontologías estructuradas, agilizar la curación mediante enfoques de minería de texto semiautomatizados y mejorar el control de calidad de la curación. Gracias a un exhaustivo proceso de curación, BioGRID ahora incluye un conjunto prácticamente completo de interacciones reportadas hasta la fecha en la literatura primaria para la levadura de gemación ( Saccharomyces cerevisiae ), la berro de Thale ( Arabidopsis thaliana ) y la levadura de fisión ( Schizosaccharomyces pombe ).

Debido al enorme volumen de literatura científica publicada sobre interacciones genéticas , proteicas y químicas humanas ( Homo sapiens ) , BioGRID ha adoptado un enfoque específico, basado en proyectos, para la curación de datos de interacción humana en colecciones manejables de datos de alto impacto. Estos proyectos de curación temáticos representan procesos biológicos centrales con relevancia para enfermedades, como la modificación de la cromatina , la autofagia y el sistema ubiquitina - proteasoma , o enfermedades de interés, como el glioblastoma , la anemia de Fanconi y la COVID-19 . A fecha de 18 de octubre de 2020.  , ^{[ 15 ]} Los esfuerzos del proyecto de curación temática BioGRID han dado como resultado la extracción de 424.631 interacciones que involucran a 2.361 proteínas de más de 37.000 artículos científicos.

Se han publicado numerosos estudios genéticos basados ​​en CRISPR que vinculan la función génica con la viabilidad celular , la resistencia química y al estrés , y otros fenotipos . Para aumentar la accesibilidad a los datos de los estudios CRISPR y facilitar la asignación de la función proteica , BioGRID ha desarrollado un recurso integrado llamado Repositorio Abierto de Estudios CRISPR (ORCS) ^{[ 7 ] [ 15 ]} para albergar y distribuir colecciones completas y curadas manualmente de conjuntos de datos de estudios CRISPR que utilizan Cas9 y otras nucleasas CRISPR . A fecha de 18 de octubre de 2020  , ^{[ 15 ]} BioGRID-ORCS contiene más de 1.042 análisis CRISPR seleccionados de 114 publicaciones que representan más de 60.000 genes únicos en tres especies: humanos ( Homo sapiens ), mosca de la fruta ( Drosophila melanogaster ) y ratón doméstico ( Mus musculus ) en más de 670 líneas celulares y 17 fenotipos .

Los siguientes organismos son compatibles actualmente con BioGRID , y cada uno cuenta con datos de interacción seleccionados disponibles según las últimas estadísticas .

BioGRID está financiado por subvenciones de los Institutos Nacionales de Salud y los Institutos Canadienses de Investigación en Salud.