Base de datos de referencia de proteínas humanas

La base de datos de referencia de proteínas humanas ( HPRD ) es una base de datos de proteínas accesible a través de Internet . ^[¹^] Está estrechamente asociada con el Instituto de Bioinformática (IOB), una de las principales organizaciones de investigación sin fines de lucro de la India , con sede en Bangalore . Esta base de datos es un resultado de la colaboración entre el IOB y el Laboratorio Pandey de la Universidad Johns Hopkins .

Descripción general

El HPRD es el resultado de un esfuerzo de colaboración internacional entre el Instituto de Bioinformática en Bangalore, India, y el laboratorio Pandey en la Universidad Johns Hopkins en Baltimore, EE. UU. El HPRD contiene información científica curada manualmente relacionada con la biología de la mayoría de las proteínas humanas. La información sobre proteínas involucradas en enfermedades humanas está anotada y vinculada a la base de datos Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM). El Centro Nacional de Información Biotecnológica proporciona un enlace al HPRD a través de sus bases de datos de proteínas humanas (por ejemplo, Entrez Gene, RefSeq protein relacionado con genes y proteínas).

Este recurso presenta información sobre las funciones de las proteínas humanas, incluyendo interacciones proteína-proteína , modificaciones postraduccionales , relaciones enzima-sustrato y asociaciones con enfermedades. La información de anotación de proteínas catalogada se obtuvo mediante curación manual a partir de literatura publicada por biólogos expertos y mediante análisis bioinformáticos de la secuencia de proteínas. Los datos de interacción proteína-proteína y localización subcelular de HPRD se han utilizado para desarrollar una red de interacción de proteínas humanas. ^{[ 2 ]}

Los aspectos más destacados de HPRD son los siguientes:

De 10.000 interacciones proteína-proteína (PPI) anotadas para 3.000 proteínas en 2003, HPRD ha crecido hasta alcanzar más de 36.500 PPI únicas anotadas para 25.000 proteínas, incluidas 6.360 isoformas, a finales de 2007. ^{[ 3 ]}
Más del 50% de las moléculas anotadas en HPRD tienen al menos una interacción proteína-proteína (PPI) y el 10% tienen más de 10 PPI.
Los experimentos para las interacciones proteína-proteína (IPP) se agrupan en tres categorías principales: in vitro, in vivo y el sistema de doble híbrido de levadura (Y2H). El 60 % de las IPP registradas en HPRD cuentan con el respaldo de un único experimento, mientras que el 26 % restante presenta dos de los tres métodos experimentales registrados.
HPRD contiene 18 000 datos de modificaciones postraduccionales (PTM) seleccionados manualmente, pertenecientes a 26 tipos diferentes. La fosforilación es el principal tipo de modificación de proteínas, contribuyendo al 63 % de los datos de PTM anotados en HPRD. La glicosilación , la escisión proteolítica y los puentes disulfuro son los siguientes principales contribuyentes a los datos de PTM.
Los datos de HPRD están disponibles para su descarga en formatos de archivo delimitados por tabuladores y XML . ^{[ 4 ]}

HPRD también integra datos de Human Proteinpedia , un portal comunitario para la integración de datos de proteínas humanas. Los usuarios académicos pueden acceder y utilizar libremente los datos de HPRD, mientras que las entidades comerciales deben obtener una licencia para su uso. El contenido de Human Proteinpedia ^{[ 5 ]} está disponible gratuitamente para que cualquier persona lo descargue y utilice.

Buscador de fosfomotivos

PhosphoMotif Finder ^{[ 6 ]} contiene sustratos de quinasas/fosfatasas conocidos, así como motivos de unión recopilados de la literatura publicada. Informa sobre la PRESENCIA de cualquier motivo derivado de la literatura en la secuencia de consulta. PhosphoMotif Finder NO PREDICE ningún motivo en la secuencia de proteína de consulta mediante ningún algoritmo u otras estrategias computacionales.

Comparación de datos de proteínas

Existen otras bases de datos que tratan sobre el proteoma humano (por ejemplo, BioGRID, BIND, DIP, HPRD, IntAct, MINT, MIPS, PDZBase y Reactome). Cada base de datos tiene su propio estilo de presentación. Para la mayoría de los investigadores, resulta difícil comparar la gran cantidad de datos de estas bases de datos para determinar las fortalezas y debilidades de cada una. Mathivanan y colaboradores ^{[ 7 ]} abordaron este problema analizando datos de proteínas mediante diversas preguntas. Este análisis ayudará a los biólogos a elegir entre estas bases de datos según sus necesidades.

Referencias

↑ Peri S, et al. (2003). "Desarrollo de una base de datos de referencia de proteínas humanas como plataforma inicial para abordar la biología de sistemas en humanos" . Genome Research . 13 (10): 2363– 71. doi : 10.1101/gr.1680803 . PMC 403728. PMID 14525934 .
↑ Gandhi TKB; et al. (marzo de 2006). "Análisis del interactoma de proteínas humanas y comparación con conjuntos de datos de interacción de levadura, gusano y mosca". Nature Genetics . 38 (3): 285– 293. doi : 10.1038/ng1747 . PMID 16501559 . S2CID 1446423 .
↑ Mathivanan S.; et al. (2006). "Una evaluación de datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público" . BMC Bioinformatics . 2006 (7): S19. doi : 10.1186/1471-2105-7-s5-s19 . PMC 1764475. PMID 17254303 .
↑ Mishra G.; et al. (2006). " Base de datos de referencia de proteínas humanas: actualización de 2006" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): 411–414 . doi : 10.1093/nar/gkj141 . PMC 1347503. PMID 16381900 .
↑ Mathivanan S.; et al. (2008). "Human Proteinpedia permite compartir datos de proteínas humanas" (PDF) . Nature Biotechnology . 26 (2): 164– 167. doi : 10.1038 / nbt0208-164 . hdl : 10261/60528 . PMID 18259167. S2CID 205265347 .
↑ Amanchy R.; et al. (2007). "Un compendio de motivos de unión y sustrato basados en fosforilación seleccionados". Nature Biotechnology . 2007 (25): 285– 286. doi : 10.1038/nbt0307-285 . PMID 17344875 . S2CID 38824337 .
↑ Mathivanan S, Periaswamy B, Gandhi TK, et al. (2006). "Una evaluación de los datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público" . BMC Bioinformatics . 7 (Supl. 5): S19. doi : 10.1186/1471-2105-7-S5-S19 . PMC 1764475. PMID 17254303 .

Enlaces externos

http://www.humanproteinpedia.org Archivado el 14 de marzo de 2007 en Wayback Machine
http://www.hprd.org Archivado el 24/04/2006 en Wayback Machine

[1] Peri S, et al. (2003). "Desarrollo de una base de datos de referencia de proteínas humanas como plataforma inicial para abordar la biología de sistemas en humanos" . Genome Research . 13 (10): 2363– 71. doi : 10.1101/gr.1680803 . PMC 403728. PMID 14525934 .

[2] Gandhi TKB; et al. (marzo de 2006). "Análisis del interactoma de proteínas humanas y comparación con conjuntos de datos de interacción de levadura, gusano y mosca". Nature Genetics . 38 (3): 285– 293. doi : 10.1038/ng1747 . PMID 16501559 . S2CID 1446423 .

[3] Mathivanan S.; et al. (2006). "Una evaluación de datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público" . BMC Bioinformatics . 2006 (7): S19. doi : 10.1186/1471-2105-7-s5-s19 . PMC 1764475. PMID 17254303 .

[4] Mishra G.; et al. (2006). " Base de datos de referencia de proteínas humanas: actualización de 2006" . Nucleic Acids Research . 34 (número especial de bases de datos): 411–414 . doi : 10.1093/nar/gkj141 . PMC 1347503. PMID 16381900 .

[5] Mathivanan S.; et al. (2008). "Human Proteinpedia permite compartir datos de proteínas humanas" (PDF) . Nature Biotechnology . 26 (2): 164– 167. doi : 10.1038 / nbt0208-164 . hdl : 10261/60528 . PMID 18259167. S2CID 205265347 .

[6] Amanchy R.; et al. (2007). "Un compendio de motivos de unión y sustrato basados en fosforilación seleccionados". Nature Biotechnology . 2007 (25): 285– 286. doi : 10.1038/nbt0307-285 . PMID 17344875 . S2CID 38824337 .

[pmid17254303-7] Mathivanan S, Periaswamy B, Gandhi TK, et al. (2006). "Una evaluación de los datos de interacción proteína-proteína humana en el dominio público" . BMC Bioinformatics . 7 (Supl. 5): S19. doi : 10.1186/1471-2105-7-S5-S19 . PMC 1764475. PMID 17254303 .

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