Hispanopedia Wiki
Articulo de referencia

Pseudógeno

Los pseudogenes son segmentos de ADN no funcionales que se asemejan a genes funcionales . Pueden formarse a partir de genes codificadores de proteínas y genes no codificantes. E...

Hispanopedia WikiContenido en espanolLectura gratuita
Dibujo de un gen que muestra los diferentes tipos de defectos (promotor ausente, codón de inicio o intrones ausentes, codón de parada prematuro, mutación por cambio de marco de lectura, deleción parcial).

Los pseudogenes son segmentos de ADN no funcionales que se asemejan a genes funcionales . Pueden formarse a partir de genes codificadores de proteínas y genes no codificantes. En el caso de los genes codificadores de proteínas, la mayoría de los pseudogenes surgen como copias superfluas de genes funcionales, ya sea directamente por duplicación génica o indirectamente por transcripción inversa de un ARNm . Los pseudogenes se identifican generalmente cuando el análisis de la secuencia del genoma encuentra secuencias similares a genes que carecen de secuencias reguladoras o son incapaces de producir un producto funcional. Los pseudogenes son un tipo de ADN basura .

La mayoría de los genomas no bacterianos contienen numerosos pseudogenes, a menudo tantos como genes funcionales. Esto no es sorprendente, ya que se espera que diversos procesos biológicos generen pseudogenes de forma accidental, y no existen mecanismos especializados para eliminarlos de los genomas. Con el tiempo, los pseudogenes pueden desaparecer de sus genomas por casualidad, debido a errores en la replicación o reparación del ADN , o pueden acumular tantas mutaciones que dejan de ser reconocibles como genes originales. El análisis de estos eventos de degeneración ayuda a esclarecer los efectos de los procesos no selectivos en los genomas.

Las secuencias de pseudogenes pueden transcribirse a ARN en niveles bajos, debido a elementos promotores heredados del gen ancestral o surgidos por nuevas mutaciones. Si bien la mayoría de estas transcripciones no tendrán mayor relevancia funcional que las transcripciones aleatorias de otras partes del genoma, algunas han dado lugar a ARN reguladores beneficiosos y nuevas proteínas.

Propiedades

Los pseudogenes se caracterizan generalmente por una combinación de similitud u homología con un gen conocido, junto con la pérdida de alguna funcionalidad. Es decir, aunque cada pseudogén tiene una secuencia de ADN similar a algún gen funcional, por lo general no puede producir proteínas funcionales. [ 1 ] A veces, los pseudogenes son difíciles de identificar y caracterizar en los genomas, ya que los dos requisitos de similitud y pérdida de funcionalidad suelen inferirse a partir de alineamientos de secuencias en lugar de estar biológicamente probados.

  1. La homología se deduce de la similitud de secuencias entre las secuencias de ADN del pseudogén y un gen conocido. Tras alinear ambas secuencias, se calcula el porcentaje de pares de bases idénticos . Una alta identidad de secuencia indica que es muy probable que estas dos secuencias hayan divergido de una secuencia ancestral común (son homólogas) y muy improbable que hayan evolucionado de forma independiente (véase Evolución convergente ).
  2. La falta de funcionalidad puede manifestarse de muchas maneras. Normalmente, un gen debe pasar por varias etapas para convertirse en una proteína completamente funcional: la transcripción , el procesamiento del pre-ARNm , la traducción y el plegamiento de la proteína son partes esenciales de este proceso. Si alguna de estas etapas falla, la secuencia puede considerarse no funcional. En la identificación de pseudogenes de alto rendimiento, las deficiencias más comunes son los codones de parada prematuros y los cambios de marco de lectura , que casi universalmente impiden la traducción de una proteína funcional.

Los pseudogenes de los genes de ARN suelen ser más difíciles de descubrir, ya que no necesitan ser traducidos y, por lo tanto, no tienen "marcos de lectura". Se han identificado varios pseudogenes de ARNr basándose en cambios en los extremos de la matriz de ADNr. [ 2 ]

Los pseudogenes pueden complicar los estudios de genética molecular. Por ejemplo, la amplificación de un gen mediante PCR puede amplificar simultáneamente un pseudogén con secuencias similares. Esto se conoce como sesgo de PCR o sesgo de amplificación. Asimismo, en ocasiones, los pseudogenes se identifican como genes en las secuencias genómicas .

Los pseudogenes procesados ​​suelen plantear un problema para los programas de predicción genética , ya que a menudo se confunden con genes o exones reales. Se ha propuesto que la identificación de pseudogenes procesados ​​puede ayudar a mejorar la precisión de los métodos de predicción genética. [ 3 ]

En 2014, se demostró que 140 pseudogenes humanos se traducen. [ 4 ] Sin embargo, se desconoce la función, si es que la tienen, de los productos proteicos.

Tipos y origen

Mecanismo de formación de pseudogenes clásicos y procesados ​​[ 5 ] [ 6 ]

Existen cuatro tipos principales de pseudogenes, todos con mecanismos de origen y características distintivas. Las clasificaciones de los pseudogenes son las siguientes:

Procesado

Producción de pseudogenes procesados

En eucariotas superiores , particularmente mamíferos , la retrotransposición es un evento bastante común que ha tenido un gran impacto en la composición del genoma. Por ejemplo, entre el 30 y el 44% del genoma humano consiste en elementos repetitivos como SINE y LINE (ver retrotransposones ). [ 7 ] [ 8 ] En el proceso de retrotransposición, una porción del transcrito de ARNm o ARNhn de un gen se transcribe inversamente de forma espontánea en ADN y se inserta en el ADN cromosómico. Aunque los retrotransposones suelen crear copias de sí mismos, se ha demostrado en un sistema in vitro que también pueden crear copias retrotranspuestas de genes aleatorios. [ 9 ] Una vez que estos pseudogenes se insertan de nuevo en el genoma, suelen contener una cola de poli-A y, por lo general, se les han eliminado los intrones ; estas son características distintivas de los ADNc . Sin embargo, debido a que se derivan de un producto de ARN, los pseudogenes procesados ​​también carecen de los promotores corriente arriba de los genes normales; Por lo tanto, se consideran "muertos al llegar", convirtiéndose en pseudogenes no funcionales inmediatamente después del evento de retrotransposición. [ 10 ] Sin embargo, estas inserciones ocasionalmente aportan exones a genes existentes, generalmente a través de transcripciones con empalme alternativo . [ 11 ] Otra característica de los pseudogenes procesados ​​es el truncamiento común del extremo 5' en relación con la secuencia parental, que es resultado del mecanismo de retrotransposición relativamente no procesivo que crea los pseudogenes procesados. [ 12 ] Los pseudogenes procesados ​​se crean continuamente en primates. [ 13 ] Las poblaciones humanas, por ejemplo, tienen conjuntos distintos de pseudogenes procesados ​​entre sus individuos. [ 14 ]

Se ha demostrado que los pseudogenes procesados ​​acumulan mutaciones más rápidamente que los pseudogenes no procesados. [ 15 ]

No procesado (duplicado)

Una forma en que puede surgir un pseudogén

La duplicación génica es otro proceso común e importante en la evolución de los genomas. Una copia de un gen funcional puede surgir como resultado de un evento de duplicación génica causado por recombinación homóloga en, por ejemplo, secuencias SINE repetitivas en cromosomas desalineados y posteriormente adquirir mutaciones que hacen que la copia pierda la función del gen original. Los pseudogenes duplicados generalmente tienen todas las mismas características que los genes, incluyendo una estructura intacta de exones e intrones y secuencias reguladoras. La pérdida de la funcionalidad de un gen duplicado generalmente tiene poco efecto en la aptitud de un organismo , ya que todavía existe una copia funcional intacta. Según algunos modelos evolutivos, los pseudogenes duplicados compartidos indican el parentesco evolutivo de los humanos y los demás primates. [ 16 ] Si la pseudogenización se debe a la duplicación génica, generalmente ocurre en los primeros millones de años después de la duplicación génica, siempre que el gen no haya estado sujeto a ninguna presión selectiva . [ 17 ] La duplicación génica genera redundancia funcional y normalmente no es ventajoso portar dos genes idénticos. Las mutaciones que alteran la estructura o la función de cualquiera de los dos genes no son perjudiciales y no se eliminan mediante el proceso de selección. Como resultado, el gen mutado se convierte gradualmente en un pseudogén y deja de expresarse o de funcionar. Este tipo de destino evolutivo se muestra en modelos genéticos de poblaciones [ 18 ] [ 19 ] y también en análisis del genoma [ 17 ] [ 20 ] . Según el contexto evolutivo, estos pseudogenes se eliminan o se diferencian tanto de los genes parentales que dejan de ser identificables. Los pseudogenes relativamente jóvenes se pueden reconocer por su similitud de secuencia [ 21 ] .

pseudogenes unitarios

Dos maneras en que se puede producir un pseudogén

Diversas mutaciones (como inserciones/ deleciones y mutaciones sin sentido ) pueden impedir que un gen se transcriba o traduzca normalmente , lo que puede provocar que el gen se vuelva menos funcional, no funcional o "desactivado". Estos son los mismos mecanismos por los que los genes no procesados ​​se convierten en pseudogenes, pero la diferencia en este caso es que el gen no se duplicó antes de la pseudogenización. Normalmente, sería improbable que un pseudogén de este tipo se fijara en una población, pero diversos efectos poblacionales, como la deriva genética , un cuello de botella poblacional o, en algunos casos, la selección natural , pueden conducir a su fijación. El ejemplo clásico de un pseudogén unitario es el gen que presumiblemente codifica la enzima L-gulono-γ-lactona oxidasa (GULO) en primates. En todos los mamíferos estudiados, excepto los primates (excepto los conejillos de indias), GULO participa en la biosíntesis del ácido ascórbico (vitamina C), pero existe como un gen inactivo (GULOP) en humanos y otros primates. [ 22 ] [ 23 ] Otro ejemplo más reciente de un gen inactivo vincula la desactivación del gen de la caspasa 12 (a través de una mutación sin sentido ) con la selección positiva en humanos. [ 24 ]

pseudogenes polimórficos

Algunos pseudogenes permanecen intactos en algunos individuos, pero inactivados (mutados) en otros. Abascal et al. los denominaron "polimórficos". [ 25 ] Suelen ser homocigotos para variantes de pérdida de función (LoF), es decir, en muchas personas ambas copias están inactivas. Los pseudogenes polimórficos suelen representar genes no esenciales (o prescindibles), a diferencia de los genes esenciales, y sus mutaciones frecuentes son, de hecho, un criterio para considerarlos no esenciales. [ 26 ] Lopes-Marques et al. definen los pseudogenes polimórficos como genes que portan un alelo LoF con una frecuencia superior al 1% (en poblaciones globales o subpoblaciones específicas) y sin consecuencias patogénicas evidentes en estado homocigoto. [ 27 ]

pseudogenes transcritos pero no funcionales

Algunos pseudogenes se transcriben claramente, pero eso no significa que tengan una función. Muy pocos pseudogenes se han sometido a pruebas rigurosas para determinar su función, ya que se asume que carecen de ella, y en la mayoría de los casos esto es cierto. Un ejemplo de pseudogen es Δrps16, un pseudogen de proteína ribosómica que se expresa en los cloroplastos de Arabidopsis . Un mutante de deleción de Δrps16 parece ser completamente normal cuando se prueba bajo diversas condiciones, y la traducción en general no se ve alterada en estos mutantes. De hecho, la función de Δrps16 ha sido reemplazada por una copia del gen nuclear que proporciona la proteína S16 funcional a los cloroplastos. [ 28 ]

Ejemplos de función de pseudogenes

Si bien la gran mayoría de los pseudogenes han perdido su función, han surgido algunos casos en los que un pseudogén recuperó su función original o una similar, o bien desarrolló una nueva función. En el genoma humano , se han identificado varios ejemplos que originalmente se clasificaron como pseudogenes, pero que posteriormente se descubrió que tenían una función, aunque no necesariamente codificante de proteínas. [ 29 ] [ 30 ]

Algunos ejemplos son los siguientes:

Codificación de proteínas: "pseudo-pseudogénes "

Drosophila melanogaster

La rápida proliferación de las tecnologías de secuenciación de ADN ha permitido la identificación de numerosos pseudogenes mediante técnicas de predicción genética . Estos pseudogenes suelen identificarse por la presencia de un codón de parada prematuro en la secuencia de ARNm predicha, lo que, en teoría, impediría la síntesis ( traducción ) de la proteína normal del gen original. Se han reportado casos de lectura traslacional de dichos codones de parada prematuros en mamíferos. Como se muestra en la figura anterior, una pequeña cantidad de la proteína resultante de dicha lectura podría ser reconocible y funcional en algún nivel. De ser así, el pseudogén podría estar sujeto a selección natural . Esto parece haber ocurrido durante la evolución de la especie Drosophila .

En 2016 se informó que cuatro pseudogenes predichos en múltiples especies de Drosophila en realidad codifican proteínas con funciones biológicamente importantes, [ 31 ] "lo que sugiere que tales 'pseudo-pseudogenes' podrían representar un fenómeno generalizado". Por ejemplo, la proteína funcional (un receptor olfativo de glutamato ) del gen Ir75a se encuentra solo en neuronas . Este hallazgo de genes biológicamente funcionales específicos de tejido que podrían haber sido clasificados como pseudogenes por análisis in silico complica el análisis de datos de secuencia. [ 31 ] Otro pseudo-pseudogen de Drosophila es jingwei , [ 32 ] [ 33 ] que codifica una enzima alcohol deshidrogenasa funcional in vivo . [ 34 ]

En 2012, se estimaba que existían aproximadamente entre 12.000 y 14.000 pseudogenes en el genoma humano. [ 35 ] Un análisis proteogenómico de 2016, mediante espectrometría de masas de péptidos, identificó al menos 19.262 proteínas humanas producidas a partir de 16.271 genes o grupos de genes, con la identificación de 8 nuevos genes codificadores de proteínas que anteriormente se consideraban pseudogenes. [ 36 ] Un análisis anterior reveló que la PGAM4 humana (fosfoglicerato mutasa), [ 37 ] considerada previamente un pseudogén, no solo es funcional, sino que también causa infertilidad si muta. [ 38 ] [ 39 ]

También se encontraron varios pseudo-pseudogenes en procariotas, donde algunas sustituciones de codones de parada en genes esenciales parecen conservarse, incluso siendo seleccionadas positivamente. [ 40 ] [ 41 ]

No codificante de proteínas

siRNAs . Algunos siRNAs endógenos parecen derivarse de pseudogenes, y por lo tanto, algunos pseudogenes desempeñan un papel en la regulación de los transcritos codificantes de proteínas, como se ha revisado. [ 42 ] Uno de los muchos ejemplos es psiPPM1K. El procesamiento de los ARN transcritos de psiPPM1K produce siRNAs que pueden actuar para suprimir el tipo más común de cáncer de hígado, el carcinoma hepatocelular . [ 43 ] Esta y muchas otras investigaciones han generado un gran entusiasmo sobre la posibilidad de dirigir los pseudogenes con/como agentes terapéuticos . [ 44 ]

piRNAs . Algunos piRNAs se derivan de pseudogenes ubicados en grupos de piRNA. [ 45 ] Estos piRNAs regulan genes a través de la vía de los piRNAs en los testículos de mamíferos y son cruciales para limitar el daño de los elementos transponibles al genoma. [ 46 ]

El pseudogén BRAF actúa como un ceRNA

microARN . Existen numerosos informes de transcritos de pseudogenes que actúan como señuelos de microARN . Quizás el primer ejemplo definitivo de un pseudogén implicado en el cáncer sea el pseudogén de BRAF . El gen BRAF es un protooncogén que, cuando muta, se asocia con muchos tipos de cáncer. Normalmente, la cantidad de proteína BRAF se mantiene bajo control en las células mediante la acción de los microARN. En condiciones normales, la cantidad de ARN de BRAF y del pseudogén BRAFP1 compiten por los microARN, pero el equilibrio entre ambos ARN permite que las células crezcan con normalidad. Sin embargo, cuando la expresión del ARN de BRAFP1 aumenta (ya sea experimentalmente o por mutaciones naturales), hay menos microARN disponible para controlar la expresión de BRAF, y el aumento de la cantidad de proteína BRAF provoca cáncer. [ 47 ] Este tipo de competencia por elementos reguladores por parte de ARN endógenos al genoma ha dado origen al término ceARN .

PTEN . El gen PTEN es un gen supresor de tumores conocido . El pseudogén PTEN, PTENP1, es un pseudogén procesado cuya secuencia genética es muy similar a la del gen de tipo silvestre. Sin embargo, PTENP1 presenta una mutación de sentido erróneo que elimina el codón de la metionina de inicio y, por lo tanto, impide la traducción de la proteína PTEN normal. [ 48 ] A pesar de ello, PTENP1 parece desempeñar un papel en la oncogénesis . La región 3' UTR del ARNm de PTENP1 funciona como un señuelo del ARNm de PTEN al dirigirse a los microARN debido a su similitud con el gen PTEN, y la sobreexpresión de la región 3' UTR resultó en un aumento del nivel de proteína PTEN. [ 49 ] Es decir, la sobreexpresión de la región 3' UTR de PTENP1 conduce a una mayor regulación y supresión de tumores cancerosos. La biología de este sistema es básicamente la inversa del sistema BRAF descrito anteriormente.

Potogenes . Los pseudogenes pueden, a lo largo de escalas de tiempo evolutivas, participar en la conversión génica y otros eventos mutacionales que pueden dar lugar a genes nuevos o con nuevas funciones. Esto ha llevado al concepto de que los pseudogenes podrían considerarse potogenes : genes potenciales para la diversificación evolutiva. [ 50 ]

pseudogenes bacterianos

Los pseudogenes se encuentran en bacterias . [ 51 ] La mayoría se encuentran en bacterias que no son de vida libre; es decir, son simbiontes o parásitos intracelulares obligados . Por lo tanto, no requieren muchos genes que necesitan las bacterias de vida libre, como los genes asociados con el metabolismo y la reparación del ADN. Sin embargo, no existe un orden en el que se pierden primero los genes funcionales. Por ejemplo, los pseudogenes más antiguos en Mycobacterium leprae están en las ARN polimerasas y la biosíntesis de metabolitos secundarios, mientras que los más antiguos en Shigella flexneri y Shigella typhi están en la replicación , recombinación y reparación del ADN . [ 52 ]

Dado que la mayoría de las bacterias que portan pseudogenes son simbiontes o parásitos intracelulares obligados, el tamaño del genoma se reduce con el tiempo. Un ejemplo extremo es el genoma de Mycobacterium leprae , un parásito obligado y agente causal de la lepra . Se ha informado que posee 1133 pseudogenes que dan lugar a aproximadamente el 50 % de su transcriptoma . [ 52 ] El efecto de los pseudogenes y la reducción del genoma se puede observar aún más al compararlo con Mycobacterium marinum , un patógeno de la misma familia. Mycobacterium marinum tiene un genoma más grande que Mycobacterium leprae porque puede sobrevivir fuera del huésped; por lo tanto, el genoma debe contener los genes necesarios para ello. [ 53 ]

Aunque la reducción del genoma se centra en los genes que no son necesarios mediante la eliminación de pseudogenes, las presiones selectivas del huésped pueden influir en lo que se conserva. En el caso de un simbionte del filo Verrucomicrobiota , existen siete copias adicionales del gen que codifica la vía de la mandelalida. [ 54 ] El huésped, una especie de Lissoclinum , utiliza mandelalidas como parte de su mecanismo de defensa. [ 54 ]

Se observó la relación entre la epistasis y la teoría del efecto dominó en la pérdida de genes en Buchnera aphidicola . Esta teoría sugiere que si un gen de un proceso celular se inactiva, la selección en otros genes implicados se relaja, lo que conduce a la pérdida de genes. [ 52 ] Al comparar Buchnera aphidicola y Escherichia coli , se encontró que la epistasis positiva favorece la pérdida de genes, mientras que la epistasis negativa la dificulta.

Los loci proS en Mycobacterium leprae y M. tuberculosis , que muestran tres pseudogenes (indicados con cruces) en M. leprae que aún tienen homólogos funcionales en M. tuberculosis. Los genes homólogos se indican con colores idénticos y finas barras verticales azules. Modificado de Cole et al. 2001. [ 55 ]

Véase también

Referencias

  1. ↑ Mighell AJ, Smith NR, Robinson PA, Markham AF (febrero de 2000). "Pseudogenes de vertebrados" . FEBS Letters . 468 ( 2–3 ): 109–114 . Bibcode : 2000FEBSL.468..109M . doi : 10.1016 / S0014-5793(00)01199-6 . PMID 10692568. S2CID 42204036 .  
  2. ↑ Robicheau BM, Susko E, Harrigan AM, Snyder M (febrero de 2017). "Los genes del ARN ribosómico contribuyen a la formación de pseudogenes y ADN basura en el genoma humano" . Genome Biology and Evolution . 9 (2): 380–397 . doi : 10.1093/gbe/evw307 . PMC 5381670. PMID 28204512 .  
  3. ↑ van Baren MJ, Brent MR (mayo de 2006). "La predicción iterativa de genes y la eliminación de pseudogenes mejoran la anotación del genoma" . Genome Research . 16 (5): 678– 685. doi : 10.1101/gr.4766206 . PMC 1457044. PMID 16651666 .  
  4. ↑ Kim MS, Pinto SM, Getnet D, Nirujogi RS, Manda SS, Chaerkady R, et al. (mayo de 2014). " Un mapa preliminar del proteoma humano" . Nature . 509 (7502): 575– 581. Bibcode : 2014Natur.509..575K . doi : 10.1038/nature13302 . PMC 4403737. PMID 24870542 .   
  5. ↑ Max EE (1986). "Errores plagiados y genética molecular" . Creation Evolution Journal . 6 (3): 34– 46.
  6. ↑ Chandrasekaran C, Betrán E (2008). "Orígenes de nuevos genes y pseudogenes" . Nature Education . 1 (1): 181.
  7. ↑ Jurka J (diciembre de 2004). "Impacto evolutivo de los elementos repetitivos Alu humanos". Current Opinion in Genetics & Development . 14 (6): 603– 608. doi : 10.1016/j.gde.2004.08.008 . PMID 15531153 . 
  8. ↑ Dewannieux M, Heidmann T (2005). " LINEs, SINEs y pseudogenes procesados: estrategias parasitarias para el modelado del genoma". Cytogenetic and Genome Research . 110 ( 1–4 ): 35–48 . doi : 10.1159/000084936 . PMID 16093656. S2CID 25083962 .  
  9. ↑ Dewannieux M, Esnault C, Heidmann T (septiembre de 2003). "Retrotransposición mediada por LINE de secuencias Alu marcadas". Nature Genetics . 35 (1): 41– 48. doi : 10.1038/ng1223 . PMID 12897783. S2CID 32151696 .  
  10. ↑ Graur D, Shuali Y, Li WH (abril de 1989). "Las deleciones en pseudogenes procesados ​​se acumulan más rápido en roedores que en humanos". Journal of Molecular Evolution . 28 (4): 279– 285. Bibcode : 1989JMolE..28..279G . doi : 10.1007/BF02103423 . PMID 2499684. S2CID 22437436 .  
  11. ↑ Baertsch R, Diekhans M , Kent WJ, Haussler D, Brosius J (octubre de 2008). "Contribuciones retrocopiadas a la evolución del genoma humano" . BMC Genomics . 9 : 466. doi : 10.1186/1471-2164-9-466 . PMC 2584115. PMID 18842134 .  
  12. ↑ Pavlícek A, Paces J, Zíka R, Hejnar J (octubre de 2002). "Distribución de longitud de elementos nucleotídicos intercalados largos (LINEs) y pseudogenes procesados ​​de retrovirus endógenos humanos: implicaciones para la retrotransposición y la detección de pseudogenes". Gene . 300 ( 1–2 ): 189–194 . doi : 10.1016/S0378-1119(02)01047-8 . PMID 12468100 . 
  13. ↑ Navarro FC, Galante PA (julio de 2015). "Un panorama genómico de retrocopias en genomas de primates" . Genome Biology and Evolution . 7 (8): 2265– 2275. doi : 10.1093/gbe/evv142 . PMC 4558860. PMID 26224704 .  
  14. ↑ Schrider DR, Navarro FC, Galante PA, Parmigiani RB, Camargo AA, Hahn MW, de Souza SJ (2013-01-24). " Polimorfismo del número de copias genéticas causado por retrotransposición en humanos" . PLOS Genetics . 9 (1) e1003242. doi : 10.1371/journal.pgen.1003242 . PMC 3554589. PMID 23359205 .  
  15. ↑ Zheng D, Frankish A, Baertsch R, Kapranov P, Reymond A, Choo SW, et al. (junio de 2007). " Pseudogenes en las regiones ENCODE: anotación de consenso, análisis de transcripción y evolución" . Genome Research . 17 (6): 839–851 . doi : 10.1101/gr.5586307 . PMC 1891343. PMID 17568002 .   
  16. ↑ Max EE (5 de mayo de 2003). "Errores de plagio y genética molecular" . Archivo TalkOrigins . Consultado el 22 de julio de 2008 .
  17. 1 2 Lynch M, Conery JS (noviembre de 2000). "El destino evolutivo y las consecuencias de los genes duplicados". Science . 290 (5494): 1151– 1155. Bibcode : 2000Sci...290.1151L . doi : 10.1126/science.290.5494.1151 . PMID 11073452 . 
  18. ↑ Walsh JB (enero de 1995). "¿Con qué frecuencia los genes duplicados desarrollan nuevas funciones?" . Genetics . 139 (1): 421– 428. doi : 10.1093/genetics/139.1.421 . PMC 1206338 . PMID 7705642 .  
  19. ↑ Lynch M, O'Hely M, Walsh B, Force A (diciembre de 2001). "La probabilidad de preservación de un duplicado genético de reciente aparición" . Genetics . 159 ( 4): 1789– 1804. doi : 10.1093/genetics/159.4.1789 . PMC 1461922. PMID 11779815 .  
  20. ↑ Harrison PM, Hegyi H, Balasubramanian S, Luscombe NM, Bertone P, Echols N, et al. (febrero de 2002). " Fósiles moleculares en el genoma humano: identificación y análisis de los pseudogenes en los cromosomas 21 y 22" . Genome Research . 12 (2): 272–280 . doi : 10.1101/gr.207102 . PMC 155275. PMID 11827946 .   
  21. ↑ Zhang J (2003). "Evolución por duplicación genética: una actualización". Tendencias en Ecología y Evolución . 18 (6): 292– 298. doi : 10.1016/S0169-5347(03)00033-8 .
  22. ↑ Nishikimi M, Kawai T, Yagi K (octubre de 1992). "Los conejillos de indias poseen un gen altamente mutado para la L-gulono-gamma-lactona oxidasa, la enzima clave para la biosíntesis del ácido L-ascórbico que falta en esta especie" . The Journal of Biological Chemistry . 267 (30): 21967– 21972. doi : 10.1016/S0021-9258(19)36707-9 . PMID 1400507 . 
  23. ↑ Nishikimi M, Fukuyama R, Minoshima S, Shimizu N, Yagi K (mayo de 1994). "Clonación y mapeo cromosómico del gen humano no funcional para la L-gulono-gamma-lactona oxidasa, la enzima para la biosíntesis del ácido L-ascórbico ausente en el hombre" . The Journal of Biological Chemistry . 269 (18): 13685– 13688. doi : 10.1016/S0021-9258(17)36884-9 . PMID 8175804 . 
  24. ↑ Xue Y, Daly A, Yngvadottir B, Liu M, Coop G, Kim Y, et al. (abril de 2006). "La propagación de una forma inactiva de caspasa-12 en humanos se debe a una selección positiva reciente" . American Journal of Human Genetics . 78 (4): 659– 670. doi : 10.1086/503116 . PMC 1424700. PMID 16532395 .   
  25. ↑ Abascal, Federico; Juan, David; Jungreis, Irwin; Kellis, Manolis; Martínez, Laura; Rigau, María; Rodríguez, José Manuel; Vázquez, Jesús; Tress, Michael L. (2018-08-21). "Cabos sueltos: casi uno de cada cinco genes humanos todavía tiene un estado de codificación sin resolver" . Nucleic Acids Research . 46 (14): 7070– 7084. doi : 10.1093/nar/gky587 . ISSN 1362-4962 . PMC 6101605. PMID 29982784 .   
  26. ↑ Rausell, Antonio; Luo, Yufei; Lopez, Marie; Seeleuthner, Yoann; Rapaport, Franck; Favier, Antoine; Stenson, Peter D.; Cooper, David N.; Patin, Etienne; Casanova, Jean-Laurent; Quintana-Murci, Lluis; Abel, Laurent (2020-06-16). "La homocigosidad común para las variantes predichas de pérdida de función revela efectos redundantes y ventajosos de genes humanos prescindibles" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América . 117 (24): 13626– 13636. Bibcode : 2020PNAS..11713626R . doi : 10.1073/pnas.1917993117 . ISSN 1091-6490 . PMC 7306792 . PMID 32487729 .   
  27. ↑ Lopes-Marqués, Mónica; Peixoto, M. João; Cooper, David N.; Prata, M. João; Azevedo, Luisa; Castro, L. Filipe C. (2024-11-02). "Pseudogenes polimórficos en el genoma humano: una evaluación integral" . Genética Humana . 143 (12): 1465– 1479. doi : 10.1007/s00439-024-02715-9 . ISSN 1432-1203 . PMC 11576641 . PMID 39488654 .   
  28. ↑ Ruf, Stephanie; Trösch, Raphael; Schollbach, Laura; Kroop, Xenia; Forner, Joachim; Gefen-Treves, Shany; Henze, Anita; Thiele, Wolfram; Schöttler, Mark A.; Zoschke, Reimo; Bock, Ralph (2025). " La genética inversa en el genoma del cloroplasto de Arabidopsis identifica a rps16 como un pseudogén transcrito" . The Plant Journal . 122 (3) e70198. doi : 10.1111/tpj.70198 . ISSN 1365-313X . PMC 12058238. PMID 40336164 .   
  29. ↑ Cheetham SW, Faulkner GJ, Dinger ME (marzo de 2020). "Superando desafíos y dogmas para comprender las funciones de los pseudogenes". Nature Reviews. Genetics . 21 (3): 191– 201. doi : 10.1038/s41576-019-0196-1 . PMID 31848477. S2CID 209393216 .  
  30. ↑ Zerbino DR, Frankish A, Flicek P (agosto de 2020). "Progreso, desafíos y sorpresas en la anotación del genoma humano" . Annual Review of Genomics and Human Genetics . 21 (1): 55– 79. doi : 10.1146/annurev-genom-121119-083418 . PMC 7116059. PMID 32421357 .  
  31. ^ Prieto -Godino LL, Rytz R, Bargeton B, Abuin L, Arguello JR, Peraro MD, Benton R (noviembre de 2016). "Pseudogenes del receptor olfativo" . Naturaleza . 539 (7627): 93– 97. Bibcode : 2016Natur.539...93P . doi : 10.1038/naturaleza19824 . PMC 5164928 . PMID 27776356 .  
  32. ↑ Jeffs P, Ashburner M (mayo de 1991). "Pseudogenes procesados ​​en Drosophila". Actas. Ciencias Biológicas . 244 (1310): 151– 159. Bibcode : 1991RSPSB.244..151J . doi : 10.1098/rspb.1991.0064 . PMID 1679549. S2CID 1665885 .  
  33. ↑ Wang W, Zhang J, Alvarez C, Llopart A, Long M (septiembre de 2000). "El origen del gen Jingwei y la compleja estructura modular de su gen parental, yellow emperor, en Drosophila melanogaster" . Biología Molecular y Evolución . 17 (9): 1294–1301 . doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026413 . PMID 10958846 . 
  34. ↑ Long M, Langley CH (abril de 1993). "Selección natural y el origen de jingwei, un gen funcional procesado quimérico en Drosophila". Science . 260 (5104): 91– 95. Bibcode : 1993Sci...260...91L . doi : 10.1126/science.7682012 . PMID 7682012 . 
  35. ↑ Pei B, Sisu C, Frankish A, Howald C, Habegger L, Mu XJ, et al. (septiembre de 2012). " El recurso de pseudogenes GENCODE" . Genome Biology . 13 (9) R51. doi : 10.1186/gb-2012-13-9-r51 . PMC 3491395. PMID 22951037 .   
  36. ↑ Wright JC, Mudge J, Weisser H, Barzine MP, Gonzalez JM, Brazma A, et al. (junio de 2016). "Mejora de la anotación de genes de referencia GENCODE mediante un flujo de trabajo de proteogenómica de alta rigurosidad" . Nature Communications . 7 11778. Bibcode : 2016NatCo...711778W . doi : 10.1038/ncomms11778 . PMC 4895710. PMID 27250503 .   
  37. ↑ Dierick HA, Mercer JF, Glover TW (octubre de 1997). "Un pseudogén de la isoforma cerebral de la fosfoglicerato mutasa (PGAM 1) se localiza dentro del gen humano de la enfermedad de Menkes (ATP7 A)". Gene . 198 ( 1–2 ): 37–41 . doi : 10.1016/s0378-1119(97)00289-8 . PMID 9370262 . 
  38. ↑ Betrán E, Wang W, Jin L, Long M (mayo de 2002). "Evolución del gen procesado de la fosfoglicerato mutasa en humanos y chimpancés que revela el origen de un nuevo gen de primate" . Biología molecular y evolución . 19 (5): 654– 663. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004124 . PMID 11961099 . 
  39. ↑ Okuda H, Tsujimura A, Irie S, Yamamoto K, Fukuhara S, Matsuoka Y, et al. (2012). "Un polimorfismo de un solo nucleótido dentro del nuevo gen retrotranspuesto PGAM4 ligado al sexo y específico de los testículos influye en la fertilidad masculina humana" . PLOS ONE . 7 (5) e35195. Bibcode : 2012PLoSO...735195O . doi : 10.1371/journal.pone.0035195 . PMC 3348931. PMID 22590500 .   
  40. ↑ Belinky F, Ganguly I, Poliakov E, Yurchenko V, Rogozin IB (febrero de 2021). "Análisis de codones de parada dentro de genes codificadores de proteínas procariotas sugiere eventos frecuentes de lectura completa" . International Journal of Molecular Sciences . 22 (4): 1876. doi : 10.3390/ijms22041876 . PMC 7918605. PMID 33672790 .  
  41. ^ Feng Y, Wang Z, Chien KY, Chen HL, Liang YH, Hua X, Chiu CH (mayo de 2022). "" Pseudo-pseudogénes" en genomas bacterianos: la proteogenómica revela una expresión proteica amplia pero baja de pseudogenes en Salmonella enterica" . Nucleic Acids Research . 50 (9): 5158– 5170. doi : 10.1093/nar/gkac302 . PMC 9122581. PMID 35489061 .  
  42. ↑ Chan WL, Chang JG (2014). "SiRNA endógenos derivados de pseudogenes y su función". Pseudogenes . Métodos en biología molecular. Vol. 1167. págs. 227–39 . doi : 10.1007/978-1-4939-0835-6_15 . ISBN   978-1-4939-0834-9. PMID 24823781 . 
  43. ↑ Chan WL, Yuo CY, Yang WK, Hung SY, Chang YS, Chiu CC, et al. (abril de 2013). "El pseudogén transcrito ψPPM1K genera siRNA endógeno para suprimir el crecimiento de células oncogénicas en el carcinoma hepatocelular" . Nucleic Acids Research . 41 (6): 3734– 3747. doi : 10.1093/nar/gkt047 . PMC 3616710. PMID 23376929 .   
  44. ↑ Roberts TC, Morris KV (diciembre de 2013). "Ya no son tan pseudo: los pseudogenes como dianas terapéuticas" . Farmacogenómica . 14 ( 16): 2023– 2034. doi : 10.2217/pgs.13.172 . PMC 4068744. PMID 24279857 .  
  45. ↑ Olovnikov I, Le Thomas A, Aravin AA (2014). "Un marco para la manipulación de clústeres de piRNA". ARN que interactúan con PIWI . Métodos en biología molecular. Vol. 1093. págs. 47–58 . doi : 10.1007/978-1-62703-694-8_5 . ISBN   978-1-62703-693-1. PMID 24178556 . 
  46. ↑ Siomi MC, Sato K, Pezic D, Aravin AA (abril de 2011). "ARN pequeños que interactúan con PIWI: la vanguardia de la defensa del genoma". Nature Reviews. Biología Celular Molecular . 12 (4): 246– 258. doi : 10.1038/nrm3089 . PMID 21427766. S2CID 5710813 .  
  47. ^ Karreth FA, Reschke M, Ruocco A, Ng C, Chapuy B, Léopold V, et al. (Abril de 2015). "El pseudogén BRAF funciona como un ARN endógeno competitivo e induce linfoma in vivo" . Celúla . 161 (2): 319– 332. doi : 10.1016/j.cell.2015.02.043 . PMC 6922011 . PMID 25843629 .   
  48. ↑ Dahia PL, FitzGerald MG, Zhang X, Marsh DJ, Zheng Z, Pietsch T, et al. (mayo de 1998). "Un pseudogén PTEN procesado altamente conservado se encuentra en la banda cromosómica 9p21" . Oncogene . 16 (18): 2403–2406 . doi : 10.1038/sj.onc.1201762 . PMID 9620558 .  
  49. ↑ Poliseno L, Salmena L, Zhang J, Carver B, Haveman WJ, Pandolfi PP (junio de 2010). "Una función independiente de la codificación de los ARNm de genes y pseudogenes regula la biología tumoral" . Nature . 465 (7301): 1033–1038 . Bibcode : 2010Natur.465.1033P . doi : 10.1038/ nature09144 . PMC 3206313. PMID 20577206 .  
  50. ↑ Balakirev ES, Ayala FJ (2003). "Pseudogenes: ¿son ADN basura o ADN funcional?". Annual Review of Genetics . 37 : 123–151 . doi : 10.1146/annurev.genet.37.040103.103949 . PMID 14616058 . 
  51. ↑ Goodhead I, Darby AC (febrero de 2015). "Quitando el pseudo de los pseudogenes" . Current Opinion in Microbiology . 23 : 102–109 . doi : 10.1016/j.mib.2014.11.012 . PMID 25461580 . 
  52. 1 2 3 Dagan T, Blekhman R, Graur D (febrero de 2006). "La "teoría del dominó" de la muerte genética: eventos de extinción genética gradual y masiva en tres linajes de patógenos bacterianos simbióticos obligados" . Biología molecular y evolución . 23 (2): 310– 316. doi : 10.1093/molbev/msj036 . PMID 16237210 . 
  53. ↑ Malhotra S, Vedithi SC, Blundell TL (agosto de 2017). " Decodificando las similitudes y diferencias entre las especies de micobacterias" . PLOS Neglected Tropical Diseases . 11 (8) e0005883. doi : 10.1371/journal.pntd.0005883 . PMC 5595346. PMID 28854187 .  
  54. 1 2 Lopera J, Miller IJ, McPhail KL, Kwan JC (21 de noviembre de 2017). "Aumento de la dosis de genes biosintéticos en un simbionte bacteriano defensivo con genoma reducido" . mSystems . 2 (6): 1– 18. doi : 10.1128/msystems.00096-17 . PMC 5698493. PMID 29181447 .  
  55. ↑ Cole ST, Eiglmeier K, Parkhill J, James KD, Thomson NR, Wheeler PR, et al. (febrero de 2001). " Degradación genética masiva en el bacilo de la lepra" . Nature . 409 (6823): 1007–1011 . Bibcode : 2001Natur.409.1007C . doi : 10.1038/35059006 . PMID 11234002. S2CID 4307207 .   

Lecturas adicionales

  • Gerstein M, Zheng D (agosto de 2006). "La vida real de los pseudogenes". Scientific American . 295 (2): 48– 55. Bibcode : 2006SciAm.295b..48G . doi : 10.1038/scientificamerican0806-48 . PMID 16866288 . 
  • Torrents D, Suyama M, Zdobnov E, Bork P (diciembre de 2003). " Un estudio de todo el genoma de los pseudogenes humanos" . Genome Research . 13 (12): 2559– 2567. doi : 10.1101/gr.1455503 . PMC 403797. PMID 14656963 .  
  • Bischof JM, Chiang AP, Scheetz TE, Stone EM, Casavant TL, Sheffield VC, Braun TA (junio de 2006). " Identificación a nivel genómico de pseudogenes capaces de conversión génica causante de enfermedades" . Human Mutation . 27 (6): 545– 552. doi : 10.1002/humu.20335 . PMID 16671097. S2CID 20219423 .  
  • Syberg-Olsen MJ, Garber AI, Keeling PJ, McCutcheon JP, Husnik F (julio de 2022). "Pseudofinder: detección de pseudogenes en genomas procariotas" . Biología molecular y evolución . 39 (7). doi : 10.1093/molbev/msac153 . PMC 9336565. PMID 35801562 .  
  • Base de datos de interacción de pseudogenes, base de datos de mapas de interacción miRNA-pseudogén y proteína-pseudogén
  • Base de datos de pseudogenes de la Universidad de Yale
  • Base de datos Hoppsigen (pseudogenes homólogos procesados)
  • RCPedia - Base de datos de pseudogenes procesados