Mezcla MDyna

Molecular Dynamics of Mixtures ( MDynaMix ) es un paquete de software informático para dinámica molecular de propósito general para simular mezclas de moléculas, interactuando mediante campos de fuerza similares a AMBER y CHARMM en condiciones de contorno periódicas . ^[2]^[3] Se incluyen algoritmos para NVE, NVT, NPT, conjuntos NPT anisotrópicos y suma de Ewald para tratar interacciones electrostáticas. El código se escribió en una mezcla de Fortran 77 y 90 (con Message Passing Interface (MPI) para ejecución paralela). El paquete se ejecuta en estaciones de trabajo Unix y similares a Unix ( Linux ), clústeres de estaciones de trabajo y en Windows en modo secuencial.

MDynaMix se desarrolló en la División de Química Física, Departamento de Materiales y Química Ambiental, Universidad de Estocolmo , Suecia. Se publica como software de código abierto bajo una Licencia Pública General GNU (GPL).

Programas

md es el bloque principal de MDynaMix
makemol es una utilidad que proporciona ayuda para crear archivos que describen la estructura molecular y el campo de fuerza.
tranal es una suite de utilidades para analizar trayectorias
mdee es una versión del programa que implementa el método de conjunto expandido para calcular la energía libre y el potencial químico (no está paralelizado)
mge proporciona una interfaz gráfica de usuario para construir modelos moleculares y monitorear procesos dinámicos.

Campo de aplicación

Propiedades termodinámicas de los líquidos ^[4]
Interacción entre ácidos nucleicos e iones ^[5]
Modelado de bicapas lipídicas ^[6]
Polielectrolitos ^[7]
Líquidos iónicos ^[8]^[9]
Espectros de rayos X del agua líquida ^[10]
Desarrollo del campo de fuerza ^[11]^[12]

Véase también

Referencias

^ "Página de inicio de MDynaMix". fos.su.se . Consultado el 15 de abril de 2021 .
^ APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - Un paquete de simulación MD paralelo, portátil y escalable para mezclas moleculares arbitrarias". Computer Physics Communications . 128 (3): 565–589. Bibcode :2000CoPhC.128..565L. doi :10.1016/S0010-4655(99)00529-9.
^ APLyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Simulaciones de dinámica molecular paralela de sistemas biomoleculares". Computación paralela aplicada: problemas científicos e industriales a gran escala . Apuntes de clase en informática. Vol. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. págs. 296–303. doi :10.1007/BFb0095310. ISBN . 978-3-540-65414-8.S2CID26892490 .
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^ X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). "Simulación de dinámica molecular de una mezcla de líquido iónico a temperatura ambiente de [bmim][BF ₄ ] y acetonitrilo mediante un campo de fuerza refinado". Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Bibcode :2005PCCP....7.2771W. doi :10.1039/b504681p. PMID 16189592.
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Enlaces externos

Sitio web oficial
Ascalaph, shell gráfico para MDynaMix (GNU GPL)

[1] "Página de inicio de MDynaMix". fos.su.se . Consultado el 15 de abril de 2021 .

[2] APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - Un paquete de simulación MD paralelo, portátil y escalable para mezclas moleculares arbitrarias". Computer Physics Communications . 128 (3): 565–589. Bibcode :2000CoPhC.128..565L. doi :10.1016/S0010-4655(99)00529-9.

[3] APLyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Simulaciones de dinámica molecular paralela de sistemas biomoleculares". Computación paralela aplicada: problemas científicos e industriales a gran escala . Apuntes de clase en informática. Vol. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. págs. 296–303. doi :10.1007/BFb0095310. ISBN . 978-3-540-65414-8.S2CID26892490 .

[4] T. Kuznetsova y B. Kvamme (2002). "Propiedades termodinámicas y tensión interfacial de un modelo de sistema agua-dióxido de carbono". Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937–941. Bibcode :2002PCCP....4..937K. doi :10.1039/b108726f.

[5] Y. Cheng, N. Korolev y L. Nordenskiöld (2006). "Similitudes y diferencias en la interacción de K+ y Na+ con ADN condensado ordenado. Un estudio de simulación informática de dinámica molecular". Nucleic Acids Research . 34 (2): 686–696. doi :10.1093/nar/gkj434. PMC 1356527 . PMID 16449204.

[6] C.-J. Högberg; AMNikitin y AP Lyubartsev (2008). "Modificación del campo de fuerza CHARMM para la bicapa lipídica DMPC". Journal of Computational Chemistry . 29 (14): 2359–2369. doi :10.1002/jcc.20974. PMID 18512235. S2CID 8599984.

[7] A. Vishnyakov y AV Neimark (2008). "Características específicas de la solvatación de polielectrolitos sulfonados en agua, dimetilmetilfosfonato y su mezcla: un estudio de simulación molecular". J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode :2008JChPh.128p4902V. doi :10.1063/1.2899327. PMID 18447495. S2CID 948639.

[8] G. Raabe y J. Köhler (2008). "Propiedades termodinámicas y estructurales de líquidos iónicos basados en imidazolio a partir de simulación molecular". J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode :2008JChPh.128o4509R. doi :10.1063/1.2907332. PMID 18433237.

[9] X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). "Simulación de dinámica molecular de una mezcla de líquido iónico a temperatura ambiente de [bmim][BF ₄ ] y acetonitrilo mediante un campo de fuerza refinado". Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Bibcode :2005PCCP....7.2771W. doi :10.1039/b504681p. PMID 16189592.

[10] RLC Wang, HJ Kreuzer y M. Grunze (2006). "Modelado teórico e interpretación de los espectros de absorción de rayos X del agua líquida". Phys. Chem. Chem. Phys . 8 (41): 4744–4751. Bibcode :2006PCCP....8.4744W. doi :10.1039/b607093k. PMID 17043717.

[11] AM Nikitin y AP Lyubartsev (2007). "Un nuevo modelo de acetonitrilo de seis sitios para simulaciones de acetonitrilo líquido y su mezcla acuosa". J. Comput. Chem . 28 (12): 2020–2026. doi :10.1002/jcc.20721. PMID 17450554. S2CID 5333395.

[12] ES Böesa; E. Bernardia; H. Stassena; PFB Gonçalves (2008). "Solvación de aniones monovalentes en formamida y metanol: parametrización del modelo IEF-PCM". Chemical Physics . 344 (1–2): 101–113. Bibcode :2008CP....344..101B. doi :10.1016/j.chemphys.2007.12.006.