Macromodelo

MacroModel es un programa informático para el modelado molecular de compuestos orgánicos y biopolímeros . Incorpora diversos campos de fuerza químicos , además de algoritmos de minimización de energía, para predecir la geometría y las energías conformacionales relativas de las moléculas . ^{[ 1 ]} MacroModel es mantenido por Schrödinger, LLC .

Realiza simulaciones dentro del marco de la mecánica clásica , también denominada mecánica molecular , y puede realizar simulaciones de dinámica molecular para modelar sistemas a temperaturas finitas utilizando dinámica estocástica y algoritmos mixtos de Monte Carlo . MacroModel es compatible con Windows , Linux , macOS , Silicon Graphics (SGI) IRIX e IBM AIX .

El paquete de software Macromodel se describió por primera vez en la literatura científica en 1990, ^{[ 2 ]} y posteriormente fue adquirido por Schrödinger, Inc. en 2000. ^{[ 3 ]}

Características principales

Modelo de solvatación implícita (solvatación continua), modelo de Born generalizado aumentado con el término de área de superficie accesible al disolvente hidrofóbico (GBSA) ^{[ 4 ]}^{[ 5 ]}
Campos de fuerza : MM2, MM3, AMBER , Campo de fuerza molecular de Merck (MMFF), OPLS
Dinámica molecular
perturbación de energía libre

Historial de versiones conocido

2013: versión 10.0
2012: versión 9.9.2
2011: versión 9.9.1
2010: versión 9.8
2009: versión 9.7
2008: versión 9.6
2007: versión 9.5
2006: versión 9.1
2005: versión 9.0
2004: versión 8.5
2003: versión 8.1

Véase también

Referencias

↑ Mohamadi F, Richard NG, Guida WC, Liskamp R, Lipton M, Caufield C, Chang G, Hendrickson T, Still WC (mayo de 1990). "MacroModel: un sistema de software integrado para el modelado de moléculas orgánicas y bioorgánicas mediante mecánica molecular". J. Comput. Chem . 11 (4): 440– 467. doi : 10.1002/jcc.540110405 .
↑ Mohamadi, Fariborz; Richards, Nigel GJ; Guida, Wayne C.; Liskamp, Rob; Lipton, Mark; Caufield, Craig; Chang, George; Hendrickson, Thomas; Still, W. Clark (1990-05-01). "Macromodel: un sistema de software integrado para modelar moléculas orgánicas y bioorgánicas utilizando mecánica molecular". Journal of Computational Chemistry . 11 (4): 440– 467. doi : 10.1002/jcc.540110405 . ISSN 1096-987X .
↑ "Introducción | Schrödinger" . www.schrodinger.com . Consultado el 30 de noviembre de 2017 .
↑ Still WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). "Tratamiento semianalítico de la solvatación para mecánica y dinámica molecular". J Am Chem Soc . 112 (16): 6127– 6129. doi : 10.1021/ja00172a038 .
↑ Guimarães CR, Cardozo M (mayo de 2008). "MM-GB/SA reevaluación de las conformaciones de acoplamiento en la optimización de compuestos líderes basada en la estructura". J Chem Inf Model . 48 (5): 958– 70. doi : 10.1021/ci800004w . PMID 18422307 .

Enlaces externos

Sitio web oficial

[Mohamadi_1990-1] Mohamadi F, Richard NG, Guida WC, Liskamp R, Lipton M, Caufield C, Chang G, Hendrickson T, Still WC (mayo de 1990). "MacroModel: un sistema de software integrado para el modelado de moléculas orgánicas y bioorgánicas mediante mecánica molecular". J. Comput. Chem . 11 (4): 440– 467. doi : 10.1002/jcc.540110405 .

[2] Mohamadi, Fariborz; Richards, Nigel GJ; Guida, Wayne C.; Liskamp, Rob; Lipton, Mark; Caufield, Craig; Chang, George; Hendrickson, Thomas; Still, W. Clark (1990-05-01). "Macromodel: un sistema de software integrado para modelar moléculas orgánicas y bioorgánicas utilizando mecánica molecular". Journal of Computational Chemistry . 11 (4): 440– 467. doi : 10.1002/jcc.540110405 . ISSN 1096-987X .

[3] "Introducción | Schrödinger" . www.schrodinger.com . Consultado el 30 de noviembre de 2017 .

[Still_1990-4] Still WC, Tempczyk A, Hawley RC, Hendrickson T (1990). "Tratamiento semianalítico de la solvatación para mecánica y dinámica molecular". J Am Chem Soc . 112 (16): 6127– 6129. doi : 10.1021/ja00172a038 .

[pmid18422307-5] Guimarães CR, Cardozo M (mayo de 2008). "MM-GB/SA reevaluación de las conformaciones de acoplamiento en la optimización de compuestos líderes basada en la estructura". J Chem Inf Model . 48 (5): 958– 70. doi : 10.1021/ci800004w . PMID 18422307 .

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