Tinker (software)

Tinker , anteriormente estilizado como TINKER , es un conjunto de aplicaciones informáticas para la simulación de dinámica molecular . Los códigos proporcionan un conjunto completo y general de herramientas para mecánica molecular y dinámica molecular , con algunas características especiales para biomoléculas . El núcleo del software es un conjunto modular de rutinas invocables que permiten manipular coordenadas y evaluar la energía potencial y sus derivadas mediante métodos sencillos.

Tinker funciona en Windows , macOS , Linux y Unix . El código fuente está disponible gratuitamente para usuarios no comerciales bajo una licencia propietaria. El código está escrito en FORTRAN 77 , Fortran 95 o CUDA portátiles con extensiones comunes, y algo de C.

Los desarrolladores principales son: (a) el laboratorio de Jay Ponder , en el Departamento de Química, Universidad de Washington en St. Louis , St. Louis , Missouri . El director del laboratorio Ponder es catedrático de Química y de Bioquímica y Biofísica Molecular; (b) el laboratorio de Pengyu Ren , en el Departamento de Ingeniería Biomédica de la Universidad de Texas en Austin , Austin, Texas . El director del laboratorio Ren es catedrático de Ingeniería Biomédica; (c) el equipo de investigación de Jean-Philip Piquemal en el Laboratorio de Química Teórica, Departamento de Química, Universidad de la Sorbona , París , Francia. El director del equipo de investigación Piquemal es catedrático de Química Teórica .

El paquete Tinker se basa en varios códigos relacionados: (a) el Tinker canónico , versión 8, (b) el paquete Tinker9 como una extensión directa del Tinker canónico para sistemas GPU, (c) el paquete Tinker-HP para aplicaciones MPI masivamente paralelas en sistemas híbridos basados ​​en CPU y GPU , (d) Tinker-FFE para la visualización de cálculos de Tinker a través de una interfaz gráfica basada en Java, y (e) el paquete Tinker-OpenMM para el uso de Tinker con GPU a través de una interfaz para el software OpenMM. Todos los códigos de Tinker están disponibles en el sitio de la organización TinkerTools en GitHub . Puede encontrar información adicional en el sitio web de la comunidad TinkerTools.

Se proporcionan programas para realizar muchas funciones, entre ellas:

1. Minimización de energía sobre coordenadas cartesianas , ángulos de torsión o cuerpos rígidos mediante el método del gradiente conjugado, métrica variable o un método de Newton truncado.
2. Dinámica molecular, estocástica y de cuerpos rígidos con límites periódicos y control de temperatura y presión.
3. análisis vibracional de modo normal
4. geometría de distancias que incluye una metrización aleatoria por pares eficiente
5. construcción de estructuras de proteínas y ácidos nucleicos a partir de secuencias
6. Recocido simulado con diversos protocolos de enfriamiento
7. Análisis y descomposición de energías potenciales de punto único
8. Verificación de derivados analíticos de potenciales estándar y definidos por el usuario.
9. ubicación de un estado de transición entre dos mínimos
10. Búsqueda completa de la superficie de energía mediante un método de escaneo de conformación.
11. Cálculos de energía libre mediante perturbación de energía libre o análisis de histograma ponderado.
12. Ajuste de parámetros de potencial intermolecular a datos estructurales y termodinámicos
13. Optimización global mediante suavizado de superficies de energía, incluyendo un método de suavizado y búsqueda de potencial (PSS).

• Tinker-HP recibió el premio Atos-Joseph Fourier de computación de alto rendimiento de 2018.

• Lista de software para modelado molecular de Monte Carlo
• Comparación de software para modelado de mecánica molecular
• Dinámica molecular
• Geometría molecular
• Software de diseño molecular
• Comparación de implementaciones de campos de fuerza

• TinkerTools en GitHub
• Trastear con X
• tinkertools.org​
• dasher.wustl.edu/tinker​​​