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gliceraldehído 3-fosfato deshidrogenasa

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La gliceraldehído 3-fosfato deshidrogenasa (abreviada GAPDH ) ( EC 1.2.1.12 ) es una enzima de aproximadamente 37 kDa kilodaltons que cataliza el sexto paso de la glucólisis y, por lo tanto, sirve para descomponer la glucosa para obtener energía y moléculas de carbono. Además de esta función metabólica establecida desde hace mucho tiempo, la GAPDH se ha visto recientemente implicada en varios procesos no metabólicos, incluyendo la activación de la transcripción , la iniciación de la apoptosis , [ 4 ] el transporte de vesículas del RE al Golgi y el transporte axonal o axoplásmico rápido . [ 5 ] En los espermatozoides, se expresa una isoenzima específica de los testículos, GAPDHS .

Estructura

En condiciones celulares normales, la GAPDH citoplasmática existe principalmente como un tetrámero . Esta forma está compuesta por cuatro subunidades idénticas de 37 kDa que contienen un único grupo tiol catalítico cada una y que son cruciales para la función catalítica de la enzima. [ 6 ] [ 7 ] La GAPDH nuclear tiene un punto isoeléctrico (pI) aumentado de pH 8,3–8,7. [ 7 ] Cabe destacar que el residuo de cisteína C152 en el sitio activo de la enzima es necesario para la inducción de apoptosis por estrés oxidativo . [ 7 ] Es importante señalar que las modificaciones postraduccionales de la GAPDH citoplasmática contribuyen a sus funciones fuera de la glucólisis. [ 6 ]

GAPDH está codificado por un solo gen que produce un único transcrito de ARNm con 8 variantes de empalme, aunque existe una isoforma como un gen separado que se expresa solo en los espermatozoides . [ 7 ]

Reacción

Compuesto C00118 en la base de datos de vías metabólicas KEGG . Enzima 1.2.1.12 en la base de datos de vías metabólicas KEGG . Reacción R01063 en la base de datos de vías metabólicas KEGG . Compuesto C00236 en la base de datos de vías metabólicas KEGG .

Conversión en dos etapas de G3P

La primera reacción es la oxidación del gliceraldehído 3-fosfato (G3P) en la posición-1 (en el diagrama se muestra como el 4º carbono de la glucólisis), en la que un aldehído se convierte en un ácido carboxílico (ΔG°'=-50 kJ/mol (−12 kcal/mol)) y el NAD+ se reduce simultáneamente de forma endergónica a NADH.

La energía liberada por esta reacción de oxidación altamente exergónica impulsa la segunda reacción endergónica (ΔG°'=+50 kJ/mol (+12 kcal/mol)), en la que una molécula de fosfato inorgánico se transfiere al intermedio GAP para formar un producto con alto potencial de transferencia de fosforilo: 1,3-bisfosfoglicerato (1,3-BPG).

Este es un ejemplo de fosforilación acoplada a oxidación, y la reacción global es en cierto modo endergónica (ΔG°'=+6,3 kJ/mol (+1,5)). El acoplamiento energético en este caso es posible gracias a la GAPDH.

Mecanismo

La GAPDH utiliza catálisis covalente y catálisis básica general para disminuir la muy elevada energía de activación del segundo paso (fosforilación) de esta reacción.

1: Oxidación

En primer lugar, un residuo de cisteína en el sitio activo de la GAPDH ataca el grupo carbonilo de la G3P, creando un intermedio hemitioacetal (catálisis covalente).

El hemitioacetal es desprotonado por un residuo de histidina en el sitio activo de la enzima (catálisis básica general). La desprotonación favorece la reformación del grupo carbonilo en el intermedio tioéster subsiguiente y la expulsión de un ion hidruro .

A continuación, una molécula adyacente y fuertemente unida de NAD + acepta el ion hidruro , formando NADH mientras que el hemitioacetal se oxida a un tioéster .

Esta especie tioéster tiene mucha más energía (es menos estable) que la especie de ácido carboxílico que resultaría si el G3P se oxidara en ausencia de GAPDH (la especie de ácido carboxílico tiene tan poca energía que la barrera energética para el segundo paso de la reacción (fosforilación) sería demasiado alta y, por lo tanto, la reacción demasiado lenta y desfavorable para un organismo vivo).

2: Fosforilación

El NADH abandona el sitio activo y es reemplazado por otra molécula de NAD + , cuya carga positiva estabiliza el oxígeno carbonílico con carga negativa en el estado de transición del siguiente y último paso. Finalmente, una molécula de fosfato inorgánico ataca al tioéster y forma un intermedio tetraédrico, que luego se descompone para liberar 1,3-bisfosfoglicerato y el grupo tiol del residuo de cisteína de la enzima.

Regulación

Esta proteína puede utilizar el modelo de morfeína de regulación alostérica . [ 8 ]

Función

Metabólico

Como su nombre indica, la gliceraldehído 3-fosfato deshidrogenasa (GAPDH) cataliza la conversión de gliceraldehído 3-fosfato a D - glicerato 1,3-bisfosfato . Este es el sexto paso de la degradación glucolítica de la glucosa, una importante vía de suministro de energía y moléculas de carbono que tiene lugar en el citosol de las células eucariotas. La conversión se produce en dos pasos acoplados. El primero es favorable y permite que se produzca el segundo paso, que es desfavorable.

Adhesión

Una de las funciones secundarias de GAPDH es su papel en la adhesión y la unión a otros socios. Se sabe que la GAPDH bacteriana de Mycoplasma y Streptococcus y la GAPDH fúngica de Paracoccidioides brasiliensis se unen al componente de la matriz extracelular humana y actúan en la adhesión. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ] Se ha descubierto que la GAPDH está unida a la superficie, contribuyendo a la adhesión y también a la exclusión competitiva de patógenos dañinos. [ 12 ] Se ha descubierto que la GAPDH de Candida albicans está asociada a la pared celular y se une a la fibronectina y la laminina . [ 13 ] Se sabe que la GAPDH de especies probióticas se une a la mucina colónica humana y a la ECM, lo que resulta en una mayor colonización de probióticos en el intestino humano. [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] Patel D. et al., demostraron que la GAPDH de Lactobacillus acidophilus se une a la mucina, actuando en la adhesión. [ 17 ]

Transcripción y apoptosis

La GAPDH puede activar la transcripción por sí misma . El complejo coactivador transcripcional OCA-S contiene GAPDH y lactato deshidrogenasa , dos proteínas que anteriormente se creía que solo participaban en el metabolismo . La GAPDH se desplaza entre el citosol y el núcleo y, por lo tanto, puede vincular el estado metabólico con la transcripción génica. [ 18 ]

En 2005, Hara et al. demostraron que la GAPDH inicia la apoptosis . Esta no es una tercera función, sino que puede considerarse una actividad mediada por la unión de la GAPDH al ADN , como en la activación de la transcripción, descrita anteriormente. El estudio demostró que la GAPDH se S-nitrosila por el NO en respuesta al estrés celular, lo que provoca su unión a la proteína SIAH1 , una ubiquitina ligasa . El complejo se traslada al núcleo, donde Siah1 dirige las proteínas nucleares para su degradación , iniciando así la parada celular controlada. [ 19 ] En un estudio posterior, el grupo demostró que la deprenil , que se ha utilizado clínicamente para tratar la enfermedad de Parkinson , reduce significativamente la acción apoptótica de la GAPDH al prevenir su S-nitrosilación y, por lo tanto, podría utilizarse como fármaco. [ 20 ]

Cambio metabólico

GAPDH actúa como un interruptor metabólico reversible bajo estrés oxidativo. [ 21 ] Cuando las células se exponen a oxidantes , necesitan cantidades excesivas del cofactor antioxidante NADPH . En el citosol, el NADPH se reduce a partir de NADP+ por varias enzimas, tres de las cuales catalizan los primeros pasos de la vía de las pentosas fosfato . Los tratamientos oxidantes causan una inactivación de GAPDH. Esta inactivación redirige temporalmente el flujo metabólico de la glucólisis a la vía de las pentosas fosfato, lo que permite a la célula generar más NADPH. [ 22 ] En condiciones de estrés, el NADPH es necesario para algunos sistemas antioxidantes, incluyendo la glutaredoxina y la tiorredoxina , además de ser esencial para el reciclaje del glutatión .

Transporte del RE al Golgi

GAPDH también parece estar involucrada en el transporte de vesículas desde el retículo endoplasmático (RE) al aparato de Golgi , que forma parte de la ruta de envío de proteínas secretadas. Se descubrió que GAPDH es reclutada por Rab2 a los cúmulos vesículo-tubulares del RE, donde ayuda a formar vesículas COP 1. GAPDH se activa mediante fosforilación de tirosina por Src . [ 23 ]

Funciones adicionales

La GAPDH, al igual que muchas otras enzimas, tiene múltiples funciones. Además de catalizar el sexto paso de la glucólisis , evidencia reciente implica a la GAPDH en otros procesos celulares. Se ha descrito que la GAPDH exhibe multifuncionalidad de orden superior en el contexto del mantenimiento de la homeostasis del hierro celular, [ 24 ] específicamente como proteína chaperona para el hemo lábil dentro de las células. [ 25 ] Esto sorprendió a los investigadores, pero tiene sentido evolutivo reutilizar y adaptar proteínas existentes en lugar de desarrollar una proteína nueva desde cero.

Utilizar como control de carga

Debido a que el gen GAPDH se expresa de forma estable y constitutiva a altos niveles en la mayoría de los tejidos y células, se considera un gen de mantenimiento celular . Por esta razón, los investigadores biológicos suelen utilizar GAPDH como control de carga para Western blot y como control para qPCR . Sin embargo, se ha informado de una regulación diferente de GAPDH en condiciones específicas. [ 26 ] Por ejemplo, se ha demostrado que el factor de transcripción MZF-1 regula el gen GAPDH. [ 27 ] La ​​hipoxia también aumenta significativamente la expresión de GAPDH. [ 28 ] Por lo tanto, el uso de GAPDH como control de carga debe considerarse cuidadosamente.

Distribución celular

Todos los pasos de la glucólisis tienen lugar en el citosol , al igual que la reacción catalizada por la GAPDH. En los glóbulos rojos , la GAPDH y varias otras enzimas glucolíticas se ensamblan en complejos en el interior de la membrana celular . El proceso parece estar regulado por fosforilación y oxigenación. [ 29 ] Se espera que la proximidad de varias enzimas glucolíticas aumente considerablemente la velocidad general de la degradación de la glucosa. Estudios recientes también han revelado que la GAPDH se expresa de forma dependiente del hierro en el exterior de la membrana celular, donde desempeña un papel en el mantenimiento de la homeostasis del hierro celular. [ 30 ] [ 31 ]

Importancia clínica

Cáncer

La GAPDH se sobreexpresa en múltiples cánceres humanos, como el melanoma cutáneo , y su expresión se correlaciona positivamente con la progresión tumoral. [ 32 ] [ 33 ] Sus funciones glucolíticas y antiapoptóticas contribuyen a la proliferación y protección de las células tumorales, promoviendo la tumorigénesis . Cabe destacar que la GAPDH protege contra el acortamiento de los telómeros inducido por fármacos quimioterapéuticos que estimulan la esfingolípido ceramida . Por otro lado, condiciones como el estrés oxidativo deterioran la función de la GAPDH, lo que conduce al envejecimiento y la muerte celular. [ 7 ] Además, la depleción de GAPDH ha logrado inducir senescencia en células tumorales, presentando así una nueva estrategia terapéutica para controlar el crecimiento tumoral. [ 34 ]

Neurodegeneración

La GAPDH se ha visto implicada en varias enfermedades y trastornos neurodegenerativos, principalmente a través de interacciones con otras proteínas específicas de dicha enfermedad o trastorno. Estas interacciones pueden afectar no solo el metabolismo energético, sino también otras funciones de la GAPDH. [ 6 ] Por ejemplo, las interacciones de la GAPDH con la proteína precursora del beta-amiloide (betaAPP) podrían interferir con su función en relación con el citoesqueleto o el transporte de membrana, mientras que las interacciones con la huntingtina podrían interferir con su función en relación con la apoptosis, el transporte nuclear de ARNt , la replicación del ADN y la reparación del ADN . Además, se ha descrito la translocación nuclear de la GAPDH en la enfermedad de Parkinson (EP), y varios fármacos antiapoptóticos para la EP, como la rasagilina , actúan previniendo dicha translocación. Se propone que el hipometabolismo podría ser un factor contribuyente a la EP, pero los mecanismos exactos que subyacen a la implicación de la GAPDH en las enfermedades neurodegenerativas aún no se han dilucidado. [ 35 ] El SNP rs3741916 en la región 5' UTR del gen GAPDH puede estar asociado con la enfermedad de Alzheimer de inicio tardío . [ 36 ]

Interacciones

Proteínas que se unen a los socios

La GAPDH participa en una serie de funciones biológicas a través de sus interacciones proteína-proteína con:

Proteínas que se unen a los ácidos nucleicos

GAPDH se une al ARN monocatenario [ 39 ] y al ADN, y se han identificado varios socios de unión de ácidos nucleicos: [ 7 ].

inhibidores

Mapa interactivo de la ruta

Haz clic en genes, proteínas y metabolitos a continuación para acceder a los artículos correspondientes. [ § 1 ]

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Glucólisis y gluconeogénesis (edición)
  1. El mapa interactivo de la ruta metabólica se puede editar en WikiPathways: "GlycolysisGluconeogenesis_WP534" .

Referencias

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Lecturas adicionales

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  • Stryer L, Berg JM, Tymoczko JL (2002). Bioquímica, Quinta edición y cuaderno de clases . San Francisco: WH Freeman. ISBN 978-0-7167-9804-0.
  • Diagrama del mecanismo de reacción de la GAPDHde Lodish MCB en la estantería de NCBI
  • Diagrama similar de Alberts, The Cell, en la estantería de NCBI.
  • PDBe-KB proporciona una descripción general de toda la información estructural disponible en el PDB para la gliceraldehído-3-fosfato deshidrogenasa humana.
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