Hispanopedia WikiChemSpider es una base de datos en línea de libre acceso sobre sustancias químicas propiedad de la Royal Society of Chemistry . [3] [4] [5] [6] [7] Contiene información sobre más de 100 millones de moléculas de más de 270 fuentes de datos, cada una de las cuales recibe un identificador único llamado Identificador ChemSpider.
Fuentes
Las fuentes de la base de datos incluyen: [8]
Bases de datos profesionales
- EPA DSSTox [9]
- Administración de Alimentos y Medicamentos de los Estados Unidos (FDA)
- Base de datos del metaboloma humano
- Revista de química heterocíclica
- BARRIL
- KUMGM
- Alcance de plomo
- Mapas lipídicos
- Marinlit
- IMDPI (Instituto de Investigación Médica)
- MICAD
- MLSMR
- Base de datos de monedas múltiples
- MOLI
- Plan de Desarrollo de Mediano Plazo
- Nanogen
- Naturaleza Química Biología
- GCNC
- Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas (NIAID)
- Institutos Nacionales de Salud (NIH)
- Programa de detección de drogas aprobado por el NINDS
- Instituto Nacional de Estándares y Tecnología (NIST)
- Libro web de química del NIST
- Sociedad Nacional de Matrices y Concretos
- Base de datos NMRShift
- ESTILO
- PCMD
- PDSP
- Péptidos
- Prous Science: los medicamentos del futuro
- QSAR
- Investigación y desarrollo de productos químicos
- Centro de Genómica Química de San Diego
- Compuestos SGCOx, Compuestos SGCSto
- MINÓ
- Especificaciones
- Consorcio de Genómica Estructural
- SeguroChem
- Laboratorio de sintonía
- Thomson Farmacia
- Bloques de construcción de TOSLab total
- UM-BBD
- UPCMLD
- Química Útil
- Web de la ciencia
- xPharm
- Ayuda química
Colaboración colectiva
La base de datos ChemSpider se puede actualizar con contribuciones de los usuarios, incluida la deposición de estructuras químicas , la deposición de espectros y la selección de los usuarios. Se trata de un enfoque de colaboración colectiva para desarrollar una base de datos de química en línea. La selección de los datos a través de la colaboración colectiva ha producido un diccionario de nombres químicos asociados a estructuras químicas que se ha utilizado en aplicaciones de minería de textos de la literatura biomédica y química. [10]
Sin embargo, los derechos de la base de datos no se renuncian y no está disponible un volcado de datos ; de hecho, las preguntas frecuentes incluso establecen que solo se permiten descargas limitadas: [11] por lo tanto, el derecho a bifurcar no está garantizado y el proyecto no puede considerarse libre / abierto .
Características
Búsqueda
Se proporcionan varios módulos de búsqueda disponibles:
- La búsqueda estándar permite consultar nombres sistemáticos , nombres comerciales y sinónimos y números de registro.
- La búsqueda avanzada permite realizar búsquedas interactivas por estructura química, subestructura química, utilizando también fórmula molecular y rango de peso molecular , números CAS , proveedores, etc. La búsqueda se puede utilizar para ampliar o restringir resultados ya encontrados.
- La búsqueda de estructuras en dispositivos móviles se puede realizar utilizando aplicaciones gratuitas para iOS (iPhone/iPod/iPad) [12] y para Android (sistema operativo) . [13]
Marcado de documentos de química
La base de datos ChemSpider se ha utilizado en combinación con la minería de texto como base del marcado de documentos de química . ChemMantis, [14] el Sistema Integrado de Transformación de Nomenclatura y Marcado de Química utiliza algoritmos para identificar y extraer nombres químicos de documentos y páginas web y convierte los nombres químicos en estructuras químicas utilizando algoritmos de conversión de nombre a estructura y búsquedas en diccionarios en la base de datos ChemSpider. El resultado es un sistema integrado entre documentos de química y búsqueda de información a través de ChemSpider en más de 150 fuentes de datos.
Páginas sintéticas
SyntheticPages es una base de datos interactiva gratuita de procedimientos de química sintética operada por la Royal Society of Chemistry . [15] Los usuarios envían procedimientos sintéticos que han realizado ellos mismos para su publicación en el sitio. Estos procedimientos pueden ser trabajos originales, pero más a menudo se basan en reacciones de la literatura. Se hacen citas del procedimiento publicado original cuando corresponde. Son revisados por un editor científico antes de publicar. Las páginas no se someten a una revisión formal por pares como un artículo de una revista científica , pero los usuarios registrados pueden hacer comentarios. Los comentarios también son moderados por editores científicos. La intención es recopilar experiencia práctica sobre cómo realizar síntesis química útil en el laboratorio. Mientras que los métodos experimentales publicados en una revista académica ordinaria se enumeran de manera formal y concisa, los procedimientos en ChemSpider SyntheticPages se dan con más detalles prácticos. Se fomenta la informalidad. También se incluyen los comentarios de los remitentes. Otras publicaciones con cantidades comparables de detalles incluyen Organic Syntheses y Inorganic Syntheses . El sitio SyntheticPages fue creado originalmente por los profesores Kevin Booker-Milburn ( Universidad de Bristol ), Stephen Caddick ( University College London ), Peter Scott ( Universidad de Warwick ) y Max Hammond. En febrero de 2010 se anunció una fusión [16] con el motor de búsqueda de estructuras químicas ChemSpider de la Royal Society of Chemistry y la formación de ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).
Otros servicios
Se encuentran disponibles en línea una serie de servicios, entre los que se incluyen la conversión de nombres químicos a estructuras químicas , la generación de cadenas SMILES e InChI , así como la predicción de numerosos parámetros fisicoquímicos y la integración en un servicio web que permite la predicción por RMN .
Historia
ChemSpider fue adquirido por la Royal Society of Chemistry (RSC) en mayo de 2009. [17] Antes de la adquisición por parte de RSC, ChemSpider estaba controlado por una corporación privada, ChemZoo Inc. El sistema se lanzó por primera vez en marzo de 2007 en forma de versión beta y pasó a lanzarse en marzo de 2008.
Abrir PHACTS
ChemSpider funcionó como repositorio de compuestos químicos como parte del proyecto Open PHACTS , una iniciativa de medicamentos innovadores . Open PHACTS se desarrolló según estándares abiertos, con un enfoque de acceso abierto y web semántica para abordar los obstáculos en el descubrimiento de fármacos de moléculas pequeñas: fuentes de información dispares, falta de estándares y sobrecarga de información. [18]
Véase también
- Instituto Nacional de Estándares y Tecnología (NIST)
- PubChem
- Banco de medicamentos
- EBICh
- Química biológica
- Software para modelado molecular
Referencias
- ^ Van Noorden, R. (2012). "La red de datos de la química se expande". Naturaleza . 483 (7391): 524. Bibcode :2012Natur.483..524V. doi : 10.1038/483524a . PMID 22460877.
- ^ "Blog de ChemSpider » Archivo del blog » ChemSpider adopta licencias Creative Commons". www.chemspider.com . Archivado desde el original el 2015-04-02 . Consultado el 2014-03-21 .
- ^ Antony John Williams (enero-febrero de 2008). "ChemSpider y su red en expansión: creación de una comunidad centrada en la estructura para químicos". Chemistry International . 30 (1).
- ^ Williams, AJ (2008). "Bases de datos públicas de compuestos químicos". Current Opinion in Drug Discovery & Development . 11 (3): 393–404. PMID 18428094.
- ^ Brumfiel, G. (2008). "Los químicos tejen una red de datos". Nature . 453 (7192): 139. Bibcode :2008Natur.453..139B. doi : 10.1038/453139a . PMID 18464701.
- ^ Williams, AJ (2011). "Chemspider: una plataforma de colaboración colaborativa para conservar datos derivados de bases de datos de compuestos públicos". Tecnologías computacionales colaborativas para la investigación biomédica . pp. 363–386. doi :10.1002/9781118026038.ch22. ISBN 9781118026038.
- ^ Pence, HE; Williams, A. (2010). "ChemSpider: un recurso de información química en línea". Revista de educación química . 87 (11): 1123. Bibcode :2010JChEd..87.1123P. doi :10.1021/ed100697w.
- ^ "Fuentes de datos". Chemspider . Consultado el 16 de mayo de 2019 .
- ^ "Blog de ChemSpider » Archivo del blog » El navegador DSSTox de la EPA de EE. UU. se conecta a ChemSpider". ChemSpider. 23 de agosto de 2008. Archivado desde el original el 7 de noviembre de 2017. Consultado el 7 de noviembre de 2017 .
- ^ Hettne, KM; Williams, AJ; Van Mulligen, EM; Kleinjans, J.; Tkachenko, V.; Kors, JA (2010). "Curación automática vs. manual de un diccionario químico de múltiples fuentes: el impacto en la minería de texto". Journal of Cheminformatics . 2 (1): 3. doi : 10.1186/1758-2946-2-3 . PMC 2848622 . PMID 20331846.
- ^ "Blog de ChemSpider » Archivo del blog » ¿A quién le gustaría tener la base de datos completa de ChemSpider?". www.chemspider.com . Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2015. Consultado el 18 de abril de 2014 .
- ^ "ChemSpider en la App Store". App Store .
- ^ "ChemSpider Mobile - Aplicaciones de Android en Google Play". play.google.com .
- ^ Bienvenido ChemMantis a ChemZoo y un llamado a contribuciones de la comunidad, 23 de octubre de 2008, A. Williams, publicación de blog Archivado el 24 de septiembre de 2015 en Wayback Machine
- ^ "ChemSpider SyntheticPages". Royal Society of Chemistry . Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ "ChemSpider y SyntheticPages apoyan la química sintética". RSC Publishing . Royal Society of Chemistry. 2010-02-05. Archivado desde el original el 26 de julio de 2012. Consultado el 26 de junio de 2012 .
- ^ "RSC adquiere ChemSpider". Royal Society of Chemistry. 11 de mayo de 2009. Consultado el 11 de mayo de 2009 .
- ^ Williams, AJ ; Harland, L.; Groth, P.; Pettifer, S. ; Chichester, C.; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N.; Ecker, G. ; Goble, C. ; Mons, B. (2012). "Open PHACTS: interoperabilidad semántica para el descubrimiento de fármacos". Drug Discovery Today . 17 (21–22): 1188–1198. doi : 10.1016/j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805.