OpenPHACTS

Open PHACTS (Open Pharmacological Concept Triple Store ) fue una iniciativa europea de colaboración público-privada entre el mundo académico, editoriales, empresas, compañías farmacéuticas y otras organizaciones que trabajan para permitir un descubrimiento de fármacos mejor, más barato y más rápido . ^[1]^[2]^[3]^[4] Ha sido financiado por la Iniciativa de Medicamentos Innovadores , ^[5] seleccionado como parte de tres proyectos para "diseñar métodos para estándares comunes y compartir datos para un desarrollo de fármacos y un tratamiento de pacientes más eficientes en el futuro". ^[6]^[7]

Asociaciones

En total participaron 27 socios, entre ellos:

Academia: Universidad de Maastricht , Universidad de Santiago de Compostela , Universidad de Viena , Universidad de Manchester , Universidad de Bonn , Instituto Suizo de Bioinformática , Instituto Europeo de Bioinformática , Universidad Libre de Ámsterdam, Universidad Técnica de Dinamarca , Universidad de Hamburgo
Compañías farmacéuticas: Pfizer , Merck KGaA , Eli Lilly and Company , Novartis , GlaxoSmithKline , AstraZeneca
Otras empresas: ChemSpider , Biovia , Eagle Genomics, Entagen
Editorial: Royal Society of Chemistry , Thomson Reuters

Descubrimiento de fármacos

El Espacio Farmacológico Abierto creado por el consorcio tenía como objetivo apoyar la innovación abierta y la investigación interna no pública sobre descubrimiento de fármacos ^[8] eliminando los cuellos de botella en el desarrollo de fármacos . ^[9]^[10] Los recursos del proyecto están disponibles públicamente en GitHub . ^[11]

Para reducir las barreras al descubrimiento de fármacos en la industria, el mundo académico y las pequeñas empresas, el consorcio Open PHACTS creó la Plataforma de descubrimiento Open PHACTS. Esta plataforma, de libre acceso, integraba datos farmacológicos de una variedad de recursos de información y brindaba herramientas y servicios para cuestionar estos datos integrados y respaldar la investigación farmacológica.

Referencias

^ Williams, AJ ; Harland, L.; Groth, P.; Pettifer, S. ; Chichester, C.; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N.; Ecker, G. ; Goble, C. ; Mons, B. (2012). "Open PHACTS: interoperabilidad semántica para el descubrimiento de fármacos". Drug Discovery Today . 17 (21–22): 1188–1198. doi : 10.1016/j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805.
^ Ecker, GF; Williams-Jones, B. (2012). "Innovación abierta en el descubrimiento de fármacos". Informática molecular . 31 (8): 519–520. doi : 10.1002/minf.201280004 . PMID 27477598.
^ Gray, Alasdair JG; Groth, Paul; Loizou, Antonis; Askjaer, Sune; Brenninkmeijer, Christian; Burger, Kees; Chichester, Christine; Evelo, Chris T.; Goble, Carole ; Harland, Lee; Pettifer, Steve ; Thompson, Mark; Waagmeester, Andra; Williams, Antony John (2014). "Aplicación de enfoques de datos vinculados a la farmacología: decisiones arquitectónicas e implementación". Web semántica . 5 (2): 101–113. arXiv : 1005.2643 . doi :10.3233/SW-2012-0088.
^ Ciccarese, P; Soiland-Reyes, S; Belhajjame, K; Gray, AJ; Goble, C; Clark, T (2013). "Ontología PAV: procedencia, autoría y control de versiones". Journal of Biomedical Semantics . 4 (1): 37. arXiv : 1304.7224 . doi : 10.1186/2041-1480-4-37 . PMC 4177195 . PMID 24267948.
^ "PHACTS abierto en IMI - La Iniciativa de Medicamentos Innovadores".
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^ Goble, C .; Gray, AJG; Harland, L.; Karapetyan, K.; Loizou, A.; Mikhailov, I.; Rankka, YN; Senger, S.; Tkachenko, V.; Williams, AJ ; Willighagen, EL (2013). "Incorporación de datos comerciales y privados en una plataforma abierta de datos vinculados para el descubrimiento de fármacos". Ingeniería de sistemas de información avanzada . Apuntes de clase en informática. Vol. 8219. págs. 65–80. doi :10.1007/978-3-642-41338-4_5. ISBN 978-3-642-41337-7.
^ Müller, S.; Weigelt, J. (2010). "Asociaciones público-privadas de acceso abierto para permitir el descubrimiento de fármacos: nuevos enfoques". IDrugs: The Investigational Drugs Journal . 13 (3): 175–180. PMID 20191434.
^ Dalgleish, R.; Molero, E.; Kidd, R.; Jansen, M.; Past, D.; Robl, A.; Mons, B.; Diaz, C.; Mons, A.; Brookes, AJ (2012). "Resolver cuellos de botella en el intercambio de datos en las ciencias de la vida". Human Mutation . 33 (10): 1494–1496. doi : 10.1002/humu.22123 . PMID 22623360.
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^ "Abrir PHACTS en GitHub". GitHub . Consultado el 10 de julio de 2012 .

[1] Williams, AJ ; Harland, L.; Groth, P.; Pettifer, S. ; Chichester, C.; Willighagen, EL; Evelo, CT; Blomberg, N.; Ecker, G. ; Goble, C. ; Mons, B. (2012). "Open PHACTS: interoperabilidad semántica para el descubrimiento de fármacos". Drug Discovery Today . 17 (21–22): 1188–1198. doi : 10.1016/j.drudis.2012.05.016 . PMID 22683805.

[2] Ecker, GF; Williams-Jones, B. (2012). "Innovación abierta en el descubrimiento de fármacos". Informática molecular . 31 (8): 519–520. doi : 10.1002/minf.201280004 . PMID 27477598.

[3] Gray, Alasdair JG; Groth, Paul; Loizou, Antonis; Askjaer, Sune; Brenninkmeijer, Christian; Burger, Kees; Chichester, Christine; Evelo, Chris T.; Goble, Carole ; Harland, Lee; Pettifer, Steve ; Thompson, Mark; Waagmeester, Andra; Williams, Antony John (2014). "Aplicación de enfoques de datos vinculados a la farmacología: decisiones arquitectónicas e implementación". Web semántica . 5 (2): 101–113. arXiv : 1005.2643 . doi :10.3233/SW-2012-0088.

[4] Ciccarese, P; Soiland-Reyes, S; Belhajjame, K; Gray, AJ; Goble, C; Clark, T (2013). "Ontología PAV: procedencia, autoría y control de versiones". Journal of Biomedical Semantics . 4 (1): 37. arXiv : 1304.7224 . doi : 10.1186/2041-1480-4-37 . PMC 4177195 . PMID 24267948.

[5] "PHACTS abierto en IMI - La Iniciativa de Medicamentos Innovadores".

[6] Watson, R. (2011). "Europa destina 172 millones de euros a la investigación de medicamentos innovadores". BMJ . 342 : d1577. doi :10.1136/bmj.d1577. PMID 21393337. S2CID 40608990.

[7] Goble, C .; Gray, AJG; Harland, L.; Karapetyan, K.; Loizou, A.; Mikhailov, I.; Rankka, YN; Senger, S.; Tkachenko, V.; Williams, AJ ; Willighagen, EL (2013). "Incorporación de datos comerciales y privados en una plataforma abierta de datos vinculados para el descubrimiento de fármacos". Ingeniería de sistemas de información avanzada . Apuntes de clase en informática. Vol. 8219. págs. 65–80. doi :10.1007/978-3-642-41338-4_5. ISBN 978-3-642-41337-7.

[8] Müller, S.; Weigelt, J. (2010). "Asociaciones público-privadas de acceso abierto para permitir el descubrimiento de fármacos: nuevos enfoques". IDrugs: The Investigational Drugs Journal . 13 (3): 175–180. PMID 20191434.

[9] Dalgleish, R.; Molero, E.; Kidd, R.; Jansen, M.; Past, D.; Robl, A.; Mons, B.; Diaz, C.; Mons, A.; Brookes, AJ (2012). "Resolver cuellos de botella en el intercambio de datos en las ciencias de la vida". Human Mutation . 33 (10): 1494–1496. doi : 10.1002/humu.22123 . PMID 22623360.

[10] Mons, B .; Van Haagen, H.; Chichester, C.; Hoen, PB 'T.; Den Dunnen, JT; Van Ommen, G.; Van Mulligen, E.; Singh, B.; Hooft, R.; Roos, M.; Hammond, J.; Kiesel, B.; Giardine, B.; Velterop, J .; Groth, P.; Schultes, E. (2011). "El valor de los datos". Genética de la Naturaleza . 43 (4): 281–283. doi : 10.1038/ng0411-281 . PMID 21445068.

[11] "Abrir PHACTS en GitHub". GitHub . Consultado el 10 de julio de 2012 .