
El ADN-Z es una de las muchas estructuras de doble hélice posibles del ADN . Se trata de una estructura de doble hélice levógira en la que la hélice se enrolla hacia la izquierda en zigzag, en lugar de hacia la derecha, como en la forma más común del ADN-B . Se cree que el ADN-Z es una de las tres estructuras de doble hélice biológicamente activas, junto con el ADN-A y el ADN-B .
Historia
El ADN levógiro fue propuesto por primera vez por Robert Wells y sus colegas, como la estructura de un polímero repetitivo , poli d(I–C)·poli d(I–C) (un ADN de doble cadena compuesto de inosina y citidina ). [ 1 ] Observaron un espectro de dicroísmo circular "inverso" para dichos ADN, e interpretaron esto incorrectamente como que las cadenas se enrollaban una alrededor de la otra de manera levógira. La relación entre el ADN-Z y el más conocido ADN-B fue indicada por el trabajo de Pohl y Jovin, [ 2 ] quienes mostraron que el dicroísmo circular ultravioleta del poli(dG-dC) estaba casi invertido en una solución de cloruro de sodio 4 M y que la estructura de poli d(I–C)·poli d(I–C) era de hecho una conformación de ADN-D dextrógira. La sospecha de que esto fue el resultado de una conversión de ADN-B a ADN-Z fue confirmada al examinar los espectros Raman de estas soluciones y los cristales de ADN-Z. [ 3 ] Posteriormente, se publicó una estructura cristalina de "ADN-Z" que resultó ser la primera estructura de rayos X de monocristal de un fragmento de ADN (un hexámero de ADN autocomplementario d(CG) 3 ). Se resolvió como una doble hélice levógira con dos cadenas antiparalelas que estaban unidas por pares de bases de Watson-Crick (ver cristalografía de rayos X ). Fue resuelta por Andrew HJ Wang , Alexander Rich y colaboradores en 1979 en el MIT . [ 4 ] La cristalización de una unión de ADN-B a ADN-Z en 2005 [ 5 ] proporcionó una mejor comprensión del papel potencial que desempeña el ADN-Z en las células. Siempre que se forma un segmento de ADN-Z, debe haber uniones B-Z en sus dos extremos, que lo conectan con la forma B del ADN que se encuentra en el resto del genoma .
En 2007, la versión de ARN del ADN-Z, el ARN-Z , se describió como una versión transformada de una doble hélice de ARN-A en una hélice levógira. [ 6 ] Sin embargo, la transición de ARN-A a ARN-Z ya se había descrito en 1984. [ 7 ]
Estructura

El ADN-Z es bastante diferente de las formas dextrógiras. De hecho, el ADN-Z se compara a menudo con el ADN-B para ilustrar las principales diferencias. La hélice del ADN-Z es levógira y tiene una estructura que se repite cada dos pares de bases. Los surcos mayor y menor, a diferencia del ADN-A y el ADN-B, muestran poca diferencia en anchura. La formación de esta estructura es generalmente desfavorable, aunque ciertas condiciones pueden promoverla; como la secuencia alternada de purina - pirimidina (especialmente poli(dGC) ₂ ), el superenrollamiento negativo del ADN o altas concentraciones de sal y algunos cationes (todo a temperatura fisiológica, 37 °C, y pH 7,3-7,4). El ADN-Z puede formar una unión con el ADN-B (llamada "caja de unión B-Z") en una estructura que implica la extrusión de un par de bases. [ 8 ] La conformación del ADN-Z ha sido difícil de estudiar porque no existe como una característica estable de la doble hélice. En cambio, se trata de una estructura transitoria que es inducida ocasionalmente por la actividad biológica y luego desaparece rápidamente. [ 9 ]
Predicción de la estructura del ADN-Z
Es posible predecir la probabilidad de que una secuencia de ADN forme una estructura de ADN-Z. Un algoritmo para predecir la propensión del ADN a cambiar de la forma B a la forma Z, ZHunt , fue escrito por P. Shing Ho en 1984 en el MIT . [ 10 ] Este algoritmo fue desarrollado posteriormente por Tracy Camp , P. Christoph Champ , Sandor Maurice y Jeffrey M. Vargason para el mapeo genómico de ADN-Z (con Ho como investigador principal). [ 11 ]
Vía de formación del ADN-Z a partir del ADN-B.
Desde el descubrimiento y la cristalización del ADN-Z en 1979, la configuración ha desconcertado a los científicos sobre la vía y el mecanismo de transición de la configuración del ADN-B a la del ADN-Z. [ 12 ] El cambio conformacional de la estructura del ADN-B a la del ADN-Z era desconocido a nivel atómico, pero en 2010, simulaciones computacionales realizadas por Lee et al. lograron determinar computacionalmente que la propagación gradual de una transición de B a Z proporcionaría una barrera energética menor que el mecanismo concertado previamente hipotetizado. [ 13 ] Dado que esto se demostró computacionalmente, la vía aún necesitaría ser probada experimentalmente en el laboratorio para su mayor confirmación y validez, en lo cual Lee et al. afirman específicamente en su artículo de revista: "El resultado [computacional] actual podría ser probado mediante experimentos de FRET de molécula única (smFRET) en el futuro". [ 13 ] En 2018, la vía de B-ADN a Z-ADN fue probada experimentalmente usando ensayos smFRET. [ 14 ] Esto se realizó midiendo los valores de intensidad entre los colorantes fluorescentes donador y aceptor, también conocidos como fluoróforos , en relación entre sí mientras intercambian electrones, mientras están etiquetados en una molécula de ADN. [ 15 ] [ 16 ] Las distancias entre los fluoróforos podrían usarse para calcular cuantitativamente los cambios en la proximidad de los colorantes y los cambios conformacionales en el ADN. Una proteína de unión de alta afinidad de Z-ADN , hZαADAR1, [ 17 ] fue utilizada en concentraciones variables para inducir la transformación de B-ADN a Z-ADN. [ 14 ] Los ensayos smFRET revelaron un estado de transición B*, que se formó cuando la unión de hZαADAR1 se acumuló en la estructura de B-ADN y la estabilizó. [ 14 ] Este paso ocurre para evitar una alta energía de unión, en la que se permite que la estructura del ADN-B experimente un cambio conformacional a la estructura del ADN-Z sin un cambio importante y disruptivo en la energía. Este resultado coincide con los resultados computacionales de Lee et al. que demuestran que el mecanismo es gradual y su propósito es proporcionar una barrera de energía más baja para el cambio conformacional de la configuración del ADN-B a la del ADN-Z. [ 13 ] Contrariamente a la noción anterior, las proteínas de unión en realidad no estabilizan la conformación del ADN-Z después de que se forma, sino que en realidad promueven la formación del ADN-Z directamente a partir de la conformación B*, que se forma cuando la estructura del ADN-B se une a proteínas de alta afinidad .14 ]
Importancia biológica
Se ha confirmado la función biológica del ADN-Z en la regulación de las respuestas al interferón tipo I en estudios de tres enfermedades mendelianas raras bien caracterizadas: discromatosis simétrica hereditaria (OMIM: 127400), síndrome de Aicardi-Goutières (OMIM: 615010) y necrosis estriatal bilateral/distonía. Familias con transcriptoma ADAR haploide permitieron mapear variantes Zα directamente a la enfermedad, lo que demuestra que la información genética está codificada en el ADN tanto por su forma como por su secuencia. [ 18 ] También se apoya la función en la regulación de las respuestas al interferón tipo I en el cáncer por hallazgos que indican que el 40 % de un panel de tumores dependían de la enzima ADAR para su supervivencia. [ 19 ]
En estudios previos, el ADN-Z se relacionó tanto con la enfermedad de Alzheimer como con el lupus eritematoso sistémico . Para demostrarlo, se realizó un estudio sobre el ADN encontrado en el hipocampo de cerebros normales, moderadamente afectados por la enfermedad de Alzheimer y gravemente afectados por la enfermedad de Alzheimer. Mediante el uso de dicroísmo circular , este estudio mostró la presencia de ADN-Z en el ADN de aquellos gravemente afectados. [ 20 ] En este estudio también se encontró que porciones importantes del ADN moderadamente afectado se encontraban en la conformación intermedia BZ. Esto es significativo porque a partir de estos hallazgos se concluyó que la transición de ADN-B a ADN-Z depende de la progresión de la enfermedad de Alzheimer. [ 20 ] Además, el ADN-Z está asociado con el lupus eritematoso sistémico (LES) a través de la presencia de anticuerpos naturales. Se encontraron cantidades significativas de anticuerpos anti-ADN-Z en pacientes con LES y no estaban presentes en otras enfermedades reumáticas. [ 21 ] Existen dos tipos de estos anticuerpos. Mediante radioinmunoensayo, se descubrió que uno interactúa con las bases expuestas en la superficie del ADN-Z y del ADN desnaturalizado, mientras que el otro interactúa exclusivamente con la estructura en zigzag del ADN-Z. De forma similar a lo observado en la enfermedad de Alzheimer, los anticuerpos varían según la etapa de la enfermedad, alcanzando su máxima concentración en las etapas más activas del LES.
ADN-Z en la transcripción
Se cree comúnmente que el ADN-Z proporciona alivio de la tensión torsional durante la transcripción y está asociado con el superenrollamiento negativo . [ 5 ] [ 22 ] Sin embargo, mientras que el superenrollamiento está asociado tanto con la transcripción como con la replicación del ADN, la formación de ADN-Z está vinculada principalmente a la tasa de transcripción . [ 23 ]
Un estudio del cromosoma 22 humano mostró una correlación entre las regiones formadoras de ADN-Z y las regiones promotoras del factor nuclear I. Esto sugiere que la transcripción en algunos genes humanos podría estar regulada por la formación de ADN-Z y la activación del factor nuclear I. [ 11 ]
Se ha demostrado que las secuencias de ADN-Z situadas aguas arriba de las regiones promotoras estimulan la transcripción. El mayor aumento de actividad se observa cuando la secuencia de ADN-Z se coloca tres vueltas helicoidales después de la secuencia promotora . Además, utilizando la técnica de reticulación con nucleasa microcócica, [ 24 ] es improbable que el ADN-Z forme nucleosomas , que suelen estar ubicados antes y/o después de una secuencia formadora de ADN-Z. Debido a esta propiedad, se hipotetiza que el ADN-Z codifica el límite en el posicionamiento de los nucleosomas. Dado que la ubicación de los nucleosomas influye en la unión de los factores de transcripción , se cree que el ADN-Z regula la tasa de transcripción. [ 24 ]
Desarrollado detrás de la vía de la ARN polimerasa a través del superenrollamiento negativo, se ha demostrado que el ADN-Z formado a través de la transcripción activa aumenta la inestabilidad genética, creando una propensión a la mutagénesis cerca de los promotores. [ 25 ] Un estudio en Escherichia coli encontró que las deleciones de genes ocurren espontáneamente en regiones de plásmidos que contienen secuencias formadoras de ADN-Z. [ 26 ] En células de mamíferos, se encontró que la presencia de tales secuencias produce grandes deleciones de fragmentos genómicos debido a roturas de doble cadena cromosómicas . Ambas modificaciones genéticas se han vinculado a las translocaciones de genes encontradas en cánceres como la leucemia y el linfoma , ya que las regiones de rotura en células tumorales se han trazado alrededor de secuencias formadoras de ADN-Z. [ 25 ] Sin embargo, las deleciones más pequeñas en plásmidos bacterianos se han asociado con deslizamiento de replicación , mientras que las deleciones más grandes asociadas con células de mamíferos son causadas por reparación de unión de extremos no homólogos , que se sabe que es propensa a errores. [ 25 ] [ 26 ]
El efecto tóxico del bromuro de etidio (EtBr) sobre los tripanosomas se debe a la transformación de su ADN cinetoplástido a la conformación Z. Esta transformación se produce por la intercalación del EtBr y el consiguiente debilitamiento de la estructura del ADN, lo que provoca su desenrollamiento, la transformación a la conformación Z y la inhibición de la replicación del ADN. [ 27 ]
Descubrimiento del dominio Zα
El primer dominio que se une al ADN-Z con alta afinidad se descubrió en ADAR1 utilizando un enfoque desarrollado por Alan Herbert. [ 28 ] [ 29 ] Los estudios cristalográficos y de RMN confirmaron los hallazgos bioquímicos de que este dominio se unía al ADN-Z de manera no específica de secuencia. [ 30 ] [ 31 ] [ 32 ] Se identificaron dominios relacionados en varias otras proteínas a través de homología de secuencia . [ 29 ] La identificación del dominio Zα proporcionó una herramienta para otros estudios cristalográficos que llevaron a la caracterización del ARN-Z y la unión B-Z. Los estudios biológicos sugirieron que el dominio de unión al ADN-Z de ADAR1 puede localizar esta enzima que modifica la secuencia del ARN recién formado en sitios de transcripción activa. [ 33 ] [ 34 ] El papel de Zα, Z-ADN y Z-ARN en la defensa del genoma contra la invasión de retroelementos Alu en humanos ha evolucionado hasta convertirse en un mecanismo para la regulación de las respuestas inmunitarias innatas al dsRNA. Las mutaciones en Zα son causantes de interferonopatías humanas como el síndrome mendeliano de Aicardi-Goutières. [ 35 ] [ 18 ] Además, se ha demostrado que los dominios Zα se localizan en los gránulos de estrés debido a su capacidad innata de unirse al ácido nucleico. Asimismo, los distintos dominios Zα se unen a la conformación Z del ácido nucleico de manera diferente, lo que proporciona vías importantes para la focalización específica en el descubrimiento de fármacos.
Consecuencias de la unión del ADN-Z a la proteína E3L del virus vaccinia
A medida que se ha investigado más a fondo el ADN-Z, se ha descubierto que la estructura del ADN-Z puede unirse a proteínas de unión al ADN-Z a través de fuerzas de van der Waal y enlaces de hidrógeno . [ 36 ] Un ejemplo de una proteína de unión al ADN-Z es la proteína vaccinia E3L, que es un producto del gen E3L y mimetiza una proteína de mamíferos que se une al ADN-Z. [ 37 ] [ 38 ] La proteína E3L no solo tiene afinidad por el ADN-Z, sino que también se ha descubierto que juega un papel en el nivel de gravedad de la virulencia en ratones causada por el virus vaccinia, un tipo de poxvirus . Dos componentes críticos de la proteína E3L que determinan la virulencia son el extremo N y el extremo C. El extremo N está formado por una secuencia similar a la del dominio Zα, también llamado dominio Z-alfa de la adenosina desaminasa , mientras que el extremo C está compuesto por un motivo de unión a ARN de doble cadena. [ 37 ] Mediante una investigación realizada por Kim, Y. et al. en el Instituto Tecnológico de Massachusetts, se demostró que reemplazar el extremo N de la proteína E3L con una secuencia del dominio Zα, que contiene 14 residuos de unión a ADN-Z similares a E3L, tuvo poco o ningún efecto sobre la patogenicidad del virus en ratones. [ 37 ] Por el contrario, Kim, Y. et al. también encontraron que la eliminación de los 83 residuos del extremo N de E3L resultó en una virulencia reducida. Esto respalda su afirmación de que el extremo N que contiene los residuos de unión a ADN-Z es necesario para la virulencia. [ 37 ] En general, estos hallazgos demuestran que los residuos de unión al ADN-Z similares dentro del extremo N-terminal de la proteína E3L y el dominio Zα son los factores estructurales más importantes que determinan la virulencia causada por el virus vaccinia, mientras que los residuos de aminoácidos no involucrados en la unión al ADN-Z tienen poco o ningún efecto. Una implicación futura de estos hallazgos incluye la reducción de la unión al ADN-Z de E3L en las vacunas que contienen el virus vaccinia para minimizar las reacciones adversas al virus en humanos. [ 37 ]
Además, Alexander Rich y Jin-Ah Kwon descubrieron que E3L actúa como transactivador de los genes humanos IL-6, NF-AT y p53. Sus resultados muestran que las células HeLa que contienen E3L presentaban una mayor expresión de los genes humanos IL-6, NF-AT y p53, y que las mutaciones puntuales o deleciones de ciertos residuos de aminoácidos de unión al ADN-Z disminuían dicha expresión. [ 36 ] Específicamente, se encontró que las mutaciones en Tyr 48 y Pro 63 reducían la transactivación de los genes mencionados anteriormente, como resultado de la pérdida de enlaces de hidrógeno y fuerzas de dispersión de London entre E3L y el ADN-Z. [ 36 ] En general, estos resultados muestran que la disminución de los enlaces e interacciones entre el ADN-Z y las proteínas de unión al ADN-Z disminuye tanto la virulencia como la expresión génica, lo que demuestra la importancia de que existan enlaces entre el ADN-Z y la proteína de unión E3L.
Geometrías comparativas de algunas formas de ADN


Véase también
Referencias
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