Articulo de referencia

Red comunitaria mundial

World Community Grid ( WCG ) es un esfuerzo por crear la plataforma informática voluntaria más grande del mundo para abordar la investigación científica que beneficia a la human...

World Community Grid ( WCG ) es un esfuerzo por crear la plataforma informática voluntaria más grande del mundo para abordar la investigación científica que beneficia a la humanidad. [3] Lanzada el 16 de noviembre de 2004, con el cliente Grid MP propietario de United Devices y agregando soporte para Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC) en 2005, World Community Grid finalmente descontinuó el cliente Grid MP y se consolidó en la plataforma BOINC en 2008. [4] En septiembre de 2021, se anunció que IBM transfirió la propiedad al Instituto de Investigación Krembil de University Health Network en Toronto , Ontario . [5]

World Community Grid utiliza la potencia de procesamiento no utilizada de los dispositivos de consumo (PC, portátiles, teléfonos inteligentes Android, etc.) para analizar los datos creados por los grupos de investigación que participan en la red. Los proyectos de WCG han analizado datos relacionados con el genoma humano , el microbioma humano , el VIH , el dengue , la distrofia muscular , el cáncer , la gripe , el ébola , el virus del Zika , el cribado virtual , el rendimiento de los cultivos de arroz , la energía limpia , la purificación del agua y la COVID-19 , entre otras áreas de investigación. [6]

Actualmente hay cinco proyectos activos y 26 proyectos finalizados. [7] Varios de estos proyectos han publicado artículos revisados ​​por pares basados ​​en el análisis de los datos generados por WCG. Estos incluyen un artículo del proyecto OpenZika sobre el descubrimiento de un compuesto (FAM 3) que inhibe la proteína NS3 Helicase del virus Zika, reduciendo así la replicación viral hasta en un 86%; [8] [9] un artículo de FightAIDS@home sobre el descubrimiento de nuevas vulnerabilidades en la proteína Capsid del VIH-1 que pueden permitir un nuevo objetivo farmacológico; [10] [11] un artículo de FightAIDS@home sobre nuevas técnicas computacionales de descubrimiento de fármacos para obtener resultados más refinados y precisos. [12] [13]

Historia

En 2003, IBM y otros participantes de la investigación patrocinaron el Proyecto de Red de Investigación de Viruela para acelerar el descubrimiento de una cura para la viruela . [14] El estudio de la viruela utilizó una red de computación distribuida masiva para analizar la efectividad de los compuestos contra la viruela. [15] El proyecto permitió a los científicos examinar 35 millones de moléculas de medicamentos potenciales contra varias proteínas de la viruela para identificar buenos candidatos para desarrollar tratamientos contra la viruela. En las primeras 72 horas, se devolvieron 100.000 resultados. Al final del proyecto, se habían identificado 44 candidatos de tratamiento fuertes. [16] Basándose en el éxito del estudio de la viruela, IBM anunció la creación de World Community Grid el 16 de noviembre de 2004, con el objetivo de crear un entorno técnico donde se pudieran procesar otras investigaciones humanitarias. [1] [15]

En un principio, World Community Grid sólo era compatible con Windows, y utilizaba el software propietario Grid MP de United Devices , que impulsaba los proyectos informáticos distribuidos de grid.org . La demanda de compatibilidad con Linux llevó a la incorporación en noviembre de 2005 del software de código abierto Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC), que impulsa proyectos como SETI@home y Climateprediction . [17] Desde la introducción de BOINC, se añadió compatibilidad con Mac OS y Linux . [18] En 2007, World Community Grid migró de Grid MP a BOINC para todas las plataformas compatibles. [19]

En septiembre de 2021, IBM anunció que había transferido la propiedad de World Community Grid al Instituto de Investigación Krembil . [20]

Escala del proyecto

Al 8 de enero de 2023, World Community Grid tenía más de 23 000 cuentas de usuarios activas y más de 57 000 dispositivos activos. [2] A lo largo del proyecto, se han donado más de 2 000 000 de años acumulados de tiempo de computación y se han completado más de 6 000 000 000 de unidades de trabajo. [21]

Operación

El software cliente de World Community Grid funciona en segundo plano y se muestra como un pequeño icono en la bandeja del sistema del ordenador . Cuando se utiliza el cliente BOINC , como en este ejemplo, el icono es amarillo y azul.
La ventana de estado del software cliente muestra información sobre el trabajo que se está realizando actualmente en segundo plano. Esta computadora en particular está completa en un 95,6 % con su unidad de trabajo actual. Cuando alcance el 100 %, comenzará con una nueva unidad de trabajo y los resultados de la unidad de trabajo anterior se transmitirán a WCG.

El software World Community Grid utiliza el tiempo de computación no utilizado de los dispositivos conectados a Internet para realizar cálculos de investigación. [22] Los usuarios instalan el software cliente WCG en sus dispositivos. Este software funciona en segundo plano, utilizando recursos del sistema de repuesto para procesar el trabajo para WCG. [22] [23] Cuando se completa un trabajo o una unidad de trabajo , el software cliente lo envía de vuelta a WCG a través de Internet y descarga una nueva unidad de trabajo. [3] [24] Para garantizar la precisión, los servidores WCG envían varias copias de cada unidad de trabajo. [25] Luego, cuando se reciben los resultados, se recopilan y se validan entre sí. [26]

World Community Grid ofrece múltiples proyectos humanitarios bajo un mismo paraguas. Los usuarios están incluidos en un subconjunto de proyectos de forma predeterminada, pero pueden optar por no participar en ellos si así lo desean. [27]

Aunque WCG utiliza software cliente de código abierto, las aplicaciones reales que realizan los cálculos científicos pueden no serlo. Sin embargo, varias de las aplicaciones científicas están disponibles bajo una licencia libre, aunque el código fuente no está disponible directamente desde WCG. [28]

Problemas potenciales

La imagen muestra dos historiales de uso de CPU en particular (con Hyper-Threading ) cuando el software cliente BOINC está procesando dos tareas en cada CPU con Microsoft Windows XP SP2. El historial de uso de CPU indica una oscilación de casi 0% a 100% con un intervalo de pico a pico de 3 segundos , cuando la vista + velocidad de actualización se establece en alta, en la primera mitad del período de grabación. El resto de la mitad del período del historial se establece en una velocidad de actualización normal, y el historial de uso de CPU superior indica un poco más del 60% y el historial de uso de CPU inferior muestra un 35% aproximadamente en promedio.

El software World Community Grid aumenta el uso de la CPU al consumir tiempo de procesamiento no utilizado; a fines de la década de 1990 y principios de la década de 2000, estos cálculos tenían como objetivo reducir los ciclos de CPU "desperdiciados". [29] Con las CPU modernas, donde prevalece el escalamiento de frecuencia dinámico , el aumento del uso hace que el procesador funcione a una frecuencia más alta, [30] lo que aumenta el uso de energía y el calentamiento en contra de la administración de energía . Además, debido a un enfoque cada vez mayor en el rendimiento energético, [31] o el rendimiento por vatio , conectar computadoras antiguas/ineficientes a la red aumentará la energía total/promedio requerida para completar los mismos cálculos.

El cliente BOINC evita ralentizar el ordenador mediante una serie de límites que suspenden el cálculo cuando no hay suficientes recursos libres. A diferencia de otros proyectos BOINC, World Community Grid establece los valores predeterminados de BOINC de forma conservadora, lo que hace que las posibilidades de que el ordenador sufra daños sean extremadamente pequeñas. La limitación predeterminada de la CPU es del 60 %. La limitación es de grano grueso; por ejemplo, si el uso se establece en el 60 %, funcionará al 100 % durante 3 segundos y luego al 0 % durante 2 segundos, lo que da como resultado una disminución media del uso del procesador. [32]

Un programa adicional para computadoras Windows, TThrottle, puede resolver el problema del sobrecalentamiento limitando directamente el uso que hace el proyecto BOINC de la computadora host. Lo hace midiendo la temperatura de la CPU y/o GPU y ajustando el tiempo de ejecución en consecuencia. También utiliza un tiempo de conmutación más corto de menos de un segundo, lo que da como resultado un menor cambio de temperatura durante la conmutación. [ cita requerida ]

Estadísticas y competencia

Las contribuciones de cada usuario se registran y las estadísticas de contribución de los usuarios están disponibles públicamente. [21] Debido a que el tiempo de procesamiento de cada unidad de trabajo varía de una computadora a otra, dependiendo de la dificultad de la unidad de trabajo, la velocidad de la computadora y la cantidad de recursos inactivos disponibles, las contribuciones generalmente se miden en términos de puntos . Los puntos se otorgan por cada unidad de trabajo dependiendo del esfuerzo requerido para procesarla. [33]

Al completar una unidad de trabajo, el cliente BOINC solicitará la cantidad de puntos que cree que le corresponde según los puntos de referencia del software ( consulte el Sistema de crédito BOINC #Cobblestones ). Dado que varias computadoras procesan la misma unidad de trabajo para garantizar la precisión, los servidores de World Community Grid pueden ver los puntos reclamados por cada una de esas computadoras. Los servidores WCG ignoran los valores atípicos estadísticos, promedian los valores restantes y otorgan la cantidad de puntos resultante a cada computadora. [34] [35]

Dentro de la red, los usuarios pueden unirse a equipos creados por organizaciones, grupos o individuos. Los equipos permiten un mayor sentido de identidad comunitaria y también pueden inspirar competencia. A medida que los equipos compiten entre sí, se realiza más trabajo para la red en general. [36]

Superar a

World Community Grid reconoce a las empresas y organizaciones como socios si promueven WCG dentro de su empresa u organización. En abril de 2021, WCG tenía 452 socios. [37]

Además, como parte de su compromiso con la mejora de la salud y el bienestar humanos, los resultados de todos los cálculos realizados en World Community Grid se publican y se ponen a disposición de la comunidad científica. [3]

Resultados científicos

Desde su lanzamiento, se han ejecutado más de treinta proyectos en World Community Grid. Algunos de los resultados incluyen:

  • En febrero de 2014, los científicos del proyecto Help Fight Childhood Cancer anunciaron el descubrimiento de 7 compuestos que destruyen las células cancerosas del neuroblastoma sin efectos secundarios aparentes. [38] Este descubrimiento, realizado con el apoyo de los voluntarios de WCG, es un paso positivo hacia un nuevo tratamiento. El proyecto ha anunciado que está buscando una colaboración con una empresa farmacéutica para desarrollar los compuestos en tratamientos. Dado el éxito del proyecto, los científicos han declarado que ya están planeando un proyecto de seguimiento que se centrará en otros cánceres pediátricos , posiblemente en colaboración con un grupo de oncología panasiático recién formado, del que son miembros fundadores. [39]
  • A partir de julio de 2012, el Proyecto de Plegado del Proteoma Humano ha publicado varios artículos utilizando datos de WCG. [40] Estos incluyen un artículo sobre métodos de validación y una nueva base de datos de predicciones de la estructura y función de las proteínas; [41] un artículo sobre la identificación de proteínas que regulan los procesos humanos; [42] un artículo sobre el análisis de los genomas de cinco familias de plantas y sus proteomas, para los cuales se utilizó WCG en la creación de más de 29.000 estructuras de proteínas; [43] un artículo sobre el proteoma de Saccharomyces cerevisiae . [44]
  • El proyecto GO Fight Against Malaria informó del descubrimiento de varias moléculas que son eficaces contra la malaria y la tuberculosis resistente a los medicamentos (incluida la TDR-TB, para la que no hay tratamiento disponible). El proyecto también probó nuevas moléculas contra MRSA , filariasis y peste bubónica . Las pruebas de laboratorio continúan para convertir esas moléculas en posibles tratamientos. GFAM también fue el primer proyecto en realizar mil millones de cálculos de acoplamiento diferentes. [45] Se publicó un artículo en enero de 2015, [46] [47] con dos más pendientes de presentación. En junio de 2015, el proyecto informó que de los dos "éxitos" descubiertos contra una cepa de tuberculosis resistente a los medicamentos, se han sintetizado varios "análogos", el mejor de los cuales inhibe el crecimiento de Mycobacterium tuberculosis y es relativamente no tóxico para las células de mamíferos. [46] La falta de financiación impidió una mayor investigación de los datos.
  • Los científicos del proyecto Discovering Dengue Drugs - Together informaron sobre el descubrimiento de varios nuevos inhibidores de la proteasa del dengue, la mayoría de los cuales también inhiben la proteasa del virus del Nilo Occidental . Un puñado de ellos ya han entrado en "estudios preclínicos cruciales de farmacocinética y eficacia". En noviembre de 2014, una actualización informó que los científicos tienen un fármaco líder que desactiva una enzima clave que permite que el virus del dengue se replique. También ha mostrado el mismo comportamiento en otros flavivirus, como el virus del Nilo Occidental. No se han observado efectos secundarios negativos como toxicidad, carcinogenicidad o mutagenicidad, lo que hace que este fármaco líder sea un candidato a fármaco antiviral muy fuerte para estos virus. Los científicos ahora están trabajando para sintetizar variantes de la molécula para mejorar su actividad e ingresar a los ensayos preclínicos y clínicos planificados. [48] Sin embargo, en una actualización de octubre de 2018, el equipo de investigación informó que ninguno de sus diseños actuales había producido un inhibidor de la proteasa del dengue altamente potente que pudiera probarse in vivo . [49]
  • En junio de 2013, el Clean Energy Project publicó una base de datos de más de 2,3 millones de moléculas orgánicas cuyas propiedades se han caracterizado. De ellas, 35.000 moléculas han demostrado tener el potencial de duplicar la eficiencia de las células solares orgánicas que se producen actualmente. Antes de esta iniciativa, los científicos conocían sólo un puñado de materiales basados ​​en carbono que fueran capaces de convertir la luz solar en electricidad de manera eficiente. [50] [51]
  • En febrero de 2010, los científicos del proyecto FightAIDS@Home anunciaron que habían descubierto dos compuestos que hacen posible una nueva clase de fármacos para combatir el sida. Los compuestos se adhieren al virus en sitios de unión recientemente descubiertos y, por lo tanto, pueden utilizarse para "mejorar las terapias existentes, tratar cepas de la enfermedad resistentes a los fármacos y frenar la evolución de la resistencia a los fármacos en el virus". [52] [53]
  • En julio de 2015, el proyecto Drug Search for Leishmaniasis anunció que había probado los 10 compuestos principales con la mayor eficacia prevista de más de 100 identificados a través de las unidades de trabajo de WCG. De esos 10, 4 mostraron "resultados positivos" en pruebas in vitro , y uno mostró "un resultado excepcionalmente prometedor". [54] En agosto de 2017, las pruebas in vivo de los 4 compuestos en hámsteres mostraron resultados favorables, y un compuesto indujo "una curación casi completa de las lesiones en dos de cada cinco hámsteres". [55] Sin embargo, en una actualización de marzo de 2018, el equipo de investigación anunció que ninguno de los 10 compuestos probados tenía suficiente actividad contra la leishmaniasis. [56]
  • En julio de 2015, el proyecto Computing for Clean Water anunció que se había publicado un artículo en la revista Nature Nanotechnology que describía un nuevo tipo de filtro de agua que utiliza nanotubos de manera eficiente. "Los nanotubos están hechos de láminas de átomos de carbono de un solo átomo de espesor, llamadas grafeno , enrolladas en tubos diminutos, con diámetros de solo unos pocos nanómetros, una diezmilésima parte del diámetro de un cabello humano. El tamaño de los tubos permite que las moléculas de agua pasen a través de ellos, pero bloquea los patógenos y contaminantes más grandes, purificando el agua". Al realizar simulaciones en WCG, los científicos descubrieron que ciertos tipos de vibraciones naturales llamadas fonones , en condiciones específicas, pueden provocar un aumento de más del 300% en el flujo de agua a través de los nanotubos, en comparación con las predicciones teóricas anteriores. [57]
  • En abril de 2015, los científicos del proyecto Say No To Schistosoma informaron que se habían realizado análisis posteriores y se habían identificado las tres sustancias candidatas más prometedoras para pruebas in vitro . [58]
  • En marzo de 2019, los investigadores de FightAIDS@Home publicaron un artículo en el que se describe una «nueva interacción entre subunidades crítica para el ensamblaje del núcleo del VIH-1» que «define un bolsillo de unión de inhibidores potencialmente diana». Utilizando World Community Grid, se utilizaron más de 1,6 millones de compuestos para dirigirse a 20 conformaciones de este bolsillo. Los resultados preliminares sugieren que se trata de un posible sitio de unión para compuestos antivirales. Un análisis más detallado de estos compuestos es objeto de un estudio independiente. [59]

Subproyectos activos

OpenPandemics: COVID-19

El 1 de abril de 2020, IBM anunció OpenPandemics - COVID-19 . El proyecto tiene como objetivo identificar posibles tratamientos para el coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2), responsable de la pandemia de COVID-19 . WCG se asociará con Scripps Research , con quien se ha asociado en el pasado, en particular en proyectos de FightAIDS@Home . El proyecto se ejecuta en CPU y GPU y también servirá para crear una "herramienta de código abierto de respuesta rápida que ayudará a todos los científicos a buscar rápidamente tratamientos para futuras pandemias". [6] [60] [61] [62]

El proyecto se lanzó el 14 de mayo de 2020. [63]

Mapeo de marcadores de cáncer

Mapping Cancer Markers (iniciada el 8 de noviembre de 2013). El proyecto tiene como objetivo identificar los marcadores asociados con varios tipos de cáncer y está analizando millones de puntos de datos recopilados de miles de muestras de tejido de pacientes sanos y cancerosos. Estos incluyen tejidos con cáncer de pulmón, ovario, próstata, páncreas y mama. Al comparar estos diferentes puntos de datos, los investigadores buscan identificar patrones de marcadores para diferentes tipos de cáncer y correlacionarlos con diferentes resultados, incluida la respuesta a varias opciones de tratamiento. El proyecto se centra en cuatro tipos de cáncer; el primero se centrará en el cáncer de pulmón y luego pasará al cáncer de ovario, el cáncer de próstata y el sarcoma. [64] [65]

Ayude a detener la tuberculosis

Help Stop TB se lanzó en marzo de 2016 para ayudar a combatir la tuberculosis , una enfermedad causada por una bacteria que está desarrollando resistencia a los tratamientos disponibles actualmente. Los cálculos de este proyecto se centran en los ácidos micólicos de la capa protectora de la bacteria, simulando el comportamiento de estas moléculas para comprender mejor cómo ofrecen protección a la bacteria. [66]

Aplastar el cáncer infantil

El proyecto Smash Childhood Cancer , lanzado en enero de 2017, se basa en el trabajo del proyecto Help Fight Childhood Cancer y busca candidatos a fármacos dirigidos a otros tipos de cáncer infantil. [67] [68] Tras la jubilación del Dr. Akira Nakagawara en marzo de 2020, el investigador principal pasó a ser el Dr. Godfrey Chan, uno de los miembros originales del equipo Smash Childhood Cancer. Además, se han añadido PRDM14 y Fox01 como nuevos objetivos para la investigación. [69] Se modeló un inhibidor de la proteína osteopontina . [70]

Proyecto de lluvias en África

El Proyecto de lluvias en África (lanzado en octubre de 2019) utilizará la potencia informática de World Community Grid, datos de The Weather Company y otros datos para mejorar el modelado de las precipitaciones, lo que puede ayudar a los agricultores del África subsahariana a cultivar con éxito sus cultivos. [71] La cantidad de RAM que puede participar en los cálculos es de 1 a 16 gigabytes. [72]

Subproyectos completados

Plegamiento del proteoma humano – Fase 1

El primer proyecto lanzado en World Community Grid fue el Proyecto de Plegado del Proteoma Humano, o HPF1, que tiene como objetivo predecir la estructura de las proteínas humanas . El proyecto se lanzó el 16 de noviembre de 2004, [73] y se completó el 18 de julio de 2006. [73] Este proyecto fue único en el sentido de que el cálculo se realizó en tándem con el proyecto de computación distribuida grid.org . [74] Ideado por Richard Bonneau en el Instituto de Biología de Sistemas , el proyecto utilizó la computación en cuadrícula para producir las estructuras probables para cada una de las proteínas utilizando una puntuación Rosetta. A partir de estas predicciones, los investigadores esperan predecir la función de la miríada de proteínas. Esta mayor comprensión de las proteínas humanas podría resultar vital en la búsqueda de curas para enfermedades humanas . [75] La computación para este proyecto se completó oficialmente el 18 de julio de 2006. [76] Los resultados de la investigación para la porción de levadura de HPF1 se han publicado. [77]

Plegamiento del proteoma humano – Fase 2

El proyecto HPF2 (Human Proteome Folding - Phase 2) (lanzado el 23 de junio de 2006 [78] ) fue el tercer proyecto que se ejecutó en World Community Grid y se completó en 2013. Este proyecto, que siguió a HPF1, se centró en las proteínas secretadas por humanos , con especial atención a los biomarcadores y las proteínas en la superficie de las células, así como en Plasmodium , el organismo que causa la malaria. HPF2 genera modelos de proteínas de mayor resolución que HPF1. Aunque estos modelos de mayor resolución son más útiles, también requieren más potencia de procesamiento para generarse. [79]

En un informe de situación de julio de 2012, los científicos del proyecto informaron que los resultados generados por los cálculos de WCG están siendo utilizados por el Dr. Markus Landthaler del Centro Max Delbruch de Medicina Molecular (MDC) en Berlín. Los resultados de HPF2 ayudaron al Dr. Markus Landthaler y a sus colaboradores a escribir un nuevo artículo sobre "El proteoma unido al ARNm y su perfil de ocupación global en las transcripciones codificantes de proteínas" [80].

Ayude a vencer el cáncer

El proyecto Help Defeat Cancer busca mejorar la capacidad de los profesionales médicos para determinar las mejores opciones de tratamiento para pacientes con cáncer de mama, cabeza o cuello. El proyecto se lanzó el 20 de julio de 2006 [73] y se completó en abril de 2007 [73] . El proyecto funcionó identificando patrones visuales en grandes cantidades de microarrays de tejido tomados de muestras de tejido archivadas. Al correlacionar los datos de patrones con información sobre el tratamiento y el resultado del paciente, los resultados de este proyecto podrían ayudar a proporcionar opciones de tratamiento más específicas [81] .

Comparación de genomas

El proyecto de Comparación Genómica está patrocinado por la institución de investigación brasileña Fiocruz . [78] El proyecto se lanzó el 21 de noviembre de 2006, [73] y se completó el 21 de julio de 2007. [73] El proyecto busca comparar secuencias genéticas de diferentes organismos entre sí para encontrar similitudes entre ellas. Los científicos esperan descubrir qué propósito cumple una secuencia genética particular en una función particular de un organismo, comparándola con una secuencia genética similar de función conocida en otro organismo. [82]

Ayude a curar la distrofia muscular – Fase 1

Help Cure Muscular Dystrophy está a cargo de Décrypthon , una colaboración entre la Asociación Francesa de Distrofia Muscular, el Centro Nacional Francés de Investigación Científica e IBM . La fase 1 se lanzó el 19 de diciembre de 2006, [78] y se completó el 11 de junio de 2007. [83] El proyecto investigó las interacciones proteína-proteína para 40.000 proteínas cuyas estructuras son conocidas, con especial atención a aquellas proteínas que desempeñan un papel en las enfermedades neuromusculares . La base de datos de información producida ayudará a los investigadores a diseñar moléculas para inhibir o mejorar la unión de macromoléculas particulares , lo que se espera que conduzca a mejores tratamientos para la distrofia muscular y otras enfermedades neuromusculares. [84] Este proyecto solo estaba disponible para los agentes que ejecutaban el cliente Grid MP , lo que lo hacía inaccesible para los usuarios que ejecutaban BOINC . [85]

Descubriendo juntos los medicamentos contra el dengue

El proyecto Discovering Dengue Drugs – Together fue patrocinado por científicos de la Universidad de Texas y la Universidad de Chicago y se desarrollará en dos fases. [86] La fase 1, lanzada el 21 de agosto de 2007, [78] utilizó AutoDock 2007 (el mismo software utilizado para FightAIDS@Home ) para probar posibles fármacos antivirales (a través de la inhibición de la proteasa NS3 ) contra virus de la familia flaviviridae y se completó el 11 de agosto de 2009. [87] [88] La fase 2 "[utiliza] un programa computacionalmente más intensivo para examinar a los candidatos que pasan la fase 1". [89] Los candidatos a fármacos que pasan la fase 2 serán luego probados en laboratorio. [89]

Clima africano en casa

La misión de AfricanClimate@Home era desarrollar modelos climáticos más precisos de regiones específicas de África. Su objetivo era servir de base para comprender cómo cambiará el clima en el futuro, de modo que se pudieran implementar medidas diseñadas para aliviar los efectos adversos del cambio climático. La enorme capacidad de procesamiento de World Community Grid se utilizó para comprender y reducir la incertidumbre con la que se simulaban los procesos climáticos en África. La fase 1 de African Climate@Home se lanzó el 3 de septiembre de 2007 [90] y finalizó en julio de 2008 [91] .

Ayude a vencer el cáncer

El proyecto Help Conquer Cancer (lanzado el 1 de noviembre de 2007 [92] ) está patrocinado por el Ontario Cancer Institute (OCI), el Princess Margaret Hospital y la University Health Network de Toronto, Canadá. El proyecto implica la cristalografía de rayos X. La misión de Help Conquer Cancer es mejorar los resultados de la cristalografía de rayos X de proteínas, que ayuda a los investigadores no solo a anotar partes desconocidas del proteoma humano, sino que también mejora de manera importante su comprensión de la iniciación, la progresión y el tratamiento del cáncer. [93]

El proyecto HCC fue el primer proyecto WCG que se benefició de las unidades de procesamiento gráfico (GPU), lo que ayudó a finalizarlo mucho antes de lo previsto inicialmente debido a la enorme potencia de las GPU. En el informe de situación de abril de 2013 [94], los científicos informan que todavía hay muchos datos por analizar, pero que están preparando un nuevo proyecto que buscará firmas pronósticas y predictivas (conjuntos de genes, proteínas, microARN, etc.) que ayuden a predecir la supervivencia del paciente y la respuesta al tratamiento. El proyecto finalizó en mayo de 2013. [ cita requerida ]

Arroz nutritivo para el mundo

El proyecto Arroz nutritivo para el mundo es llevado a cabo por el Grupo de investigación de biología computacional de Ram Samudrala en la Universidad de Washington . El proyecto se lanzó el 12 de mayo de 2008 y se completó el 6 de abril de 2010. [95] El propósito de este proyecto es predecir la estructura de las proteínas de las principales cepas de arroz , con el fin de ayudar a los agricultores a producir mejores cepas de arroz con mayores rendimientos de los cultivos , promover una mayor resistencia a las enfermedades y plagas , y utilizar una gama completa de nutrientes biodisponibles que pueden beneficiar a las personas de todo el mundo, especialmente en regiones donde la desnutrición es una preocupación crítica. El proyecto ha sido cubierto por más de 200 medios de comunicación desde su inicio. [96] El 13 de abril de 2010, World Community Grid anunció oficialmente que el proyecto Arroz nutritivo para el mundo finalizó el 6 de abril de 2010. [95]

En abril de 2014, se publicó una actualización en la que se afirmaba que el equipo de investigación había logrado publicar información estructural sobre miles de proteínas y avanzar en el campo del modelado computacional de proteínas. Se espera que estos resultados, que solo fueron posibles gracias a la enorme cantidad de potencia informática donada que tenían disponible, guíen las futuras investigaciones y los esfuerzos en el campo de la ciencia vegetal. [97]

El Proyecto de Energía Limpia

El proyecto Clean Energy está patrocinado por los científicos del Departamento de Química y Biología Química de la Universidad de Harvard . [98] La misión del Clean Energy Project es encontrar nuevos materiales para la próxima generación de células solares y, más adelante, dispositivos de almacenamiento de energía . Los investigadores están empleando la mecánica molecular y los cálculos de la estructura electrónica para predecir las propiedades ópticas y de transporte de las moléculas que podrían convertirse en la próxima generación de materiales para células solares. [ cita requerida ]

La fase 1 se lanzó el 5 de diciembre de 2008 y se completó el 13 de octubre de 2009. [99] Al aprovechar la potencia informática de la World Community Grid, los investigadores pudieron calcular las propiedades electrónicas de decenas de miles de materiales orgánicos (muchos más de los que se podrían probar en un laboratorio) y determinar qué candidatos son los más prometedores para desarrollar una tecnología de energía solar asequible . [100]

La fase 2 se lanzó el 28 de junio de 2010, [101] patrocinada por los científicos del Departamento de Química y Biología Química de la Universidad de Harvard . [98] Se están realizando cálculos adicionales sobre las propiedades ópticas, electrónicas y otras propiedades físicas de los materiales candidatos con el software de química cuántica Q-Chem . [102] Sus hallazgos se han enviado a la revista Energy & Environmental Science . [103]

Ayude a combatir el cáncer infantil

El proyecto Help Fight Childhood Cancer (lanzado el 13 de marzo de 2009 [104] ) está patrocinado por los científicos del Instituto de Investigación del Centro Oncológico de Chiba y la Universidad de Chiba . [105] La misión del proyecto Help Fight Childhood Cancer es encontrar medicamentos que puedan desactivar tres proteínas particulares asociadas con el neuroblastoma , uno de los tumores sólidos que se presentan con mayor frecuencia en los niños. La identificación de estos medicamentos podría hacer que la enfermedad sea mucho más curable cuando se combina con el tratamiento de quimioterapia . [106]

El proyecto de búsqueda de fármacos antivirales contra la gripe está patrocinado por el Dr. Stan Watowich y su equipo de investigación de la rama médica de la Universidad de Texas ( Galveston , Texas , EE. UU.). [107] El proyecto se lanzó el 5 de mayo de 2009 y se completó el 22 de octubre de 2009. [108] La misión del proyecto de búsqueda de fármacos antivirales contra la gripe es encontrar nuevos fármacos que puedan detener la propagación de una infección de gripe en el cuerpo. La investigación se centrará específicamente en las cepas de gripe que se han vuelto resistentes a los fármacos, así como en las nuevas cepas que están apareciendo. La identificación de los compuestos químicos que son los mejores candidatos acelerará los esfuerzos para desarrollar tratamientos que serían útiles para controlar los brotes de gripe estacional y las futuras epidemias de gripe e incluso pandemias. [109] La fase 1 del proyecto de búsqueda de fármacos antivirales contra la gripe ya finalizó el 22 de octubre de 2009. Ahora, los investigadores están realizando el posprocesamiento de los resultados de la fase 1 y se están preparando para la fase 2. [108]

En noviembre de 2012, los científicos del proyecto declararon que, dado que no existe peligro inmediato de un brote de gripe, todos los resultados del proyecto se publicarían en línea y sus recursos se reorientarían hacia el Proyecto Dengue. [110]

Ayude a curar la distrofia muscular – Fase 2

World Community Grid e investigadores apoyados por Decrypthon, una asociación entre AFM (Asociación Francesa de Distrofia Muscular), CNRS (Centro Nacional Francés de Investigación Científica), Universite Pierre et Marie Curie e IBM estaban investigando interacciones proteína-proteína para más de 2200 proteínas cuyas estructuras son conocidas, con especial atención a aquellas proteínas que juegan un papel en enfermedades neuromusculares . La fase 2 se lanzó el 12 de mayo de 2009, [111] y se completó el 26 de septiembre de 2012. La base de datos de información producida ayudará a los investigadores a diseñar moléculas para inhibir o mejorar la unión de macromoléculas particulares , lo que se espera que conduzca a mejores tratamientos para la distrofia muscular y otras enfermedades neuromusculares. [112]

La segunda fase del proyecto Help Cure Muscular Dystrophy comenzó una vez analizados los resultados de la primera fase. La segunda fase se ejecutó en la plataforma BOINC . [4] [113]

Descubriendo juntos los medicamentos contra el dengue – Fase 2

El proyecto Discovering Dengue Drugs – Together – Phase 2 (lanzado el 17 de febrero de 2010 [114] ) está patrocinado por la University of Texas Medical Branch (UTMB) en Galveston , Texas , Estados Unidos y la University of Chicago en Illinois , Estados Unidos. La misión es identificar candidatos a fármacos prometedores para combatir el dengue , la hepatitis C , el virus del Nilo Occidental , la fiebre amarilla y otros virus relacionados. La gran capacidad de cómputo de World Community Grid se utilizará para completar los cálculos de descubrimiento de fármacos basados ​​en la estructura necesarios para identificar estos candidatos a fármacos. [115]

Computación para agua limpia

Computing for Clean Water (lanzado el 20 de septiembre de 2010 [116] [117] ) está patrocinado por el Centro de Nano y Micro Mecánica de la Universidad de Tsinghua en Beijing . La misión del proyecto es proporcionar una visión más profunda a escala molecular de los orígenes del flujo eficiente de agua a través de una nueva clase de materiales de filtro. Esta visión a su vez guiará el desarrollo futuro de filtros de agua de bajo costo y más eficientes. Se estima que 1.2 mil millones de personas carecen de acceso a agua potable segura y 2.6 mil millones tienen poco o ningún saneamiento. Como resultado, millones de personas mueren anualmente, aproximadamente 3.900 niños al día debido a la falta de agua limpia. [118] El 25 de abril de 2014, los científicos del proyecto publicaron una actualización indicando que tenían resultados emocionantes para informar cuando se presentara el artículo y que el proyecto sobre WCG estaba terminado. [119]

Búsqueda de medicamentos para la leishmaniasis

Drug Search for Leishmaniasis (lanzado el 7 de septiembre de 2011 [120] ) está encabezado por la Universidad de Antioquia en Medellín , Colombia , con la ayuda de investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad de Texas en Galveston, Texas. La misión es identificar posibles candidatos moleculares que podrían convertirse en tratamientos para la leishmaniasis . La gran capacidad de cómputo de World Community Grid se utilizará para realizar simulaciones por computadora de las interacciones entre millones de compuestos químicos y ciertas proteínas objetivo. Esto ayudará a encontrar los compuestos más prometedores que pueden conducir a tratamientos efectivos para la enfermedad. [121]

Proyecto GO Lucha Contra la Malaria

La misión del proyecto GO Fight Against Malaria (lanzado el 16 de noviembre de 2011 [122] ) es descubrir candidatos prometedores a fármacos que podrían convertirse en nuevos fármacos que curen las formas resistentes a los fármacos de la malaria . La potencia informática de World Community Grid se utilizará para realizar simulaciones informáticas de las interacciones entre millones de compuestos químicos y determinadas proteínas diana, con el fin de predecir su capacidad para eliminar la malaria. Los mejores compuestos serán probados por científicos del Instituto de Investigación Scripps en La Jolla, California, EE.UU., y se seguirán desarrollando para convertirlos en posibles tratamientos para la enfermedad. [123]

Diga no al esquistosoma

Say No to Schistosoma (lanzado el 22 de febrero de 2012 [124] ) fue el vigésimo proyecto de investigación que se lanzó en World Community Grid. Los investigadores de la Universidad Infórium en Belo Horizonte y FIOCRUZ-Minas, Brasil , llevaron a cabo este proyecto en World Community Grid para realizar simulaciones por computadora de las interacciones entre millones de compuestos químicos y ciertas proteínas objetivo con la esperanza de encontrar tratamientos efectivos para la esquistosomiasis . [125] En abril de 2015, se habían realizado análisis posteriores y se habían identificado tres de las sustancias candidatas más prometedoras para pruebas in vitro. [58]

Informática para el agua sostenible

Computing for Sustainable Water fue el 21.º proyecto de investigación que se lanzó en World Community Grid. Los investigadores de la Universidad de Virginia estaban ejecutando este proyecto en World Community Grid para estudiar los efectos de la actividad humana en una gran cuenca hidrográfica y obtener conocimientos más profundos sobre qué acciones pueden respaldar la restauración, la salud y la sostenibilidad de este importante recurso hídrico. [126] El proyecto se lanzó el 17 de abril de 2012, [127] y se completó el 17 de octubre de 2012.

Descubriendo los misterios del genoma

El proyecto Uncovering Genome Mysteries, que se puso en marcha el 16 de octubre de 2014, es una colaboración conjunta entre científicos australianos y brasileños. El proyecto pretende examinar cerca de 200 millones de genes de muchas formas de vida y compararlos con genes conocidos para averiguar cuál es su función. Los resultados podrían tener un efecto en campos como la medicina y la investigación medioambiental. [128]

Juntos podemos vencer al ébola

Outsmart Ebola Together fue una colaboración con el Scripps Research Institute para ayudar a encontrar compuestos químicos para combatir la enfermedad del virus del Ébola . [129] Se lanzó el 3 de diciembre de 2014. [130] El objetivo es bloquear pasos cruciales en el ciclo de vida del virus, encontrando medicamentos con alta afinidad de unión con algunas de sus proteínas. Hay dos objetivos: una proteína de superficie utilizada por el virus para infectar células humanas y proteínas "transformadoras" que cambian de forma para realizar diferentes funciones. [131] El proyecto se completó oficialmente el 6 de diciembre de 2018. [132]

OpenZika

OpenZika se lanzó el 18 de mayo de 2016 para ayudar a combatir el virus del Zika . El proyecto se centra en las proteínas que se cree que utiliza el virus del Zika para sobrevivir y propagarse en el cuerpo, según los resultados conocidos de enfermedades similares como el dengue y la fiebre amarilla . Estos resultados ayudarán a los investigadores a desarrollar un fármaco contra el Zika. [133] El proyecto se completó oficialmente el 13 de diciembre de 2019. [134]

Lucha contra el SIDA en casa

FightAIDS@Home (lanzado el 19 de noviembre de 2005 [135] ) fue el segundo proyecto de World Community Grid y el primero que se centró en una sola enfermedad. Cada computadora individual procesa una molécula de fármaco potencial y prueba qué tan bien se acoplaría a la proteasa del VIH , actuando como un inhibidor de la proteasa . [136] El Instituto de Investigación Scripps publicó su primer artículo científico revisado por pares sobre los resultados de FightAIDS@Home el 21 de abril de 2007. [137] Este artículo explica que los resultados hasta ese momento se utilizarán principalmente para mejorar la eficiencia de los futuros cálculos de FightAIDS@Home. [138]

Fase 2 de FightAIDS@Home

La Fase 2 de FightAIDS@Home (lanzada el 30 de septiembre de 2015 [139] ) está analizando más de cerca los resultados de la Fase 1. El proyecto tiene dos objetivos en los primeros experimentos: que la arquitectura de simulación funcione correctamente y brinde resultados confiables, y que el uso conjunto de BEDAM y AutoDock brinde mejores resultados que el uso de BEDAM o AutoDock solos. [140]

Proyecto de inmunidad al microbioma

El Proyecto de Inmunidad al Microbioma (lanzado en agosto de 2017) es un estudio de las proteínas en las bacterias ubicadas dentro y sobre el cuerpo humano; el microbioma humano , que comprende alrededor de 3 millones de genes bacterianos separados. Al estudiar los genes bacterianos, los investigadores pueden determinar sus formas individuales, que a su vez dictan la función de las bacterias. [141] Las instituciones colaboradoras incluyen la Universidad de California en San Diego , el Instituto Broad del MIT y Harvard, y el Instituto Flatiron de la Fundación Simons . [142]

Véase también

Referencias

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  • Sitio web oficial
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