RNF128

RNF128 tiene dos variantes de transcripción de empalme alternativo reportadas que codifican isoformas . La isoforma 1 contiene 428 aminoácidos y la isoforma 2 contiene 422 aminoácidos. ^{[ 7 ]} La isoforma 1 tiene una transcripción más larga. La isoforma 2 tiene una UTR 5' alternativa y un exón diferente en comparación con la isoforma 1. Esto resulta en un N-terminal mucho más corto en la isoforma 2. La isoforma 1 se usa con más frecuencia al analizar la proteína. La isoforma 1 incluye un péptido señal , un dominio asociado a proteasa, un dominio transmembrana y un dominio de dedo de zinc RING. La isoforma 2 no contiene el mismo péptido señal ni el dominio asociado a proteasa, pero sí incluye un dominio transmembrana y un dominio de dedo de zinc RING similares.

El gen RNF128 codifica una proteína transmembrana de tipo I. Esta proteína funciona como una ubiquitina ligasa E3 que cataliza cadenas de poliubiquitina unidas por Lys-43 y Lys-63, y actúa como un inhibidor de la transcripción de genes de citocinas cuando se expresa en células T transducidas retroviralmente. ^{[ 8 ]} Esta proteína contiene 428 aminoácidos y tiene dos isoformas conocidas.

Existen dos promotores en total, pero el promotor principal (GXP_14319) para RNF128 tiene una longitud de 1076 nucleótidos. El sitio de inicio de la transcripción para RNF128 se encuentra al final de la secuencia del promotor, en los últimos 40 aminoácidos. ^{[ 11 ]}

Existen muchos factores de transcripción que tienen una alta afinidad para unirse a la región 5' UTR de RNF128. Algunos importantes a mencionar son NFAT , un factor nuclear de células T activadas; EGRF , un supresor del tumor de Wilms; y HNF6 , un factor de transcripción con dominio homeótico de corte enriquecido en el hígado. ^{[ 12 ]}

La expresión de RNF128 en los tejidos humanos es muy específica del intestino. Se observa una expresión muy alta en el hígado, especialmente en el hígado fetal. También se observa una alta expresión en los riñones, las glándulas suprarrenales, la tiroides, el intestino delgado y el estómago. ^{[ 13 ]}

A continuación se muestra una tabla con los parálogos de RNF128. Si bien existen muchos otros parálogos además de estos nueve, estos son los que guardan mayor relación con RNF128.

Tabla 1 : Esta tabla presenta una lista de nueve parálogos de RNF128. El porcentaje de identidad y el porcentaje de similitud se calcularon utilizando EMBOSS Needle. La columna de parentesco indica el grado de relación (cercana, moderada o lejana) entre cada parálogo y RNF128.

RNF128 tiene 234 ortólogos y se conserva en animales como el perro, la vaca, el ratón, la rata, el pollo y el pez cebra. Los ortólogos más estrechamente relacionados se encuentran en mamíferos, con similitudes entre el 75 y el 100 por ciento. Los ortólogos moderadamente relacionados se encuentran en reptiles y aves, con similitudes entre el 67 y el 75 por ciento. Finalmente, los ortólogos más distantemente relacionados se encuentran en anfibios y peces óseos, con valores de similitud alrededor del 60 por ciento. Se realizaron numerosos alineamientos de secuencias múltiples utilizando EMBOSS Global para analizar la conservación de aminoácidos a lo largo del tiempo. Estos alineamientos compararon homólogos distantemente y estrechamente relacionados de RNF128. Muchas regiones de RNF128 se conservan en todas las especies, desde mamíferos hasta peces óseos, incluyendo el dominio asociado a la proteasa, la región transmembrana y la región del anillo H2. El péptido señal no se conserva en ninguno de los homólogos más distantes, pero sí en los ortólogos estrictos. La región ring-H2 es la región más conservada en estos alineamientos y se conserva en mamíferos, aves, anfibios, reptiles y peces óseos. La Tabla 2 muestra el árbol filogenético de los ortólogos de RNF128. ^{[ 23 ]}

RNF128 se remonta aproximadamente a 433 millones de años. Las formas de vida más antiguas en las que encontré que aparece el gen son peces óseos como el pez cebra. Este gen no se encontró en ningún invertebrado, hongo, bacteria, etc. El tamaño de la familia de genes es 2. Hay dos isoformas producidas por empalme alternativo para RNF128 y solo encontré una isoforma de empalme para el organismo más distantemente relacionado. La Figura 1 a continuación muestra la divergencia de RNF128 a lo largo del tiempo y cuán lenta o rápidamente divergió entre organismos. Al comparar mi gen con el citocromo c y el fibrinógeno alfa , se puede determinar que RNF128 diverge moderadamente lento. Usé la pendiente de cada línea para encontrar que un cambio del 1% toma 27,7 millones de años para el citocromo c, 6,9 millones de años para RNF128 y 2,7 ​​millones de años para el fibrinógeno alfa.