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complejo de piruvato deshidrogenasa

complejo de piruvato deshidrogenasa El complejo piruvato deshidrogenasa ( PDC ) es un complejo de tres enzimas que convierte el piruvato en acetil-CoA mediante un proceso llamad...

complejo de piruvato deshidrogenasa

El complejo piruvato deshidrogenasa ( PDC ) es un complejo de tres enzimas que convierte el piruvato en acetil-CoA mediante un proceso llamado descarboxilación del piruvato . [ 1 ] El acetil-CoA puede luego usarse en el ciclo del ácido cítrico para llevar a cabo la respiración celular , y este complejo vincula la vía metabólica de la glucólisis con el ciclo del ácido cítrico . La descarboxilación del piruvato también se conoce como "reacción de la piruvato deshidrogenasa" porque también implica la oxidación del piruvato. [ 2 ] Los niveles de las enzimas piruvato deshidrogenasa juegan un papel importante en la regulación de la tasa del metabolismo de los carbohidratos y son fuertemente estimulados por la hormona insulina, evolutivamente antigua . El PDC se opone a la actividad de la piruvato deshidrogenasa quinasa , y este mecanismo juega un papel fundamental en la regulación de las tasas del metabolismo de los carbohidratos y los lípidos en muchos estados fisiológicos en diferentes taxones, incluyendo la alimentación, el ayuno, la diabetes mellitus , el hipertiroidismo y la hibernación .

El complejo multienzimático está estructural y funcionalmente relacionado con el complejo oxoglutarato deshidrogenasa (OGDC), el complejo 2-oxoadipato deshidrogenasa (OADHC) y el complejo oxoácido deshidrogenasa de cadena ramificada (BCKDC), todos los cuales son miembros de la familia del complejo 2-oxoácido deshidrogenasa . [ 3 ] Un papel para la insulina en la regulación de la homeostasis de la glucosa, los niveles de piruvato deshidrogenasa y la generación de proteína quinasa activada por AMP (AMPK) en la cadena de transporte de electrones se ha conservado evolutivamente en todas las especies. Un cambio en la utilización del sustrato puede ser inducido por condiciones como comer o ayunar, y la oxidación de glucosa o ácidos grasos tiende a suprimir el uso del otro sustrato (un fenómeno conocido como el ciclo de Randle ). La ingesta de macronutrientes estimula la secreción y liberación de insulina y otros mensajeros químicos como el péptido similar al glucagón tipo 1 (GLP-1), que regulan los niveles de glucosa, la sensibilidad a la insulina , la saciedad y el equilibrio de grasas en el cuerpo. En el período posprandial, el páncreas produce insulina , la cual activa el metabolismo de los carbohidratos y estimula la utilización de glucosa para satisfacer las demandas metabólicas y prevenir la glucotoxicidad . Cuando la insulina no puede estimular eficazmente la utilización de glucosa, los tejidos del cuerpo se vuelven resistentes a sus efectos hipoglucemiantes, lo que promueve el desarrollo de un estado de resistencia a la insulina con el tiempo. Esto puede ocurrir debido a la exposición crónica a la hiperinsulinemia por una dieta deficiente, un estilo de vida sedentario, obesidad y otros factores de riesgo potencialmente modificables . Este fenómeno es similar a la resistencia a la leptina y puede provocar muchos efectos perjudiciales para la salud derivados de niveles de insulina crónicamente elevados, como el almacenamiento excesivo de grasa y la síntesis de novo , la resistencia a la insulina hepática y periférica, la enfermedad del hígado graso no alcohólico (EHGNA), la hipertensión y la dislipidemia , y la disminución del gasto energético en reposo (GER) causada por una termogénesis inducida por la dieta deficiente .

Reacción

La reacción catalizada por el complejo piruvato deshidrogenasa es:

Estructura

Piruvato deshidrogenasa (E1)

Imagen generada por PyMOL de la subunidad E1 del complejo piruvato deshidrogenasa en E. coli.

La subunidad E1, denominada subunidad piruvato deshidrogenasa , es un homodímero (compuesto por dos cadenas "α", por ejemplo, en Escherichia coli ) o un heterotetrámero de dos cadenas diferentes (dos cadenas "α" y dos cadenas "β"). Un ion magnesio forma un complejo tetracoordinado con tres residuos de aminoácidos polares (Asp, Asn y Tyr) ubicados en la cadena alfa, y el cofactor difosfato de tiamina (TPP) participa directamente en la descarboxilación del piruvato . [ 4 ] [ 5 ]

Dihidrolipoil transacetilasa (E2)

La subunidad E2, o dihidrolipoil acetiltransferasa, tanto en procariotas como en eucariotas, generalmente se compone de tres dominios. El dominio N-terminal (el dominio lipoílo) consta de 1 a 3 grupos lipoílo de aproximadamente 80 aminoácidos cada uno. El dominio de unión a la subunidad periférica (PSBD) sirve como sitio de unión selectivo para otros dominios de las subunidades E1 y E3. Finalmente, el dominio C-terminal (catalítico) cataliza la transferencia de grupos acetilo y la síntesis de acetil-CoA. [ 6 ] En Gammaproteobacteria, 24 copias de E2 forman el núcleo cúbico del complejo piruvato deshidrogenasa, en el cual 8 homotrímeros de E2 se encuentran en los vértices de la partícula del núcleo cúbico.

Dihidrolipoil deshidrogenasa (E3)

Subunidad E3 del complejo piruvato deshidrogenasa generada por Pymol en Pseudomonas putida

La subunidad E3, denominada enzima dihidrolipoil deshidrogenasa , se caracteriza por ser una proteína homodimérica en la que dos residuos de cisteína , que participan en enlaces disulfuro , y el cofactor FAD en el sitio activo facilitan su función principal como catalizador oxidante. Un ejemplo de estructura E3, hallado en Pseudomonas putida , se forma de manera que cada subunidad homodimérica individual contiene dos dominios de unión responsables de la unión de FAD y NAD, así como un dominio central y un dominio de interfaz. [ 7 ] [ 8 ]

Proteína de unión a la dihidrolipoil deshidrogenasa (E3BP)

Una proteína auxiliar exclusiva de la mayoría de los eucariotas es la proteína de unión a E3 (E3BP), que sirve para unir la subunidad E3 al complejo PDC. En el caso de la E3BP humana, los residuos hidrofóbicos de prolina y leucina en la BP interactúan con el sitio de reconocimiento de superficie formado por la unión de dos monómeros E3 idénticos. [ 9 ]

Mecanismo

Mecanismo PDC con piruvato (R=H)

Piruvato deshidrogenasa (E1)

Inicialmente, el piruvato y el pirofosfato de tiamina (TPP o vitamina B1 ) se unen a las subunidades de la piruvato deshidrogenasa . [ 1 ] El anillo de tiazolio del TPP se encuentra en forma zwitteriónica , y el carbono C2 aniónico realiza un ataque nucleofílico sobre el carbonilo C2 (cetona) del piruvato. El intermedio resultante sufre descarboxilación para producir un equivalente de anión acilo (véase la química de umpolung de cianohidrina o aldehído-ditiano , así como la condensación de benzoína ). Este anión ataca el S1 de una especie de lipoato oxidado que está unida a un residuo de lisina . En un mecanismo de apertura de anillo tipo S N 2, el S2 se desplaza como un grupo sulfuro o sulfhidrilo. El colapso posterior del intermedio tetraédrico expulsa el tiazol, liberando el cofactor TPP y generando un tioacetato en el S1 del lipoato. El proceso catalizado por E1 es la etapa limitante de la velocidad de todo el complejo de la piruvato deshidrogenasa.

Dihidrolipoil transacetilasa (E2)

En este punto, la funcionalidad lipoato-tioéster se transloca al sitio activo de la dihidrolipoil transacetilasa (E2), [ 1 ] donde una reacción de transacilación transfiere el grupo acetilo del "brazo oscilante" del lipoilo al grupo tiol de la coenzima A. Esto produce acetil-CoA , que se libera del complejo enzimático y posteriormente ingresa al ciclo del ácido cítrico . La E2 también se conoce como lipoamida reductasa-transacetilasa.

Dihidrolipoil deshidrogenasa (E3)

El dihidrolipoato , unido covalentemente a un residuo de lisina del complejo, se transfiere al sitio activo de la dihidrolipoil deshidrogenasa (E3), [ 1 ] donde sufre una oxidación mediada por flavina , químicamente similar a la de la tiorredoxina reductasa. Primero, el FAD oxida el dihidrolipoato a su estado de reposo lipoato (disulfuro), produciendo FADH₂ . Luego, el sustrato NAD⁺ oxida el FADH₂ a su estado de reposo FAD, produciendo NADH y H⁺ .

Diferencias en la estructura y composición de subunidades entre especies

En todos los organismos, la PDC es un gran complejo compuesto por múltiples copias de las tres subunidades catalíticas E1, E2 y E3. Otra característica común de todas las PDC es que la subunidad E2 forma el núcleo del complejo al que se unen las subunidades periféricas E1 y E3. Las PDC eucariotas contienen una subunidad adicional no catalítica en el núcleo, denominada proteína de unión a E3 (E3BP) (a veces también "proteína X"). En las PDC con un núcleo hetero-oligomérico con múltiples copias de E2 y E3BP, E1 se asocia exclusivamente con E2, y E3 solo se une a E3BP. Por el contrario, E1 y E3 compiten por la unión a E2 en las PDC bacterianas con un núcleo homo-oligomérico de E2. Mientras que la enzima periférica E3 es un homodímero en todos los organismos, la enzima periférica E1 es un heterotetrámero alfa 2 beta 2 en eucariotas.

bacterias Gram negativas

En bacterias Gram negativas , por ejemplo Escherichia coli , el PDC consta de un núcleo cúbico central formado por 24 moléculas de dihidrolipoil transacetilasa (E2). Hasta 16 homodímeros de piruvato deshidrogenasa (E1) y 8 homodímeros de dihidrolipoil deshidrogenasa (E3) se unen a los 24 dominios de unión a subunidades periféricas (PSBD) del E2 de 24 monómeros.

En Gammaproteobacteria , la especificidad de PSBD para unirse a E1 o E3 está determinada por el estado oligomérico de PSBD. En cada homotrímero de E2, dos de los tres PSBD se dimerizan. Mientras que dos homodímeros de E1 se unen cooperativamente al PSBD dimérico, el PSBD restante, no apareado, interactúa específicamente con un homodímero de E3. La dimerización de PSBD determina así la composición de subunidades del complejo piruvato deshidrogenasa cuando está completamente saturado con las subunidades periféricas E1 y E3, que tiene una estequiometría de E1:E2:E3 (monómeros) = 32:24:16 [ 10 ].

Bacterias grampositivas y eucariotas

En cambio, en las bacterias Gram positivas (por ejemplo, Bacillus stearothermophilus ) y en los eucariotas, el núcleo central del PDC contiene 60 moléculas de E2 dispuestas en forma de icosaedro.

En eucariotas, este núcleo E2 se coordina con 30 copias de E1 y 12 copias de E3. Los eucariotas también contienen 12 copias de una proteína central adicional, la proteína de unión a E3 (E3BP), que une las subunidades E3 al núcleo E2. [ 11 ] La ubicación exacta de E3BP no está completamente clara. La criomicroscopía electrónica ha establecido que E3BP se une a cada una de las caras icosaédricas en la levadura. [ 12 ] Sin embargo, se ha sugerido que reemplaza un número equivalente de moléculas de E2 en el núcleo PDC bovino.

Hasta 60 moléculas E1 o E3 pueden asociarse con el núcleo E2 de las bacterias Gram positivas; la unión es mutuamente excluyente.

Regulación

La piruvato deshidrogenasa se inhibe cuando aumenta una o más de las tres siguientes proporciones: ATP / ADP , NADH /NAD + y acetil-CoA / CoA .

En eucariotas, la PDC está estrictamente regulada por su propia piruvato deshidrogenasa quinasa (PDK) y piruvato deshidrogenasa fosfatasa (PDP) específicas, que la desactivan y activan respectivamente. [ 13 ]

  • La PDK fosforila tres residuos de serina específicos en E1 con diferentes afinidades. La fosforilación de cualquiera de ellos (utilizando ATP ) inactiva E1 (y, en consecuencia, todo el complejo). [ 13 ]
  • La desfosforilación de E1 por PDP restablece la actividad del complejo. [ 13 ]

Los productos de la reacción actúan como inhibidores alostéricos de la PDC, ya que activan la PDK. Los sustratos, a su vez, inhiben la PDK, reactivando así la PDC.

Durante la inanición , la PDK aumenta en la mayoría de los tejidos, incluido el músculo esquelético , debido a un aumento en la transcripción genética . En las mismas condiciones, la cantidad de PDP disminuye. La inhibición resultante de la PDC impide que el músculo y otros tejidos catabolicen la glucosa y los precursores de la gluconeogénesis . El metabolismo se desplaza hacia la utilización de grasas , mientras que la degradación de proteínas musculares para suministrar precursores de la gluconeogénesis se minimiza, y la glucosa disponible se reserva para su uso por el cerebro .

Los iones de calcio desempeñan un papel en la regulación de la PDC en el tejido muscular, ya que activan la PDP, estimulando la glucólisis al liberarse en el citosol durante la contracción muscular . Algunos productos de estas transcripciones liberan H2 en los músculos. Esto puede provocar la degradación de los iones de calcio con el tiempo.

Localización de la descarboxilación del piruvato

En las células eucariotas , la descarboxilación del piruvato ocurre dentro de la matriz mitocondrial, después del transporte del sustrato, piruvato, desde el citosol . El transporte de piruvato a las mitocondrias se realiza a través de la proteína transportadora translocasa de piruvato. La translocasa de piruvato transporta piruvato mediante simporte con un protón (a través de la membrana mitocondrial interna), lo que puede considerarse una forma de transporte activo secundario, pero podría ser necesaria una mayor confirmación/apoyo para el uso del descriptor "transporte activo secundario" en este contexto (Nota: el método de transporte de piruvato a través de la translocasa de piruvato parece estar acoplado a un gradiente de protones según S. Papa et al., 1971, lo que aparentemente coincide con la definición de transporte activo secundario). [ 14 ]

Según fuentes alternativas, "el transporte de piruvato a través de la membrana mitocondrial externa parece realizarse fácilmente mediante grandes canales no selectivos, como los canales aniónicos dependientes de voltaje , que permiten la difusión pasiva", y el transporte a través de la membrana mitocondrial interna está mediado por el transportador mitocondrial de piruvato 1 (MPC1) y el transportador mitocondrial de piruvato 2 (MPC2). [ 15 ]

Al entrar en la matriz mitocondrial, el piruvato se descarboxila, produciendo acetil-CoA (y dióxido de carbono y NADH). Esta reacción irreversible atrapa el acetil-CoA dentro de las mitocondrias (el acetil-CoA solo puede transportarse fuera de la matriz mitocondrial en condiciones de alta concentración de oxalacetato a través del ciclo del citrato, un intermediario del ciclo de Krebs que normalmente se encuentra en baja concentración). El dióxido de carbono producido por esta reacción es apolar y de baja concentración, y puede difundirse fuera de las mitocondrias y de la célula.

En los procariotas , que no tienen mitocondrias, esta reacción se lleva a cabo en el citosol o no se lleva a cabo en absoluto.

Historia evolutiva

Se descubrió que la enzima piruvato deshidrogenasa presente en las mitocondrias de las células eucariotas se asemeja mucho a una enzima de Geobacillus stearothermophilus , una especie de bacteria grampositiva . A pesar de las similitudes del complejo piruvato deshidrogenasa con las bacterias grampositivas, existe poca semejanza con las de las bacterias gramnegativas . Las similitudes de las estructuras cuaternarias entre la piruvato deshidrogenasa y las enzimas de las bacterias grampositivas apuntan a una historia evolutiva compartida que se distingue de la historia evolutiva de las enzimas correspondientes encontradas en las bacterias gramnegativas. Mediante un evento de endosimbiosis, la piruvato deshidrogenasa encontrada en las mitocondrias eucariotas apunta a vínculos ancestrales que se remontan a las bacterias grampositivas. [ 16 ]

Los complejos de piruvato deshidrogenasa comparten muchas similitudes con la 2-oxoácido deshidrogenasa de cadena ramificada (BCOADH), particularmente en su especificidad de sustrato para los alfa-cetoácidos. Específicamente, la BCOADH cataliza la degradación de aminoácidos y estas enzimas habrían sido prevalentes durante los períodos en la Tierra prehistórica dominados por ambientes ricos en aminoácidos. La subunidad E2 de la piruvato deshidrogenasa evolucionó a partir del gen E2 que se encuentra en la BCOADH, mientras que ambas enzimas contienen subunidades E3 idénticas debido a la presencia de un solo gen E3. Dado que las subunidades E1 tienen una especificidad distintiva para sustratos particulares, las subunidades E1 de la piruvato deshidrogenasa y la BCOADH varían, pero comparten similitudes genéticas. Las bacterias grampositivas y las cianobacterias que posteriormente darían origen a las mitocondrias y los cloroplastos que se encuentran en las células eucariotas conservaron las subunidades E1 que están genéticamente relacionadas con las que se encuentran en las enzimas BCOADH. [ 17 ] [ 18 ]

Relevancia clínica

La deficiencia de piruvato deshidrogenasa (PDCD) puede ser consecuencia de mutaciones en cualquiera de las enzimas o cofactores que intervienen en la formación del complejo. Su principal manifestación clínica es la acidosis láctica . [ 19 ] Estas mutaciones de PDCD, que provocan deficiencias posteriores en la producción de NAD y FAD, dificultan los procesos de fosforilación oxidativa, fundamentales en la respiración aeróbica. Por lo tanto, el acetil-CoA se reduce mediante mecanismos anaeróbicos a otras moléculas como el lactato, lo que conlleva un exceso de lactato corporal y las patologías neurológicas asociadas. [ 20 ]

Aunque la deficiencia de piruvato deshidrogenasa es poco frecuente, existen diversos genes que, al mutar o volverse disfuncionales, pueden inducirla. En primer lugar, la subunidad E1 de la piruvato deshidrogenasa contiene cuatro subunidades distintas: dos subunidades alfa, denominadas E1-alfa, y dos subunidades beta, denominadas E1-beta. El gen PDHA1, presente en las subunidades E1-alfa, al mutar, causa el 80 % de los casos de deficiencia de piruvato deshidrogenasa, ya que esta mutación acorta la proteína E1-alfa. La disminución de la función de E1-alfa impide que la piruvato deshidrogenasa se una al piruvato de forma suficiente, reduciendo así la actividad del complejo en su conjunto. [ 21 ] Cuando el gen PDHB, presente en la subunidad E1-beta del complejo, muta, también se produce una deficiencia de piruvato deshidrogenasa. [ 22 ] Asimismo, las mutaciones encontradas en otras subunidades del complejo, como el gen DLAT encontrado en la subunidad E2, el gen PDHX encontrado en la subunidad E3, así como una mutación en un gen de la fosfatasa de la piruvato deshidrogenasa, conocido como PDP1, se han relacionado con la deficiencia de piruvato deshidrogenasa, si bien se desconoce su contribución específica al estado de la enfermedad. [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]

En la enfermedad metabólica aciduria malónica y metilmalónica combinada (CMAMMA) debida a la deficiencia de ACSF3 , la síntesis mitocondrial de ácidos grasos (mtFAS) se ve afectada, siendo esta la reacción precursora de la biosíntesis del ácido lipoico . [ 26 ] El resultado es una reducción en el grado de lipoilación de enzimas mitocondriales importantes, como el complejo piruvato deshidrogenasa (PDC) y el complejo oxoglutarato deshidrogenasa (OGDC). [ 26 ]

Véase también

Referencias

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  • Complejo piruvato-deshidrogenasa en los encabezamientos de materias médicas (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU.

Estructuras 3D

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