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Escalamiento multidimensional

Un ejemplo de escalamiento multidimensional clásico aplicado a los patrones de votación en la Cámara de Representantes de los Estados Unidos . Cada punto azul representa a un mi...

Un ejemplo de escalamiento multidimensional clásico aplicado a los patrones de votación en la Cámara de Representantes de los Estados Unidos . Cada punto azul representa a un miembro demócrata de la Cámara, y cada punto rojo a un miembro republicano.

El escalamiento multidimensional ( MDS ) es un método para visualizar el grado de similitud de los casos individuales de un conjunto de datos. El MDS se utiliza para traducir las distancias entre cada par de objetos de un conjunto en una configuración de puntos mapeados en un espacio cartesiano abstracto . [ 1 ]norte{\textstyle n}norte{\textstyle n}

En términos más técnicos, MDS se refiere a un conjunto de técnicas de ordenación relacionadas que se utilizan en la visualización de información , en particular para mostrar la información contenida en una matriz de distancias . Es una forma de reducción de dimensionalidad no lineal .

Dada una matriz de distancias con las distancias entre cada par de objetos en un conjunto, y un número de dimensiones elegido, N , un algoritmo MDS coloca cada objeto en un espacio de N dimensiones (una representación de menor dimensión ) de manera que las distancias entre objetos se conserven lo mejor posible. Para N = 1, 2 y 3, los puntos resultantes se pueden visualizar en un diagrama de dispersión . [ 2 ]

Las principales contribuciones teóricas al MDS fueron realizadas por James O. Ramsay de la Universidad McGill , quien también es considerado el fundador del análisis de datos funcionales . [ 3 ]

Tipos

Los algoritmos MDS se clasifican en una taxonomía que depende del significado de la matriz de entrada:

Escalamiento multidimensional clásico

También se conoce como Análisis de Coordenadas Principales (PCoA), Escalamiento de Torgerson o Escalamiento de Torgerson-Gower. Toma una matriz de entrada que da las disimilitudes entre pares de elementos y produce una matriz de coordenadas cuya configuración minimiza una función de pérdida llamada deformación , [ 2 ] que viene dada por donde denotan vectores en el espacio N -dimensional, denota el producto escalar entre y , y son los elementos de la matriz definida en el paso 2 del siguiente algoritmo, que se calculan a partir de las distancias.CepaD(incógnita1,incógnita2,...,incógnitanorte)=(i,j(bijincógnitaiTincógnitaj)2i,jbij2)1/2,{\displaystyle {\text{Deformación}}_{D}(x_{1},x_{2},...,x_{n})={\Biggl (}{\frac {\sum _{i,j}{\bigl (}b_{ij}-x_{i}^{T}x_{j}{\bigr )}^{2}}{\sum _{i,j}b_{ij}^{2}}}{\Biggr )}^{1/2},}incógnitai{\displaystyle x_{i}}incógnitaiTincógnitaj{\displaystyle x_{i}^{T}x_{j}}incógnitai{\displaystyle x_{i}}incógnitaj{\displaystyle x_{j}}bij{\displaystyle b_{ij}}B{\displaystyle B}

Pasos de un algoritmo MDS clásico:
El MDS clásico utiliza el hecho de que la matriz de coordenadas se puede derivar mediante la descomposición en valores propios de . Y la matriz se puede calcular a partir de la matriz de proximidad utilizando el doble centrado. [ 4 ]incógnita{\displaystyle X}B=incógnitaincógnita{\textstyle B=XX'}B{\textstyle B}D{\textstyle D}
  1. Configurar la matriz de proximidad al cuadradoD(2)=[dij2]{\textstyle D^{(2)}=[d_{ij}^{2}]}
  2. Aplicar doble centrado: utilizando la matriz de centrado , donde es el número de objetos, es la matriz identidad y es una matriz de todos unos.B=12CD(2)C{\textstyle B=-{\frac {1}{2}}CD^{(2)}C}C=I1nJn{\textstyle C=I-{\frac {1}{n}}J_{n}}n{\textstyle n}I{\textstyle I}n×n{\textstyle n\times n}Jn{\textstyle J_{n}}n×n{\textstyle n\times n}
  3. Determinar los autovalores más grandes y los autovectores correspondientes de (donde es el número de dimensiones deseadas para la salida).m{\textstyle m}λ1,λ2,...,λm{\textstyle \lambda _{1},\lambda _{2},...,\lambda _{m}}e1,e2,...,em{\textstyle e_{1},e_{2},...,e_{m}}B{\textstyle B}m{\textstyle m}
  4. Ahora, , donde es la matriz de vectores propios y es la matriz diagonal de valores propios de .X=EmΛm1/2{\textstyle X=E_{m}\Lambda _{m}^{1/2}}Em{\textstyle E_{m}}m{\textstyle m}Λm{\textstyle \Lambda _{m}}m{\textstyle m}B{\textstyle B}
El escalamiento multidimensional clásico (MDS) asume distancias métricas. Por lo tanto, no es aplicable para las calificaciones de disimilitud directa.

Escalamiento multidimensional métrico (mMDS)

Es un superconjunto del MDS clásico que generaliza el procedimiento de optimización a una variedad de funciones de pérdida y matrices de entrada de distancias conocidas con ponderaciones, etc. Una función de pérdida útil en este contexto se denomina estrés , que a menudo se minimiza mediante un procedimiento llamado mayorización de estrés . El MDS métrico minimiza la función de coste denominada "estrés", que es una suma residual de cuadrados:

StressD(x1,x2,...,xn)=ij=1,...,n(dijxixj)2.{\displaystyle {\text{Stress}}_{D}(x_{1},x_{2},...,x_{n})={\sqrt {\sum _{i\neq j=1,...,n}{\bigl (}d_{ij}-\|x_{i}-x_{j}\|{\bigr )}^{2}}}.}

El escalamiento métrico utiliza una transformación de potencia con un exponente controlado por el usuario : y para la distancia. En el escalamiento clásico, el escalamiento no métrico se define mediante el uso de regresión isotónica para estimar de forma no paramétrica una transformación de las disimilitudes.p{\textstyle p}dijp{\textstyle d_{ij}^{p}}dij2p{\textstyle -d_{ij}^{2p}}p=1.{\textstyle p=1.}

Escalamiento multidimensional no métrico (NMDS)

A diferencia del escalamiento multidimensional métrico (MDS métrico), el MDS no métrico encuentra una relación monótona no paramétrica entre las disimilitudes en la matriz ítem-ítem y las distancias euclidianas entre los ítems, y la ubicación de cada ítem en el espacio de baja dimensión.

Sea la disimilitud entre puntos . Sea la distancia euclidiana entre puntos incrustados .dij{\displaystyle d_{ij}}i,j{\displaystyle i,j}d^ij=xixj{\displaystyle {\hat {d}}_{ij}=\|x_{i}-x_{j}\|}xi,xj{\displaystyle x_{i},x_{j}}

Ahora, para cada elección de los puntos incrustados y siendo una función monótonamente creciente , defina la función de "estrés":xi{\displaystyle x_{i}}f{\displaystyle f}

S(x1,...,xn;f)=i<j(f(dij)d^ij)2i<jd^ij2.{\displaystyle S(x_{1},...,x_{n};f)={\sqrt {\frac {\sum _{i<j}{\bigl (}f(d_{ij})-{\hat {d}}_{ij}{\bigr )}^{2}}{\sum _{i<j}{\hat {d}}_{ij}^{2}}}}.}

El factor en el denominador es necesario para evitar un "colapso". Supongamos que definimos en su lugar , entonces se puede minimizar trivialmente estableciendo , y luego colapsamos cada punto al mismo punto.i<jd^ij2{\displaystyle \sum _{i<j}{\hat {d}}_{ij}^{2}}S=i<j(f(dij)d^ij)2{\displaystyle S={\sqrt {\sum _{i<j}{\bigl (}f(d_{ij})-{\hat {d}}_{ij})^{2}}}}f=0{\displaystyle f=0}

Existen varias variantes de esta función de coste. Los programas MDS minimizan automáticamente el estrés para obtener la solución MDS.

El núcleo de un algoritmo MDS no métrico reside en un proceso de optimización doble. En primer lugar, se debe encontrar la transformación monótona óptima de las proximidades. En segundo lugar, los puntos de una configuración deben disponerse de forma óptima, de modo que sus distancias coincidan lo más posible con las proximidades escaladas.

NMDS necesita optimizar dos objetivos simultáneamente. Esto generalmente se hace de forma iterativa:

  1. Inicializar aleatoriamente, por ejemplo, mediante muestreo de una distribución normal.xi{\displaystyle x_{i}}
  2. Hacer hasta que se cumpla un criterio de parada (por ejemplo, ) S<ϵ{\displaystyle S<\epsilon }
    1. Resolver mediante regresión isotónica .f=argminfS(x1,...,xn;f){\displaystyle f=\arg \min _{f}S(x_{1},...,x_{n};f)}
    2. Resuélvalo mediante descenso de gradiente u otros métodos.x1,...,xn=argminx1,...,xnS(x1,...,xn;f){\displaystyle x_{1},...,x_{n}=\arg \min _{x_{1},...,x_{n}}S(x_{1},...,x_{n};f)}
  3. Regresar yxi{\displaystyle x_{i}}f{\displaystyle f}

El análisis del espacio más pequeño (SSA, por sus siglas en inglés) de Louis Guttman es un ejemplo de un procedimiento MDS no métrico.

Escalamiento multidimensional generalizado (GMDS)

Una extensión del escalamiento multidimensional métrico, en el que el espacio objetivo es un espacio no euclidiano suave arbitrario. En los casos en que las disimilitudes son distancias en una superficie y el espacio objetivo es otra superficie, GMDS permite encontrar la incrustación de mínima distorsión de una superficie en otra. [ 5 ]

Escalamiento supermultidimensional (SMDS)

Una extensión del MDS, conocida como Super MDS, incorpora información tanto de distancia como de ángulo para una mejor localización de la fuente. A diferencia del MDS tradicional, que utiliza únicamente mediciones de distancia, Super MDS procesa algebraicamente (sin iteración) los datos de distancia y ángulo de llegada (AOA) para lograr una mayor precisión. [ 6 ]

El método se desarrolla en los siguientes pasos:

  1. Construir el núcleo Gram de aristas reducido: Para una red de fuentes en un espacio de -dimensiones, definimos los vectores de aristas como . La disimilitud viene dada por . Ensamblamos estos en el núcleo completo , y luego formamos el núcleo reducido usando los vectores independientes: ,N{\displaystyle N}η{\displaystyle \eta }vi=xmxn{\displaystyle v_{i}=x_{m}-x_{n}}ki,j=vi,vj{\displaystyle k_{i,j}=\langle v_{i},v_{j}\rangle }K=VVT{\displaystyle K=VV^{T}}N1{\displaystyle N-1}K¯=[V](N1)×η [V](N1)×ηT{\displaystyle {\bar {K}}=[V]_{(N-1)\times \eta }\ [V]_{(N-1)\times \eta }^{T}}
  2. Descomposición propia: Calcule la descomposición propia de ,K¯{\displaystyle {\bar {K}}}
  3. Estimar vectores de borde: Recuperar los vectores de borde como ,V^=(UM×ηΛη×η12)T{\displaystyle {\hat {V}}={\Bigl (}U_{M\times \eta }\,\Lambda _{\eta \times \eta }^{\odot {\frac {1}{2}}}{\Bigr )}^{T}}
  4. Alineación de Procrustes: Recuperar desde mediante la transformación de Procrustes,V^{\displaystyle {\hat {V}}}V{\displaystyle V}
  5. Calcular coordenadas: Resuelve las siguientes ecuaciones lineales para calcular las estimaciones de las coordenadas.(1|01×N1[C]N1×N)(x1[X]N1×η)=(x1[V]N1×η),{\displaystyle {\begin{pmatrix}1\vline \mathbf {0} _{1\times N-1}\\\hline \mathbf {[C]} _{N-1\times N}\end{pmatrix}}\cdot {\begin{pmatrix}\mathbf {x} _{1}\\\hline [\mathbf {X} ]_{N-1\times \eta }\end{pmatrix}}={\begin{pmatrix}\mathbf {x} _{1}\\\hline [\mathbf {V} ]_{N-1\times \eta }\end{pmatrix}},}

Este enfoque conciso reduce la necesidad de múltiples puntos de anclaje y mejora la precisión de la localización aprovechando las restricciones angulares.

Detalles

Los datos a analizar son una colección de objetos (colores, caras, acciones, ... ) sobre los que se define una función de distancia ,M{\displaystyle M}   

di,j:={\displaystyle d_{i,j}:=}distancia entre el -ésimo y el -ésimo objeto.i{\displaystyle i}j{\displaystyle j}

Estas distancias son las entradas de la matriz de disimilitud.

D:=(d1,1d1,2d1,Md2,1d2,2d2,MdM,1dM,2dM,M).{\displaystyle D:={\begin{pmatrix}d_{1,1}&d_{1,2}&\cdots &d_{1,M}\\d_{2,1}&d_{2,2}&\cdots &d_{2,M}\\\vdots &\vdots &&\vdots \\d_{M,1}&d_{M,2}&\cdots &d_{M,M}\end{pmatrix}}.}

El objetivo del MDS es, dado , encontrar vectores tales queD{\displaystyle D}M{\displaystyle M}x1,,xMRN{\displaystyle x_{1},\ldots ,x_{M}\in \mathbb {R} ^{N}}

xixjdi,j{\displaystyle \|x_{i}-x_{j}\|\approx d_{i,j}}para todos ,i,j1,,M{\displaystyle i,j\in {1,\dots ,M}}

donde es una norma vectorial . En el MDS clásico, esta norma es la distancia euclidiana , pero, en un sentido más amplio, puede ser una métrica o una función de distancia arbitraria. [ 7 ] Por ejemplo, cuando se trabaja con datos de tipo mixto que contienen descriptores numéricos y categóricos, la distancia de Gower es una alternativa común.{\displaystyle \|\cdot \|}

En otras palabras, MDS intenta encontrar una correspondencia entre los objetos de manera que se conserven las distancias. Si se elige una dimensión de 2 o 3, podemos representar los vectores para obtener una visualización de las similitudes entre los objetos. Cabe destacar que los vectores no son únicos: con la distancia euclidiana, pueden trasladarse, rotarse y reflejarse arbitrariamente, ya que estas transformaciones no modifican las distancias entre pares de objetos .M{\displaystyle M}RN{\displaystyle \mathbb {R} ^{N}}N{\displaystyle N}xi{\displaystyle x_{i}}M{\displaystyle M}xi{\displaystyle x_{i}}xixj{\displaystyle \|x_{i}-x_{j}\|}

(Nota: El símbolo indica el conjunto de los números reales , y la notación se refiere al producto cartesiano de copias de , que es un espacio vectorial -dimensional sobre el campo de los números reales.)R{\displaystyle \mathbb {R} }RN{\displaystyle \mathbb {R} ^{N}}N{\displaystyle N}R{\displaystyle \mathbb {R} }N{\displaystyle N}

Existen varios enfoques para determinar los vectores . Por lo general, el MDS se formula como un problema de optimización , donde se encuentra como un minimizador de alguna función de costo, por ejemplo,xi{\displaystyle x_{i}}(x1,,xM){\displaystyle (x_{1},\ldots ,x_{M})}

argminx1,,xMi<j(xixjdi,j)2.{\displaystyle {\underset {x_{1},\ldots ,x_{M}}{\mathrm {argmin} }}\sum _{i<j}(\|x_{i}-x_{j}\|-d_{i,j})^{2}.\,}

Una solución puede hallarse entonces mediante técnicas de optimización numérica. Para algunas funciones de coste elegidas específicamente, los minimizadores pueden expresarse analíticamente en términos de descomposiciones de valores propios de matrices . [ 2 ]

Procedimiento

Existen varios pasos para llevar a cabo una investigación sobre el síndrome mielodisplásico (SMD):

  1. Formulación del problema : ¿Qué variables desea comparar? ¿Cuántas variables desea comparar? ¿Para qué propósito se utilizará el estudio?
  2. Obtención de datos de entrada : por ejemplo,  se les hace a los encuestados una serie de preguntas. Para cada par de productos, se les pide que califiquen la similitud (generalmente en una escala Likert de 7 puntos , desde muy similar hasta muy diferente). La primera pregunta podría ser para Coca-Cola/Pepsi, por ejemplo, la siguiente para Coca-Cola/Hires rootbeer, la siguiente para Pepsi/Dr Pepper, la siguiente para Dr Pepper/Hires rootbeer, etc. El número de preguntas es una función del número de marcas y se puede calcular como donde Q es el número de preguntas y N es el número de marcas. Este enfoque se conoce como el " Enfoque directo de datos de percepción". Hay otros dos enfoques. Está el " Enfoque derivado de datos de percepción", en el que los productos se descomponen en atributos que se califican en una escala diferencial semántica . El otro es el "Enfoque de datos de preferencia", en el que se pregunta a los encuestados su preferencia en lugar de la similitud.Q=N(N1)/2{\displaystyle Q=N(N-1)/2}  
  3. Ejecución del programa estadístico MDS : El software para ejecutar el procedimiento está disponible en muchos paquetes de software estadístico. A menudo se puede elegir entre MDS métrico (que trabaja con datos de intervalo o de razón) y MDS no métrico [ 8 ] (que trabaja con datos ordinales).
  4. Determinar el número de dimensiones : El investigador debe decidir el número de dimensiones que desea que el ordenador cree. La interpretabilidad de la solución MDS suele ser importante, y las soluciones de menor dimensión generalmente serán más fáciles de interpretar y visualizar. Sin embargo, la selección de dimensiones también implica equilibrar el subajuste y el sobreajuste. Las soluciones de menor dimensión pueden subajustarse al omitir dimensiones importantes de los datos de disimilitud. Las soluciones de mayor dimensión pueden sobreajustarse al ruido en las mediciones de disimilitud. Por lo tanto, las herramientas de selección de modelos como AIC , BIC , factores de Bayes o validación cruzada pueden ser útiles para seleccionar la dimensionalidad que equilibre el subajuste y el sobreajuste.
  5. Mapeo de resultados y definición de dimensiones : El programa estadístico (o un módulo relacionado) mapeará los resultados. El mapa representará cada producto (generalmente en un espacio bidimensional). La proximidad de los productos entre sí indica su similitud o preferencia, según el enfoque utilizado. Sin embargo, la correspondencia entre las dimensiones de la representación y las dimensiones del comportamiento del sistema no siempre es evidente. En este caso, se puede realizar un juicio subjetivo sobre dicha correspondencia (véase mapeo perceptual ).
  6. Pruebe la fiabilidad y validez de los resultados : calcule el coeficiente de determinación (R²) para determinar qué proporción de la varianza de los datos escalados puede explicarse mediante el procedimiento de escalamiento multidimensional (MDS). Un R² de 0,6 se considera el nivel mínimo aceptable. Un R² de 0,8 se considera bueno para el escalamiento métrico y de 0,9 para el escalamiento no métrico. Otras pruebas posibles son la prueba de estrés de Kruskal, las pruebas de datos divididos, las pruebas de estabilidad de datos (por ejemplo, eliminando una marca) y la fiabilidad test-retest.
  7. Informe los resultados de forma exhaustiva : junto con el mapeo, se deben proporcionar al menos la medida de distancia (por ejemplo, el índice de Sorenson o el índice de Jaccard ) y la fiabilidad (por ejemplo, el valor de estrés). También es muy recomendable indicar el algoritmo (por ejemplo, Kruskal o Mather), que a menudo viene definido por el programa utilizado (a veces sustituyendo el informe del algoritmo), si se ha proporcionado una configuración inicial o se ha realizado una elección aleatoria, el número de ejecuciones, la evaluación de la dimensionalidad, los resultados del método de Monte Carlo , el número de iteraciones, la evaluación de la estabilidad y la varianza proporcional de cada eje (r cuadrado).

Implementaciones

  • ELKI incluye dos implementaciones de MDS.
  • MATLAB incluye dos implementaciones de MDS (para MDS clásico ( cmdscale ) y no clásico ( mdscale ) respectivamente).
  • El lenguaje de programación R ofrece varias implementaciones de MDS, por ejemplo, la función base cmdscale , los paquetes smacof [ 9 ] (mMDS y nMDS) y vegan (MDS ponderado).
  • scikit-learn contiene la función sklearn.manifold.MDS .

Véase también

Referencias

  1. Mead, A (1992). "Revisión del desarrollo de los métodos de escalamiento multidimensional". Journal of the Royal Statistical Society. Serie D (The Statistician) . 41 (1): 27– 39. doi : 10.2307/2348634 . JSTOR 2348634. Resumen. Los métodos de escalamiento multidimensional son ahora una herramienta estadística común en psicofísica y análisis sensorial. Se traza el desarrollo de estos métodos, desde la investigación original de Torgerson (escalamiento métrico), Shepard y Kruskal (escalamiento no métrico) hasta el escalamiento de diferencias individuales y los métodos de máxima verosimilitud propuestos por Ramsay. 
  2. 1 2 3 Borg, I.; Groenen, P. (2005). Escalamiento multidimensional moderno: teoría y aplicaciones (2.ª ed.). Nueva York: Springer-Verlag. pp. 207–212 . ISBN   978-0-387-94845-4.
  3. Genest, Christian; Nešlehová, Johanna G.; Ramsay, James O. (2014). "Una conversación con James O. Ramsay" . International Statistical Review / Revue Internationale de Statistique . 82 (2): 161– 183. JSTOR 43299752. Consultado el 30 de junio de 2021 . 
  4. Wickelmaier, Florian. "Introducción a MDS." Unidad de Investigación de Calidad de Sonido, Universidad de Aalborg, Dinamarca (2003): 46
  5. Bronstein AM, Bronstein MM, Kimmel R (enero de 2006). "Escalado multidimensional generalizado: un marco para la coincidencia de superficies parciales invariante a la isometría" . Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 103 (5): 1168–72 . Bibcode : 2006PNAS..103.1168B . doi : 10.1073/pnas.0508601103 . PMC 1360551. PMID 16432211 .  
  6. de Abreu, GTF; Destino, G. (2007). Super MDS: Localización de la fuente a partir de información de distancia y ángulo . Conferencia IEEE de Comunicaciones Inalámbricas y Redes de 2007. Hong Kong, China. pp. 4430–4434 . doi : 10.1109/WCNC.2007.807 . 
  7. Kruskal, JB y Wish, M. (1978), Escalamiento multidimensional , Serie de documentos universitarios de Sage sobre aplicaciones cuantitativas en las ciencias sociales, 07-011. Beverly Hills y Londres: Sage Publications.
  8. Kruskal, JB (1964). "Escalamiento multidimensional mediante la optimización del ajuste a una hipótesis no métrica". Psychometrika . 29 (1): 1– 27. doi : 10.1007/BF02289565 . S2CID 48165675 . 
  9. Leeuw, Jan de; Mair, Patrick (2009). "Escalamiento multidimensional mediante mayorización: SMACOF en R" . Journal of Statistical Software . 31 (3). doi : 10.18637/jss.v031.i03 . ISSN 1548-7660 . 

Bibliografía

  • Cox, TF; Cox, MAA (2001). "Escalado multidimensional" . En Unwin, A; Chen, C; Hardle, WK (eds.). Manual de visualización de datos . Springer. doi : 10.1007/978-3-540-33037-0_14 . ISBN 978-3-540-33037-0.
  • Coxon, Anthony PM (1982). Guía del usuario para el escalamiento multidimensional. Con especial referencia a la biblioteca de programas informáticos MDS(X) . Londres: Heinemann Educational Books.
  • Green, P. (enero de 1975). "Aplicaciones de marketing de MDS: evaluación y perspectivas". Journal of Marketing . 39 (1): 24– 31. doi : 10.2307/1250799 . JSTOR 1250799 . 
  • McCune, B. y Grace, JB (2002). Análisis de comunidades ecológicas . Oregón, Gleneden Beach: MjM Software Design. ISBN 978-0-9721290-0-8.
  • Young, Forrest W. (1987). Escalamiento multidimensional: Historia, teoría y aplicaciones . Lawrence Erlbaum Associates. ISBN 978-0898596632.
  • Torgerson, Warren S. (1958). Teoría y métodos de escalamiento . Nueva York: Wiley. ISBN 978-0-89874-722-5.{{cite book}}: ISBN / Date incompatibility (help)
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