Articulo de referencia

Mutación puntual

Mutaciones puntuales de un codón, clasificadas según su impacto en la secuencia de proteínas. Esquema de una molécula de ARN monocatenario que ilustra una serie de codones de tr...

Mutaciones puntuales de un codón, clasificadas según su impacto en la secuencia de proteínas.
Esquema de una molécula de ARN monocatenario que ilustra una serie de codones de tres bases . Cada codón de tres nucleótidos corresponde a un aminoácido cuando se traduce a proteína. Cuando uno de estos codones se modifica por una mutación puntual, el aminoácido correspondiente de la proteína cambia.
Mutación puntual de A a G detectada mediante secuenciación de Sanger.

Una mutación puntual es una mutación genética en la que se cambia, inserta o elimina una sola base nucleotídica de una secuencia de ADN o ARN del genoma de un organismo. [ 1 ] Las mutaciones puntuales tienen diversos efectos sobre la proteína resultante, consecuencias que son moderadamente predecibles según las características específicas de la mutación. Estas consecuencias pueden variar desde ningún efecto (p. ej., mutaciones sinónimas ) hasta efectos perjudiciales (p. ej., mutaciones con cambio de marco de lectura ), en lo que respecta a la producción, composición y función de la proteína.

Causas

Las mutaciones puntuales suelen producirse durante la replicación del ADN . La replicación del ADN ocurre cuando una molécula de ADN de doble cadena crea dos cadenas simples, cada una de las cuales sirve de plantilla para la creación de la cadena complementaria. Una sola mutación puntual puede cambiar toda la secuencia de ADN. El cambio de una purina o pirimidina puede modificar el aminoácido que codifican los nucleótidos .

Las mutaciones puntuales pueden surgir de mutaciones espontáneas que ocurren durante la replicación del ADN . La tasa de mutación puede incrementarse por la acción de mutágenos . Estos pueden ser físicos, como la radiación ultravioleta , los rayos X o el calor extremo, o químicos (moléculas que desplazan pares de bases o alteran la estructura helicoidal del ADN). Los mutágenos asociados al cáncer se estudian con frecuencia para comprender mejor esta enfermedad y su prevención.

Existen diversas formas en que pueden ocurrir mutaciones puntuales. En primer lugar, la luz ultravioleta (UV) y la luz de alta frecuencia tienen capacidad ionizante, lo que puede afectar al ADN. Las moléculas reactivas de oxígeno con radicales libres, subproductos del metabolismo celular, también pueden ser muy dañinas para el ADN. Estos reactivos pueden provocar roturas tanto de cadena simple como de doble cadena. En tercer lugar, los enlaces del ADN se degradan con el tiempo, lo que dificulta mantener su integridad. También pueden producirse errores de replicación que dan lugar a mutaciones por sustitución, inserción o deleción.

Categorización

Categorización de transición/transversión

Transiciones (Alfa) y transversiones (Beta).

En 1959, Ernst Freese acuñó los términos "transiciones" o "transversiones" para clasificar los diferentes tipos de mutaciones puntuales. [ 2 ] [ 3 ] Las transiciones son la sustitución de una base púrica por otra purina o la sustitución de una pirimidina por otra pirimidina. Las transversiones son la sustitución de una purina por una pirimidina o viceversa. Existe una diferencia sistemática en las tasas de mutación para las transiciones (Alfa) y las transversiones (Beta). Las mutaciones de transición son aproximadamente diez veces más comunes que las transversiones.

Categorización funcional

Las mutaciones sin sentido incluyen la ganancia de codón de parada y la pérdida de codón de inicio. La ganancia de codón de parada es una mutación que resulta en un codón de terminación prematuro ( se ganó un codón de parada ), lo que indica el final de la traducción. Esta interrupción provoca que la proteína se acorte anormalmente. El número de aminoácidos perdidos media el impacto en la funcionalidad de la proteína y si funcionará en absoluto. [ 4 ] La pérdida de codón de parada es una mutación en el codón de terminación original ( se perdió un codón de parada ), lo que resulta en una extensión anormal del extremo carboxilo de una proteína. La ganancia de codón de inicio crea un codón de inicio AUG corriente arriba del sitio de inicio original. Si el nuevo AUG está cerca del sitio de inicio original, en fase dentro del transcrito procesado y corriente abajo de un sitio de unión ribosomal, puede usarse para iniciar la traducción. El efecto probable es la adición de aminoácidos adicionales al extremo amino de la proteína original. Las mutaciones de cambio de marco también son posibles en las mutaciones de ganancia de codón de inicio, pero generalmente no afectan la traducción de la proteína original. La pérdida de inicio es una mutación puntual en el codón de inicio AUG de una transcripción, que da como resultado la reducción o eliminación de la producción de proteínas.

Las mutaciones de sentido erróneo codifican para un aminoácido diferente. Una mutación de sentido erróneo cambia un codón de modo que se crea una proteína diferente, un cambio no sinónimo. [ 4 ] Las mutaciones conservativas dan como resultado un cambio de aminoácido. Sin embargo, las propiedades del aminoácido permanecen iguales (por ejemplo, hidrofóbico, hidrofílico, etc.) A veces, un cambio en un aminoácido en la proteína no es perjudicial para el organismo en su conjunto. La mayoría de las proteínas pueden soportar una o dos mutaciones puntuales antes de que cambie su función. Las mutaciones no conservativas dan como resultado un cambio de aminoácido que tiene propiedades diferentes al tipo silvestre . La proteína puede perder su función, lo que puede dar como resultado una enfermedad en el organismo. Por ejemplo, la enfermedad de células falciformes es causada por una sola mutación puntual (una mutación de sentido erróneo) en el gen de la beta- hemoglobina que convierte un codón GAG en GUG, que codifica el aminoácido valina en lugar de ácido glutámico . La proteína también puede presentar una "ganancia de función" o activarse, como ocurre con la mutación que cambia una valina por ácido glutámico en el gen BRAF ; esto conduce a la activación de la proteína RAF, lo que provoca una señalización proliferativa ilimitada en las células cancerosas. [ 5 ] Ambos son ejemplos de una mutación no conservadora (de sentido erróneo).

Las mutaciones silenciosas codifican el mismo aminoácido (una " sustitución sinónima "). Una mutación silenciosa no afecta el funcionamiento de la proteína . Puede cambiar un solo nucleótido, pero el nuevo codón especifica el mismo aminoácido, lo que da como resultado una proteína no mutada. Este tipo de cambio se denomina cambio sinónimo, ya que el codón antiguo y el nuevo codifican el mismo aminoácido. Esto es posible porque 64 codones especifican solo 20 aminoácidos. Sin embargo, diferentes codones pueden dar lugar a diferentes niveles de expresión proteica. [ 4 ]

Inserciones y deleciones de pares de bases individuales

A veces, el término mutación puntual se utiliza para describir inserciones o deleciones de un solo par de bases (lo cual tiene un efecto más adverso en la proteína sintetizada debido a que los nucleótidos aún se leen en tripletes, pero en diferentes marcos de lectura: una mutación llamada mutación de cambio de marco de lectura ). [ 4 ]

Consecuencias generales

Las mutaciones puntuales que ocurren en secuencias no codificantes suelen ser asintomáticas, aunque existen excepciones. Si el par de bases mutado se encuentra en la secuencia promotora de un gen, la expresión de este puede verse alterada. Asimismo, si la mutación se produce en el sitio de empalme de un intrón , puede interferir con el correcto empalme del pre-ARNm transcrito .

Al alterar un solo aminoácido, el péptido completo puede cambiar, modificando así toda la proteína. La nueva proteína se denomina variante proteica . Si la proteína original interviene en la reproducción celular, esta mutación puntual puede alterar por completo el proceso de reproducción celular de este organismo.

Las mutaciones puntuales en la línea germinal pueden dar lugar a rasgos beneficiosos o perjudiciales, así como a enfermedades. Esto conlleva adaptaciones en función del entorno en el que vive el organismo. Una mutación ventajosa puede conferir una ventaja a dicho organismo y propiciar la transmisión del rasgo de generación en generación, mejorando y beneficiando a toda la población. La teoría científica de la evolución depende en gran medida de las mutaciones puntuales en las células . Esta teoría explica la diversidad y la historia de los organismos vivos en la Tierra. En relación con las mutaciones puntuales, establece que las mutaciones beneficiosas permiten al organismo prosperar y reproducirse, transmitiendo así sus genes mutados con efectos positivos a la siguiente generación. Por otro lado, las mutaciones perjudiciales provocan la muerte del organismo o reducen su capacidad de reproducción, en un fenómeno conocido como selección natural .

Existen diferentes efectos a corto y largo plazo que pueden surgir de las mutaciones. Algunos efectos menores incluyen la interrupción del ciclo celular en varios puntos. Esto significa que un codón que codifica el aminoácido glicina puede cambiarse a un codón de parada, lo que provoca que las proteínas que deberían haberse producido se deformen y no puedan completar sus funciones. Dado que las mutaciones pueden afectar al ADN y, por lo tanto, a la cromatina , pueden impedir la mitosis debido a la falta de un cromosoma completo. También pueden surgir problemas durante los procesos de transcripción y replicación del ADN. Todo esto impide la reproducción celular y, por lo tanto, conduce a la muerte celular. Los efectos a largo plazo pueden incluir un cambio permanente en un cromosoma, lo que puede dar lugar a una mutación. Estas mutaciones pueden ser beneficiosas o perjudiciales. El cáncer es un ejemplo de cómo pueden ser perjudiciales. [ 6 ]

Otros efectos de las mutaciones puntuales, o polimorfismos de un solo nucleótido en el ADN, dependen de la ubicación de la mutación dentro del gen. Por ejemplo, si la mutación ocurre en la región del gen responsable de la codificación, la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada puede alterarse, causando un cambio en la función, la localización de la proteína, la estabilidad de la proteína o del complejo proteico. Se han propuesto muchos métodos para predecir los efectos de las mutaciones de sentido erróneo en las proteínas. Los algoritmos de aprendizaje automático entrenan sus modelos para distinguir las mutaciones conocidas asociadas a enfermedades de las mutaciones neutras, mientras que otros métodos no entrenan explícitamente sus modelos, pero casi todos explotan la conservación evolutiva asumiendo que los cambios en posiciones conservadas tienden a ser más perjudiciales. Si bien la mayoría de los métodos proporcionan una clasificación binaria de los efectos de las mutaciones en dañinos y benignos, se necesita un nuevo nivel de anotación para ofrecer una explicación de por qué y cómo estas mutaciones dañan las proteínas. [ 7 ]

Además, si la mutación se produce en la región del gen donde la maquinaria transcripcional se une a la proteína, puede afectar la unión de los factores de transcripción, ya que se alterarán las secuencias cortas de nucleótidos reconocidas por estos. Las mutaciones en esta región pueden afectar la eficiencia de la transcripción génica, lo que a su vez puede alterar los niveles de ARNm y, por consiguiente, los niveles de proteína en general.

Las mutaciones puntuales pueden tener diversos efectos en el comportamiento y la reproducción de una proteína, dependiendo de su ubicación en la secuencia de aminoácidos. Si la mutación se produce en la región del gen responsable de la codificación de la proteína, el aminoácido puede alterarse. Este ligero cambio en la secuencia de aminoácidos puede modificar la función y la activación de la proteína (es decir, su interacción con una enzima específica), su localización celular o la cantidad de energía libre almacenada en ella.

Si la mutación ocurre en la región del gen donde la maquinaria transcripcional se une a la proteína, puede afectar la forma en que los factores de transcripción se unen a ella. Los mecanismos de transcripción se unen a una proteína mediante el reconocimiento de secuencias cortas de nucleótidos. Una mutación en esta región puede alterar estas secuencias y, por lo tanto, cambiar la forma en que los factores de transcripción se unen a la proteína. Las mutaciones en esta región pueden afectar la eficiencia de la transcripción génica, que controla tanto los niveles de ARNm como los niveles totales de proteína. [ 8 ]

Enfermedades específicas causadas por mutaciones puntuales

Las mutaciones puntuales —cambios de una sola base en la secuencia de ADN— son una de las causas moleculares más comunes de enfermedades humanas. Al alterar un solo nucleótido, estas mutaciones pueden sustituir un aminoácido por otro, introducir codones de parada prematuros o interrumpir las señales de empalme normales. Dependiendo de dónde se produzcan y cómo afecten a la proteína codificada, las mutaciones puntuales pueden anular la actividad enzimática, desestabilizar dominios estructurales o perjudicar las interacciones reguladoras. En muchos trastornos hereditarios, una sola sustitución de sentido erróneo o sin sentido es suficiente para desencadenar una cascada de fallos bioquímicos, que dan lugar a síntomas de aparición temprana o de por vida. En el cáncer, las mutaciones puntuales somáticas pueden inactivar genes supresores de tumores o hiperactivar oncogenes, impulsando el crecimiento celular descontrolado.

En el panorama genético humano, se han catalogado miles de afecciones causadas por mutaciones puntuales, desde trastornos relativamente comunes como la anemia falciforme y la fibrosis quística hasta síndromes extremadamente raros que afectan solo a un puñado de familias en todo el mundo. Si bien cada enfermedad tiene sus propios detalles fisiopatológicos, comparten un tema común: un cambio localizado con precisión en la secuencia genética puede comprometer la función de las proteínas de una manera que ningún reordenamiento cromosómico mayor o alteración del número de copias podría. Dado que las mutaciones puntuales suelen ser susceptibles de pruebas genéticas dirigidas, también ponen de manifiesto cómo el diagnóstico molecular y las terapias personalizadas (por ejemplo, moléculas pequeñas que estabilizan una enzima mutante) dependen de conocer con exactitud qué codón está alterado. Aunque los siguientes ejemplos ilustran la diversidad de trastornos mediados por mutaciones puntuales, existen más de 300 000 mutaciones de este tipo registradas en HGMD y más de 1 000 000 de variantes en ClinVar, lo que refleja el vasto espectro de mutaciones puntuales humanas. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]

Cáncer

Las mutaciones puntuales en múltiples proteínas supresoras de tumores causan cáncer . Por ejemplo, las mutaciones puntuales en la poliposis adenomatosa del colon promueven la tumorigénesis. [ 12 ] Un nuevo ensayo, la proteólisis paralela rápida (FASTpp) , podría ayudar a la detección rápida de defectos de estabilidad específicos en pacientes con cáncer. [ 13 ]

Neurofibromatosis

La neurofibromatosis es causada por mutaciones puntuales en el gen de la neurofibromina 1 [ 14 ] [ 15 ] o neurofibromina 2. [ 16 ]

Anemia falciforme

La anemia falciforme está causada por una mutación puntual en la cadena β-globina de la hemoglobina, que provoca la sustitución del aminoácido hidrofílico ácido glutámico por el aminoácido hidrofóbico valina en la sexta posición.

El gen de la β-globina se encuentra en el brazo corto del cromosoma 11. La asociación de dos subunidades de α-globina de tipo silvestre con dos subunidades de β-globina mutantes forma la hemoglobina S (HbS). En condiciones de bajo oxígeno (por ejemplo, a gran altitud), la ausencia de un aminoácido polar en la posición seis de la cadena de β-globina promueve la polimerización no covalente (agregación) de la hemoglobina, lo que deforma los glóbulos rojos dándoles forma de hoz y disminuye su elasticidad. [ 17 ]

La hemoglobina es una proteína que se encuentra en los glóbulos rojos y es responsable del transporte de oxígeno por todo el cuerpo. [ 18 ] Hay dos subunidades que componen la proteína hemoglobina: beta-globinas y alfa-globinas . [ 19 ] La beta-hemoglobina se crea a partir de la información genética del gen HBB, o "hemoglobina beta", que se encuentra en el cromosoma 11p15.5. [ 20 ] Una sola mutación puntual en esta cadena polipeptídica, que tiene 147 aminoácidos de longitud, da como resultado la enfermedad conocida como anemia falciforme. [ 21 ] La anemia falciforme es un trastorno autosómico recesivo que afecta a 1 de cada 500 afroamericanos y es uno de los trastornos sanguíneos más comunes en los Estados Unidos. [ 20 ] La sustitución de un solo aminoácido en la beta-globina, el ácido glutámico, por valina da como resultado glóbulos rojos deformados. Estas células con forma de hoz no pueden transportar tanto oxígeno como los glóbulos rojos normales y se atascan con mayor facilidad en los capilares, interrumpiendo el suministro de sangre a los órganos vitales. El cambio de un solo nucleótido en la beta-globina significa que incluso el menor esfuerzo por parte del portador produce dolor intenso e incluso un infarto. A continuación se muestra una tabla que representa los primeros trece aminoácidos de la cadena polipeptídica normal y anormal de la célula falciforme . [ 21 ]

Enfermedad de Tay-Sachs

La enfermedad de Tay-Sachs se debe a un defecto genético que se transmite de padres a hijos. Este defecto genético se localiza en el gen HEXA, que se encuentra en el cromosoma 15.

El gen HEXA codifica parte de una enzima llamada beta-hexosaminidasa A, que desempeña un papel fundamental en el sistema nervioso. Esta enzima ayuda a descomponer una sustancia grasa denominada gangliósido GM2 en las células nerviosas. Las mutaciones en el gen HEXA alteran la actividad de la beta-hexosaminidasa A, impidiendo la descomposición de las sustancias grasas. Como consecuencia, estas sustancias se acumulan hasta alcanzar niveles letales en el cerebro y la médula espinal. La acumulación de gangliósido GM2 provoca un daño progresivo en las células nerviosas. Esta es la causa de los signos y síntomas de la enfermedad de Tay-Sachs. [ 22 ]

Mutación puntual inducida por repetición

En biología molecular , la mutación puntual inducida por repetición o RIP es un proceso por el cual el ADN acumula mutaciones de transición de G : C a A : T . La evidencia genómica indica que la RIP ocurre o ha ocurrido en una variedad de hongos [ 23 ], mientras que la evidencia experimental indica que la RIP es activa en Neurospora crassa , [ 24 ] Podospora anserina , [ 25 ] Magnaporthe grisea , [ 26 ] Leptosphaeria maculans , [ 27 ] Gibberella zeae , [ 28 ] Nectria haematococca [ 29 ] y Paecilomyces variotii . [ 30 ] En Neurospora crassa , las secuencias mutadas por RIP a menudo se metilan de novo . [ 24 ]

La RIP ocurre durante la etapa sexual en núcleos haploides después de la fertilización pero antes de la replicación del ADN meiótico . [ 24 ] En Neurospora crassa , las secuencias repetidas de al menos 400 pares de bases de longitud son vulnerables a la RIP. Las repeticiones con tan solo un 80% de identidad de nucleótidos también pueden estar sujetas a la RIP. Aunque el mecanismo exacto de reconocimiento de repeticiones y mutagénesis no se comprende bien, la RIP da como resultado secuencias repetidas que experimentan múltiples mutaciones de transición .

Las mutaciones RIP no parecen limitarse a secuencias repetidas. De hecho, por ejemplo, en el hongo fitopatógeno L. maculans , se encuentran mutaciones RIP en regiones de copia única, adyacentes a los elementos repetidos. Estas regiones son regiones no codificantes o genes que codifican pequeñas proteínas secretadas, incluidos genes de avirulencia. El grado de RIP dentro de estas regiones de copia única fue proporcional a su proximidad a los elementos repetitivos. [ 31 ]

Rep y Kistler han especulado que la presencia de regiones altamente repetitivas que contienen transposones puede promover la mutación de genes efectores residentes. [ 32 ] Por lo tanto, se sugiere que la presencia de genes efectores dentro de dichas regiones promueve su adaptación y diversificación cuando se exponen a una fuerte presión selectiva. [ 33 ]

Como tradicionalmente se observa que la mutación RIP se restringe a regiones repetitivas y no a regiones de copia única, Fudal et al. [ 34 ] sugirieron que la fuga de la mutación RIP podría ocurrir a una distancia relativamente corta de una repetición afectada por RIP. De hecho, esto se ha informado en N. crassa , donde se detectó fuga de RIP en secuencias de copia única al menos a 930 pb del límite de secuencias duplicadas vecinas. [ 35 ] Para dilucidar el mecanismo de detección de secuencias repetidas que conducen a RIP, puede permitir comprender cómo las secuencias flanqueantes también pueden verse afectadas.

Mecanismo

RIP causa mutaciones de transición de G : C a A : T dentro de repeticiones; sin embargo, se desconoce el mecanismo que detecta las secuencias repetidas. RID es la única proteína conocida esencial para RIP. Es una proteína similar a la ADN metiltransferasa, que cuando muta o se elimina resulta en la pérdida de RIP. [ 36 ] La deleción del homólogo de rid en Aspergillus nidulans , dmtA , resulta en pérdida de fertilidad [ 37 ] mientras que la deleción del homólogo de rid en Ascobolus divens , masc1 , resulta en defectos de fertilidad y pérdida de la metilación inducida premeióticamente (MIP) . [ 38 ]

Consecuencias

Se cree que RIP evolucionó como un mecanismo de defensa contra los elementos transponibles , que se asemejan a parásitos al invadir y multiplicarse dentro del genoma. RIP genera múltiples mutaciones de cambio de sentido y sin sentido en la secuencia codificante. Esta hipermutación de GC a AT en secuencias repetitivas elimina los productos génicos funcionales de la secuencia (si es que existían). Además, muchos de los nucleótidos que contienen citosina se metilan , lo que disminuye la transcripción.

Uso en biología molecular

Debido a la gran eficiencia de RIP para detectar y mutar repeticiones, los biólogos que trabajan con Neurospora crassa la han utilizado como herramienta para la mutagénesis . Primero, se introduce una segunda copia de un gen de copia única en el genoma . El hongo debe entonces aparearse y completar su ciclo sexual para activar la maquinaria RIP. Se obtienen muchas mutaciones diferentes dentro del gen duplicado incluso con un solo evento de fertilización, de modo que se pueden obtener alelos inactivados, generalmente debido a mutaciones sin sentido , así como alelos que contienen mutaciones de sentido erróneo . [ 39 ]

Historia

El proceso de reproducción celular de la meiosis fue descubierto por Oscar Hertwig en 1876. La mitosis fue descubierta varios años después, en 1882, por Walther Flemming .

Hertwig estudió erizos de mar y observó que cada óvulo contenía un núcleo antes de la fecundación y dos después. Este descubrimiento demostró que un espermatozoide podía fecundar un óvulo y, por lo tanto, probó el proceso de meiosis. Hermann Fol continuó la investigación de Hertwig probando los efectos de inyectar varios espermatozoides en un óvulo y descubrió que el proceso no funcionaba con más de un espermatozoide. [ 40 ]

Flemming comenzó su investigación sobre la división celular en 1868. El estudio de las células era un tema cada vez más popular en ese período. Para 1873, Schneider ya había comenzado a describir las etapas de la división celular. Flemming amplió esta descripción en 1874 y 1875, explicando las etapas con mayor detalle. También rebatió los hallazgos de Schneider sobre la separación del núcleo en estructuras alargadas, sugiriendo que en realidad el núcleo se dividía en filamentos que, a su vez, se separaban. Flemming concluyó que las células se replican mediante la división celular, más específicamente, la mitosis. [ 41 ]

A Matthew Meselson y Franklin Stahl se les atribuye el descubrimiento de la replicación del ADN . Watson y Crick reconocieron que la estructura del ADN indicaba la existencia de algún tipo de proceso de replicación. Sin embargo, no se realizó mucha investigación sobre este aspecto del ADN hasta después de Watson y Crick. Se consideraron todos los métodos posibles para determinar el proceso de replicación del ADN, pero ninguno tuvo éxito hasta Meselson y Stahl. Meselson y Stahl introdujeron un isótopo pesado en una muestra de ADN y rastrearon su distribución. Mediante este experimento, Meselson y Stahl pudieron demostrar que el ADN se reproduce de forma semiconservativa. [ 42 ]

Véase también

Referencias

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