Articulo de referencia

Información mínima sobre un experimento de simulación

logotipo de MIASE La información mínima sobre un experimento de simulación ( MIASE ) [ 1 ] es una lista del conjunto común de información que un modelador necesita para permitir...

logotipo de MIASE

La información mínima sobre un experimento de simulación ( MIASE ) [ 1 ] es una lista del conjunto común de información que un modelador necesita para permitir la ejecución y reproducción de un experimento de simulación numérica, derivado de un conjunto dado de modelos cuantitativos.

MIASE es un proyecto registrado del MIBBI (Información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas). [ 2 ]

Historia

El proyecto MIASE fue lanzado en 2007 por Dagmar Köhn y Nicolas Le Novère y presentado por primera vez en la 12.ª Reunión del Foro SBML en octubre de 2007. Desde entonces, MIASE se ha debatido en diversas reuniones, no solo dentro de la comunidad SBML . MIASE se ha convertido en un esfuerzo comunitario que involucra a personas de diversas comunidades de estandarización, así como a desarrolladores de herramientas de simulación. En abril de 2009, MIASE formó parte del " Super-Taller 2009 de CellML , SBGN , SBO , BioPAX y MIASE ".

Las directrices

Las Directrices MIASE se componen de las siguientes partes: Información sobre los modelos a utilizar, información sobre los pasos de la simulación e información sobre los resultados:

Información sobre los modelos a utilizar

Todos los modelos utilizados en el experimento deben estar identificados, ser accesibles y estar completamente descritos.

  1. La descripción del experimento de simulación debe proporcionarse junto con los modelos necesarios para el experimento, o con una forma precisa e inequívoca de acceder a dichos modelos.
  2. Los modelos necesarios para las simulaciones deben incluir todas las ecuaciones que los rigen, los valores de los parámetros y las condiciones necesarias (estado inicial y/o condiciones de contorno).
  3. Si un modelo no está codificado en un formato estándar, el código del modelo debe estar disponible para el usuario. Si un modelo no está codificado en un formato o código abierto, debe proporcionarse su descripción completa, suficiente para su reimplementación.
  4. Cualquier modificación de un modelo (preprocesamiento) necesaria antes de la ejecución de un paso del experimento de simulación debe describirse.

Información sobre los pasos de la simulación

Debe proporcionarse una descripción precisa de los pasos de la simulación y demás procedimientos utilizados en el experimento.

  1. Todos los pasos de la simulación deben describirse claramente, incluyendo los algoritmos de simulación que se utilizarán, los modelos sobre los que se aplicará cada simulación, el orden de los pasos de la simulación y el procesamiento de datos que se realizará entre los pasos de la simulación.
  2. Toda la información necesaria para la correcta implementación de los pasos de simulación requeridos debe incluirse mediante descripciones precisas o referencias a fuentes de información inequívocas.
  3. Si un paso de simulación se realiza utilizando un programa informático cuyo código fuente no está disponible, se debe proporcionar toda la información necesaria para reproducir la simulación, y no solo repetirla, incluidos los algoritmos utilizados por el software original y cualquier información necesaria para implementarlos, como los métodos de discretización e integración.
  4. Si se sabe que un paso de la simulación producirá resultados diferentes cuando se realice en un entorno de simulación distinto o en una plataforma computacional distinta, se debe explicar cómo se debe ejecutar el modelo con el entorno/plataforma especificado para lograr el objetivo del experimento.

Información sobre la salida

Se deberá proporcionar toda la información necesaria para obtener los resultados numéricos deseados.

  1. Todos los pasos de posprocesamiento aplicados a los resultados numéricos brutos de las simulaciones para generar los resultados finales deben describirse detalladamente. Esto incluye la identificación de los datos a procesar, el orden en que se aplicaron los cambios y la naturaleza de dichos cambios.
  2. Si las conclusiones esperadas dependen de la relación entre diferentes resultados, como por ejemplo la representación gráfica de uno frente a otro, es necesario especificar los resultados que se van a comparar.

Véase también

  • publicación MIASE
  • SED-ML: una implementación de las directrices MIASE.
  • KiSAO: una ontología para algoritmos de simulación cinética

Referencias

  1. D. Waltemath; Richard Adams; Daniel A. Beard; rank T. Bergmann; Upinder S. Bhalla; Randall Britten; Vijayalakshmi Chelliah; Michael T. Cooling; Jonathan Cooper; Edmund J. Crampin; Alan Garny; Stefan Hoops; Michael Hucka; Peter Hunter; Edda Klipp; Camille Laibe; Andrew K. Miller; Ion Moraru; David Nickerson; Poul Nielsen; Macha Nikolski; Sven Sahle; Herbert M. Sauro; Henning Schmidt; Jacky L. Snoep; Dominic Tolle; Olaf Wolkenhauer; Nicolas Le Novère (2011). "Información mínima sobre un experimento de simulación (MIASE)" . PLOS Computational Biology . 7 (4) e1001122. Bibcode : 2011PLSCB...7E1122W . doi : 10.1371/ journal.pcbi.1001122 . PMC 3084216. PMID 21552546 .  
  2. http://www.mibbi.org/ Información mínima para investigaciones biológicas y biomédicas