Hispanopedia WikiLos estándares mínimos de información son conjuntos de directrices y formatos para la presentación de informes de datos derivados de métodos específicos de alto rendimiento. Su propósito es garantizar que los datos generados por estos métodos puedan ser verificados, analizados e interpretados fácilmente por la comunidad científica en general . En última instancia, facilitan la transferencia de datos de artículos de revistas ( datos no estructurados ) a bases de datos (datos estructurados) en un formato que permite la minería de datos en múltiples conjuntos de datos. Existen estándares mínimos de información para una amplia variedad de tipos de experimentos, incluyendo microarrays ( MIAME ), secuenciación de ARN ( MINSEQE ), metabolómica (MSI) y proteómica ( MIAPE ). [ 1 ]
Los estándares mínimos de información suelen constar de dos partes. En primer lugar, existe un conjunto de requisitos de presentación de informes, generalmente presentados en forma de tabla o lista de verificación. En segundo lugar, existe un formato de datos. La información sobre un experimento debe convertirse al formato de datos apropiado para su envío a la base de datos correspondiente. En el caso de MIAME , el formato de datos se proporciona en formato de hoja de cálculo (MAGE-TAB). Algunas de las comunidades que mantienen estándares mínimos de información también proporcionan herramientas para ayudar a los investigadores experimentales a anotar sus datos. [ 1 ]
Estándares de MI
Los estándares mínimos de información individuales son aportados por comunidades de especialistas interdisciplinarios centrados en la problemática del método específico utilizado en biología experimental. Estos estándares especifican qué información sobre los experimentos ( metadatos ) es crucial e importante reportar junto con los datos resultantes para que sean completos. [ 2 ] [ 3 ] La necesidad de esta estandarización se debe en gran medida al desarrollo de métodos experimentales de alto rendimiento que generan enormes cantidades de datos. El desarrollo de estándares mínimos de información para diferentes métodos se armoniza desde 2008 mediante el proyecto "Información Mínima sobre una Investigación Biomédica o Biológica" (MIBBI). [ 4 ]
MIAPPE, Información mínima sobre un experimento de fenotipado de plantas
MIAPPE es un proyecto abierto, impulsado por la comunidad, para armonizar los datos de experimentos de fenotipado de plantas. MIAPPE comprende una lista de verificación conceptual de metadatos necesarios para describir adecuadamente un experimento de fenotipado de plantas.
MIQE, Información mínima para la publicación de experimentos de PCR cuantitativa en tiempo real
Publicadas en 2009, estas directrices constituyen la base de los requisitos de muchas revistas para la presentación de datos de qPCR; lamentablemente, no se siguen lo suficiente. [ 5 ]
MIAME, microarrays de expresión génica
La Información Mínima sobre un Experimento de Microarrays (MIAME) [ 3 ] describe la Información Mínima sobre un Experimento de Microarrays necesaria para permitir la interpretación inequívoca de los resultados del experimento y, potencialmente, su reproducción. Su objetivo es facilitar la difusión de datos de experimentos de microarrays. Fue publicada por la Sociedad FGED en 2001 y fue el primer estándar de información mínima publicado para experimentos de alto rendimiento en ciencias de la vida.
MIAME contiene varias extensiones para abarcar dominios biológicos específicos, como MIAME-env, MIAME-nut y MIAME-tox, que cubren la genómica ambiental, la genómica nutricional y la toxogenómica, respectivamente.
MINI: Información mínima sobre una investigación en neurociencia
MINI: Electrofisiología
La electrofisiología es una tecnología utilizada para estudiar las propiedades eléctricas de las células y los tejidos biológicos. Generalmente, la electrofisiología implica la medición de cambios de voltaje o flujos de corriente eléctrica en una amplia variedad de escalas, desde proteínas de canales iónicos individuales hasta tejidos completos. Este documento es un módulo único, que forma parte de la familia de documentos de directrices para la presentación de informes de Información Mínima sobre una Investigación en Neurociencia (MINI), elaborados mediante consulta a la comunidad y disponibles continuamente para comentarios públicos. Un módulo MINI representa la información mínima que debe reportarse sobre un conjunto de datos para facilitar el acceso computacional y el análisis, permitiendo al lector interpretar y evaluar críticamente los procesos realizados y las conclusiones alcanzadas, así como respaldar su corroboración experimental. En la práctica, un módulo MINI comprende una lista de verificación de la información que debe proporcionarse (por ejemplo, sobre los protocolos empleados) cuando se describe un conjunto de datos para su publicación. La especificación completa del módulo MINI se puede encontrar aquí. [ 6 ]
MIARE, experimento de ARN de interferencia
La Guía de Información Mínima sobre un Experimento de ARN de Interferencia (MIARE, por sus siglas en inglés) es una directriz para la presentación de informes de datos que describe la información mínima que debe reportarse sobre un experimento de ARN de interferencia para permitir la interpretación y reproducción inequívocas de los resultados.
MIACA, ensayo basado en células
Los avances en genómica y genómica funcional han posibilitado análisis a gran escala de la función de genes y proteínas mediante análisis biológicos celulares de alto rendimiento. De este modo, las células en cultivo pueden ser alteradas in vitro y los efectos inducidos pueden registrarse y analizarse. Las alteraciones pueden desencadenarse de diversas maneras, por ejemplo, mediante moléculas (siRNA, construcciones de expresión, pequeños compuestos químicos, ligandos para receptores, etc.), a través de estrés ambiental (como cambios de temperatura, privación de suero, privación de oxígeno, etc.) o combinaciones de estos. Las respuestas celulares a dichas alteraciones se analizan para identificar eventos moleculares en los procesos biológicos implicados y comprender los principios biológicos. Proponemos la Información Mínima sobre un Ensayo Celular (MIACA) para la descripción de ensayos celulares, y CA-OM, el modelo modular de objetos para ensayos celulares, para facilitar el intercambio de datos e información complementaria, así como para comparar e integrar datos procedentes de enfoques diferentes, aunque complementarios, y para dilucidar principios de orden superior. Los documentos que describen MIACA están disponibles y proporcionan información adicional, así como la lista de verificación de los términos que deben notificarse.
MIAPE, experimentos proteómicos
Los documentos de Información Mínima sobre un Experimento Proteómico describen la información que debe proporcionarse junto con un experimento proteómico. El documento principal describe los procesos y principios que sustentan el desarrollo de una serie de documentos específicos del dominio que ahora abarcan todos los aspectos de un flujo de trabajo de proteómica basado en espectrometría de masas.
MIMIx, interacciones moleculares
Este documento ha sido desarrollado y mantenido por el grupo de trabajo de Interacción Molecular del HUPO-PSI (www.psidev.info) y describe la información mínima sobre un experimento de interacción molecular.
MIAPAR, reactivos de afinidad de proteínas
La información mínima sobre un reactivo de afinidad de proteínas ha sido desarrollada y mantenida por el grupo de trabajo de Interacción Molecular del HUPO-PSI (www.psidev.info) en colaboración con la Iniciativa de Anticuerpos del HUPO y un consorcio europeo de productores de ligandos, y tiene como objetivo animar a los usuarios a mejorar la descripción de los reactivos de unión, como los anticuerpos, utilizados en el proceso de identificación de proteínas.
MIABE, entidades bioactivas
La Información Mínima sobre una Entidad Bioactiva fue elaborada por representantes de grandes empresas farmacéuticas y del ámbito académico con el objetivo de mejorar la descripción de moléculas, generalmente pequeñas, que se unen a dianas específicas en organismos vivos y pueden modular su actividad. Este documento abarca moléculas con potencial farmacológico, así como herbicidas, pesticidas y aditivos alimentarios. Su mantenimiento se realiza principalmente a través del programa EMBL-EBI Industry (www.ebi.ac.uk/industry).
MIGS/MIMS, secuencias de genoma/metagenoma
Esta especificación está siendo desarrollada por el Consorcio de Estándares Genómicos.
MIFlowCyt, citometría de flujo
Información mínima sobre un experimento de citometría de flujo
La Información Mínima sobre un Experimento de Citometría de Flujo (MIFlowCyt) es un estándar relacionado con la citometría de flujo que establece criterios para registrar información sobre la descripción general del experimento, las muestras, la instrumentación y el análisis de datos. [ 2 ] Promueve la anotación consistente de los aspectos clínicos, biológicos y técnicos que rodean un experimento de citometría de flujo . [ 2 ] [ 7 ] [ 8 ]
MINDR, reporteros de expresión génica dual
Requiere (1) informar los valores absolutos de las lecturas del reportero, (2) la lista de controles positivos y negativos, y (3) las secuencias de todos los constructos del reportero. [ 9 ]
MISFISHIE, experimentos de hibridación in situ e inmunohistoquímica
MIAPA, Análisis Filogenético
Los criterios para la información mínima sobre un análisis filogenético se describieron en 2006. [ 10 ]
ESPEJISMO, Glicómica
El proyecto MIRAGE cuenta con el apoyo y la coordinación del Instituto Beilstein para establecer directrices sobre el manejo y procesamiento de datos en la investigación glicómica.[ 11 ] [ 12 ]
MIAO, ORF
MIAMET, experimento de metabolómica
MIAFGE, Experimento de Genómica Funcional
MIRIAM, Información mínima requerida para la anotación de modelos
El conjunto de reglas MIRIAM (Información Mínima Requerida en la Anotación de Modelos ) es un conjunto de normas para la curación y anotación de modelos cuantitativos de sistemas biológicos.
MIASE, Información mínima sobre un experimento de simulación
La Información Mínima sobre un Experimento de Simulación ( MIASE , por sus siglas en inglés) es un esfuerzo por estandarizar la descripción de los experimentos de simulación en el campo de la biología de sistemas.
CIMR, Información básica para la elaboración de informes metabolómicos
STRENDA, Estándares para la presentación de informes de datos enzimológicos
El proyecto STRENDA (Standards for Reporting Enzymology Data ) es una iniciativa que se centra específicamente en el desarrollo de directrices para la presentación de informes (descripción de metadatos) de experimentos de enzimología, con el objetivo de mejorar la calidad de los datos de enzimología publicados en la literatura científica.
Referencias
- 1 2 EMBL-EBI. "Estándares mínimos de información | Bioinformática para los aterrorizados" . Recuperado el 28 de junio de 2021 .
Este artículo incorpora texto disponible bajo la licencia CC BY 4.0 . - 1 2 3 Lee, Jamie A.; Spidlen, Josef; Boyce, Keith; Cai, Jennifer; Crosbie, Nicholas; Dalphin, Mark; Furlong, Jeff; Gasparetto, Maura; Goldberg, Michael; Goralczyk, Elizabeth M.; Hyun, Bill; Jansen, Kirstin; Kollmann, Tobias; Kong, Megan; Leif, Robert; McWeeney, Shannon; Moloshok, Thomas D.; Moore, Wayne; Nolan, Garry; Nolan, John; Nikolich-Zugich, Janko; Parrish, David; Purcell, Barclay; Qian, Yu; Selvaraj, Biruntha; Smith, Clayton; Tchuvatkina, Olga; Wertheimer, Anne; Wilkinson, Peter; Wilson, Christopher; Wood, James; Zigon, Robert; Scheuermann, Richard H.; Brinkman, Ryan R. (1 de octubre de 2008). " MIFlowCyt: La información mínima sobre un experimento de citometría de flujo" . Cytometry Part A. 73 ( 10): 926–930 . doi : 10.1002/cyto.a.20623 . PMC 2773297. PMID 18752282 .
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Enlaces externos
- MIBBI (Información Mínima para Investigaciones Biológicas y Biomédicas) es una plataforma integral para explorar la gama de proyectos existentes, fomentar el desarrollo colaborativo y, en última instancia, promover la integración gradual.
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- Bioinformática
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