Articulo de referencia

Conjunto de etiquetas para artículos de revistas

El Journal Article Tag Suite ( JATS ) es un formato utilizado para describir la literatura científica publicada en línea. Es un estándar técnico desarrollado por la National Inf...

El Journal Article Tag Suite ( JATS ) es un formato utilizado para describir la literatura científica publicada en línea. Es un estándar técnico desarrollado por la National Information Standards Organization (NISO) y aprobado por el American National Standards Institute con el código Z39.96-2012 .

El proyecto NISO fue una continuación del trabajo realizado por NLM/NCBI y popularizado por PubMed Central de la NLM como un estándar de facto para el archivo y el intercambio de revistas científicas de acceso abierto y su contenido con XML .

Gracias a la estandarización de NISO, la iniciativa de la NLM ha logrado un mayor alcance, y varios otros repositorios, como SciELO y Redalyc , adoptaron el formato XML para los artículos científicos .

JATS proporciona un conjunto de elementos y atributos XML para describir el contenido textual y gráfico de artículos de revistas, así como algunos materiales que no son artículos, como cartas, editoriales y reseñas de libros y productos. [ 1 ] JATS permite descripciones del contenido completo del artículo o solo de los metadatos del encabezado del artículo; y admite otros tipos de contenido, incluidos artículos de investigación y no de investigación, cartas, editoriales y reseñas de libros y productos.

Historia

Desde su introducción, el conjunto de DTD de archivado e intercambio NLM del NCBI se ha convertido en el estándar de facto para el marcado de artículos de revistas en la publicación académica . [ 2 ] Con la introducción de NISO JATS, se ha elevado a un verdadero estándar . [ 3 ] Incluso sin el intercambio público de datos, las ventajas que ofrece la adopción de NISO JATS brindan a los editores en términos de agilización de los flujos de trabajo de producción y optimización de la interoperabilidad del sistema. [ 4 ] [ 5 ]

Cronología

NLM JATS
NLM JATS, versión 1
  • 31  de marzo  de 2003  ( 2003-03-31 ) : Se introdujo NLM DTD v1.0. [ 6 ]
  • 5  de noviembre  de 2003  ( 2003-11-05 ) : Se publicó la actualización de la versión 1.1. [ 6 ]
NLM JATS, versión 2
  • 30  de diciembre  de 2004  ( 2004-12-30 ) : Se publica la actualización principal de la versión 2.0. Está diseñada para admitir las mejores prácticas de personalización. [ 6 ]
  • 14  de noviembre  de 2005  ( 2005-11-14 ) : Se publicó la actualización de la versión 2.1 con la adición del DTD de autoría de artículos . [ 6 ] [ 7 ]
  • 8  de junio  de 2006  ( 2006-06-08 ) : Se publicó la actualización de la versión 2.2. [ 6 ]
  • 28  de marzo  de 2007  ( 2007-03-28 ) : Se publicó la actualización de la versión 2.3. [ 6 ]
NLM JATS, versión 3
  • 21  de noviembre  de 2008  ( 2008-11-21 ) : Se publicó la actualización principal de la versión 3.0. [ 6 ] [ 7 ]
NISO JATS
NISO JATS, versión 1.0
  • 30  de marzo  de 2011  ( 2011-03-30 ) 30  de septiembre  de 2011  ( 2011-09-30 ) : Primer borrador, NISO Z39.96.201x versión 0.4 publicado; período de comentarios de seis meses. [ 8 ]
  • 15  de julio  de 2012  ( 15 de julio de 2012 ) : NISO JATS, v1.0 recibió la aprobación de NISO. [ 9 ]
  • 9  de agosto  de 2012  ( 2012-08-09 ) : NISO JATS, v1.0 recibió la aprobación de ANSI. [ 9 ]
  • 22  de agosto  de 2012  ( 2012-08-22 ) : ANSI/NISO Z39.96-2012, JATS: Journal Article Tag Suite (versión 1.0) publicado. Admite compatibilidad total con versiones anteriores de NLM JATS v3.0. [ 6 ] [ 9 ]
NISO JATS, versión 1.1
  • 9  de diciembre  de 2013  ( 2013-12-09 ) : Se publica el primer borrador, NISO JATS, v1.1d1. [ 10 ]
  • 29  de diciembre  de 2014  ( 2014-12-29 ) : Se publica el segundo borrador, NISO JATS, v1.1d2. [ 11 ]
  • 14  de abril  de 2015  ( 2015-04-14 ) : Tercer borrador, NISO JATS, v1.1d publicado. [ 12 ]
  • 22  de octubre  de 2015  ( 2015-10-22 ) : NISO JATS, v1.1 recibió la aprobación de NISO. [ 13 ]
  • 19  de noviembre  de 2015  ( 2015-11-19 ) : NISO JATS, v1.1 recibió la aprobación de ANSI [ 13 ]
  • 6  de enero  de 2016  ( 2016-01-06 ) : ANSI/NISO Z39.96-2015, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.1 publicada. [ 13 ]
NISO JATS, versión 1.2
  • 20  de julio  de 2017  ( 2017-07-20 ) : Se publica el primer borrador, NISO JATS, v1.2d1. [ 14 ]
  • 23  de mayo  de 2018  ( 2018-05-23 ) : Se publica el primer borrador, NISO JATS, v1.2d2. [ 15 ]
  • 8  de febrero  de 2019  ( 2019-02-08 ) : ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.2 publicada. [ 16 ]
NISO JATS, versión 1.3
  • 7  de julio  de 2021  ( 2021-07-07 ) : ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.3 publicada. [ 17 ]
NISO JATS, versión 1.4
  • 31 de octubre de 2024: ANSI/NISO Z39.96-2024, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.4 publicada. [ 18 ]

Alcance técnico

Por diseño, este es un modelo para artículos de revistas, como el artículo de investigación típico que se encuentra en una revista STM , y no un modelo para revistas completas. [ 19 ]

Conjuntos de etiquetas

Las 3 especificaciones. Debido a su documentación codificada por colores, se las conoce coloquialmente por color.

Hay tres conjuntos de etiquetas:

Archivo e Intercambio de Revistas ( Verde )
"El más permisivo de los conjuntos de etiquetas," [ 20 ] destinado principalmente a la captura y el archivo de datos de revistas existentes.
Publicación de revistas ( azul )
"Un conjunto de etiquetas moderadamente prescriptivo," [ 20 ] destinado al uso general en la producción y publicación de revistas.
Formalmente, este modelo es un subconjunto del modelo de archivado . Esta es la variante de JATS más utilizada.
Creación de artículos ( Naranja )
"El más prescriptivo [más estricto y pequeño] de los conjuntos de etiquetas," [ 20 ] destinado a la creación relativamente ligera de artículos de revistas válidos para JATS.
Formalmente, este modelo es un subconjunto del modelo de publicación .

Las definiciones de tipo de documento (también publicadas en forma de esquema RELAX NG y XML ) definen cada conjunto e incorporan otros estándares como MathML y ​​tablas XHTML (aunque no en el espacio de nombres XHTML ).

Estructura del documento

El conjunto de publicaciones de JATS define un documento que es un componente de nivel superior de una revista, como un artículo, una reseña de un libro o producto, o una carta al editor. Cada uno de estos documentos se compone de una sección preliminar (obligatoria) y hasta tres partes opcionales. [ 19 ] Estas deben aparecer en el siguiente orden:

Página preliminar
La sección preliminar del artículo contiene los metadatos del artículo (también llamados información de encabezado del artículo), por ejemplo, el título del artículo, la revista en la que aparece, la fecha y el número de publicación de ese número de esa revista, una declaración de derechos de autor, etc. Se pueden capturar tanto los metadatos a nivel de artículo y a nivel de número (en el elemento <article-meta>) como los metadatos a nivel de revista (en el elemento <journal-meta>).
Cuerpo (del artículo)
El cuerpo del artículo es el contenido principal, tanto textual como gráfico. Generalmente consta de párrafos y secciones, que a su vez pueden contener figuras, tablas, recuadros (texto enmarcado), etc. El cuerpo del artículo es opcional para adaptarse a aquellos repositorios que solo conservan la información del encabezado y no etiquetan el contenido textual.
Material complementario
Si está presente, la sección final del artículo contiene información complementaria al texto principal, como un glosario, un apéndice o una lista de referencias citadas.
Material flotante
Un editor puede optar por colocar todos los objetos flotantes de un artículo y su material complementario (como tablas, figuras, recuadros de texto, etc.) en un elemento contenedor separado fuera del flujo narrativo para facilitar su procesamiento. [ 19 ]

Después del frente, el cuerpo, la parte posterior y el material flotante, puede haber una o más respuestas al artículo o uno o más artículos subordinados. [ 19 ]

Ejemplo

Esta es la estructura mínima del artículo,

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!DOCTYPE article  PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.0 20120330//EN"  "JATS-journalpublishing1.dtd" > <article dtd-version= "1.0" article-type= "article" specific-use= "migrated" xmlns:mml= "http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink= "http://www.w3.org/1999/xlink" > <front> ... </front> <body> ... </body> <back> ... </back> </article>

El DOCTYPEencabezado es opcional, una característica heredada de los validadores orientados a SGML y DTD . El atributo se puede usar incluso sin un encabezado DTD.dtd-version

El elemento raíz articlees común a cualquier versión de JATS o de la "familia JATS", como las DTD de NLM. Las reglas para frontla validación bodyde backetiquetas dependen de la versión de JATS, pero todas las versiones tienen una estructura similar, con buena compatibilidad en un rango de años. La evolución del esquema mantiene una estabilidad general.

Menos comunes, las variaciones "only front", "only frontand back" también se utilizan para otras finalidades que no sean la representación de contenido completo. La composición general del artículo (como una expresión de contenido DTD ) es

 (frontal, cuerpo?, posterior?, grupo flotante?, (subartículo* | respuesta*)) 

Herramientas

Hay una variedad de herramientas para crear, editar, convertir y transformar JATS. Estas van desde formularios simples [ 21 ] hasta la automatización completa de la conversión:

Conversión a JATS

Toma como entrada un documento científico y, con ayuda humana, genera un resultado JATS.

  • Documentos de OpenOffice ( LibreOffice ) y MS Word a JATS:
    • Typeset: proporciona un conjunto automatizado de convertidores de MS-Word a JATS XML .
    • OxGarage : [ 22 ] puede convertir documentos de varios formatos a "National Library of Medicine (NLM) DTD 3.0".
    • meTypeset : meTypeset [ 23 ] "es una bifurcación de la pila OxGarage" "para convertir del formato .docx de Microsoft Word a NLM/JATS-XML".
    • eXtyles : [ 24 ] automatiza aspectos que consumen mucho tiempo de la edición de documentos en Microsoft Word y exporta a JATS XML (así como a muchos otros DTD).
  • Markdown a JATS: Pandoc 2.0 puede convertir varios formatos de entrada a JATS. [ 25 ]
  • Conversión de PDF a JATS: este es un problema muy difícil de resolver. El éxito depende de la buena estructura de sus archivos PDF y, en el caso de la conversión por lotes, de la coherencia en dicha estructura.
    • Shabash Merops [ 26 ]
    • Convertidor de PDF a XML JATS de Typeset
    • El Public Knowledge Project [ 27 ] está desarrollando un proceso para convertir PDF a JATS. Incluirá el uso de pdfx . [ 28 ]
    • Extractor y minero de contenido de CERMINE [ 29 ]

Conversión desde JATS

Toma JATS como entrada y produce otro tipo de documento como salida.

  • De JATS a HTML
    • Hojas de estilo de vista previa de JATS ( conversión XSLT canónica ), véase el convertidor clásico (2013). [ 30 ]
    • eLife Lens [ 31 ] convierte NLM XML a JSON para mostrarlo usando HTML y Javascript.
  • De JATS a PDF: algunas hojas de estilo de vista previa de JATS, conversión de XSLT + XSL-FO.
  • de JATS a EPUB. [ 32 ]
  • Genérico (de JATS DTD): DtdAnalyzer [ 33 ] compara JATS con otros DTD y ayuda a crear una representación XML, generación de XSLT y Schematron, y otras herramientas.

Editores

  • Typeset proporciona un editor WYSIWYM para artículos académicos. Admite exportaciones XML en los estándares NISO JATS y NLM JATS. Lo utilizan principalmente revistas y editoriales que buscan convertir archivos MS-Word enviados por los autores a XML, PDF, HTML y ePuB. [ 34 ]
  • Marco de trabajo JATS para oXygen XML Editor: los usuarios de oXygen XML Editor y oXygen XML Author ahora pueden instalar compatibilidad con las versiones actuales de NISO JATS (y, como ventaja adicional, con NLM BITS). Basándose en un identificador proporcionado en una declaración DOCTYPE, oXygen detectará que está editando un documento JATS y proporcionará hojas de estilo y utilidades. [ 35 ]
  • FontoXML para JATS: editor WYSIWYG para editar y revisar contenido JATS: [ 36 ]
  • PubRef "Pipeline": Editor JATS de vista previa en tiempo real basado en navegador: [ 37 ]
  • Annotum : [ 38 ] un tema de WordPress que contiene autoría WYSIWYG en JATS (subconjunto de Kipling), revisión por pares y gestión editorial, y publicación. [ 39 ]
  • Edición JATS para el editor XML basado en web Xeditor .
  • Editor de texturas [ 40 ] del Consorcio Substance. [ 41 ] El primer editor en línea "nacido para JATS". [ 42 ]
  • Libero Editor, desarrollado por eLife, se describe a sí mismo como "Una interfaz de edición fácil de usar diseñada para el personal editorial y los autores para la producción de XML JATS de alta calidad".

Avance

Herramientas que convierten JATS a HTML, normalmente sobre la marcha.

  • Hojas de estilo de vista previa de JATS: [ 43 ] Las hojas de estilo de vista previa de JATS son una serie de archivos .xsl, .xpl, .css y .sch que crearán versiones .html o .pdf de archivos JATS 1.0 válidos según NISO Z39.96-2012. Están destinadas principalmente al uso interno de los editores y sirven de base para la personalización. [ 44 ]
  • Typeset - Permite generar HTML a partir de XML JATS con un solo clic. Además, ofrece la capacidad de generar HTML personalizado según los requisitos de la revista. [ 45 ]
  • PubReader – "La vista PubReader es una presentación web alternativa... Diseñada especialmente para mejorar la legibilidad en tabletas y otros dispositivos de pantalla pequeña, PubReader también se puede usar en ordenadores de escritorio y portátiles, y desde varios navegadores web". [ 46 ]

Personalización

  • Jatsdoc: genera documentación para cualquier personalización específica de JATS. Jatsdoc está integrado con DtdAnalyzer del NCBI . [ 47 ] [ 48 ]

Repositorios centrales de JATS

Dado que NISO JATS se convirtió en el estándar de facto y de jure para las revistas de acceso abierto , la comunidad científica adoptó los repositorios JATS como un tipo de depósito legal , considerado a veces más valioso que las bibliotecas digitales tradicionales donde solo se almacena una versión en PDF. El conocimiento abierto requiere formatos más ricos y estructurados como JATS: PDF y JATS deben estar certificados como "mismo contenido", y el conjunto "PDF+JATS" constituye la unidad de depósito legal. Lista de repositorios JATS y su contenido:

Estos repositorios se superponen y un mismo artículo puede estar alojado en más de un repositorio.

Alternativas y semántica

Hay algunos esfuerzos y experimentos que utilizan la conversión RDF en 2012, [ 52 ] sin impacto en la comunidad JATS.

Posteriormente, alrededor de 2016, en el contexto de la Web Semántica , con la iniciativa SchemaOrg , se definió la clase ScholarlyArticle , que tuvo una mejor acogida. Se trata de una estandarización inicial similar a JATS para contextos de uso de RDF.

Véase también

Referencias

  1. ANSI/NISO Z39.96-2012 ISSN 1041-5653 . Véase z39.96-2012.pdf en www.niso.org/standards/z39-96-2012 
  2. Beck, J (2011). "NISO Z39.96 The Journal Article Tag Suite (JATS): ¿Qué pasó con los DTD de la NLM?" . The Journal of Electronic Publishing . 14 (1). doi : 10.3998/3336451.0014.106 . PMC 3227009 . PMID 22140303 .  
  3. Zimmerman, Sara (2012). "El nuevo estándar NISO Article Tag Suite" . Zeeba.tv .
  4. Donohoe, Paul; Sherman, Jenny; Mistry, Ashwin (2015). "El largo camino hacia JATS" . Actas de la Conferencia JATS-Con 2015. JATS -Con 2015. Bethesda, MD: Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  5. Usdin, Tommie; Lapeyre, Deborah Aleyne; Glass, Carter M. (2015). "Superposición de reglas comerciales en JATS" . Actas de la Conferencia JATS-Con (Journal Article Tag Suite Conference) 2015. JATS -Con 2015. Bethesda, MD: Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  6. 1 2 3 4 5 6 7 8 "NLM Journal Archiving and Interchange Tag Suite" . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 13 de septiembre de 2012. Archivado del original el 27 de agosto de 2016.
  7. 1 2 "JATS y los DTD de la NLM" . Conjunto de etiquetas de artículos de revistas . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 8 de enero de 2016. Archivado del original el 7 de marzo de 2016.
  8. "NISO JATS v0.4: Borrador de estándar para uso de prueba" . Conjunto de etiquetas de artículos de revistas . Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  9. 1 2 3 "ANSI/NISO Z39.96-2012 JATS: Conjunto de etiquetas para artículos de revistas" . Organización Nacional de Normas de Información . 26 de julio de 2013.
  10. "JATS v1.1d1 (BORRADOR)" . Conjunto de etiquetas para artículos de revistas . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 14 de abril de 2015.
  11. "JATS v1.1d2 (BORRADOR)" . Conjunto de etiquetas para artículos de revistas . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 14 de abril de 2015.
  12. "JATS v1.1d3 (BORRADOR)" . Conjunto de etiquetas para artículos de revistas . Centro Nacional de Información Biotecnológica. 14 de abril de 2015.
  13. 1 2 3 "ANSI/NISO Z39.96-2015 JATS: Journal Article Tag Suite" . Organización Nacional de Estándares de Información . 8 de enero de 2016. Archivado del original el 29 de agosto de 2016. Recuperado el 29 de agosto de 2016 .
  14. "JATS v1.2d1" . Conjunto de etiquetas para artículos de revistas . Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  15. "JATS v1.2d2" . Conjunto de etiquetas para artículos de revistas . Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  16. "ANSI/NISO Z39.96-2019, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.2" . Organización Nacional de Normas de Información . 8 de febrero de 2019.
  17. "ANSI/NISO Z39.96-2021, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.3" . Organización Nacional de Normas de Información . 7 de julio de 2021.
  18. Comité Permanente JATS de la Organización Nacional de Estándares de Información, ANSI/NISO Z39.96-2024, JATS: Journal Article Tag Suite, versión 1.4 , Baltimore, MD: NISO, doi : 10.3789/ansi.niso.z39.96-2024 , consultado el 20 de agosto de 2025
  19. 1 2 3 4 "Introducción general" . Biblioteca de etiquetas de publicación de revistas NISO JATS Versión 1.0 . Centro Nacional de Información Biotecnológica. Agosto de 2012.
  20. 1 2 3 "JATS: Journal Article Tag Suite" . Centro Nacional de Información Biotecnológica.
  21. Formulario de entrada de metadatos JATS de semanticpublishing.wordpress.com de 2012.
  22. http://www.oucs.ox.ac.uk/oxgarage/ Archivado el 26 de mayo de 2014 en Wayback Machine ( documentación )
  23. "MartinPaulEve/meTypeset" . GitHub . 20 de junio de 2019.
  24. «eXtiles» . Inera . Consultado el 13 de diciembre de 2022 .
  25. «Pandoc - Guía del usuario de Pandoc» .
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  27. "Proyecto de Conocimiento Público" . Consultado el 13 de diciembre de 2022 .
  28. Constantin, S. Pettifer (2013). «PDFX: Conversión totalmente automatizada de PDF a XML de literatura científica». Actas del simposio ACM de 2013 sobre ingeniería documental . págs. 177–180 . doi : 10.1145/2494266.2494271 . ISBN  9781450317894.
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  36. FontoXML para JATS
  37. PubRef
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  52. De marcado a datos enlazados: mapeo de NISO JATS v1.0 a RDF mediante las ontologías SPAR (Semantic Publishing and Referencing) . Centro Nacional de Información Biotecnológica (EE. UU.). 2012.

Lecturas adicionales

  • Empaquetador, Abel L.; Salgado, Eliana; Araujo, javanés; Aquino, Leticia; Almeida, Renata; Santos, Jesner; Lucena, Suely; Soares, Caroline M. (4 de abril de 2014). "¿Por qué XML?" . SciELO en Perspectiva .
  • Sharp, Molly (4 de junio de 2013). "Documentos estructurados para la ciencia: JATS XML como formato de contenido canónico" . PLOS Tech .
  • Conjunto de etiquetas para artículos de revistas de la NLM : sitio web de información y documentación del NCBI.
  • NISO JATS Versión 1.1 (estándar actual):
    • Biblioteca de etiquetas de archivo e intercambio
    • Biblioteca de etiquetas de publicación
    • Biblioteca de etiquetas para la creación de artículos
  • Estilos y personalización:
    • Esquema de publicación de SciELO (SPS): personalización de SciELO.
    • Directrices de etiquetado del estilo de etiquetado XML preferido por PubMed Central
    • Conjunto de etiquetas de estándares ISO (ISOSTS) como una personalización de NISO JATS
    • NISO Book Interchange Tag Suite (BITS) , basado en JATS.
    • TextureJATS , un subconjunto coherente mínimo de JATS.
  • Comunidad abierta de JATS:
    • Comunidad "JATS para la reutilización" (JATS4R), validador
    • Comunidad SchemaOrg, artículo académico
    • Conversión de XML-JATS a HTML5-ScholarlyArticle de PeerJ